ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49365

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.010, 0.075, 0.140, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.075 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.068, 0.232, 0.397, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.232 std_dev=0.164
O4' A 0, 0.072, 0.253, 0.434, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.253 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.081, 0.276, 0.471, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.276 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.096, 0.336, 0.577, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.336 std_dev=0.241
C3' A 0, 0.113, 0.386, 0.660, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.386 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.099, 0.375, 0.651, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.375 std_dev=0.276
C3' B 0, 0.098, 0.462, 0.826, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.462 std_dev=0.364
O3' A 0, 0.164, 0.563, 0.961, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.563 std_dev=0.398
C5' A 0, 0.176, 0.613, 1.050, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.613 std_dev=0.437
O2' B 0, 0.187, 0.695, 1.203, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.695 std_dev=0.508
C2' B 0, 0.149, 0.660, 1.171, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.660 std_dev=0.511
C4' B 0, 0.126, 0.676, 1.227, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.676 std_dev=0.550
C1' B 0, 0.248, 0.961, 1.674, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.961 std_dev=0.713
O3' B 0, 0.266, 1.016, 1.766, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.016 std_dev=0.750
C5' B 0, 0.407, 1.483, 2.559, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.483 std_dev=1.076
O5' A 0, 0.446, 1.573, 2.701, 2.583 max_d=2.583 avg_d=1.573 std_dev=1.127
N1 B 0, 0.461, 1.671, 2.882, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.671 std_dev=1.211
C6 B 0, 0.507, 1.803, 3.099, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.803 std_dev=1.296
O5' B 0, 0.535, 1.837, 3.139, 2.864 max_d=2.864 avg_d=1.837 std_dev=1.302
P A 0, 0.591, 2.030, 3.469, 3.163 max_d=3.163 avg_d=2.030 std_dev=1.439
OP2 A 0, 0.661, 2.384, 4.107, 4.011 max_d=4.011 avg_d=2.384 std_dev=1.723
OP1 A 0, 0.691, 2.448, 4.205, 4.044 max_d=4.044 avg_d=2.448 std_dev=1.757
OP1 B 0, 0.767, 2.619, 4.471, 3.982 max_d=3.982 avg_d=2.619 std_dev=1.852
C2 B 0, 0.778, 2.706, 4.634, 4.352 max_d=4.352 avg_d=2.706 std_dev=1.928
C5 B 0, 0.781, 2.715, 4.648, 4.355 max_d=4.355 avg_d=2.715 std_dev=1.934
P B 0, 0.878, 2.998, 5.118, 4.549 max_d=4.549 avg_d=2.998 std_dev=2.120
O2 B 0, 0.897, 3.097, 5.297, 4.900 max_d=4.900 avg_d=3.097 std_dev=2.200
N3 B 0, 0.998, 3.446, 5.894, 5.455 max_d=5.455 avg_d=3.446 std_dev=2.448
C4 B 0, 1.013, 3.498, 5.983, 5.545 max_d=5.545 avg_d=3.498 std_dev=2.485
O4 B 0, 1.267, 4.359, 7.450, 6.829 max_d=6.829 avg_d=4.359 std_dev=3.091
OP2 B 0, 1.435, 4.901, 8.367, 7.416 max_d=7.416 avg_d=4.901 std_dev=3.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.22 0.28 0.20 0.16
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.38 0.42 0.50 0.39
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.29 0.12 0.16
C3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.21 0.30 0.06 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.41 0.44 0.49 0.41
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.21 0.16 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.51 0.56 0.65 0.53
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.08 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.27 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.51 0.58 0.69 0.55
C8 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.55 0.56 0.59 0.53
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.46 0.51 0.62 0.49
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.34 0.38 0.42 0.33
N6 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.53 0.64 0.78 0.61
N7 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.59 0.65 0.73 0.62
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.40 0.41 0.42 0.37
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.30 0.07 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.20 0.23 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.17 0.23 0.16 0.06
O5' 0.22 0.38 0.18 0.21 0.41 0.01 0.51 0.00 0.51 0.55 0.46 0.34 0.53 0.59 0.40 0.02 0.20 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.42 0.29 0.30 0.44 0.21 0.56 0.17 0.58 0.56 0.51 0.38 0.64 0.65 0.41 0.30 0.23 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.50 0.12 0.06 0.49 0.16 0.65 0.27 0.69 0.59 0.62 0.42 0.78 0.73 0.42 0.07 0.09 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.39 0.16 0.17 0.41 0.01 0.53 0.01 0.55 0.53 0.49 0.33 0.61 0.62 0.37 0.05 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.24 0.02 0.03 0.51 0.04 0.42 0.06 0.27 0.17 0.41 0.16 0.10 0.14 0.65 0.03 0.16 0.52 0.22 0.15
C2 0.15 0.63 0.11 0.12 0.93 0.16 0.73 0.20 0.52 0.44 0.87 0.52 0.10 0.18 1.06 0.15 0.23 0.43 0.23 0.22
C2' 0.04 0.33 0.03 0.06 0.56 0.07 0.43 0.14 0.27 0.20 0.50 0.28 0.12 0.15 0.71 0.06 0.24 0.59 0.39 0.25
C3' 0.02 0.27 0.02 0.03 0.44 0.03 0.33 0.10 0.20 0.16 0.40 0.24 0.11 0.16 0.56 0.02 0.25 0.63 0.48 0.28
C4 0.05 0.31 0.04 0.05 0.57 0.06 0.48 0.10 0.32 0.22 0.48 0.23 0.09 0.15 0.69 0.06 0.20 0.51 0.26 0.19
C4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.38 0.01 0.30 0.03 0.18 0.12 0.31 0.14 0.11 0.14 0.49 0.00 0.18 0.58 0.31 0.17
C5 0.02 0.20 0.03 0.03 0.37 0.02 0.32 0.07 0.22 0.14 0.31 0.15 0.10 0.14 0.44 0.02 0.21 0.54 0.31 0.22
C5' 0.04 0.12 0.05 0.04 0.24 0.06 0.19 0.03 0.10 0.07 0.19 0.10 0.11 0.15 0.31 0.05 0.18 0.60 0.34 0.18
C6 0.07 0.31 0.06 0.05 0.46 0.05 0.40 0.11 0.30 0.23 0.42 0.25 0.07 0.16 0.51 0.05 0.24 0.50 0.32 0.25
C8 0.05 0.04 0.02 0.03 0.17 0.04 0.16 0.02 0.09 0.02 0.11 0.05 0.12 0.12 0.23 0.02 0.19 0.59 0.31 0.20
N1 0.15 0.57 0.11 0.11 0.77 0.14 0.63 0.20 0.47 0.41 0.74 0.48 0.08 0.17 0.85 0.13 0.24 0.44 0.27 0.23
N3 0.11 0.50 0.09 0.10 0.84 0.13 0.67 0.16 0.45 0.35 0.74 0.39 0.10 0.17 0.99 0.12 0.21 0.46 0.24 0.20
N6 0.08 0.19 0.08 0.05 0.25 0.05 0.24 0.09 0.21 0.15 0.22 0.17 0.04 0.18 0.27 0.06 0.29 0.54 0.42 0.31
N7 0.05 0.01 0.03 0.04 0.12 0.05 0.13 0.01 0.09 0.02 0.06 0.05 0.13 0.13 0.16 0.04 0.21 0.60 0.35 0.23
N9 0.02 0.19 0.01 0.03 0.42 0.02 0.35 0.06 0.22 0.13 0.33 0.13 0.11 0.13 0.53 0.02 0.18 0.54 0.25 0.17
O2' 0.06 0.38 0.05 0.07 0.67 0.09 0.51 0.14 0.32 0.25 0.59 0.31 0.12 0.16 0.85 0.08 0.22 0.56 0.32 0.21
O3' 0.04 0.32 0.03 0.04 0.48 0.06 0.34 0.15 0.21 0.18 0.46 0.30 0.12 0.17 0.61 0.04 0.30 0.66 0.58 0.34
O4' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.38 0.02 0.33 0.03 0.20 0.10 0.28 0.08 0.10 0.13 0.49 0.00 0.12 0.52 0.18 0.10
O5' 0.51 0.52 0.55 0.57 0.61 0.65 0.63 0.65 0.60 0.55 0.55 0.47 0.43 0.72 0.63 0.59 0.45 0.20 0.34 0.46
OP1 0.60 0.52 0.66 0.71 0.50 0.81 0.54 0.81 0.58 0.57 0.49 0.50 0.53 0.89 0.46 0.72 0.53 0.18 0.31 0.53
OP2 0.80 0.68 0.86 0.90 0.61 0.99 0.66 0.99 0.72 0.73 0.63 0.68 0.75 1.03 0.55 0.90 0.72 0.43 0.45 0.69
P 0.57 0.48 0.63 0.67 0.46 0.78 0.52 0.79 0.56 0.53 0.45 0.45 0.51 0.83 0.42 0.69 0.53 0.15 0.34 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.13 0.03 0.01 0.06 0.10 0.18 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.15 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.02 0.03 0.01 0.06 0.40 0.28 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.01 0.05 0.13 0.00 0.00 0.03 0.00 0.22 0.21 0.40 0.23
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.22 0.00 0.22 0.01 0.19 0.14 0.19 0.11 0.01 0.00 0.23 0.01 0.05 0.15 0.07 0.02
C4 0.02 0.02 0.03 0.22 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.15 0.01 0.02 0.12 0.65 0.36 0.14
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.06 0.06 0.05 0.18 0.02 0.07 0.00 0.01 0.15 0.12 0.01
C5 0.02 0.02 0.03 0.22 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.18 0.01 0.02 0.13 0.66 0.33 0.13
C5' 0.02 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.09 0.10 0.07 0.00 0.00 0.25 0.24 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02 0.01 0.11 0.49 0.27 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.14 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.03 0.03 0.00 0.06 0.34 0.24 0.07
N3 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.07 0.02 0.02 0.09 0.53 0.33 0.10
O2 0.05 0.01 0.13 0.11 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.03 0.02 0.05 0.32 0.25 0.06
O2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.19 0.18 0.16 0.09 0.13 0.12 0.18 0.09 0.00 0.03 0.21 0.13 0.13 0.18 0.31 0.15
O3' 0.13 0.02 0.00 0.00 0.15 0.02 0.18 0.10 0.14 0.03 0.07 0.08 0.03 0.00 0.17 0.09 0.07 0.09 0.18 0.15
O4 0.03 0.03 0.03 0.23 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.03 0.21 0.17 0.00 0.03 0.13 0.73 0.39 0.15
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.09 0.03 0.00 0.03 0.06 0.03 0.02
O5' 0.06 0.06 0.22 0.05 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.05 0.13 0.07 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.40 0.21 0.15 0.65 0.15 0.66 0.25 0.49 0.34 0.53 0.32 0.18 0.09 0.73 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.28 0.40 0.07 0.36 0.12 0.33 0.24 0.27 0.24 0.33 0.25 0.31 0.18 0.39 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.23 0.02 0.14 0.01 0.13 0.00 0.10 0.07 0.10 0.06 0.15 0.15 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00