ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49352

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.032, 0.072, 0.112, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.072 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.032, 0.073, 0.113, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.073 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.071, 0.163, 0.255, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.163 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.068, 0.166, 0.263, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.166 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.088, 0.217, 0.345, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.217 std_dev=0.128
C1' B 0, 0.114, 0.279, 0.445, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.279 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.133, 0.301, 0.470, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.301 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.121, 0.289, 0.457, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.289 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.112, 0.280, 0.449, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.280 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.087, 0.259, 0.432, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.259 std_dev=0.173
C6 B 0, 0.099, 0.277, 0.456, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.277 std_dev=0.178
C4' B 0, 0.111, 0.291, 0.471, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.291 std_dev=0.180
C3' B 0, 0.114, 0.294, 0.475, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.294 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.150, 0.332, 0.514, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.332 std_dev=0.182
O5' B 0, 0.143, 0.328, 0.513, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.328 std_dev=0.185
C2' B 0, 0.130, 0.316, 0.501, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.316 std_dev=0.186
O3' B 0, 0.141, 0.329, 0.518, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.329 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.124, 0.313, 0.501, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.313 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.117, 0.307, 0.497, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.307 std_dev=0.190
P B 0, 0.175, 0.365, 0.556, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.365 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.098, 0.289, 0.480, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.289 std_dev=0.191
OP1 B 0, 0.172, 0.365, 0.557, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.365 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.131, 0.324, 0.517, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.324 std_dev=0.193
N3 B 0, 0.113, 0.307, 0.501, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.307 std_dev=0.194
O5' A 0, 0.124, 0.319, 0.513, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.319 std_dev=0.195
O4 B 0, 0.111, 0.318, 0.525, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.318 std_dev=0.207
C5' B 0, 0.158, 0.366, 0.575, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.366 std_dev=0.209
O2 B 0, 0.137, 0.376, 0.614, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.376 std_dev=0.238
OP2 B 0, 0.219, 0.479, 0.739, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.479 std_dev=0.260
P A 0, 0.169, 0.453, 0.738, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.453 std_dev=0.284
OP2 A 0, 0.183, 0.503, 0.822, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.503 std_dev=0.320
OP1 A 0, 0.198, 0.549, 0.900, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.549 std_dev=0.351

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.16 0.10 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.03 0.02 0.10 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02 0.07 0.08 0.12 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.09 0.08
N1 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.14 0.07 0.02 0.04 0.05 0.09 0.07
N3 0.03 0.01 0.09 0.07 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.10 0.02 0.04 0.05 0.06 0.05
N6 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.09 0.04 0.03 0.12 0.13 0.17 0.14
N7 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.10 0.12 0.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.14 0.15 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.07 0.10 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.07 0.07
O5' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.04 0.04 0.12 0.09 0.04 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.05 0.13 0.10 0.04 0.05 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.07 0.03 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.12 0.09 0.09 0.06 0.17 0.12 0.06 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07 0.05 0.14 0.10 0.05 0.02 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.18 0.09 0.12 0.15 0.17 0.17 0.22 0.15 0.12 0.18 0.27 0.08 0.12 0.15 0.17 0.16 0.14 0.13 0.12
C2 0.15 0.14 0.13 0.17 0.11 0.22 0.18 0.28 0.18 0.14 0.12 0.20 0.13 0.17 0.10 0.22 0.20 0.15 0.16 0.15
C2' 0.12 0.20 0.10 0.12 0.13 0.15 0.12 0.19 0.11 0.13 0.19 0.30 0.09 0.11 0.14 0.16 0.12 0.16 0.10 0.09
C3' 0.12 0.20 0.10 0.11 0.13 0.16 0.13 0.20 0.11 0.13 0.19 0.30 0.09 0.11 0.14 0.17 0.13 0.14 0.11 0.10
C4 0.11 0.15 0.08 0.12 0.11 0.17 0.16 0.23 0.15 0.10 0.13 0.25 0.08 0.13 0.11 0.17 0.17 0.13 0.13 0.12
C4' 0.12 0.19 0.09 0.12 0.14 0.16 0.16 0.22 0.14 0.12 0.18 0.29 0.09 0.12 0.15 0.17 0.16 0.13 0.13 0.12
C5 0.08 0.14 0.07 0.10 0.08 0.14 0.13 0.19 0.12 0.07 0.11 0.24 0.07 0.11 0.08 0.14 0.14 0.11 0.11 0.09
C5' 0.12 0.18 0.09 0.12 0.14 0.18 0.17 0.24 0.15 0.12 0.17 0.29 0.08 0.12 0.14 0.18 0.18 0.14 0.16 0.15
C6 0.07 0.13 0.06 0.10 0.07 0.15 0.12 0.20 0.11 0.06 0.11 0.21 0.06 0.11 0.08 0.14 0.13 0.11 0.11 0.08
C8 0.08 0.15 0.07 0.09 0.10 0.13 0.14 0.18 0.13 0.08 0.13 0.26 0.07 0.10 0.10 0.13 0.14 0.11 0.11 0.09
N1 0.11 0.11 0.09 0.14 0.07 0.20 0.13 0.25 0.14 0.08 0.09 0.18 0.10 0.15 0.09 0.20 0.17 0.13 0.14 0.12
N3 0.14 0.17 0.12 0.16 0.15 0.21 0.19 0.26 0.18 0.14 0.15 0.23 0.11 0.16 0.13 0.21 0.19 0.15 0.16 0.15
N6 0.10 0.17 0.09 0.08 0.13 0.10 0.14 0.13 0.13 0.13 0.16 0.22 0.08 0.09 0.13 0.09 0.11 0.12 0.11 0.08
N7 0.07 0.14 0.08 0.08 0.08 0.12 0.13 0.17 0.11 0.07 0.12 0.25 0.08 0.09 0.08 0.12 0.13 0.11 0.11 0.08
N9 0.10 0.16 0.08 0.11 0.13 0.16 0.17 0.21 0.15 0.10 0.15 0.26 0.07 0.12 0.13 0.16 0.16 0.13 0.13 0.12
O2' 0.12 0.20 0.11 0.12 0.13 0.14 0.11 0.17 0.10 0.13 0.20 0.29 0.10 0.11 0.14 0.14 0.09 0.20 0.09 0.09
O3' 0.13 0.21 0.11 0.12 0.14 0.15 0.11 0.19 0.10 0.13 0.20 0.30 0.10 0.11 0.15 0.16 0.11 0.15 0.09 0.08
O4' 0.11 0.18 0.09 0.12 0.16 0.17 0.19 0.23 0.16 0.12 0.17 0.27 0.08 0.12 0.16 0.17 0.18 0.13 0.14 0.14
O5' 0.10 0.17 0.08 0.10 0.11 0.16 0.13 0.22 0.12 0.10 0.16 0.28 0.08 0.11 0.11 0.17 0.15 0.15 0.13 0.13
OP1 0.10 0.17 0.08 0.10 0.10 0.15 0.12 0.21 0.11 0.09 0.15 0.28 0.09 0.11 0.11 0.16 0.13 0.15 0.12 0.13
OP2 0.10 0.17 0.09 0.11 0.08 0.16 0.10 0.22 0.09 0.09 0.14 0.27 0.09 0.11 0.08 0.16 0.14 0.17 0.14 0.15
P 0.09 0.17 0.08 0.10 0.09 0.15 0.12 0.22 0.10 0.09 0.15 0.28 0.08 0.10 0.09 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.11 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.03 0.10 0.12 0.13 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.13 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.13 0.05
C4 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.07 0.13 0.08 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.06 0.12 0.06 0.07
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.06 0.11 0.06 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.11 0.10 0.07
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.02 0.03 0.09 0.13 0.11 0.08
O2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.14 0.04 0.03 0.12 0.11 0.17 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.13 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.14 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.16 0.07
O4 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.07 0.13 0.08 0.09
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.13 0.10 0.06
O5' 0.06 0.10 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.09 0.12 0.02 0.07 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.12 0.06 0.04 0.13 0.06 0.12 0.06 0.11 0.11 0.13 0.11 0.06 0.05 0.13 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.13 0.13 0.13 0.08 0.10 0.06 0.09 0.06 0.10 0.11 0.17 0.13 0.16 0.08 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.05 0.05 0.08 0.02 0.07 0.01 0.06 0.07 0.08 0.09 0.04 0.07 0.09 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00