ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49360

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.012, 0.032, 0.051, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N1 A 0, -0.003, 0.022, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.016, 0.046, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.046 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.023, 0.061, 0.098, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.061 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.005, 0.054, 0.104, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.054 std_dev=0.050
O2' B 0, 0.070, 0.261, 0.453, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.261 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.088, 0.304, 0.519, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.304 std_dev=0.216
O4' A 0, 0.190, 0.635, 1.080, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.635 std_dev=0.445
C2' A 0, 0.230, 0.743, 1.255, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.743 std_dev=0.512
C4' A 0, 0.437, 1.105, 1.772, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.105 std_dev=0.667
C3' A 0, 0.500, 1.189, 1.877, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.189 std_dev=0.688
O5' A 0, 0.519, 1.273, 2.027, 1.872 max_d=1.872 avg_d=1.273 std_dev=0.754
O2' A 0, 0.581, 1.449, 2.317, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.449 std_dev=0.868
C5' A 0, 0.524, 1.395, 2.267, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.395 std_dev=0.871
C1' B 0, 0.354, 1.383, 2.411, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.383 std_dev=1.028
P A 0, 0.596, 1.693, 2.790, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.693 std_dev=1.097
O3' A 0, 0.789, 1.895, 3.001, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.895 std_dev=1.106
OP2 A 0, 0.419, 1.705, 2.991, 2.968 max_d=2.968 avg_d=1.705 std_dev=1.286
OP1 A 0, 0.844, 2.143, 3.442, 3.295 max_d=3.295 avg_d=2.143 std_dev=1.299
C3' B 0, 0.304, 1.610, 2.915, 3.088 max_d=3.088 avg_d=1.610 std_dev=1.306
O5' B 0, 0.926, 2.344, 3.763, 3.682 max_d=3.682 avg_d=2.344 std_dev=1.418
O4' B 0, 0.506, 1.937, 3.367, 3.343 max_d=3.343 avg_d=1.937 std_dev=1.431
C4' B 0, 0.498, 2.021, 3.544, 3.649 max_d=3.649 avg_d=2.021 std_dev=1.523
C5' B 0, 0.728, 2.347, 3.966, 4.064 max_d=4.064 avg_d=2.347 std_dev=1.619
N1 B 0, 0.526, 2.256, 3.987, 4.093 max_d=4.093 avg_d=2.256 std_dev=1.730
P B 0, 1.327, 3.179, 5.030, 4.634 max_d=4.634 avg_d=3.179 std_dev=1.851
C6 B 0, 0.737, 2.610, 4.484, 4.554 max_d=4.554 avg_d=2.610 std_dev=1.874
OP2 B 0, 1.399, 3.373, 5.348, 4.994 max_d=4.994 avg_d=3.373 std_dev=1.975
OP1 B 0, 1.397, 3.503, 5.608, 5.451 max_d=5.451 avg_d=3.503 std_dev=2.106
O2 B 0, 0.912, 3.126, 5.339, 5.330 max_d=5.330 avg_d=3.126 std_dev=2.214
O3' B 0, 0.434, 2.741, 5.048, 5.225 max_d=5.225 avg_d=2.741 std_dev=2.307
C2 B 0, 0.749, 3.141, 5.534, 5.625 max_d=5.625 avg_d=3.141 std_dev=2.392
C5 B 0, 0.884, 3.696, 6.508, 6.617 max_d=6.617 avg_d=3.696 std_dev=2.812
N3 B 0, 0.936, 4.218, 7.499, 7.619 max_d=7.619 avg_d=4.218 std_dev=3.282
C4 B 0, 0.926, 4.532, 8.138, 8.281 max_d=8.281 avg_d=4.532 std_dev=3.606
O4 B 0, 1.155, 5.628, 10.100, 10.249 max_d=10.249 avg_d=5.628 std_dev=4.472

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.17 0.00 0.06 0.25 0.06 0.12
C2 0.03 0.00 0.21 0.16 0.02 0.05 0.02 0.11 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.31 0.13 0.13 0.08 0.26 0.05 0.14
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.03 0.11 0.07 0.13 0.14 0.22 0.05 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.38 0.18 0.23
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.15 0.13 0.15 0.15 0.16 0.13 0.09 0.02 0.00 0.01 0.15 0.20 0.18 0.05
C4 0.01 0.02 0.11 0.12 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.20 0.10 0.07 0.05 0.33 0.06 0.17
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.03 0.10 0.08 0.04 0.14 0.01 0.00 0.02 0.12 0.13 0.03
C5 0.02 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.05 0.06 0.10 0.47 0.08 0.28
C5' 0.04 0.11 0.11 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.18 0.19 0.16 0.07 0.21 0.20 0.11 0.07 0.11 0.00 0.01 0.14 0.19 0.01
C6 0.03 0.02 0.07 0.15 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.20 0.05 0.09 0.12 0.47 0.08 0.28
C8 0.02 0.03 0.13 0.13 0.02 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.19 0.07 0.04 0.09 0.56 0.10 0.32
N1 0.04 0.01 0.14 0.15 0.04 0.08 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.25 0.08 0.13 0.11 0.37 0.07 0.23
N3 0.02 0.02 0.22 0.15 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.32 0.15 0.11 0.05 0.24 0.04 0.10
N6 0.03 0.03 0.05 0.16 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.20 0.05 0.08 0.14 0.56 0.11 0.34
N7 0.02 0.02 0.09 0.13 0.02 0.08 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.20 0.05 0.02 0.11 0.62 0.10 0.37
N9 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.04 0.02 0.11 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.08 0.02 0.03 0.34 0.06 0.18
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.20 0.14 0.19 0.07 0.20 0.19 0.25 0.32 0.20 0.20 0.11 0.00 0.02 0.10 0.26 0.43 0.16 0.21
O3' 0.17 0.13 0.02 0.00 0.10 0.01 0.05 0.11 0.05 0.07 0.08 0.15 0.05 0.05 0.08 0.02 0.00 0.11 0.18 0.17 0.32 0.20
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.04 0.13 0.11 0.08 0.02 0.02 0.10 0.11 0.00 0.17 0.24 0.06 0.06
O5' 0.06 0.08 0.25 0.15 0.05 0.02 0.10 0.01 0.12 0.09 0.11 0.05 0.14 0.11 0.03 0.26 0.18 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.25 0.26 0.38 0.20 0.33 0.12 0.47 0.14 0.47 0.56 0.37 0.24 0.56 0.62 0.34 0.43 0.17 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.05 0.18 0.18 0.06 0.13 0.08 0.19 0.08 0.10 0.07 0.04 0.11 0.10 0.06 0.16 0.32 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.14 0.23 0.05 0.17 0.03 0.28 0.01 0.28 0.32 0.23 0.10 0.34 0.37 0.18 0.21 0.20 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.74 1.47 0.01 0.13 2.04 0.21 1.77 0.25 1.41 1.22 1.91 1.27 0.10 0.22 2.31 0.68 0.73 0.50 1.12 0.79
C2 0.66 1.42 0.04 0.26 1.98 0.16 1.82 0.16 1.49 1.25 1.80 1.06 0.05 0.50 2.12 0.45 0.63 0.41 1.09 0.70
C2' 0.54 1.30 0.13 0.28 1.93 0.21 1.65 0.25 1.26 1.05 1.77 1.09 0.10 0.37 2.24 0.44 0.51 0.50 0.94 0.64
C3' 0.64 1.42 0.12 0.27 2.13 0.21 1.83 0.24 1.40 1.16 1.94 1.19 0.14 0.37 2.49 0.56 0.60 0.50 1.03 0.72
C4 0.69 1.31 0.02 0.09 1.72 0.19 1.53 0.25 1.26 1.11 1.63 1.12 0.10 0.17 1.87 0.60 0.69 0.47 1.05 0.73
C4' 0.84 1.57 0.06 0.09 2.16 0.33 1.88 0.36 1.50 1.31 2.03 1.39 0.13 0.18 2.48 0.84 0.83 0.57 1.19 0.88
C5 0.57 0.94 0.03 0.16 1.14 0.28 1.06 0.31 0.91 0.82 1.09 0.83 0.12 0.41 1.20 0.55 0.65 0.48 0.92 0.67
C5' 0.93 1.54 0.18 0.23 2.02 0.53 1.78 0.54 1.46 1.32 1.92 1.41 0.24 0.36 2.28 0.97 0.94 0.67 1.25 0.98
C6 0.50 0.73 0.04 0.20 0.90 0.24 0.88 0.28 0.79 0.70 0.83 0.59 0.12 0.46 0.92 0.44 0.61 0.46 0.87 0.62
C8 0.61 0.99 0.02 0.18 1.22 0.35 1.10 0.37 0.93 0.85 1.19 0.92 0.12 0.45 1.33 0.64 0.69 0.51 0.94 0.70
N1 0.55 1.01 0.03 0.09 1.33 0.09 1.29 0.14 1.11 0.95 1.20 0.73 0.06 0.16 1.38 0.37 0.58 0.40 0.95 0.63
N3 0.72 1.53 0.04 0.23 2.14 0.13 1.91 0.18 1.53 1.30 1.99 1.22 0.07 0.43 2.35 0.55 0.67 0.45 1.12 0.75
N6 0.30 0.26 0.05 0.44 0.28 0.38 0.33 0.40 0.34 0.29 0.26 0.29 0.15 0.96 0.29 0.35 0.57 0.52 0.72 0.56
N7 0.53 0.75 0.04 0.27 0.87 0.39 0.81 0.40 0.72 0.67 0.85 0.71 0.13 0.64 0.92 0.58 0.65 0.51 0.86 0.65
N9 0.70 1.29 0.02 0.09 1.70 0.25 1.50 0.29 1.23 1.08 1.62 1.14 0.11 0.20 1.88 0.65 0.71 0.49 1.05 0.75
O2' 0.47 1.27 0.25 0.39 1.96 0.32 1.67 0.30 1.23 1.00 1.77 1.06 0.22 0.54 2.31 0.27 0.28 0.38 0.78 0.38
O3' 0.72 1.62 0.14 0.31 2.46 0.07 2.12 0.08 1.61 1.33 2.22 1.35 0.07 0.49 2.90 0.58 0.59 0.34 1.07 0.66
O4' 0.91 1.60 0.13 0.11 2.11 0.43 1.85 0.46 1.51 1.35 2.01 1.43 0.19 0.20 2.38 0.93 0.93 0.64 1.27 0.97
O5' 0.69 1.19 0.09 0.21 1.58 0.40 1.40 0.42 1.14 1.01 1.50 1.06 0.19 0.41 1.79 0.73 0.75 0.57 1.04 0.80
OP1 1.16 1.57 0.56 0.84 1.81 1.01 1.66 1.01 1.48 1.40 1.78 1.51 0.52 1.15 1.94 1.25 1.19 0.93 1.41 1.17
OP2 0.72 1.13 0.15 0.34 1.41 0.56 1.24 0.56 1.04 0.96 1.36 1.07 0.19 0.65 1.57 0.83 0.80 0.59 1.01 0.80
P 0.93 1.34 0.32 0.54 1.64 0.73 1.48 0.73 1.28 1.18 1.58 1.26 0.36 0.83 1.80 1.00 0.98 0.76 1.22 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.33 0.02 0.00 0.27 0.22 0.37 0.28
C2 0.03 0.00 0.25 0.30 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.13 0.02 0.10 0.28 0.24 0.46 0.35
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.04 0.01 0.14 0.19 0.21 0.02 0.20 0.43 0.01 0.03 0.05 0.02 0.65 0.60 0.82 0.67
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.38 0.01 0.34 0.01 0.26 0.22 0.38 0.25 0.02 0.01 0.42 0.02 0.32 0.32 0.26 0.29
C4 0.02 0.01 0.04 0.38 0.00 0.19 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.10 0.00 0.03 0.26 0.27 0.61 0.42
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.19 0.00 0.24 0.00 0.22 0.10 0.13 0.04 0.30 0.01 0.19 0.00 0.01 0.06 0.10 0.06
C5 0.01 0.01 0.14 0.34 0.01 0.24 0.00 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.48 0.15 0.01 0.12 0.25 0.27 0.66 0.43
C5' 0.06 0.07 0.19 0.01 0.22 0.00 0.27 0.00 0.22 0.09 0.15 0.06 0.10 0.21 0.24 0.01 0.00 0.10 0.25 0.01
C6 0.01 0.02 0.21 0.26 0.02 0.22 0.01 0.22 0.00 0.00 0.04 0.03 0.44 0.09 0.01 0.16 0.28 0.28 0.61 0.41
N1 0.01 0.02 0.02 0.22 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.03 0.21 0.11 0.01 0.02 0.29 0.26 0.50 0.36
N3 0.03 0.01 0.20 0.38 0.01 0.13 0.02 0.15 0.04 0.03 0.00 0.02 0.19 0.07 0.02 0.06 0.26 0.24 0.52 0.37
O2 0.05 0.00 0.43 0.25 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.20 0.26 0.04 0.18 0.27 0.22 0.38 0.31
O2' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.37 0.30 0.48 0.10 0.44 0.21 0.19 0.20 0.00 0.04 0.40 0.22 0.34 0.29 0.69 0.40
O3' 0.33 0.13 0.03 0.01 0.10 0.01 0.15 0.21 0.09 0.11 0.07 0.26 0.04 0.00 0.15 0.21 0.07 0.24 0.13 0.16
O4 0.02 0.02 0.05 0.42 0.00 0.19 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.04 0.40 0.15 0.00 0.03 0.26 0.27 0.64 0.44
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.01 0.16 0.02 0.06 0.18 0.22 0.21 0.03 0.00 0.09 0.07 0.09 0.06
O5' 0.27 0.28 0.65 0.32 0.26 0.01 0.25 0.00 0.28 0.29 0.26 0.27 0.34 0.07 0.26 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.22 0.24 0.60 0.32 0.27 0.06 0.27 0.10 0.28 0.26 0.24 0.22 0.29 0.24 0.27 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.46 0.82 0.26 0.61 0.10 0.66 0.25 0.61 0.50 0.52 0.38 0.69 0.13 0.64 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.35 0.67 0.29 0.42 0.06 0.43 0.01 0.41 0.36 0.37 0.31 0.40 0.16 0.44 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00