ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
O3' A 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C5' A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O4' B 0, 0.000, 0.302, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O5' A 0, 0.000, 0.306, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.306 std_dev=0.306
O5' B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
P B 0, 0.000, 0.367, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.367 std_dev=0.367
C4' B 0, 0.000, 0.376, 0.752, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C6 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C5 B 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C5' B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
OP2 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C4 B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
N3 B 0, 0.000, 0.411, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.411 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.000, 0.415, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.000, 0.417, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.417 std_dev=0.417
O2 B 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
O4 B 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
P A 0, 0.000, 0.479, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.000, 0.531, 1.062, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.531 std_dev=0.531
O3' B 0, 0.000, 0.549, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.549 std_dev=0.549
C2' B 0, 0.000, 0.573, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.573 std_dev=0.573
OP1 B 0, 0.000, 0.589, 1.178, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.589 std_dev=0.589
OP2 A 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
O2' B 0, 0.000, 0.740, 1.480, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.740 std_dev=0.740
OP1 A 0, 0.000, 1.479, 2.959, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.479 std_dev=1.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.42 0.10 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.69 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.49 0.10 0.15
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.39 0.14 0.20
C4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.67 0.05 0.05
C4' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.19 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.76 0.14 0.06
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.22 0.27 0.04
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.13 0.79 0.18 0.04
C8 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.70 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.11 0.76 0.13 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.63 0.02 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.15 0.83 0.24 0.04
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.79 0.18 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.61 0.01 0.07
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.36 0.14 0.12
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.23 0.34 0.19 0.26
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.16 0.16 0.05
O5' 0.01 0.08 0.07 0.13 0.08 0.02 0.12 0.00 0.13 0.13 0.11 0.06 0.15 0.15 0.07 0.09 0.23 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.42 0.69 0.49 0.39 0.67 0.05 0.76 0.22 0.79 0.70 0.76 0.63 0.83 0.79 0.61 0.36 0.34 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.07 0.10 0.14 0.05 0.19 0.14 0.27 0.18 0.08 0.13 0.02 0.24 0.18 0.01 0.14 0.19 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.15 0.20 0.05 0.01 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.12 0.26 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.11 0.17 0.09
C2 0.11 0.09 0.12 0.09 0.17 0.08 0.22 0.07 0.21 0.15 0.11 0.02 0.16 0.04 0.15 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01
C2' 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.01 0.08 0.05 0.02 0.00 0.09 0.02 0.04 0.02 0.03 0.10 0.17 0.08
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.13 0.18 0.09
C4 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.02 0.08 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.08 0.13 0.07
C4' 0.04 0.10 0.07 0.06 0.09 0.04 0.03 0.07 0.02 0.05 0.12 0.11 0.04 0.07 0.12 0.04 0.07 0.14 0.16 0.10
C5 0.03 0.09 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.10 0.02 0.07 0.06 0.04 0.06 0.11 0.14 0.09
C5' 0.08 0.14 0.12 0.10 0.15 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.17 0.15 0.11 0.11 0.19 0.07 0.10 0.18 0.17 0.13
C6 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.10 0.05
C8 0.05 0.11 0.08 0.08 0.11 0.06 0.05 0.09 0.03 0.07 0.12 0.12 0.06 0.09 0.13 0.06 0.09 0.17 0.19 0.13
N1 0.08 0.03 0.09 0.06 0.10 0.06 0.17 0.06 0.19 0.11 0.04 0.03 0.11 0.01 0.08 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01
N3 0.08 0.05 0.09 0.06 0.15 0.05 0.19 0.03 0.16 0.10 0.07 0.00 0.13 0.02 0.14 0.04 0.01 0.02 0.10 0.03
N6 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.09 0.12 0.06 0.10 0.06 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07
N7 0.07 0.12 0.10 0.09 0.12 0.07 0.07 0.10 0.05 0.09 0.14 0.13 0.08 0.10 0.14 0.08 0.10 0.17 0.18 0.13
N9 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.04 0.03 0.06 0.12 0.17 0.10
O2' 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.10 0.01 0.09 0.06 0.04 0.02 0.12 0.03 0.08 0.02 0.04 0.10 0.18 0.08
O3' 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.04 0.13 0.19 0.09
O4' 0.04 0.10 0.06 0.05 0.07 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.12 0.12 0.04 0.08 0.10 0.04 0.06 0.13 0.15 0.10
O5' 0.07 0.00 0.04 0.06 0.00 0.08 0.07 0.05 0.09 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.00
OP1 0.75 0.69 0.75 0.81 0.58 0.84 0.61 0.88 0.67 0.71 0.62 0.71 0.69 0.83 0.50 0.83 0.94 1.09 1.10 1.04
OP2 0.00 0.13 0.06 0.01 0.21 0.08 0.11 0.08 0.03 0.05 0.21 0.14 0.09 0.00 0.32 0.07 0.12 0.05 0.14 0.13
P 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.04 0.12 0.04 0.07 0.10 0.11 0.06 0.11 0.09 0.09 0.15 0.29 0.28 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.10 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.12 0.15 0.10
C4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.13 0.13 0.09
C5' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.06 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.13 0.07
O2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.13 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00
O3' 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.10 0.02 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.14 0.18 0.12
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00
O5' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.03 0.00 0.05 0.12 0.05 0.13 0.01 0.09 0.04 0.07 0.01 0.01 0.10 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.10 0.03 0.01 0.15 0.02 0.13 0.03 0.09 0.07 0.13 0.08 0.02 0.02 0.18 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.04 0.01 0.02 0.10 0.03 0.09 0.01 0.07 0.04 0.07 0.02 0.00 0.04 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00