ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49353

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.029, 0.064, 0.100, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.064 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.025, 0.062, 0.099, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.062 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.109, 0.246, 0.384, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.246 std_dev=0.138
O2' A 0, 0.139, 0.295, 0.451, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.295 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.219, 0.410, 0.601, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.410 std_dev=0.191
O4' B 0, 0.223, 0.424, 0.625, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.424 std_dev=0.201
O2 B 0, 0.186, 0.388, 0.590, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.388 std_dev=0.202
O2' B 0, 0.215, 0.421, 0.626, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.421 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.214, 0.419, 0.625, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.419 std_dev=0.206
O3' A 0, 0.155, 0.369, 0.584, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.369 std_dev=0.215
N1 B 0, 0.246, 0.467, 0.687, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.467 std_dev=0.220
C2 B 0, 0.227, 0.451, 0.674, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.451 std_dev=0.224
C4' A 0, 0.138, 0.371, 0.604, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.371 std_dev=0.233
C4' B 0, 0.202, 0.449, 0.697, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.449 std_dev=0.248
O5' A 0, 0.293, 0.550, 0.808, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.550 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.294, 0.553, 0.812, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.553 std_dev=0.259
P A 0, 0.126, 0.389, 0.651, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.389 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.263, 0.529, 0.795, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.529 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.214, 0.486, 0.759, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.486 std_dev=0.273
C5 B 0, 0.329, 0.627, 0.924, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.627 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.317, 0.621, 0.925, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.621 std_dev=0.304
C5' B 0, 0.218, 0.534, 0.850, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.534 std_dev=0.316
O3' B 0, 0.183, 0.506, 0.829, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.506 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.340, 0.701, 1.062, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.701 std_dev=0.361
O5' B 0, 0.276, 0.638, 1.001, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.638 std_dev=0.362
O4 B 0, 0.372, 0.738, 1.104, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.738 std_dev=0.366
P B 0, 0.296, 0.667, 1.038, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.667 std_dev=0.371
OP1 A 0, 0.272, 0.648, 1.025, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.648 std_dev=0.377
OP1 B 0, 0.266, 0.667, 1.068, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.667 std_dev=0.401
C5' A 0, 0.318, 0.848, 1.379, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.848 std_dev=0.530
OP2 A 0, 0.315, 0.985, 1.655, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.985 std_dev=0.670

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.10 0.31 0.13
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.30 0.18 0.27 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.08 0.30 0.11
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.08 0.10 0.06 0.03 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.31 0.09
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.27 0.17 0.25 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.15 0.07 0.02 0.13 0.16 0.08 0.02 0.00 0.00 0.02 0.17 0.27 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.11 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.25 0.21 0.21 0.14
C5' 0.08 0.20 0.04 0.03 0.25 0.01 0.34 0.00 0.34 0.37 0.27 0.16 0.39 0.41 0.24 0.03 0.02 0.03 0.01 0.16 0.28 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.26 0.22 0.21 0.15
C8 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.15 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.04 0.19 0.19 0.22 0.13
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.29 0.20 0.23 0.15
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.29 0.16 0.29 0.17
N6 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.13 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.03 0.25 0.24 0.20 0.15
N7 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.16 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.04 0.20 0.22 0.21 0.13
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.23 0.15 0.26 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.05 0.09 0.06 0.09 0.07 0.04 0.00 0.03 0.06 0.06 0.17 0.24 0.02
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.09 0.05 0.02 0.09 0.10 0.04 0.03 0.00 0.00 0.21 0.14 0.22 0.06
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.00 0.24 0.09 0.32 0.13
O5' 0.20 0.30 0.08 0.03 0.27 0.02 0.25 0.01 0.26 0.19 0.29 0.29 0.25 0.20 0.23 0.06 0.21 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.18 0.08 0.07 0.17 0.17 0.21 0.16 0.22 0.19 0.20 0.16 0.24 0.22 0.15 0.17 0.14 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.27 0.30 0.31 0.25 0.27 0.21 0.28 0.21 0.22 0.23 0.29 0.20 0.21 0.26 0.24 0.22 0.32 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.13 0.16 0.11 0.09 0.15 0.02 0.14 0.02 0.15 0.13 0.15 0.17 0.15 0.13 0.14 0.02 0.06 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.14 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10
C2 0.14 0.12 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.11 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.14 0.18 0.17
C2' 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06
C3' 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.13 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15 0.16 0.15 0.13 0.12 0.11 0.16 0.14
C4 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.08 0.08 0.12 0.11
C4' 0.21 0.23 0.22 0.21 0.24 0.19 0.23 0.18 0.22 0.22 0.24 0.24 0.22 0.21 0.24 0.19 0.18 0.16 0.22 0.19
C5 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.05 0.04 0.09 0.07
C5' 0.47 0.50 0.46 0.44 0.51 0.42 0.51 0.41 0.50 0.49 0.51 0.50 0.45 0.41 0.51 0.45 0.44 0.40 0.48 0.45
C6 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.07 0.12 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.12 0.10 0.06 0.04 0.11 0.08
C8 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.06 0.03 0.03 0.06 0.05
N1 0.14 0.13 0.12 0.12 0.15 0.13 0.16 0.13 0.16 0.14 0.13 0.11 0.12 0.11 0.15 0.15 0.12 0.10 0.16 0.14
N3 0.13 0.11 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.14 0.12 0.11 0.11 0.13 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.16 0.15
N6 0.08 0.10 0.07 0.06 0.12 0.07 0.12 0.07 0.11 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.12 0.07 0.04 0.05 0.08 0.05
N7 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.04 0.03 0.06 0.04
N9 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.08 0.06 0.06 0.10 0.08
O2' 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.06 0.03 0.06 0.04 0.04
O3' 0.12 0.14 0.14 0.13 0.15 0.12 0.14 0.11 0.13 0.13 0.16 0.15 0.15 0.16 0.16 0.11 0.10 0.09 0.14 0.12
O4' 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.16 0.13 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12
O5' 0.26 0.30 0.25 0.25 0.31 0.25 0.29 0.25 0.27 0.28 0.32 0.31 0.24 0.26 0.34 0.25 0.26 0.26 0.23 0.24
OP1 0.25 0.31 0.24 0.23 0.33 0.21 0.31 0.21 0.29 0.28 0.33 0.31 0.22 0.21 0.35 0.23 0.25 0.23 0.26 0.25
OP2 0.12 0.11 0.08 0.09 0.12 0.14 0.12 0.15 0.12 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.12 0.15 0.13 0.15 0.12 0.13
P 0.10 0.10 0.08 0.09 0.11 0.12 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.07 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.08 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04
O4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06
O5' 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00