ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49355

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.005, 0.034, 0.064, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.034 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.016, 0.050, 0.084, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.050 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.016, 0.057, 0.097, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.039, 0.157, 0.275, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.157 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.069, 0.306, 0.542, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.306 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.053, 0.293, 0.533, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.293 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.089, 0.375, 0.661, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.375 std_dev=0.286
C3' B 0, -0.069, 0.238, 0.546, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.238 std_dev=0.308
C4' A 0, 0.091, 0.428, 0.765, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.428 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.039, 0.424, 0.808, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.424 std_dev=0.385
O4' B 0, 0.057, 0.478, 0.900, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.478 std_dev=0.422
O2' A 0, 0.172, 0.674, 1.175, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.674 std_dev=0.501
C4' B 0, -0.046, 0.457, 0.960, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.457 std_dev=0.503
O2' B 0, 0.003, 0.591, 1.180, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.591 std_dev=0.588
C5' A 0, 0.201, 0.837, 1.474, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.837 std_dev=0.637
O3' B 0, -0.131, 0.516, 1.163, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.516 std_dev=0.647
C1' B 0, -0.069, 0.859, 1.787, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.859 std_dev=0.928
O5' A 0, -0.142, 0.883, 1.907, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.883 std_dev=1.024
C5' B 0, -0.269, 1.002, 2.272, 2.991 max_d=2.991 avg_d=1.002 std_dev=1.271
O5' B 0, -0.370, 1.251, 2.872, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.251 std_dev=1.621
N1 B 0, -0.223, 1.532, 3.287, 4.121 max_d=4.121 avg_d=1.532 std_dev=1.755
P A 0, -0.333, 1.500, 3.334, 4.455 max_d=4.455 avg_d=1.500 std_dev=1.834
OP1 A 0, -0.367, 1.712, 3.790, 4.961 max_d=4.961 avg_d=1.712 std_dev=2.079
C6 B 0, -0.276, 1.846, 3.969, 5.111 max_d=5.111 avg_d=1.846 std_dev=2.123
OP2 A 0, -0.431, 1.893, 4.217, 5.561 max_d=5.561 avg_d=1.893 std_dev=2.324
P B 0, -0.633, 1.862, 4.357, 5.698 max_d=5.698 avg_d=1.862 std_dev=2.495
C2 B 0, -0.458, 2.192, 4.841, 5.948 max_d=5.948 avg_d=2.192 std_dev=2.649
OP2 B 0, -0.550, 2.351, 5.252, 6.669 max_d=6.669 avg_d=2.351 std_dev=2.901
OP1 B 0, -0.706, 2.264, 5.234, 6.803 max_d=6.803 avg_d=2.264 std_dev=2.970
O2 B 0, -0.559, 2.451, 5.461, 6.846 max_d=6.846 avg_d=2.451 std_dev=3.010
C5 B 0, -0.456, 2.571, 5.598, 7.062 max_d=7.062 avg_d=2.571 std_dev=3.027
N3 B 0, -0.598, 2.824, 6.247, 7.645 max_d=7.645 avg_d=2.824 std_dev=3.422
C4 B 0, -0.601, 3.010, 6.621, 8.202 max_d=8.202 avg_d=3.010 std_dev=3.611
O4 B 0, -0.748, 3.713, 8.175, 10.116 max_d=10.116 avg_d=3.713 std_dev=4.462

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.48 0.33 0.50 0.28
C2 0.01 0.00 0.15 0.07 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.22 0.04 0.08 0.60 0.37 0.80 0.43
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.07 0.11 0.11 0.15 0.06 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.47 0.68 0.40
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.26 0.21
C4 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.05 0.69 0.52 0.85 0.55
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.11 0.19
C5 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.09 0.06 0.81 0.69 1.03 0.74
C5' 0.04 0.08 0.04 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.07 0.15 0.12 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.40 0.21 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.07 0.07 0.79 0.67 1.04 0.72
C8 0.03 0.03 0.11 0.08 0.01 0.06 0.02 0.11 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04 0.89 0.82 1.04 0.85
N1 0.02 0.00 0.11 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.16 0.05 0.08 0.71 0.52 0.94 0.58
N3 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.04 0.07 0.56 0.34 0.72 0.37
N6 0.04 0.02 0.06 0.06 0.02 0.08 0.02 0.15 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.06 0.04 0.07 0.09 0.09 0.83 0.76 1.12 0.82
N7 0.03 0.03 0.08 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.11 0.10 0.05 0.91 0.88 1.15 0.92
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.72 0.57 0.81 0.57
O2' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.03 0.08 0.14 0.16 0.23 0.07 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.31 0.44 0.76 0.40
O3' 0.07 0.04 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.07 0.10 0.05 0.04 0.09 0.10 0.07 0.01 0.00 0.05 0.26 0.33 0.14 0.39
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.07 0.09 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.47 0.25 0.19 0.14
O5' 0.48 0.60 0.36 0.17 0.69 0.02 0.81 0.00 0.79 0.89 0.71 0.56 0.83 0.91 0.72 0.31 0.26 0.47 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.37 0.47 0.25 0.52 0.09 0.69 0.40 0.67 0.82 0.52 0.34 0.76 0.88 0.57 0.44 0.33 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.80 0.68 0.26 0.85 0.11 1.03 0.21 1.04 1.04 0.94 0.72 1.12 1.15 0.81 0.76 0.14 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.43 0.40 0.21 0.55 0.19 0.74 0.01 0.72 0.85 0.58 0.37 0.82 0.92 0.57 0.40 0.39 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.83 2.40 0.31 0.19 3.16 0.51 2.53 0.70 1.87 1.74 3.10 2.28 0.16 0.29 3.66 0.32 0.14 0.65 0.31 0.25
C2 0.72 1.72 0.29 0.22 2.27 0.52 2.06 0.51 1.68 1.46 2.11 1.39 0.19 0.38 2.44 0.28 0.13 0.26 0.50 0.12
C2' 0.87 2.31 0.36 0.15 3.19 0.47 2.64 0.66 1.97 1.76 3.02 2.11 0.20 0.30 3.71 0.35 0.13 0.53 0.45 0.17
C3' 0.82 2.35 0.32 0.17 3.34 0.50 2.73 0.66 2.00 1.75 3.14 2.13 0.15 0.31 3.95 0.33 0.10 0.56 0.47 0.15
C4 0.86 2.21 0.33 0.19 2.64 0.52 2.14 0.73 1.66 1.63 2.67 2.16 0.20 0.28 2.93 0.30 0.20 0.66 0.16 0.32
C4' 0.81 2.46 0.31 0.22 3.32 0.55 2.60 0.78 1.87 1.74 3.24 2.36 0.17 0.28 3.94 0.32 0.23 0.82 0.26 0.38
C5 0.92 2.11 0.36 0.16 2.25 0.51 1.76 0.87 1.39 1.51 2.40 2.25 0.26 0.20 2.46 0.31 0.41 0.94 0.20 0.59
C5' 0.83 2.48 0.31 0.21 3.22 0.58 2.46 0.90 1.77 1.72 3.21 2.48 0.16 0.26 3.82 0.30 0.38 1.08 0.08 0.60
C6 0.90 1.78 0.38 0.16 1.80 0.51 1.44 0.86 1.19 1.34 1.94 1.90 0.33 0.21 1.93 0.29 0.42 0.85 0.24 0.57
C8 0.93 2.36 0.35 0.17 2.64 0.51 1.99 0.92 1.51 1.63 2.81 2.54 0.23 0.19 2.98 0.32 0.47 1.13 0.25 0.71
N1 0.79 1.55 0.34 0.21 1.77 0.54 1.56 0.65 1.33 1.30 1.75 1.42 0.29 0.34 1.87 0.26 0.16 0.44 0.17 0.22
N3 0.76 2.03 0.29 0.21 2.71 0.52 2.33 0.56 1.82 1.60 2.58 1.75 0.18 0.35 2.99 0.29 0.10 0.33 0.49 0.08
N6 0.90 1.55 0.42 0.09 1.36 0.43 1.01 0.97 0.85 1.12 1.59 1.81 0.44 0.06 1.44 0.30 0.65 1.14 0.59 0.85
N7 0.94 2.22 0.37 0.15 2.29 0.50 1.70 0.99 1.31 1.51 2.52 2.47 0.27 0.15 2.55 0.32 0.58 1.25 0.44 0.84
N9 0.87 2.35 0.32 0.19 2.85 0.52 2.24 0.79 1.69 1.68 2.90 2.35 0.18 0.26 3.23 0.30 0.27 0.81 0.08 0.43
O2' 0.88 2.18 0.39 0.14 3.20 0.42 2.77 0.51 2.11 1.76 2.90 1.84 0.22 0.34 3.70 0.41 0.26 0.26 0.76 0.24
O3' 0.71 2.22 0.24 0.22 3.42 0.52 2.84 0.58 2.05 1.69 3.10 1.89 0.16 0.39 4.09 0.30 0.13 0.36 0.70 0.08
O4' 0.80 2.47 0.30 0.24 3.19 0.57 2.45 0.82 1.77 1.71 3.19 2.44 0.20 0.28 3.73 0.30 0.30 0.90 0.18 0.47
O5' 1.51 3.08 0.99 0.61 3.68 0.27 2.94 0.19 2.32 2.33 3.73 3.14 0.75 0.61 4.20 0.97 0.36 0.40 0.64 0.16
OP1 1.08 2.60 0.66 0.35 3.19 0.14 2.46 0.49 1.84 1.86 3.24 2.68 0.45 0.46 3.74 0.54 0.10 0.71 0.26 0.32
OP2 1.50 2.92 1.12 0.77 3.29 0.27 2.57 0.32 2.05 2.17 3.44 3.10 0.99 0.92 3.73 0.86 0.21 0.64 0.32 0.25
P 1.21 2.72 0.77 0.44 3.20 0.12 2.46 0.44 1.88 1.96 3.30 2.85 0.57 0.56 3.70 0.65 0.10 0.71 0.24 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.32 0.03 0.01 0.10 0.12 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.29 0.26 0.02 0.04 0.03 0.12 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.04 0.19 0.18 0.20 0.34 0.24
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.04 0.01 0.21 0.20 0.28 0.03 0.21 0.49 0.01 0.02 0.05 0.02 0.44 0.57 0.45 0.44
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.32 0.00 0.28 0.01 0.22 0.21 0.32 0.23 0.03 0.01 0.36 0.03 0.07 0.30 0.02 0.08
C4 0.02 0.02 0.04 0.32 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.04 0.39 0.10 0.01 0.04 0.37 0.46 0.61 0.51
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.25 0.09 0.05 0.17 0.30 0.02 0.15 0.01 0.01 0.12 0.11 0.07
C5 0.02 0.03 0.21 0.28 0.01 0.24 0.00 0.27 0.00 0.01 0.02 0.03 0.60 0.12 0.02 0.21 0.43 0.50 0.61 0.58
C5' 0.06 0.12 0.20 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.26 0.09 0.11 0.23 0.09 0.21 0.18 0.02 0.01 0.15 0.03 0.02
C6 0.02 0.03 0.28 0.22 0.01 0.25 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.02 0.58 0.11 0.02 0.27 0.36 0.36 0.43 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.13 0.02 0.02 0.19 0.19 0.28 0.24
N3 0.02 0.01 0.21 0.32 0.02 0.05 0.02 0.11 0.02 0.01 0.00 0.03 0.14 0.08 0.04 0.12 0.27 0.33 0.49 0.37
O2 0.02 0.01 0.49 0.23 0.04 0.17 0.03 0.23 0.02 0.01 0.03 0.00 0.43 0.22 0.07 0.37 0.12 0.13 0.25 0.12
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.39 0.30 0.60 0.09 0.58 0.21 0.14 0.43 0.00 0.03 0.40 0.21 0.35 0.55 0.56 0.40
O3' 0.32 0.13 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.21 0.11 0.13 0.08 0.22 0.03 0.00 0.13 0.21 0.18 0.24 0.24 0.18
O4 0.03 0.04 0.05 0.36 0.01 0.15 0.02 0.18 0.02 0.02 0.04 0.07 0.40 0.13 0.00 0.04 0.40 0.54 0.69 0.57
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.04 0.01 0.21 0.02 0.27 0.02 0.12 0.37 0.21 0.21 0.04 0.00 0.12 0.19 0.31 0.27
O5' 0.10 0.18 0.44 0.07 0.37 0.01 0.43 0.01 0.36 0.19 0.27 0.12 0.35 0.18 0.40 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.20 0.57 0.30 0.46 0.12 0.50 0.15 0.36 0.19 0.33 0.13 0.55 0.24 0.54 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.34 0.45 0.02 0.61 0.11 0.61 0.03 0.43 0.28 0.49 0.25 0.56 0.24 0.69 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.24 0.44 0.08 0.51 0.07 0.58 0.02 0.44 0.24 0.37 0.12 0.40 0.18 0.57 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00