ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49368

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C6 A 0, 0.001, 0.030, 0.059, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.012, 0.043, 0.075, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.024, 0.084, 0.143, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.084 std_dev=0.059
N6 A 0, 0.022, 0.119, 0.216, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.072, 0.248, 0.424, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.248 std_dev=0.176
C2' A 0, 0.076, 0.264, 0.452, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.264 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.081, 0.399, 0.717, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.399 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.122, 0.488, 0.854, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.488 std_dev=0.366
C4' A 0, 0.207, 0.709, 1.210, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.709 std_dev=0.501
C3' B 0, 0.214, 0.753, 1.292, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.753 std_dev=0.539
C4' B 0, 0.235, 0.806, 1.377, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.806 std_dev=0.571
C5' A 0, 0.241, 0.825, 1.409, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.825 std_dev=0.584
C1' B 0, 0.247, 0.875, 1.502, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.875 std_dev=0.628
C3' A 0, 0.271, 0.927, 1.583, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.927 std_dev=0.656
O2' B 0, 0.291, 0.996, 1.701, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.996 std_dev=0.705
O2' A 0, 0.353, 1.206, 2.058, 1.819 max_d=1.819 avg_d=1.206 std_dev=0.853
O5' A 0, 0.298, 1.171, 2.043, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.171 std_dev=0.872
O3' B 0, 0.373, 1.281, 2.188, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.281 std_dev=0.907
N1 B 0, 0.457, 1.559, 2.662, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.559 std_dev=1.103
O5' B 0, 0.286, 1.413, 2.540, 2.757 max_d=2.757 avg_d=1.413 std_dev=1.127
C5' B 0, 0.472, 1.636, 2.800, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.636 std_dev=1.164
C6 B 0, 0.497, 1.703, 2.908, 2.635 max_d=2.635 avg_d=1.703 std_dev=1.206
O3' A 0, 0.536, 1.832, 3.128, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.832 std_dev=1.296
P B 0, 0.502, 1.974, 3.446, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.974 std_dev=1.472
OP2 B 0, 0.653, 2.333, 4.013, 3.886 max_d=3.886 avg_d=2.333 std_dev=1.680
C2 B 0, 0.699, 2.388, 4.078, 3.630 max_d=3.630 avg_d=2.388 std_dev=1.689
P A 0, 0.689, 2.387, 4.085, 3.803 max_d=3.803 avg_d=2.387 std_dev=1.698
C5 B 0, 0.715, 2.461, 4.207, 3.867 max_d=3.867 avg_d=2.461 std_dev=1.746
OP1 B 0, 0.645, 2.413, 4.180, 4.187 max_d=4.187 avg_d=2.413 std_dev=1.768
O2 B 0, 0.767, 2.623, 4.479, 4.019 max_d=4.019 avg_d=2.623 std_dev=1.856
OP2 A 0, 0.821, 2.804, 4.787, 4.229 max_d=4.229 avg_d=2.804 std_dev=1.983
N3 B 0, 0.904, 3.094, 5.285, 4.771 max_d=4.771 avg_d=3.094 std_dev=2.191
C4 B 0, 0.923, 3.166, 5.409, 4.924 max_d=4.924 avg_d=3.166 std_dev=2.243
OP1 A 0, 1.021, 3.512, 6.003, 5.513 max_d=5.513 avg_d=3.512 std_dev=2.491
O4 B 0, 1.144, 3.929, 6.714, 6.132 max_d=6.132 avg_d=3.929 std_dev=2.785

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.11 0.40 0.23 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.20 0.23 0.03 0.31 0.75 0.13 0.40
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.05 0.06 0.03 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.22 0.40 0.54 0.28
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.11 0.01 0.18 0.02 0.17 0.25 0.12 0.04 0.19 0.25 0.14 0.02 0.01 0.01 0.21 0.39 0.35 0.17
C4 0.02 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.20 0.12 0.02 0.29 0.71 0.14 0.37
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.10 0.17 0.06 0.02 0.12 0.17 0.08 0.19 0.01 0.00 0.02 0.32 0.19 0.04
C5 0.03 0.03 0.04 0.18 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.26 0.07 0.04 0.37 0.88 0.27 0.53
C5' 0.01 0.07 0.09 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.12 0.04 0.18 0.22 0.08 0.08 0.13 0.01 0.01 0.29 0.23 0.02
C6 0.05 0.01 0.05 0.17 0.03 0.10 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.28 0.08 0.05 0.40 0.94 0.30 0.58
C8 0.01 0.03 0.06 0.25 0.02 0.17 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.19 0.17 0.07 0.33 0.78 0.25 0.46
N1 0.03 0.00 0.03 0.12 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.15 0.04 0.37 0.88 0.22 0.51
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.26 0.03 0.26 0.65 0.11 0.31
N6 0.07 0.02 0.08 0.19 0.04 0.12 0.04 0.18 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.33 0.10 0.07 0.43 1.02 0.38 0.65
N7 0.02 0.03 0.05 0.25 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.25 0.16 0.06 0.40 0.95 0.36 0.61
N9 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.08 0.03 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.14 0.05 0.02 0.23 0.61 0.13 0.28
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.20 0.19 0.26 0.08 0.28 0.19 0.25 0.16 0.33 0.25 0.14 0.00 0.02 0.15 0.14 0.36 0.59 0.27
O3' 0.17 0.23 0.03 0.01 0.12 0.01 0.07 0.13 0.08 0.17 0.15 0.26 0.10 0.16 0.05 0.02 0.00 0.10 0.33 0.36 0.19 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.06 0.02 0.15 0.10 0.00 0.21 0.40 0.16 0.13
O5' 0.11 0.31 0.22 0.21 0.29 0.02 0.37 0.01 0.40 0.33 0.37 0.26 0.43 0.40 0.23 0.14 0.33 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.40 0.75 0.40 0.39 0.71 0.32 0.88 0.29 0.94 0.78 0.88 0.65 1.02 0.95 0.61 0.36 0.36 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.13 0.54 0.35 0.14 0.19 0.27 0.23 0.30 0.25 0.22 0.11 0.38 0.36 0.13 0.59 0.19 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.40 0.28 0.17 0.37 0.04 0.53 0.02 0.58 0.46 0.51 0.31 0.65 0.61 0.28 0.27 0.13 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.83 0.05 0.07 1.12 0.25 0.81 0.35 0.53 0.50 1.13 0.82 0.32 0.20 1.34 0.10 0.20 0.15 0.27 0.15
C2 0.03 0.52 0.09 0.10 0.86 0.24 0.67 0.32 0.42 0.32 0.79 0.40 0.34 0.14 0.99 0.15 0.28 0.33 0.37 0.31
C2' 0.14 0.85 0.08 0.03 1.16 0.22 0.84 0.31 0.56 0.52 1.17 0.84 0.32 0.18 1.39 0.09 0.20 0.14 0.29 0.15
C3' 0.03 0.74 0.21 0.24 1.12 0.40 0.78 0.42 0.45 0.40 1.10 0.72 0.56 0.45 1.40 0.17 0.18 0.20 0.17 0.03
C4 0.09 0.75 0.06 0.09 0.99 0.26 0.72 0.34 0.48 0.45 1.01 0.73 0.33 0.21 1.14 0.08 0.20 0.15 0.25 0.14
C4' 0.05 0.78 0.13 0.18 1.10 0.35 0.77 0.42 0.47 0.44 1.10 0.78 0.45 0.38 1.36 0.11 0.20 0.16 0.18 0.03
C5 0.15 0.76 0.07 0.10 0.88 0.26 0.64 0.35 0.44 0.47 0.94 0.79 0.29 0.26 0.99 0.03 0.22 0.11 0.21 0.07
C5' 0.03 0.75 0.18 0.28 1.01 0.43 0.67 0.53 0.38 0.39 1.05 0.79 0.48 0.50 1.26 0.15 0.29 0.32 0.12 0.17
C6 0.13 0.65 0.07 0.11 0.73 0.26 0.55 0.33 0.39 0.41 0.77 0.64 0.27 0.25 0.81 0.02 0.20 0.11 0.21 0.06
C8 0.19 0.86 0.08 0.10 0.99 0.26 0.70 0.37 0.48 0.52 1.06 0.92 0.28 0.29 1.14 0.03 0.27 0.14 0.21 0.10
N1 0.02 0.51 0.08 0.11 0.71 0.25 0.56 0.31 0.38 0.33 0.69 0.42 0.30 0.18 0.79 0.11 0.23 0.25 0.27 0.21
N3 0.02 0.64 0.08 0.09 0.99 0.25 0.74 0.32 0.47 0.38 0.94 0.55 0.35 0.16 1.16 0.13 0.25 0.28 0.35 0.27
N6 0.19 0.56 0.08 0.17 0.56 0.29 0.42 0.39 0.32 0.37 0.63 0.61 0.21 0.32 0.61 0.08 0.30 0.18 0.30 0.20
N7 0.21 0.82 0.08 0.11 0.90 0.26 0.63 0.38 0.45 0.51 0.98 0.90 0.25 0.31 1.01 0.04 0.30 0.18 0.23 0.14
N9 0.13 0.81 0.06 0.08 1.04 0.26 0.75 0.35 0.50 0.49 1.07 0.82 0.32 0.24 1.22 0.07 0.21 0.12 0.23 0.10
O2' 0.50 1.22 0.42 0.41 1.54 0.32 1.21 0.46 0.92 0.88 1.55 1.19 0.13 0.26 1.78 0.38 0.49 0.37 0.60 0.45
O3' 0.15 0.94 0.07 0.06 1.43 0.25 1.09 0.34 0.72 0.61 1.35 0.85 0.46 0.28 1.75 0.10 0.27 0.17 0.48 0.28
O4' 0.11 0.80 0.06 0.11 1.08 0.29 0.76 0.40 0.49 0.47 1.09 0.81 0.34 0.28 1.30 0.08 0.20 0.14 0.21 0.09
O5' 0.12 0.69 0.27 0.45 0.90 0.65 0.54 0.82 0.28 0.31 0.97 0.77 0.55 0.67 1.13 0.35 0.36 0.68 0.30 0.46
OP1 0.75 0.32 0.91 1.11 0.45 1.29 0.33 1.41 0.50 0.43 0.53 0.39 1.16 1.36 0.68 1.00 1.29 1.52 1.16 1.32
OP2 0.05 0.91 0.18 0.38 1.13 0.60 0.70 0.74 0.39 0.45 1.22 1.02 0.48 0.66 1.40 0.26 0.63 0.82 0.42 0.60
P 0.34 0.51 0.53 0.73 0.70 0.91 0.29 1.04 0.08 0.10 0.79 0.62 0.80 0.98 0.95 0.59 0.84 1.06 0.69 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.11 0.22 0.03
C2 0.04 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.02 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01 0.02 0.20 0.10 0.20 0.05
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.16 0.00 0.01 0.03 0.00 0.17 0.18 0.17 0.09
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.11 0.05 0.11 0.17 0.01 0.00 0.10 0.01 0.26 0.25 0.16 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.13 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.25 0.04 0.18 0.05
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.12 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.14 0.00 0.04 0.09 0.32 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.14 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.01 0.02 0.25 0.03 0.18 0.03
C5' 0.07 0.21 0.03 0.03 0.37 0.01 0.38 0.00 0.31 0.21 0.29 0.14 0.03 0.02 0.40 0.03 0.01 0.19 0.45 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.11 0.00 0.12 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.11 0.00 0.03 0.23 0.06 0.19 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.19 0.10 0.20 0.04
N3 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.09 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.01 0.02 0.23 0.07 0.19 0.05
O2 0.06 0.01 0.16 0.17 0.01 0.07 0.03 0.14 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.21 0.01 0.05 0.19 0.13 0.19 0.06
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.11 0.18 0.00 0.02 0.07 0.04 0.02 0.09 0.24 0.04
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.12 0.21 0.02 0.00 0.10 0.01 0.21 0.25 0.18 0.13
O4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.14 0.01 0.40 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.02 0.26 0.03 0.16 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.24 0.03
O5' 0.09 0.20 0.17 0.26 0.25 0.04 0.25 0.01 0.23 0.19 0.23 0.19 0.02 0.21 0.26 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.10 0.18 0.25 0.04 0.09 0.03 0.19 0.06 0.10 0.07 0.13 0.09 0.25 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.20 0.17 0.16 0.18 0.32 0.18 0.45 0.19 0.20 0.19 0.19 0.24 0.18 0.16 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.09 0.15 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.13 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00