ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.017, 0.042, 0.068, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.014, 0.042, 0.069, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.016, 0.045, 0.074, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.029
O2' B 0, 0.221, 0.609, 0.998, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.609 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.294, 0.711, 1.129, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.711 std_dev=0.418
C1' B 0, 0.161, 0.829, 1.496, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.829 std_dev=0.667
O4' A 0, 0.514, 1.339, 2.164, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.339 std_dev=0.825
C2' A 0, 0.555, 1.392, 2.229, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.392 std_dev=0.837
C3' B 0, 0.642, 1.546, 2.449, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.546 std_dev=0.904
O3' B 0, 0.890, 1.818, 2.747, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.818 std_dev=0.928
O2 B 0, 0.939, 1.938, 2.937, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.938 std_dev=0.999
N1 B 0, 0.496, 1.563, 2.631, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.563 std_dev=1.067
C2 B 0, 0.881, 1.970, 3.059, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.970 std_dev=1.089
C4' A 0, 0.545, 1.635, 2.724, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.635 std_dev=1.089
O2' A 0, 0.867, 2.066, 3.265, 3.270 max_d=3.270 avg_d=2.066 std_dev=1.199
C3' A 0, 0.726, 2.015, 3.304, 3.453 max_d=3.453 avg_d=2.015 std_dev=1.289
C4' B 0, 0.501, 1.842, 3.183, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.842 std_dev=1.341
O4' B 0, -0.084, 1.263, 2.610, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.263 std_dev=1.347
N3 B 0, 1.164, 2.815, 4.466, 4.485 max_d=4.485 avg_d=2.815 std_dev=1.651
O3' A 0, 1.072, 2.801, 4.530, 4.720 max_d=4.720 avg_d=2.801 std_dev=1.729
C6 B 0, 0.322, 2.172, 4.022, 4.540 max_d=4.540 avg_d=2.172 std_dev=1.850
C5' A 0, 1.337, 3.295, 5.253, 5.311 max_d=5.311 avg_d=3.295 std_dev=1.958
C5' B 0, 0.785, 2.794, 4.803, 5.164 max_d=5.164 avg_d=2.794 std_dev=2.009
C4 B 0, 1.075, 3.224, 5.373, 5.693 max_d=5.693 avg_d=3.224 std_dev=2.149
C5 B 0, 0.616, 2.902, 5.188, 5.762 max_d=5.762 avg_d=2.902 std_dev=2.286
O5' B 0, 0.763, 3.060, 5.358, 5.750 max_d=5.750 avg_d=3.060 std_dev=2.297
O5' A 0, 1.747, 4.221, 6.695, 6.724 max_d=6.724 avg_d=4.221 std_dev=2.474
O4 B 0, 1.334, 3.971, 6.608, 7.000 max_d=7.000 avg_d=3.971 std_dev=2.637
P B 0, 1.013, 4.101, 7.189, 7.746 max_d=7.746 avg_d=4.101 std_dev=3.088
P A 0, 2.832, 6.143, 9.454, 9.176 max_d=9.176 avg_d=6.143 std_dev=3.311
OP2 B 0, 0.998, 4.342, 7.686, 8.267 max_d=8.267 avg_d=4.342 std_dev=3.344
OP1 A 0, 3.144, 6.533, 9.922, 9.433 max_d=9.433 avg_d=6.533 std_dev=3.389
OP1 B 0, 1.469, 4.869, 8.269, 8.945 max_d=8.945 avg_d=4.869 std_dev=3.400
OP2 A 0, 3.380, 7.290, 11.199, 10.827 max_d=10.827 avg_d=7.290 std_dev=3.910

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.36 0.01 0.05 0.12 0.37 0.09
C2 0.05 0.00 0.29 0.39 0.01 0.69 0.02 1.19 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.39 0.59 1.19 1.29 0.86 1.16
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.19 0.12 0.10 0.21 0.30 0.07 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.33 0.43 0.86 0.51
C3' 0.03 0.39 0.00 0.00 0.07 0.01 0.22 0.03 0.13 0.57 0.19 0.42 0.25 0.51 0.21 0.02 0.01 0.02 0.13 0.30 0.71 0.33
C4 0.04 0.01 0.15 0.07 0.00 0.25 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.21 0.30 0.26 0.30 0.31 0.17
C4' 0.01 0.69 0.01 0.01 0.25 0.00 0.06 0.01 0.17 0.52 0.47 0.69 0.08 0.40 0.10 0.30 0.04 0.00 0.03 0.21 0.39 0.12
C5 0.03 0.02 0.07 0.22 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.07 0.12 0.33 0.40 0.91 0.56
C5' 0.05 1.19 0.19 0.03 0.43 0.01 0.15 0.00 0.33 0.83 0.83 1.14 0.19 0.68 0.16 0.14 0.17 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01
C6 0.04 0.01 0.12 0.13 0.01 0.17 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.37 0.09 0.24 0.14 0.21 0.69 0.26
C8 0.01 0.02 0.10 0.57 0.01 0.52 0.01 0.83 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.42 0.20 0.31 1.26 1.24 1.64 1.46
N1 0.04 0.00 0.21 0.19 0.01 0.47 0.02 0.83 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.29 0.24 0.44 0.70 0.75 0.29 0.58
N3 0.06 0.00 0.30 0.42 0.01 0.69 0.01 1.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.19 0.43 0.60 1.14 1.21 0.91 1.10
N6 0.03 0.01 0.07 0.25 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.42 0.08 0.14 0.36 0.53 1.20 0.68
N7 0.02 0.02 0.05 0.51 0.00 0.40 0.01 0.68 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.46 0.19 0.18 1.13 1.24 1.80 1.46
N9 0.01 0.02 0.01 0.21 0.01 0.10 0.02 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.15 0.01 0.35 0.29 0.60 0.44
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.25 0.30 0.38 0.14 0.37 0.42 0.29 0.19 0.42 0.46 0.25 0.00 0.03 0.21 0.29 0.37 1.09 0.55
O3' 0.36 0.39 0.04 0.01 0.21 0.04 0.07 0.17 0.09 0.20 0.24 0.43 0.08 0.19 0.15 0.03 0.00 0.23 0.21 0.16 0.61 0.15
O4' 0.01 0.59 0.03 0.02 0.30 0.00 0.12 0.02 0.24 0.31 0.44 0.60 0.14 0.18 0.01 0.21 0.23 0.00 0.12 0.12 0.29 0.18
O5' 0.05 1.19 0.33 0.13 0.26 0.03 0.33 0.00 0.14 1.26 0.70 1.14 0.36 1.13 0.35 0.29 0.21 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 1.29 0.43 0.30 0.30 0.21 0.40 0.10 0.21 1.24 0.75 1.21 0.53 1.24 0.29 0.37 0.16 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.86 0.86 0.71 0.31 0.39 0.91 0.15 0.69 1.64 0.29 0.91 1.20 1.80 0.60 1.09 0.61 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 1.16 0.51 0.33 0.17 0.12 0.56 0.01 0.26 1.46 0.58 1.10 0.68 1.46 0.44 0.55 0.15 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.58 0.19 0.19 0.79 0.57 0.45 0.71 0.21 0.23 0.85 0.64 0.15 0.31 1.03 0.57 0.46 0.76 0.24 0.51
C2 0.12 0.67 0.12 0.10 0.93 0.36 0.66 0.39 0.41 0.36 0.95 0.66 0.27 0.19 1.14 0.32 0.19 0.37 0.24 0.16
C2' 0.16 0.83 0.25 0.23 1.09 0.51 0.73 0.65 0.45 0.46 1.14 0.88 0.20 0.32 1.35 0.39 0.41 0.74 0.27 0.45
C3' 0.19 0.81 0.13 0.30 1.14 0.78 0.69 0.95 0.34 0.35 1.19 0.87 0.33 0.42 1.47 0.63 0.62 1.04 0.25 0.66
C4 0.19 0.55 0.15 0.17 0.73 0.53 0.43 0.64 0.20 0.22 0.80 0.62 0.17 0.28 0.93 0.53 0.40 0.67 0.19 0.43
C4' 0.20 1.09 0.41 0.24 1.45 0.52 0.99 0.70 0.62 0.61 1.49 1.13 0.17 0.33 1.79 0.46 0.35 0.72 0.18 0.39
C5 0.23 0.46 0.15 0.21 0.56 0.59 0.27 0.72 0.09 0.14 0.65 0.56 0.14 0.30 0.72 0.59 0.49 0.77 0.29 0.54
C5' 0.43 1.53 0.63 0.36 1.97 0.47 1.42 0.68 0.97 0.97 2.02 1.57 0.29 0.37 2.39 0.40 0.31 0.71 0.32 0.32
C6 0.19 0.48 0.15 0.18 0.57 0.52 0.31 0.60 0.14 0.18 0.65 0.57 0.16 0.27 0.71 0.51 0.40 0.64 0.20 0.41
C8 0.29 0.41 0.16 0.24 0.49 0.70 0.17 0.88 0.08 0.10 0.61 0.54 0.14 0.34 0.67 0.71 0.64 0.98 0.45 0.73
N1 0.12 0.61 0.12 0.11 0.79 0.37 0.54 0.41 0.34 0.32 0.83 0.64 0.25 0.19 0.95 0.34 0.22 0.42 0.16 0.19
N3 0.15 0.63 0.13 0.12 0.90 0.43 0.60 0.50 0.35 0.31 0.92 0.64 0.23 0.22 1.12 0.41 0.27 0.48 0.18 0.26
N6 0.21 0.37 0.18 0.23 0.38 0.57 0.15 0.66 0.06 0.10 0.48 0.49 0.16 0.31 0.49 0.55 0.47 0.73 0.30 0.51
N7 0.30 0.36 0.16 0.26 0.40 0.71 0.10 0.89 0.11 0.08 0.52 0.50 0.14 0.35 0.56 0.72 0.66 0.99 0.49 0.75
N9 0.23 0.53 0.17 0.20 0.68 0.60 0.36 0.74 0.14 0.18 0.76 0.61 0.15 0.31 0.89 0.60 0.49 0.80 0.28 0.55
O2' 0.36 0.90 0.47 0.39 1.08 0.38 0.80 0.48 0.61 0.61 1.13 0.94 0.32 0.41 1.29 0.30 0.39 0.57 0.49 0.46
O3' 0.15 0.83 0.18 0.21 1.13 0.64 0.72 0.81 0.40 0.41 1.18 0.88 0.22 0.30 1.44 0.51 0.50 0.93 0.20 0.56
O4' 0.17 0.94 0.47 0.34 1.23 0.44 0.83 0.60 0.52 0.52 1.28 0.99 0.23 0.49 1.52 0.45 0.30 0.60 0.24 0.34
O5' 0.20 1.44 0.30 0.13 1.91 0.77 1.29 1.03 0.79 0.80 1.98 1.51 0.15 0.34 2.36 0.55 0.58 1.11 0.19 0.65
OP1 0.15 1.49 0.30 0.44 2.06 1.09 1.32 1.42 0.72 0.75 2.13 1.57 0.42 0.70 2.61 0.77 0.92 1.56 0.31 1.00
OP2 0.78 0.78 0.69 1.24 1.21 1.92 0.55 2.28 0.37 0.29 1.34 0.93 1.04 1.50 1.70 1.54 1.84 2.55 1.37 1.97
P 0.20 1.28 0.13 0.55 1.79 1.24 1.07 1.56 0.51 0.54 1.89 1.39 0.50 0.80 2.30 0.92 1.09 1.72 0.54 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.18 0.18 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.24 0.22 0.13 0.10
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.20 0.12 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.05 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.22 0.09 0.02
C4 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.01 0.03 0.31 0.22 0.14 0.17
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.21 0.13 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.04 0.34 0.22 0.16 0.18
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.13 0.01 0.00 0.21 0.06 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.02 0.04 0.31 0.21 0.16 0.14
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.24 0.21 0.15 0.10
N3 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.27 0.22 0.12 0.13
O2 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.09 0.04 0.02 0.20 0.22 0.13 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.21 0.12 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.09 0.04 0.06 0.09 0.02 0.00 0.09 0.02 0.18 0.26 0.09 0.07
O4 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.09 0.00 0.04 0.32 0.23 0.15 0.19
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.16 0.16 0.23 0.11
O5' 0.15 0.24 0.03 0.08 0.31 0.02 0.34 0.00 0.31 0.24 0.27 0.20 0.03 0.18 0.32 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.22 0.20 0.22 0.22 0.21 0.22 0.21 0.21 0.21 0.22 0.22 0.21 0.26 0.23 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.13 0.12 0.09 0.14 0.13 0.16 0.06 0.16 0.15 0.12 0.13 0.12 0.09 0.15 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.10 0.02 0.02 0.17 0.04 0.18 0.01 0.14 0.10 0.13 0.09 0.03 0.07 0.19 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00