ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49354

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.015, 0.038, 0.062, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.021, 0.046, 0.072, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.046 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.046 std_dev=0.029
O2' B 0, 0.276, 0.571, 0.866, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.571 std_dev=0.295
C2' B 0, 0.363, 0.718, 1.073, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.718 std_dev=0.355
C6 B 0, 0.456, 0.858, 1.260, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.858 std_dev=0.402
C5 B 0, 0.219, 0.669, 1.118, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.669 std_dev=0.450
C2' A 0, 0.307, 0.896, 1.485, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.896 std_dev=0.589
O4' A 0, 0.294, 0.950, 1.606, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.950 std_dev=0.656
O3' B 0, 0.627, 1.298, 1.970, 2.048 max_d=2.048 avg_d=1.298 std_dev=0.672
C3' B 0, 0.511, 1.188, 1.865, 1.942 max_d=1.942 avg_d=1.188 std_dev=0.677
N1 B 0, 0.703, 1.399, 2.095, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.399 std_dev=0.696
C4 B 0, 0.776, 1.502, 2.227, 2.399 max_d=2.399 avg_d=1.502 std_dev=0.726
C1' B 0, 0.700, 1.538, 2.376, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.538 std_dev=0.838
O4 B 0, 0.917, 1.788, 2.658, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.788 std_dev=0.871
O2' A 0, 0.583, 1.496, 2.409, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.496 std_dev=0.913
C3' A 0, 0.627, 1.612, 2.597, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.612 std_dev=0.985
C4' A 0, 0.669, 1.787, 2.905, 2.875 max_d=2.875 avg_d=1.787 std_dev=1.118
C4' B 0, 0.676, 1.877, 3.078, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.877 std_dev=1.201
N3 B 0, 1.100, 2.304, 3.508, 3.608 max_d=3.608 avg_d=2.304 std_dev=1.204
C2 B 0, 1.042, 2.261, 3.480, 3.510 max_d=3.510 avg_d=2.261 std_dev=1.219
O4' B 0, 0.814, 2.100, 3.386, 3.089 max_d=3.089 avg_d=2.100 std_dev=1.286
O3' A 0, 0.894, 2.189, 3.485, 3.492 max_d=3.492 avg_d=2.189 std_dev=1.296
OP2 A 0, 1.552, 2.977, 4.402, 3.979 max_d=3.979 avg_d=2.977 std_dev=1.425
C5' A 0, 0.945, 2.538, 4.130, 4.320 max_d=4.320 avg_d=2.538 std_dev=1.593
O2 B 0, 1.308, 3.060, 4.812, 4.744 max_d=4.744 avg_d=3.060 std_dev=1.752
C5' B 0, 1.083, 2.946, 4.809, 4.370 max_d=4.370 avg_d=2.946 std_dev=1.863
O5' A 0, 1.442, 3.400, 5.359, 4.872 max_d=4.872 avg_d=3.400 std_dev=1.958
P A 0, 1.824, 4.001, 6.178, 5.564 max_d=5.564 avg_d=4.001 std_dev=2.177
O5' B 0, 1.415, 3.757, 6.099, 5.570 max_d=5.570 avg_d=3.757 std_dev=2.342
OP1 B 0, 2.227, 4.844, 7.461, 6.895 max_d=6.895 avg_d=4.844 std_dev=2.617
OP1 A 0, 2.144, 4.875, 7.605, 6.879 max_d=6.879 avg_d=4.875 std_dev=2.731
P B 0, 1.909, 4.710, 7.512, 6.834 max_d=6.834 avg_d=4.710 std_dev=2.802
OP2 B 0, 2.342, 5.267, 8.192, 7.382 max_d=7.382 avg_d=5.267 std_dev=2.925

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.00 0.40 0.45 0.12 0.31
C2 0.02 0.00 0.34 0.20 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.28 0.28 0.57 0.50 0.49 0.57
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.18 0.17 0.16 0.27 0.34 0.12 0.08 0.02 0.00 0.04 0.03 0.43 0.63 0.37 0.44
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.22 0.01 0.29 0.03 0.30 0.27 0.26 0.16 0.34 0.32 0.19 0.01 0.01 0.01 0.23 0.31 0.22 0.20
C4 0.01 0.00 0.19 0.22 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.18 0.14 0.51 0.43 0.44 0.50
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.07 0.27 0.08 0.16 0.12 0.24 0.10 0.21 0.04 0.01 0.03 0.26 0.37 0.07
C5 0.01 0.00 0.10 0.29 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.08 0.05 0.49 0.36 0.56 0.53
C5' 0.06 0.14 0.18 0.03 0.07 0.01 0.20 0.00 0.16 0.39 0.09 0.14 0.24 0.37 0.15 0.06 0.14 0.02 0.01 0.30 0.36 0.02
C6 0.01 0.00 0.17 0.30 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.10 0.11 0.52 0.38 0.62 0.58
C8 0.01 0.00 0.16 0.27 0.00 0.27 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.41 0.07 0.18 0.38 0.28 0.44 0.40
N1 0.02 0.00 0.27 0.26 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.21 0.56 0.45 0.58 0.60
N3 0.03 0.00 0.34 0.16 0.00 0.16 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.31 0.28 0.55 0.51 0.40 0.52
N6 0.01 0.00 0.12 0.34 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.07 0.06 0.49 0.33 0.70 0.59
N7 0.00 0.01 0.08 0.32 0.00 0.24 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.39 0.08 0.10 0.41 0.27 0.58 0.47
N9 0.00 0.00 0.02 0.19 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.14 0.01 0.45 0.40 0.34 0.42
O2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.10 0.21 0.22 0.06 0.16 0.41 0.14 0.26 0.23 0.39 0.18 0.00 0.06 0.17 0.32 0.47 0.34 0.34
O3' 0.32 0.28 0.04 0.01 0.18 0.04 0.08 0.14 0.10 0.07 0.19 0.31 0.07 0.08 0.14 0.06 0.00 0.21 0.50 0.20 0.55 0.50
O4' 0.00 0.28 0.03 0.01 0.14 0.01 0.05 0.02 0.11 0.18 0.21 0.28 0.06 0.10 0.01 0.17 0.21 0.00 0.39 0.38 0.17 0.23
O5' 0.40 0.57 0.43 0.23 0.51 0.03 0.49 0.01 0.52 0.38 0.56 0.55 0.49 0.41 0.45 0.32 0.50 0.39 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.45 0.50 0.63 0.31 0.43 0.26 0.36 0.30 0.38 0.28 0.45 0.51 0.33 0.27 0.40 0.47 0.20 0.38 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.49 0.37 0.22 0.44 0.37 0.56 0.36 0.62 0.44 0.58 0.40 0.70 0.58 0.34 0.34 0.55 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.57 0.44 0.20 0.50 0.07 0.53 0.02 0.58 0.40 0.60 0.52 0.59 0.47 0.42 0.34 0.50 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 0.53 0.10 0.11 0.25 0.42 0.40 0.10 0.23 0.28 0.31 0.98 0.08 0.12 0.38 0.62 0.12 0.28 1.02 0.47
C2 0.49 0.63 0.14 0.10 0.16 0.26 0.34 0.18 0.21 0.31 0.40 1.11 0.18 0.11 0.23 0.46 0.21 0.38 1.05 0.57
C2' 0.70 0.83 0.29 0.11 0.28 0.54 0.17 0.20 0.20 0.54 0.64 1.25 0.24 0.09 0.24 0.78 0.12 0.30 0.92 0.41
C3' 0.61 0.58 0.28 0.16 0.22 0.57 0.34 0.22 0.17 0.36 0.33 1.01 0.27 0.20 0.37 0.72 0.12 0.21 0.89 0.36
C4 0.44 0.47 0.10 0.13 0.25 0.35 0.39 0.05 0.23 0.24 0.26 0.89 0.09 0.12 0.35 0.54 0.17 0.30 1.00 0.49
C4' 0.32 0.26 0.17 0.18 0.65 0.36 0.74 0.10 0.49 0.20 0.32 0.61 0.17 0.17 0.85 0.48 0.15 0.22 1.02 0.45
C5 0.36 0.31 0.11 0.18 0.30 0.34 0.40 0.08 0.26 0.17 0.17 0.64 0.08 0.16 0.40 0.48 0.21 0.26 0.94 0.47
C5' 0.34 0.35 0.21 0.18 0.82 0.44 0.82 0.21 0.55 0.31 0.53 0.50 0.20 0.17 1.04 0.52 0.14 0.14 0.86 0.32
C6 0.32 0.27 0.12 0.19 0.29 0.27 0.39 0.10 0.27 0.15 0.16 0.57 0.09 0.13 0.37 0.40 0.26 0.29 0.94 0.50
C8 0.37 0.30 0.12 0.18 0.33 0.40 0.41 0.16 0.26 0.18 0.19 0.63 0.09 0.19 0.46 0.55 0.16 0.23 0.92 0.42
N1 0.40 0.44 0.11 0.13 0.20 0.23 0.36 0.19 0.24 0.21 0.24 0.83 0.16 0.10 0.27 0.39 0.26 0.35 1.00 0.56
N3 0.51 0.63 0.13 0.10 0.19 0.32 0.36 0.10 0.21 0.31 0.40 1.12 0.14 0.10 0.27 0.53 0.17 0.35 1.04 0.53
N6 0.21 0.16 0.18 0.27 0.34 0.24 0.39 0.11 0.30 0.17 0.21 0.28 0.13 0.19 0.41 0.32 0.31 0.24 0.85 0.47
N7 0.31 0.23 0.13 0.21 0.35 0.37 0.41 0.15 0.27 0.16 0.19 0.48 0.10 0.21 0.47 0.49 0.19 0.22 0.89 0.42
N9 0.44 0.44 0.10 0.13 0.27 0.40 0.40 0.10 0.23 0.24 0.25 0.85 0.08 0.14 0.39 0.58 0.14 0.27 0.98 0.46
O2' 0.61 0.94 0.13 0.17 0.44 0.32 0.26 0.20 0.23 0.54 0.82 1.39 0.06 0.20 0.43 0.64 0.34 0.70 1.30 0.77
O3' 0.21 0.22 0.20 0.29 0.59 0.14 0.80 0.33 0.57 0.15 0.18 0.67 0.15 0.20 0.77 0.28 0.46 0.66 1.42 0.87
O4' 0.25 0.24 0.25 0.28 0.69 0.29 0.79 0.09 0.55 0.23 0.35 0.56 0.27 0.30 0.88 0.42 0.19 0.25 1.07 0.50
O5' 0.53 0.78 0.78 0.82 1.37 0.33 1.39 0.53 1.14 0.84 1.07 0.48 0.80 0.85 1.56 0.31 0.71 0.67 1.46 0.95
OP1 0.45 0.79 0.65 0.66 1.39 0.21 1.35 0.31 1.07 0.79 1.11 0.52 0.67 0.68 1.63 0.23 0.53 0.42 1.25 0.73
OP2 0.61 0.82 0.90 0.97 1.29 0.38 1.30 0.47 1.10 0.86 1.06 0.58 0.97 1.13 1.45 0.33 0.72 0.65 1.41 0.90
P 0.64 0.93 0.88 0.93 1.48 0.40 1.47 0.54 1.22 0.95 1.21 0.65 0.92 1.00 1.68 0.39 0.75 0.66 1.45 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.01 0.00 0.25 0.34 0.05 0.17
C2 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.31 0.01 0.02 0.49 0.50 0.30 0.40
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.20 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.18 0.20 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.21 0.00 0.30 0.01 0.29 0.13 0.11 0.08 0.01 0.01 0.22 0.01 0.06 0.31 0.08 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.07 0.00 0.02 0.73 0.70 0.59 0.64
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.02 0.21 0.01 0.07 0.00 0.01 0.27 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.30 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.01 0.03 0.77 0.72 0.62 0.66
C5' 0.07 0.04 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.07 0.05 0.02 0.02 0.17 0.09 0.01 0.01 0.37 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.29 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.14 0.01 0.04 0.68 0.64 0.46 0.55
N1 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.14 0.01 0.01 0.50 0.50 0.27 0.39
N3 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.22 0.00 0.02 0.62 0.60 0.45 0.52
O2 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.52 0.01 0.04 0.36 0.40 0.19 0.29
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.28 0.21 0.24 0.02 0.18 0.15 0.26 0.16 0.00 0.03 0.31 0.13 0.06 0.25 0.24 0.02
O3' 0.27 0.31 0.02 0.01 0.07 0.01 0.16 0.17 0.14 0.14 0.22 0.52 0.03 0.00 0.07 0.19 0.10 0.56 0.35 0.33
O4 0.01 0.01 0.03 0.22 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.07 0.00 0.03 0.77 0.74 0.66 0.70
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.13 0.19 0.03 0.00 0.27 0.37 0.05 0.18
O5' 0.25 0.49 0.03 0.06 0.73 0.01 0.77 0.01 0.68 0.50 0.62 0.36 0.06 0.10 0.77 0.27 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.34 0.50 0.18 0.31 0.70 0.27 0.72 0.37 0.64 0.50 0.60 0.40 0.25 0.56 0.74 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.30 0.20 0.08 0.59 0.12 0.62 0.26 0.46 0.27 0.45 0.19 0.24 0.35 0.66 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.40 0.04 0.12 0.64 0.02 0.66 0.01 0.55 0.39 0.52 0.29 0.02 0.33 0.70 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00