ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49361

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.002, 0.022, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.005, 0.035, 0.065, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.030
O5' B 0, 0.007, 0.038, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.006, 0.045, 0.084, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.039
C4' B 0, 0.026, 0.106, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.106 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.010, 0.106, 0.201, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.106 std_dev=0.095
C5' B 0, 0.026, 0.127, 0.228, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.127 std_dev=0.101
P B 0, 0.039, 0.144, 0.250, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.144 std_dev=0.105
C3' B 0, 0.025, 0.133, 0.240, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.133 std_dev=0.107
C2' B 0, 0.030, 0.139, 0.247, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.139 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.019, 0.137, 0.255, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.137 std_dev=0.118
O3' B 0, 0.023, 0.145, 0.267, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.145 std_dev=0.122
O5' A 0, 0.010, 0.156, 0.303, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.156 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.035, 0.188, 0.341, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.188 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.032, 0.187, 0.342, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.187 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.016, 0.172, 0.327, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.172 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.040, 0.211, 0.382, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.211 std_dev=0.171
C3' A 0, 0.013, 0.185, 0.356, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.185 std_dev=0.171
OP1 B 0, 0.035, 0.214, 0.393, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.214 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.017, 0.216, 0.415, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.216 std_dev=0.199
O2' B 0, 0.028, 0.230, 0.433, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.230 std_dev=0.202
P A 0, 0.008, 0.212, 0.415, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.212 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.048, 0.253, 0.458, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.253 std_dev=0.205
OP2 A 0, 0.009, 0.222, 0.435, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.222 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.051, 0.266, 0.480, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.266 std_dev=0.214
OP1 A 0, 0.012, 0.226, 0.441, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.226 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.050, 0.269, 0.487, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.269 std_dev=0.218
C5' A 0, 0.022, 0.273, 0.524, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.273 std_dev=0.251
O3' A 0, 0.019, 0.287, 0.555, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.287 std_dev=0.268
C6 B 0, 0.044, 0.319, 0.594, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.319 std_dev=0.275
C4 B 0, 0.051, 0.332, 0.613, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.332 std_dev=0.281
O2 B 0, 0.052, 0.357, 0.662, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.357 std_dev=0.305
O4 B 0, 0.056, 0.401, 0.745, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.401 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.050, 0.402, 0.754, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.402 std_dev=0.352

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01 0.03 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.06 0.07
C4 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.06 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.10 0.03 0.01 0.09 0.10 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.10 0.12 0.09
C8 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.08 0.10 0.10 0.09
N1 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.04 0.01 0.04 0.07 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04
N6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.08 0.12 0.14 0.12
N7 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.09 0.11 0.13 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.04 0.07 0.05 0.09 0.01 0.12 0.12 0.07 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.09 0.05 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.10 0.04 0.05 0.03 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.10 0.14 0.10 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05
O5' 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.02 0.08 0.09 0.04 0.05 0.10 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06 0.02 0.09 0.01 0.10 0.10 0.07 0.05 0.12 0.11 0.06 0.09 0.14 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.07 0.03 0.06 0.07 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.06 0.14 0.13 0.06 0.05 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.05 0.03 0.07 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.07 0.04 0.12 0.11 0.05 0.06 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.08 0.10 0.07 0.08 0.04 0.02 0.05 0.10 0.10 0.14 0.06 0.09 0.06 0.11 0.00 0.15 0.10 0.07
C2 0.11 0.11 0.06 0.09 0.09 0.07 0.07 0.02 0.08 0.11 0.10 0.12 0.02 0.07 0.08 0.11 0.01 0.16 0.07 0.06
C2' 0.05 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.08 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.21 0.15 0.13
C3' 0.08 0.10 0.04 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.08 0.08 0.12 0.03 0.07 0.05 0.08 0.01 0.15 0.10 0.07
C4 0.11 0.12 0.08 0.10 0.06 0.07 0.03 0.00 0.04 0.09 0.10 0.14 0.07 0.09 0.05 0.10 0.01 0.18 0.12 0.09
C4' 0.11 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.04 0.03 0.05 0.10 0.11 0.14 0.06 0.10 0.07 0.11 0.02 0.11 0.07 0.04
C5 0.10 0.11 0.09 0.10 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.15 0.09 0.10 0.03 0.09 0.01 0.18 0.13 0.09
C5' 0.14 0.15 0.11 0.14 0.10 0.11 0.06 0.06 0.07 0.12 0.14 0.18 0.09 0.14 0.09 0.13 0.07 0.05 0.03 0.01
C6 0.09 0.10 0.08 0.09 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.14 0.07 0.09 0.03 0.08 0.01 0.17 0.12 0.08
C8 0.11 0.12 0.10 0.10 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.17 0.11 0.10 0.02 0.09 0.01 0.18 0.15 0.10
N1 0.10 0.11 0.07 0.09 0.07 0.07 0.05 0.00 0.05 0.09 0.10 0.12 0.03 0.08 0.07 0.10 0.01 0.15 0.08 0.06
N3 0.11 0.11 0.06 0.09 0.08 0.07 0.06 0.01 0.07 0.10 0.10 0.13 0.03 0.08 0.08 0.11 0.02 0.17 0.09 0.08
N6 0.08 0.09 0.08 0.08 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.14 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.16 0.14 0.09
N7 0.10 0.11 0.10 0.10 0.03 0.07 0.03 0.03 0.01 0.07 0.09 0.17 0.12 0.10 0.01 0.08 0.01 0.18 0.15 0.10
N9 0.11 0.12 0.09 0.10 0.06 0.08 0.02 0.00 0.03 0.09 0.10 0.15 0.08 0.09 0.05 0.10 0.01 0.17 0.12 0.09
O2' 0.02 0.02 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.11 0.05 0.03 0.03 0.01 0.10 0.03 0.05 0.02 0.14 0.27 0.21 0.19
O3' 0.06 0.07 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.16 0.11 0.09
O4' 0.12 0.12 0.08 0.11 0.08 0.09 0.05 0.04 0.06 0.10 0.11 0.15 0.06 0.10 0.06 0.12 0.04 0.10 0.07 0.03
O5' 0.16 0.18 0.13 0.15 0.10 0.12 0.05 0.04 0.07 0.14 0.15 0.22 0.14 0.14 0.09 0.14 0.07 0.08 0.06 0.01
OP1 0.20 0.23 0.18 0.19 0.14 0.15 0.08 0.07 0.10 0.18 0.20 0.29 0.20 0.19 0.13 0.18 0.11 0.04 0.04 0.02
OP2 0.22 0.25 0.21 0.21 0.15 0.17 0.09 0.09 0.11 0.20 0.22 0.31 0.24 0.21 0.14 0.20 0.14 0.01 0.01 0.05
P 0.20 0.22 0.18 0.19 0.13 0.15 0.07 0.07 0.09 0.17 0.19 0.27 0.20 0.19 0.12 0.18 0.11 0.03 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
C3' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.03
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
O2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.06 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.04
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.04 0.10 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.06 0.01
O4 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.10 0.07 0.07
O5' 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.08 0.06 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00