ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49370

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O3' B 0, 0.000, 0.240, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C1' B 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O2 B 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O2' A 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C3' B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C2 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C5' B 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C2' B 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
P A 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
O2' B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C4' A 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C3' A 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O5' B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
C5 B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O5' A 0, 0.000, 0.464, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C4 B 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
OP1 A 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
P B 0, 0.000, 0.525, 1.049, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.525 std_dev=0.525
OP1 B 0, 0.000, 0.540, 1.080, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.540 std_dev=0.540
O3' A 0, 0.000, 0.568, 1.137, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.568 std_dev=0.568
C5' A 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
O4 B 0, 0.000, 0.594, 1.188, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.594 std_dev=0.594
OP2 B 0, 0.000, 0.629, 1.259, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.629 std_dev=0.629

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.03 0.08
C2 0.03 0.00 0.15 0.15 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.15 0.20 0.01 0.01 0.14 0.05 0.03
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.12 0.14 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.13 0.16 0.02
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.07 0.12 0.13 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.20 0.07
C4 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.02 0.04 0.14 0.06 0.02
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.04 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.09 0.07 0.09 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.13 0.02 0.01 0.08 0.14 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.02 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.03 0.08 0.05 0.09 0.03
C8 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.13 0.09 0.09 0.02
N1 0.02 0.01 0.12 0.12 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.17 0.02 0.04 0.09 0.06 0.00
N3 0.03 0.00 0.14 0.13 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.14 0.17 0.01 0.01 0.17 0.04 0.04
N6 0.00 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.06
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.15 0.02 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.05 0.04
O2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.12 0.14 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.17 0.13 0.01
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.07 0.17 0.17 0.09 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.28 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.28 0.06 0.15
O5' 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.09 0.00 0.08 0.13 0.04 0.01 0.10 0.15 0.05 0.00 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.23 0.14 0.13 0.04 0.14 0.12 0.07 0.01 0.05 0.09 0.09 0.17 0.01 0.02 0.17 0.17 0.04 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.16 0.20 0.06 0.07 0.09 0.02 0.09 0.09 0.06 0.04 0.09 0.12 0.05 0.13 0.28 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04 0.01 0.13 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03
C2 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.07 0.08 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03
C2' 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.04 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02
C3' 0.07 0.03 0.07 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03
C5 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04
C5' 0.06 0.10 0.07 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.08 0.13 0.08 0.08 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06
C8 0.05 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.08 0.05 0.04 0.01 0.09 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03
N1 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
N3 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05
N6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.09 0.10 0.10
N7 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.03 0.08 0.02 0.07 0.07 0.08 0.04 0.05 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06
N9 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
O2' 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00
O3' 0.11 0.06 0.12 0.13 0.06 0.13 0.09 0.13 0.11 0.10 0.06 0.05 0.11 0.12 0.05 0.12 0.15 0.14 0.12 0.13
O4' 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
O5' 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.09 0.14 0.09 0.09 0.06 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02
OP1 0.04 0.02 0.05 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.06 0.06
OP2 0.07 0.09 0.08 0.10 0.06 0.11 0.05 0.12 0.06 0.07 0.07 0.11 0.07 0.10 0.05 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09
P 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.10 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.09 0.07
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.00 0.07 0.10 0.12 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.09 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04
C4 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C5 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.08 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.11 0.09
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.09 0.07
O2 0.06 0.01 0.09 0.08 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.07 0.05 0.03 0.10 0.12 0.15 0.12
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.05 0.10 0.07
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
O4 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05
O5' 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.10 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.07 0.10 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.09 0.07 0.12 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.12 0.09 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.08 0.11 0.09 0.15 0.10 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.06 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00