ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49362

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.002, 0.031, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.002, 0.034, 0.066, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.034 std_dev=0.032
N7 A 0, -0.004, 0.030, 0.064, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.030 std_dev=0.034
N1 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C2 A 0, -0.003, 0.041, 0.084, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.041 std_dev=0.043
N3 A 0, -0.002, 0.042, 0.087, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.042 std_dev=0.045
N9 A 0, 0.002, 0.047, 0.092, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.045
C1' A 0, -0.003, 0.062, 0.127, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.062 std_dev=0.065
N6 A 0, -0.005, 0.067, 0.139, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.067 std_dev=0.072
O4' A 0, -0.010, 0.117, 0.244, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.117 std_dev=0.127
C5' A 0, -0.028, 0.127, 0.282, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.127 std_dev=0.155
C4' A 0, -0.012, 0.171, 0.354, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.171 std_dev=0.183
C2' A 0, 0.003, 0.208, 0.413, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.208 std_dev=0.205
C3' A 0, 0.004, 0.447, 0.891, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.447 std_dev=0.443
O2' B 0, -0.004, 0.519, 1.043, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.519 std_dev=0.523
O3' B 0, 0.031, 0.599, 1.167, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.599 std_dev=0.568
O2' A 0, 0.003, 0.637, 1.270, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.637 std_dev=0.634
C2' B 0, 0.007, 0.774, 1.540, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.774 std_dev=0.767
O3' A 0, 0.012, 1.012, 2.012, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.012 std_dev=1.000
O5' A 0, -0.003, 1.002, 2.007, 2.167 max_d=2.167 avg_d=1.002 std_dev=1.005
C3' B 0, 0.016, 1.054, 2.092, 2.134 max_d=2.134 avg_d=1.054 std_dev=1.038
OP1 A 0, 0.002, 1.489, 2.975, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.489 std_dev=1.486
P A 0, 0.003, 1.761, 3.519, 3.691 max_d=3.691 avg_d=1.761 std_dev=1.758
C1' B 0, 0.000, 1.783, 3.566, 3.788 max_d=3.788 avg_d=1.783 std_dev=1.783
C4' B 0, 0.004, 2.160, 4.317, 4.421 max_d=4.421 avg_d=2.160 std_dev=2.157
OP2 A 0, 0.012, 2.498, 4.983, 5.156 max_d=5.156 avg_d=2.498 std_dev=2.486
O4' B 0, 0.001, 2.500, 5.000, 5.198 max_d=5.198 avg_d=2.500 std_dev=2.499
O2 B 0, 0.014, 2.861, 5.709, 5.959 max_d=5.959 avg_d=2.861 std_dev=2.848
N1 B 0, 0.006, 2.920, 5.833, 6.070 max_d=6.070 avg_d=2.920 std_dev=2.914
C5' B 0, 0.010, 3.140, 6.269, 6.371 max_d=6.371 avg_d=3.140 std_dev=3.129
C2 B 0, 0.006, 3.316, 6.626, 6.903 max_d=6.903 avg_d=3.316 std_dev=3.310
C6 B 0, 0.009, 3.871, 7.733, 7.924 max_d=7.924 avg_d=3.871 std_dev=3.862
O5' B 0, 0.023, 3.943, 7.864, 8.113 max_d=8.113 avg_d=3.943 std_dev=3.921
OP1 B 0, 0.034, 4.189, 8.344, 8.507 max_d=8.507 avg_d=4.189 std_dev=4.155
N3 B 0, 0.006, 4.555, 9.103, 9.412 max_d=9.412 avg_d=4.555 std_dev=4.548
P B 0, 0.031, 4.928, 9.825, 10.019 max_d=10.019 avg_d=4.928 std_dev=4.897
C5 B 0, 0.009, 4.983, 9.958, 10.157 max_d=10.157 avg_d=4.983 std_dev=4.974
C4 B 0, 0.008, 5.361, 10.713, 10.985 max_d=10.985 avg_d=5.361 std_dev=5.353
OP2 B 0, 0.031, 5.948, 11.865, 12.043 max_d=12.043 avg_d=5.948 std_dev=5.917
O4 B 0, 0.009, 6.444, 12.879, 13.189 max_d=13.189 avg_d=6.444 std_dev=6.435

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.02 0.09 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.13 0.15 0.19 0.03
C2 0.10 0.00 0.15 0.06 0.03 0.09 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.42 0.09 0.08 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.20 0.09 0.03 0.13 0.15 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.30 0.38 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.16 0.24 0.11 0.06 0.22 0.23 0.12 0.01 0.01 0.04 0.41 0.28 0.53 0.13
C4 0.05 0.03 0.08 0.09 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.27 0.04 0.16 0.08 0.25 0.17
C4' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.05 0.21 0.01 0.02 0.01 0.33 0.03 0.22
C5 0.05 0.02 0.05 0.17 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.18 0.14 0.05 0.27 0.28 0.46 0.39
C5' 0.06 0.08 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.05 0.03 0.22 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01
C6 0.07 0.02 0.09 0.16 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.20 0.06 0.23 0.29 0.39 0.35
C8 0.02 0.03 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.28 0.07 0.07 0.42 0.33 0.72 0.57
N1 0.09 0.01 0.13 0.11 0.04 0.09 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.32 0.07 0.13 0.16 0.17 0.17
N3 0.10 0.00 0.15 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.11 0.42 0.09 0.08 0.06 0.03 0.05
N6 0.08 0.02 0.09 0.22 0.03 0.11 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.17 0.12 0.08 0.30 0.43 0.55 0.51
N7 0.02 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.30 0.04 0.07 0.40 0.42 0.73 0.61
N9 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.02 0.00 0.14 0.15 0.02 0.23 0.08 0.38 0.24
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.07 0.21 0.18 0.03 0.14 0.28 0.05 0.11 0.17 0.30 0.14 0.00 0.03 0.12 0.31 0.21 0.46 0.11
O3' 0.28 0.42 0.02 0.01 0.27 0.01 0.14 0.22 0.20 0.07 0.32 0.42 0.12 0.04 0.15 0.03 0.00 0.18 0.46 0.23 0.64 0.13
O4' 0.01 0.09 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.02 0.12 0.18 0.00 0.02 0.11 0.04 0.11
O5' 0.13 0.08 0.21 0.41 0.16 0.01 0.27 0.01 0.23 0.42 0.13 0.08 0.30 0.40 0.23 0.31 0.46 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.01 0.30 0.28 0.08 0.33 0.28 0.01 0.29 0.33 0.16 0.06 0.43 0.42 0.08 0.21 0.23 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.19 0.01 0.38 0.53 0.25 0.03 0.46 0.05 0.39 0.72 0.17 0.03 0.55 0.73 0.38 0.46 0.64 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.03 0.01 0.05 0.13 0.17 0.22 0.39 0.01 0.35 0.57 0.17 0.05 0.51 0.61 0.24 0.11 0.13 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 1.11 0.27 0.07 1.06 0.57 0.52 0.73 0.24 0.47 1.34 1.45 0.08 0.17 1.26 0.51 0.84 0.79 1.03 0.91
C2 0.18 0.76 0.31 0.14 0.60 0.14 0.35 0.21 0.24 0.40 0.79 1.04 0.17 0.11 0.65 0.16 0.35 0.37 0.56 0.40
C2' 0.06 1.28 0.24 0.11 1.36 0.68 0.76 0.84 0.40 0.59 1.61 1.56 0.12 0.26 1.65 0.56 0.85 0.79 0.93 0.90
C3' 0.10 1.34 0.27 0.10 1.39 0.67 0.74 0.86 0.38 0.62 1.67 1.67 0.06 0.25 1.68 0.53 0.92 0.87 1.07 1.00
C4 0.06 0.81 0.25 0.06 0.65 0.58 0.21 0.74 0.02 0.26 0.92 1.16 0.12 0.10 0.78 0.61 0.90 0.82 1.12 0.97
C4' 0.05 1.04 0.25 0.09 0.94 0.60 0.37 0.80 0.11 0.39 1.26 1.41 0.09 0.17 1.16 0.55 0.98 0.94 1.28 1.09
C5 0.34 0.47 0.17 0.20 0.25 0.85 0.18 1.07 0.35 0.09 0.54 0.84 0.16 0.11 0.36 0.97 1.28 1.12 1.54 1.36
C5' 0.12 0.85 0.25 0.10 0.65 0.68 0.08 0.94 0.14 0.21 1.01 1.26 0.16 0.11 0.83 0.70 1.20 1.14 1.63 1.36
C6 0.45 0.18 0.13 0.20 0.07 0.81 0.39 1.00 0.52 0.27 0.20 0.52 0.23 0.08 0.05 1.02 1.23 1.07 1.49 1.30
C8 0.29 0.69 0.19 0.23 0.51 0.96 0.07 1.23 0.27 0.08 0.84 1.09 0.11 0.17 0.68 1.00 1.42 1.27 1.70 1.54
N1 0.17 0.29 0.20 0.02 0.12 0.38 0.14 0.49 0.21 0.04 0.29 0.57 0.24 0.11 0.15 0.54 0.70 0.64 0.94 0.75
N3 0.21 1.00 0.34 0.12 0.87 0.23 0.51 0.32 0.33 0.52 1.11 1.32 0.13 0.08 0.98 0.21 0.44 0.44 0.63 0.49
N6 0.79 0.27 0.14 0.38 0.52 1.14 0.85 1.38 0.95 0.68 0.27 0.21 0.29 0.10 0.47 1.45 1.68 1.41 1.94 1.74
N7 0.46 0.43 0.13 0.30 0.20 1.09 0.32 1.39 0.51 0.19 0.52 0.84 0.14 0.16 0.34 1.20 1.62 1.42 1.91 1.73
N9 0.09 0.90 0.24 0.12 0.77 0.71 0.26 0.91 0.02 0.28 1.07 1.27 0.08 0.15 0.94 0.71 1.05 0.96 1.28 1.14
O2' 0.42 1.70 0.52 0.24 1.95 0.31 1.36 0.40 0.94 1.03 2.12 1.88 0.08 0.14 2.27 0.16 0.31 0.26 0.26 0.31
O3' 0.71 2.04 0.76 0.41 2.17 0.11 1.50 0.27 1.10 1.30 2.43 2.33 0.37 0.18 2.51 0.11 0.26 0.25 0.35 0.31
O4' 0.07 0.90 0.25 0.09 0.73 0.58 0.20 0.78 0.02 0.29 1.06 1.29 0.14 0.14 0.90 0.58 1.00 0.95 1.34 1.12
O5' 0.31 0.63 0.07 0.35 0.34 0.94 0.26 1.25 0.44 0.07 0.75 1.10 0.06 0.33 0.51 0.94 1.57 1.51 2.08 1.77
OP1 0.26 0.72 0.08 0.31 0.42 0.92 0.24 1.25 0.43 0.02 0.86 1.22 0.04 0.29 0.61 0.90 1.59 1.60 2.18 1.83
OP2 0.44 0.50 0.11 0.57 0.11 1.17 0.54 1.56 0.69 0.21 0.59 1.03 0.08 0.56 0.27 1.11 1.93 1.90 2.56 2.20
P 0.35 0.61 0.02 0.44 0.25 1.03 0.40 1.39 0.57 0.10 0.71 1.12 0.03 0.42 0.42 1.01 1.75 1.73 2.36 2.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.13 0.43 0.28 0.22
C2 0.01 0.00 0.12 0.13 0.02 0.06 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.15 0.03 0.02 0.13 0.80 0.25 0.30
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.16 0.04 0.18 0.02 0.06 0.24 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.24 0.03 0.05
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.09 0.02 0.22 0.04 0.24 0.02 0.08 0.25 0.00 0.02 0.09 0.01 0.22 0.07 0.24 0.12
C4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.11 0.01 0.04 0.05 0.95 0.16 0.29
C4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.02 0.10 0.03 0.06 0.09 0.03 0.05 0.08 0.00 0.04 0.07 0.09 0.06
C5 0.04 0.02 0.16 0.22 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.27 0.02 0.07 0.05 0.86 0.17 0.28
C5' 0.05 0.13 0.04 0.04 0.12 0.02 0.10 0.00 0.08 0.09 0.14 0.14 0.04 0.04 0.13 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01
C6 0.03 0.02 0.18 0.24 0.02 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.12 0.27 0.01 0.08 0.04 0.71 0.24 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.12 0.68 0.26 0.28
N3 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.02 0.14 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.02 0.01 0.10 0.93 0.21 0.31
O2 0.02 0.00 0.24 0.25 0.03 0.09 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.31 0.04 0.06 0.15 0.76 0.26 0.29
O2' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.03 0.11 0.04 0.12 0.01 0.05 0.17 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.09 0.05 0.04
O3' 0.03 0.15 0.03 0.02 0.11 0.05 0.27 0.04 0.27 0.03 0.09 0.31 0.05 0.00 0.12 0.04 0.27 0.21 0.42 0.25
O4 0.03 0.03 0.06 0.09 0.01 0.08 0.02 0.13 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.12 0.00 0.05 0.05 0.99 0.10 0.27
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.03 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.00 0.22 0.33 0.38 0.25
O5' 0.13 0.13 0.10 0.22 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.12 0.10 0.15 0.06 0.27 0.05 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.80 0.24 0.07 0.95 0.07 0.86 0.02 0.71 0.68 0.93 0.76 0.09 0.21 0.99 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.25 0.03 0.24 0.16 0.09 0.17 0.03 0.24 0.26 0.21 0.26 0.05 0.42 0.10 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.05 0.12 0.29 0.06 0.28 0.01 0.27 0.28 0.31 0.29 0.04 0.25 0.27 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00