ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49358

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.003, 0.028, 0.053, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.014, 0.044, 0.075, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.026, 0.065, 0.103, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.065 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.030, 0.074, 0.119, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.074 std_dev=0.045
N6 A 0, 0.034, 0.085, 0.136, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.085 std_dev=0.051
C2' B 0, 0.213, 0.473, 0.733, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.473 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.229, 0.607, 0.986, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.607 std_dev=0.378
O2' B 0, 0.281, 0.799, 1.317, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.799 std_dev=0.518
O4' B 0, 0.140, 0.738, 1.337, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.738 std_dev=0.598
C3' B 0, 0.164, 0.786, 1.409, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.786 std_dev=0.623
O4' A 0, -0.083, 0.644, 1.371, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.644 std_dev=0.727
C2' A 0, -0.056, 0.704, 1.463, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.704 std_dev=0.760
N1 B 0, 0.192, 0.965, 1.739, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.965 std_dev=0.774
C4' B 0, 0.079, 0.906, 1.732, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.906 std_dev=0.827
O3' B 0, 0.152, 1.041, 1.930, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.041 std_dev=0.889
O2' A 0, -0.071, 0.904, 1.879, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.904 std_dev=0.975
O2 B 0, 0.198, 1.194, 2.191, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.194 std_dev=0.997
C2 B 0, 0.163, 1.171, 2.178, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.171 std_dev=1.007
C6 B 0, 0.109, 1.276, 2.443, 2.940 max_d=2.940 avg_d=1.276 std_dev=1.167
C3' A 0, -0.086, 1.169, 2.424, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.169 std_dev=1.255
C5' B 0, -0.038, 1.344, 2.726, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.344 std_dev=1.382
C4' A 0, -0.118, 1.278, 2.674, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.278 std_dev=1.396
O3' A 0, -0.084, 1.389, 2.863, 3.243 max_d=3.243 avg_d=1.389 std_dev=1.473
N3 B 0, 0.053, 1.547, 3.042, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.547 std_dev=1.494
C5 B 0, 0.016, 1.607, 3.199, 3.823 max_d=3.823 avg_d=1.607 std_dev=1.592
O5' B 0, -0.108, 1.514, 3.136, 3.695 max_d=3.695 avg_d=1.514 std_dev=1.622
C4 B 0, -0.018, 1.729, 3.476, 4.014 max_d=4.014 avg_d=1.729 std_dev=1.747
C5' A 0, -0.206, 1.877, 3.960, 4.534 max_d=4.534 avg_d=1.877 std_dev=2.083
O5' A 0, -0.111, 2.007, 4.126, 4.684 max_d=4.684 avg_d=2.007 std_dev=2.118
O4 B 0, -0.106, 2.084, 4.275, 4.933 max_d=4.933 avg_d=2.084 std_dev=2.191
P B 0, -0.183, 2.050, 4.283, 5.097 max_d=5.097 avg_d=2.050 std_dev=2.233
OP2 B 0, -0.195, 2.212, 4.618, 5.531 max_d=5.531 avg_d=2.212 std_dev=2.407
OP1 A 0, -0.100, 2.321, 4.741, 5.329 max_d=5.329 avg_d=2.321 std_dev=2.420
OP1 B 0, -0.248, 2.322, 4.893, 5.933 max_d=5.933 avg_d=2.322 std_dev=2.571
P A 0, -0.289, 2.435, 5.158, 5.790 max_d=5.790 avg_d=2.435 std_dev=2.723
OP2 A 0, -0.380, 3.313, 7.007, 7.913 max_d=7.913 avg_d=3.313 std_dev=3.693

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.18 0.01 0.30 0.29 0.38 0.24
C2 0.03 0.00 0.46 0.45 0.02 0.04 0.01 0.19 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.15 0.17 0.27 0.15 0.38 0.10 0.01
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.26 0.00 0.16 0.07 0.25 0.16 0.39 0.44 0.19 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.46 0.48 0.55 0.50
C3' 0.03 0.45 0.01 0.00 0.44 0.01 0.56 0.01 0.59 0.46 0.55 0.36 0.64 0.57 0.35 0.03 0.00 0.00 0.13 0.14 0.37 0.19
C4 0.01 0.02 0.26 0.44 0.00 0.13 0.01 0.38 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.19 0.14 0.14 0.27 0.10 0.06
C4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.00 0.31 0.00 0.25 0.52 0.11 0.08 0.34 0.51 0.23 0.29 0.02 0.00 0.01 0.19 0.30 0.02
C5 0.02 0.01 0.16 0.56 0.01 0.31 0.00 0.65 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.37 0.05 0.26 0.19 0.34 0.31
C5' 0.09 0.19 0.07 0.01 0.38 0.00 0.65 0.00 0.61 0.89 0.40 0.11 0.76 0.93 0.46 0.17 0.05 0.03 0.01 0.18 0.40 0.01
C6 0.02 0.03 0.25 0.59 0.01 0.25 0.01 0.61 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.20 0.40 0.11 0.27 0.19 0.39 0.35
C8 0.02 0.03 0.16 0.46 0.02 0.52 0.02 0.89 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.44 0.34 0.21 0.30 0.21 0.36 0.35
N1 0.04 0.01 0.39 0.55 0.03 0.11 0.03 0.40 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.31 0.19 0.18 0.27 0.20 0.19
N3 0.02 0.01 0.44 0.36 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.18 0.07 0.27 0.20 0.40 0.20 0.10
N6 0.02 0.05 0.19 0.64 0.02 0.34 0.01 0.76 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.30 0.49 0.07 0.40 0.19 0.61 0.52
N7 0.03 0.02 0.05 0.57 0.01 0.51 0.01 0.93 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.42 0.45 0.14 0.40 0.25 0.55 0.50
N9 0.01 0.02 0.04 0.35 0.01 0.23 0.02 0.46 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.21 0.14 0.02 0.13 0.22 0.12 0.04
O2' 0.03 0.15 0.01 0.03 0.09 0.29 0.25 0.17 0.20 0.44 0.07 0.18 0.30 0.42 0.21 0.00 0.03 0.30 0.18 0.19 0.33 0.27
O3' 0.18 0.17 0.02 0.00 0.19 0.02 0.37 0.05 0.40 0.34 0.31 0.07 0.49 0.45 0.14 0.03 0.00 0.08 0.29 0.27 0.24 0.22
O4' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.14 0.00 0.05 0.03 0.11 0.21 0.19 0.27 0.07 0.14 0.02 0.30 0.08 0.00 0.29 0.27 0.41 0.22
O5' 0.30 0.15 0.46 0.13 0.14 0.01 0.26 0.01 0.27 0.30 0.18 0.20 0.40 0.40 0.13 0.18 0.29 0.29 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.29 0.38 0.48 0.14 0.27 0.19 0.19 0.18 0.19 0.21 0.27 0.40 0.19 0.25 0.22 0.19 0.27 0.27 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.10 0.55 0.37 0.10 0.30 0.34 0.40 0.39 0.36 0.20 0.20 0.61 0.55 0.12 0.33 0.24 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.01 0.50 0.19 0.06 0.02 0.31 0.01 0.35 0.35 0.19 0.10 0.52 0.50 0.04 0.27 0.22 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.25 0.14 0.24 0.16 0.42 0.07 0.67 0.07 0.14 0.23 0.35 0.27 0.38 0.16 0.22 0.55 0.72 0.55 0.62
C2 0.15 0.24 0.09 0.24 0.41 0.42 0.46 0.72 0.40 0.28 0.33 0.15 0.38 0.18 0.46 0.40 0.72 0.77 0.84 0.83
C2' 0.24 0.25 0.22 0.07 0.26 0.14 0.26 0.28 0.25 0.25 0.25 0.27 0.30 0.18 0.25 0.11 0.19 0.21 0.13 0.16
C3' 0.60 0.79 0.45 0.13 0.86 0.09 0.78 0.18 0.70 0.70 0.85 0.80 0.45 0.19 0.89 0.39 0.15 0.15 0.16 0.07
C4 0.09 0.10 0.12 0.20 0.03 0.37 0.08 0.59 0.08 0.06 0.07 0.18 0.28 0.27 0.05 0.24 0.49 0.55 0.50 0.53
C4' 0.30 0.64 0.12 0.36 0.67 0.48 0.48 0.74 0.38 0.44 0.72 0.72 0.13 0.71 0.73 0.13 0.53 0.80 0.39 0.55
C5 0.11 0.11 0.12 0.14 0.09 0.26 0.08 0.39 0.09 0.10 0.10 0.15 0.21 0.22 0.08 0.15 0.29 0.27 0.25 0.26
C5' 0.68 1.16 0.37 0.16 1.27 0.23 1.06 0.45 0.89 0.92 1.31 1.21 0.28 0.60 1.39 0.38 0.23 0.47 0.09 0.15
C6 0.07 0.11 0.10 0.10 0.11 0.20 0.09 0.31 0.08 0.08 0.14 0.12 0.24 0.11 0.14 0.18 0.27 0.19 0.26 0.23
C8 0.20 0.33 0.15 0.15 0.36 0.28 0.31 0.41 0.26 0.27 0.36 0.36 0.16 0.33 0.38 0.12 0.27 0.30 0.16 0.22
N1 0.15 0.28 0.08 0.16 0.39 0.31 0.40 0.52 0.35 0.27 0.35 0.21 0.34 0.09 0.44 0.35 0.53 0.46 0.61 0.57
N3 0.11 0.13 0.10 0.26 0.25 0.45 0.32 0.75 0.28 0.17 0.18 0.13 0.35 0.27 0.29 0.36 0.70 0.81 0.79 0.81
N6 0.08 0.12 0.11 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.11 0.04 0.13 0.20 0.17 0.08 0.08 0.07 0.14 0.19 0.06 0.12
N7 0.20 0.28 0.14 0.11 0.34 0.21 0.32 0.29 0.29 0.26 0.31 0.27 0.13 0.27 0.35 0.10 0.17 0.14 0.04 0.08
N9 0.14 0.23 0.14 0.20 0.18 0.36 0.11 0.57 0.10 0.15 0.22 0.31 0.25 0.33 0.18 0.18 0.44 0.53 0.41 0.46
O2' 0.15 0.21 0.07 0.25 0.29 0.40 0.29 0.59 0.25 0.20 0.26 0.18 0.17 0.27 0.34 0.34 0.53 0.56 0.60 0.59
O3' 0.43 0.64 0.29 0.10 0.70 0.18 0.60 0.39 0.52 0.54 0.71 0.67 0.32 0.36 0.74 0.21 0.24 0.40 0.10 0.21
O4' 0.11 0.27 0.17 0.59 0.22 0.76 0.06 1.04 0.09 0.10 0.31 0.40 0.11 0.86 0.26 0.41 0.85 1.11 0.79 0.91
O5' 0.34 0.76 0.26 0.53 0.98 0.55 0.82 0.66 0.63 0.58 0.94 0.73 0.37 0.99 1.11 0.23 0.39 0.54 0.18 0.28
OP1 0.21 0.70 0.47 0.86 0.97 0.86 0.72 0.97 0.47 0.44 0.95 0.69 0.71 1.42 1.16 0.34 0.66 0.86 0.31 0.53
OP2 0.51 1.17 0.03 0.41 1.56 0.38 1.33 0.48 1.02 0.92 1.47 1.09 0.28 1.03 1.78 0.27 0.11 0.33 0.36 0.10
P 0.47 1.06 0.07 0.37 1.39 0.36 1.18 0.46 0.92 0.84 1.32 1.01 0.25 0.93 1.58 0.24 0.16 0.31 0.28 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.09 0.04
C2 0.03 0.00 0.08 0.14 0.03 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.05 0.03 0.13 0.13 0.08 0.10
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.12 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.07 0.12 0.05
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.16 0.01 0.11 0.01 0.08 0.09 0.16 0.16 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.10 0.09 0.05
C4 0.02 0.03 0.06 0.16 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.20 0.02 0.04 0.21 0.20 0.13 0.18
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.04 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.15 0.03 0.07 0.22 0.19 0.11 0.18
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.15 0.00 0.16 0.00 0.13 0.07 0.10 0.05 0.06 0.03 0.17 0.01 0.01 0.10 0.02 0.03
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.08 0.17 0.14 0.07 0.12
N1 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.03 0.01 0.11 0.10 0.07 0.07
N3 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.19 0.04 0.02 0.16 0.16 0.10 0.14
O2 0.04 0.01 0.12 0.16 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.17 0.06 0.05 0.10 0.11 0.08 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.07 0.04
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.20 0.01 0.15 0.03 0.10 0.10 0.19 0.17 0.03 0.00 0.25 0.01 0.07 0.11 0.04 0.03
O4 0.03 0.05 0.08 0.19 0.02 0.12 0.03 0.17 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.25 0.00 0.05 0.24 0.23 0.18 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.09 0.10 0.08
O5' 0.04 0.13 0.05 0.07 0.21 0.00 0.22 0.01 0.17 0.11 0.16 0.10 0.01 0.07 0.24 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.13 0.07 0.10 0.20 0.08 0.19 0.10 0.14 0.10 0.16 0.11 0.07 0.11 0.23 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.04 0.11 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.04 0.18 0.10 0.01 0.03 0.00 0.02
P 0.04 0.10 0.05 0.05 0.18 0.03 0.18 0.03 0.12 0.07 0.14 0.09 0.04 0.03 0.22 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00