ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 4937

back

Distances from reference structure (by RMSD)

45, 10, 4, 3, 5, 10, 6, 5, 51, 4, 7, 13, 66, 4, 3, 11, 1, 9, 9, 115,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.346, 0.828, 1.309, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.828 std_dev=0.481
C5 A 0, 0.406, 0.945, 1.485, 3.105 max_d=3.105 avg_d=0.945 std_dev=0.540
C1' B 0, 0.259, 0.897, 1.534, 3.495 max_d=3.495 avg_d=0.897 std_dev=0.638
C4 A 0, 0.387, 1.058, 1.728, 4.777 max_d=4.777 avg_d=1.058 std_dev=0.670
N9 B 0, 0.462, 1.136, 1.811, 3.188 max_d=3.188 avg_d=1.136 std_dev=0.675
C4 B 0, 0.235, 0.975, 1.716, 2.360 max_d=2.360 avg_d=0.975 std_dev=0.740
C4' A 0, 0.283, 1.067, 1.850, 7.046 max_d=7.046 avg_d=1.067 std_dev=0.784
N3 B 0, 0.484, 1.290, 2.096, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.290 std_dev=0.806
N4 A 0, 0.384, 1.211, 2.037, 7.033 max_d=7.033 avg_d=1.211 std_dev=0.827
O4' B 0, 0.230, 1.071, 1.911, 5.654 max_d=5.654 avg_d=1.071 std_dev=0.840
C5' A 0, 0.441, 1.282, 2.123, 8.165 max_d=8.165 avg_d=1.282 std_dev=0.841
N1 A 0, 0.043, 0.985, 1.926, 2.774 max_d=2.774 avg_d=0.985 std_dev=0.941
C3' A 0, 0.356, 1.350, 2.345, 6.887 max_d=6.887 avg_d=1.350 std_dev=0.995
O4' A 0, 0.269, 1.284, 2.298, 5.451 max_d=5.451 avg_d=1.284 std_dev=1.015
C2' B 0, 0.339, 1.378, 2.417, 4.939 max_d=4.939 avg_d=1.378 std_dev=1.039
N3 A 0, 0.287, 1.348, 2.409, 4.640 max_d=4.640 avg_d=1.348 std_dev=1.061
C5 B 0, 0.628, 1.698, 2.768, 3.626 max_d=3.626 avg_d=1.698 std_dev=1.070
O5' A 0, 0.851, 1.933, 3.015, 10.751 max_d=10.751 avg_d=1.933 std_dev=1.082
C2 B 0, 0.678, 1.793, 2.908, 4.587 max_d=4.587 avg_d=1.793 std_dev=1.115
C4' B 0, 0.244, 1.415, 2.587, 6.999 max_d=6.999 avg_d=1.415 std_dev=1.171
C3' B 0, 0.180, 1.357, 2.533, 6.125 max_d=6.125 avg_d=1.357 std_dev=1.177
C2' A 0, 0.435, 1.637, 2.839, 5.553 max_d=5.553 avg_d=1.637 std_dev=1.202
C1' A 0, 0.000, 1.237, 2.474, 4.035 max_d=4.035 avg_d=1.237 std_dev=1.237
C2 A 0, 0.102, 1.375, 2.649, 3.750 max_d=3.750 avg_d=1.375 std_dev=1.274
O5' B 0, 0.179, 1.553, 2.926, 8.115 max_d=8.115 avg_d=1.553 std_dev=1.373
C6 B 0, 0.490, 1.870, 3.250, 5.220 max_d=5.220 avg_d=1.870 std_dev=1.380
O3' A 0, 0.517, 1.919, 3.320, 9.021 max_d=9.021 avg_d=1.919 std_dev=1.401
C8 B 0, 0.567, 1.974, 3.381, 4.757 max_d=4.757 avg_d=1.974 std_dev=1.407
N1 B 0, 0.272, 1.697, 3.122, 4.621 max_d=4.621 avg_d=1.697 std_dev=1.425
OP2 B 0, 0.265, 1.740, 3.216, 9.997 max_d=9.997 avg_d=1.740 std_dev=1.475
O3' B 0, 0.322, 1.800, 3.277, 7.548 max_d=7.548 avg_d=1.800 std_dev=1.478
P A 0, 0.590, 2.124, 3.658, 12.356 max_d=12.356 avg_d=2.124 std_dev=1.534
C5' B 0, 0.240, 1.777, 3.314, 8.857 max_d=8.857 avg_d=1.777 std_dev=1.537
N7 B 0, 0.754, 2.321, 3.887, 5.110 max_d=5.110 avg_d=2.321 std_dev=1.567
O2' B 0, 0.473, 2.075, 3.677, 6.901 max_d=6.901 avg_d=2.075 std_dev=1.602
OP2 A 0, 0.705, 2.382, 4.059, 11.399 max_d=11.399 avg_d=2.382 std_dev=1.677
P B 0, 0.293, 1.991, 3.688, 10.034 max_d=10.034 avg_d=1.991 std_dev=1.698
N2 B 0, 0.848, 2.555, 4.263, 6.646 max_d=6.646 avg_d=2.555 std_dev=1.708
O6 B 0, 0.761, 2.505, 4.248, 7.420 max_d=7.420 avg_d=2.505 std_dev=1.744
O2 A 0, 0.064, 1.876, 3.687, 5.221 max_d=5.221 avg_d=1.876 std_dev=1.811
O2' A 0, 0.925, 2.783, 4.642, 7.778 max_d=7.778 avg_d=2.783 std_dev=1.859
OP1 A 0, 0.707, 2.747, 4.787, 14.847 max_d=14.847 avg_d=2.747 std_dev=2.040
OP1 B 0, 0.935, 2.996, 5.057, 11.760 max_d=11.760 avg_d=2.996 std_dev=2.061

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.27 0.01 0.26 0.27 0.41 0.18
C2 0.02 0.00 0.11 0.22 0.01 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.13 0.07 0.50 0.45 0.59 0.39
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.14 0.24 0.15 0.03 0.08 0.09 0.23 0.01 0.03 0.01 0.17 0.27 0.75 0.37
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.28 0.01 0.28 0.02 0.24 0.18 0.26 0.30 0.20 0.02 0.01 0.01 0.18 0.29 0.46 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.28 0.00 0.10 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.15 0.04 0.70 0.69 0.91 0.65
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.06 0.11 0.07 0.27 0.03 0.01 0.02 0.23 0.34 0.08
C5 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.13 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.19 0.07 0.74 0.74 0.93 0.70
C5' 0.14 0.21 0.24 0.02 0.29 0.01 0.33 0.00 0.31 0.22 0.25 0.31 0.18 0.08 0.21 0.02 0.01 0.34 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.24 0.01 0.13 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.14 0.08 0.66 0.61 0.69 0.56
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.06 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.09 0.02 0.49 0.44 0.53 0.37
N3 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.06 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.12 0.05 0.60 0.57 0.76 0.52
N4 0.03 0.02 0.09 0.30 0.01 0.11 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.19 0.05 0.73 0.77 1.04 0.72
O2 0.04 0.01 0.23 0.20 0.02 0.07 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.24 0.12 0.40 0.36 0.51 0.29
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.32 0.27 0.29 0.08 0.23 0.17 0.29 0.36 0.23 0.00 0.06 0.19 0.12 0.27 0.82 0.33
O3' 0.27 0.13 0.03 0.01 0.15 0.03 0.19 0.21 0.14 0.09 0.12 0.19 0.24 0.06 0.00 0.25 0.23 0.55 0.44 0.28
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.05 0.12 0.19 0.25 0.00 0.31 0.41 0.24 0.24
O5' 0.26 0.50 0.17 0.18 0.70 0.02 0.74 0.01 0.66 0.49 0.60 0.73 0.40 0.12 0.23 0.31 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.27 0.45 0.27 0.29 0.69 0.23 0.74 0.34 0.61 0.44 0.57 0.77 0.36 0.27 0.55 0.41 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.59 0.75 0.46 0.91 0.34 0.93 0.36 0.69 0.53 0.76 1.04 0.51 0.82 0.44 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.39 0.37 0.21 0.65 0.08 0.70 0.02 0.56 0.37 0.52 0.72 0.29 0.33 0.28 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.18 2.86 1.18 0.98 2.31 0.69 2.62 0.48 3.04 1.84 3.13 2.91 2.43 2.32 1.75 1.23 1.15 0.91 0.36 3.20 0.85 0.24 0.30
C2 1.18 2.96 0.94 0.70 2.52 0.54 3.10 0.44 3.57 2.33 3.43 2.95 2.46 2.96 1.97 0.94 0.81 0.97 0.28 3.88 0.96 0.24 0.31
C2' 1.06 2.69 1.09 1.01 2.09 0.85 2.44 0.74 2.92 1.66 3.01 2.80 2.21 2.17 1.55 1.20 1.24 0.95 0.46 3.16 1.17 0.32 0.52
C3' 0.96 2.17 1.12 1.12 1.68 0.94 1.95 0.77 2.35 1.30 2.42 2.26 1.79 1.72 1.24 1.31 1.46 0.92 0.55 2.57 0.87 0.41 0.41
C4 1.02 2.27 0.78 0.54 2.08 0.45 2.66 0.44 2.89 2.34 2.63 2.32 1.92 2.85 1.77 0.84 0.61 0.86 0.27 3.19 0.86 0.26 0.28
C4' 0.98 2.02 1.25 1.19 1.56 0.89 1.70 0.67 2.03 1.12 2.15 2.13 1.73 1.45 1.17 1.43 1.50 0.82 0.52 2.17 0.74 0.30 0.36
C5 0.91 1.88 0.88 0.69 1.77 0.48 2.22 0.43 2.35 2.04 2.15 1.92 1.62 2.39 1.55 0.97 0.77 0.72 0.31 2.56 0.70 0.25 0.24
C5' 0.98 1.34 1.30 1.35 1.05 1.06 1.11 0.85 1.35 0.78 1.41 1.43 1.19 0.96 0.87 1.56 1.69 0.88 0.68 1.50 0.82 0.43 0.52
C6 1.00 2.06 1.03 0.88 1.89 0.61 2.25 0.47 2.44 1.87 2.32 2.04 1.80 2.24 1.58 1.11 1.00 0.78 0.36 2.61 0.71 0.24 0.26
N1 1.12 2.66 1.04 0.85 2.30 0.60 2.72 0.45 3.07 2.05 3.00 2.63 2.26 2.55 1.80 1.08 0.98 0.88 0.32 3.26 0.85 0.23 0.29
N3 1.15 2.74 0.83 0.57 2.41 0.51 3.05 0.46 3.44 2.45 3.21 2.75 2.29 3.09 1.96 0.85 0.65 0.98 0.27 3.82 0.96 0.25 0.32
N4 1.01 2.13 0.74 0.45 1.93 0.49 2.53 0.51 2.72 2.38 2.44 2.28 1.80 2.86 1.71 0.81 0.49 0.90 0.32 3.07 0.85 0.32 0.31
O2 1.26 3.31 0.96 0.70 2.69 0.56 3.28 0.45 3.91 2.36 3.85 3.35 2.70 3.05 2.05 0.94 0.82 1.03 0.28 4.30 1.01 0.24 0.33
O2' 1.11 3.01 1.11 0.97 2.23 0.80 2.56 0.75 3.12 1.67 3.31 3.22 2.44 2.22 1.61 1.20 1.19 0.95 0.52 3.37 1.40 0.48 0.70
O3' 1.01 2.22 1.13 1.11 1.67 0.95 1.94 0.76 2.38 1.28 2.48 2.36 1.81 1.70 1.24 1.35 1.49 0.98 0.53 2.62 0.86 0.39 0.37
O4' 1.19 2.47 1.34 1.14 2.02 0.82 2.15 0.58 2.46 1.53 2.58 2.52 2.18 1.87 1.56 1.42 1.32 0.91 0.50 2.56 0.63 0.30 0.33
O5' 1.01 1.09 1.30 1.51 0.94 1.29 1.06 1.14 1.26 0.88 1.23 1.13 0.99 1.04 0.86 1.48 1.85 1.03 1.05 1.46 0.91 0.86 0.87
OP1 1.35 0.93 1.47 1.71 0.88 1.64 0.83 1.49 0.90 0.93 0.89 1.05 1.00 0.90 1.00 1.67 2.14 1.42 1.28 1.07 1.25 0.99 1.13
OP2 1.11 0.71 1.24 1.53 0.72 1.56 0.85 1.54 0.94 0.95 0.81 0.78 0.74 1.01 0.83 1.43 1.79 1.26 1.42 1.18 1.54 1.34 1.34
P 1.21 0.69 1.40 1.69 0.72 1.57 0.71 1.43 0.78 0.82 0.71 0.76 0.78 0.80 0.86 1.56 2.09 1.30 1.24 0.99 1.18 0.95 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.35 0.01 0.36 0.03 0.51 0.60 0.39
C2 0.05 0.00 0.41 0.46 0.01 0.59 0.01 1.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.39 0.45 1.05 0.02 1.47 1.37 1.25
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.22 0.16 0.23 0.30 0.50 0.41 0.15 0.04 0.01 0.05 0.03 0.45 0.12 0.56 0.63 0.53
C3' 0.02 0.46 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.02 0.37 0.46 0.40 0.58 0.44 0.45 0.24 0.03 0.01 0.02 0.20 0.39 0.28 0.25 0.18
C4 0.02 0.01 0.20 0.29 0.00 0.28 0.01 0.60 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.21 0.23 0.52 0.02 0.74 0.97 0.48
C4' 0.01 0.59 0.02 0.01 0.28 0.00 0.21 0.01 0.28 0.39 0.45 0.75 0.56 0.31 0.13 0.31 0.03 0.01 0.02 0.26 0.23 0.14 0.09
C5 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.21 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.16 0.11 0.69 0.02 0.82 1.38 0.69
C5' 0.11 1.22 0.22 0.02 0.60 0.01 0.46 0.00 0.64 0.61 0.97 1.54 1.11 0.53 0.26 0.13 0.22 0.02 0.01 0.58 0.13 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.37 0.01 0.28 0.01 0.64 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.21 0.20 0.66 0.01 0.89 1.36 0.66
C8 0.02 0.02 0.23 0.46 0.01 0.39 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.21 0.24 1.22 0.03 1.25 1.84 1.36
N1 0.04 0.01 0.30 0.40 0.02 0.45 0.01 0.97 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.30 0.34 0.80 0.01 1.19 1.27 0.91
N2 0.06 0.01 0.50 0.58 0.02 0.75 0.02 1.54 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.43 0.50 0.53 1.46 0.02 2.02 1.87 1.84
N3 0.05 0.01 0.41 0.44 0.01 0.56 0.01 1.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.39 0.44 0.92 0.02 1.24 1.14 1.03
N7 0.02 0.01 0.15 0.45 0.01 0.31 0.01 0.53 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.23 0.13 1.13 0.03 1.22 1.95 1.30
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.25 0.14 0.02 0.61 0.02 0.68 1.05 0.61
O2' 0.03 0.39 0.01 0.03 0.31 0.31 0.41 0.13 0.45 0.39 0.42 0.43 0.34 0.45 0.25 0.00 0.09 0.23 0.36 0.50 0.48 0.65 0.47
O3' 0.35 0.39 0.05 0.01 0.21 0.03 0.16 0.22 0.21 0.21 0.30 0.50 0.39 0.23 0.14 0.09 0.00 0.23 0.27 0.23 0.45 0.31 0.29
O4' 0.01 0.45 0.03 0.02 0.23 0.01 0.11 0.02 0.20 0.24 0.34 0.53 0.44 0.13 0.02 0.23 0.23 0.00 0.34 0.15 0.54 0.48 0.37
O5' 0.36 1.05 0.45 0.20 0.52 0.02 0.69 0.01 0.66 1.22 0.80 1.46 0.92 1.13 0.61 0.36 0.27 0.34 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.39 0.02 0.26 0.02 0.58 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.50 0.23 0.15 0.75 0.00 0.95 1.58 0.78
OP1 0.51 1.47 0.56 0.28 0.74 0.23 0.82 0.13 0.89 1.25 1.19 2.02 1.24 1.22 0.68 0.48 0.45 0.54 0.02 0.95 0.00 0.02 0.01
OP2 0.60 1.37 0.63 0.25 0.97 0.14 1.38 0.18 1.36 1.84 1.27 1.87 1.14 1.95 1.05 0.65 0.31 0.48 0.02 1.58 0.02 0.00 0.01
P 0.39 1.25 0.53 0.18 0.48 0.09 0.69 0.02 0.66 1.36 0.91 1.84 1.03 1.30 0.61 0.47 0.29 0.37 0.01 0.78 0.01 0.01 0.00