ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49371

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C3' B 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' B 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' B 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C2' B 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O3' B 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O2' B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O2 B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C5' B 0, 0.000, 0.346, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O4' A 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
N3 B 0, 0.000, 0.367, 0.734, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C5 B 0, 0.000, 0.430, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C2' A 0, 0.000, 0.472, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.472 std_dev=0.472
O4 B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C4' A 0, 0.000, 0.646, 1.292, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.646 std_dev=0.646
P B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
O5' B 0, 0.000, 0.710, 1.419, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.710 std_dev=0.710
C3' A 0, 0.000, 0.736, 1.473, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.736 std_dev=0.736
O2' A 0, 0.000, 0.769, 1.538, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.769 std_dev=0.769
OP2 B 0, 0.000, 0.774, 1.547, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.774 std_dev=0.774
OP1 A 0, 0.000, 0.823, 1.646, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.823 std_dev=0.823
P A 0, 0.000, 0.849, 1.699, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.849 std_dev=0.849
OP2 A 0, 0.000, 0.888, 1.775, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.888 std_dev=0.888
OP1 B 0, 0.000, 1.035, 2.069, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.035 std_dev=1.035
O3' A 0, 0.000, 1.073, 2.146, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.073 std_dev=1.073
C5' A 0, 0.000, 1.177, 2.353, 2.353 max_d=2.353 avg_d=1.177 std_dev=1.177
O5' A 0, 0.000, 1.194, 2.388, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.194 std_dev=1.194

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.28 0.12 0.29 0.02
C2 0.01 0.00 0.16 0.09 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.15 0.01 0.41 0.10 0.28 0.02
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.14 0.10 0.17 0.03 0.11 0.05 0.00 0.04 0.01 0.20 0.31 0.43 0.13
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.15 0.03 0.11 0.32 0.01 0.10 0.18 0.30 0.14 0.02 0.00 0.02 0.13 0.34 0.50 0.22
C4 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.07 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.00 0.32 0.16 0.34 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.15 0.02 0.13 0.27 0.04 0.02 0.18 0.25 0.12 0.03 0.00 0.00 0.03 0.15 0.38 0.09
C5 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.15 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.15 0.01 0.24 0.23 0.39 0.11
C5' 0.05 0.12 0.00 0.03 0.20 0.02 0.31 0.00 0.29 0.44 0.19 0.09 0.36 0.44 0.23 0.01 0.09 0.00 0.01 0.11 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.27 0.22 0.36 0.11
C8 0.01 0.00 0.14 0.32 0.00 0.27 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.34 0.01 0.07 0.31 0.48 0.19
N1 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.05 0.00 0.37 0.14 0.30 0.03
N3 0.01 0.00 0.17 0.10 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.15 0.01 0.40 0.09 0.28 0.03
N6 0.02 0.00 0.03 0.18 0.01 0.18 0.02 0.36 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.19 0.01 0.20 0.27 0.38 0.18
N7 0.01 0.00 0.11 0.30 0.00 0.25 0.00 0.44 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.32 0.01 0.09 0.32 0.48 0.22
N9 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.25 0.19 0.36 0.06
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.11 0.03 0.05 0.01 0.09 0.09 0.19 0.24 0.05 0.05 0.01 0.00 0.08 0.08 0.06 0.41 0.46 0.21
O3' 0.02 0.15 0.04 0.00 0.03 0.00 0.15 0.09 0.10 0.34 0.05 0.15 0.19 0.32 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.50 0.54 0.34
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00 0.27 0.04 0.14 0.16
O5' 0.28 0.41 0.20 0.13 0.32 0.03 0.24 0.01 0.27 0.07 0.37 0.40 0.20 0.09 0.25 0.06 0.02 0.27 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.12 0.10 0.31 0.34 0.16 0.15 0.23 0.11 0.22 0.31 0.14 0.09 0.27 0.32 0.19 0.41 0.50 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00
OP2 0.29 0.28 0.43 0.50 0.34 0.38 0.39 0.33 0.36 0.48 0.30 0.28 0.38 0.48 0.36 0.46 0.54 0.14 0.00 0.06 0.00 0.01
P 0.02 0.02 0.13 0.22 0.03 0.09 0.11 0.01 0.11 0.19 0.03 0.03 0.18 0.22 0.06 0.21 0.34 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.02 0.03 0.09 0.11 0.09 0.01 0.10 0.16 0.07 0.01 0.04 0.00 0.29 0.52 0.23 0.37
C2 0.03 0.09 0.04 0.02 0.05 0.04 0.18 0.14 0.16 0.01 0.07 0.16 0.10 0.01 0.04 0.01 0.14 0.30 0.12 0.25
C2' 0.06 0.19 0.06 0.00 0.13 0.04 0.01 0.13 0.04 0.07 0.22 0.27 0.10 0.00 0.17 0.00 0.28 0.42 0.24 0.34
C3' 0.03 0.10 0.03 0.12 0.01 0.16 0.14 0.26 0.16 0.03 0.11 0.19 0.02 0.12 0.04 0.11 0.15 0.24 0.08 0.16
C4 0.03 0.10 0.04 0.01 0.01 0.03 0.10 0.12 0.10 0.01 0.09 0.16 0.08 0.01 0.03 0.00 0.26 0.46 0.21 0.35
C4' 0.05 0.05 0.05 0.13 0.06 0.16 0.20 0.26 0.20 0.07 0.04 0.13 0.01 0.14 0.04 0.11 0.14 0.30 0.05 0.16
C5 0.03 0.10 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.12 0.07 0.02 0.10 0.15 0.05 0.02 0.05 0.00 0.29 0.46 0.25 0.36
C5' 0.19 0.12 0.20 0.29 0.27 0.31 0.41 0.43 0.39 0.23 0.15 0.02 0.11 0.30 0.27 0.25 0.05 0.08 0.18 0.08
C6 0.05 0.11 0.05 0.00 0.03 0.03 0.07 0.12 0.07 0.04 0.10 0.16 0.07 0.01 0.04 0.01 0.25 0.38 0.23 0.33
C8 0.03 0.11 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.04 0.12 0.15 0.04 0.01 0.09 0.01 0.35 0.58 0.30 0.42
N1 0.03 0.09 0.03 0.02 0.03 0.04 0.16 0.15 0.15 0.00 0.07 0.15 0.09 0.01 0.02 0.01 0.15 0.28 0.14 0.25
N3 0.03 0.09 0.04 0.01 0.02 0.03 0.15 0.13 0.13 0.00 0.08 0.17 0.10 0.00 0.01 0.00 0.20 0.38 0.16 0.30
N6 0.07 0.13 0.06 0.01 0.07 0.02 0.00 0.11 0.01 0.07 0.12 0.16 0.07 0.00 0.08 0.04 0.30 0.36 0.28 0.35
N7 0.04 0.11 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.09 0.03 0.04 0.12 0.14 0.04 0.02 0.09 0.01 0.35 0.56 0.31 0.42
N9 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.03 0.08 0.11 0.08 0.01 0.10 0.15 0.06 0.01 0.05 0.00 0.30 0.52 0.24 0.38
O2' 0.13 0.31 0.14 0.08 0.27 0.02 0.11 0.07 0.07 0.17 0.35 0.37 0.16 0.07 0.33 0.06 0.34 0.50 0.32 0.43
O3' 0.02 0.15 0.02 0.11 0.06 0.17 0.11 0.28 0.14 0.00 0.17 0.25 0.03 0.12 0.11 0.11 0.13 0.18 0.08 0.13
O4' 0.05 0.09 0.06 0.02 0.03 0.01 0.12 0.07 0.10 0.01 0.07 0.16 0.12 0.02 0.02 0.03 0.32 0.56 0.22 0.37
O5' 0.38 0.45 0.38 0.28 0.29 0.26 0.17 0.14 0.20 0.34 0.42 0.55 0.44 0.26 0.29 0.32 0.53 0.57 0.39 0.46
OP1 0.15 0.08 0.14 0.19 0.18 0.20 0.28 0.25 0.28 0.17 0.09 0.00 0.09 0.19 0.17 0.19 0.16 0.20 0.08 0.10
OP2 0.20 0.19 0.18 0.22 0.32 0.22 0.41 0.27 0.38 0.26 0.23 0.11 0.12 0.20 0.33 0.23 0.11 0.22 0.03 0.06
P 0.05 0.02 0.05 0.11 0.08 0.13 0.19 0.20 0.18 0.07 0.01 0.10 0.00 0.12 0.07 0.09 0.21 0.28 0.12 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.11 0.18 0.10
C2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.11 0.01 0.03
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.31 0.10 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.21 0.39 0.11 0.12
C4 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.18 0.06 0.05 0.08
C4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.24 0.23 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.17 0.09 0.18
C5' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.14 0.00 0.13 0.00 0.10 0.08 0.13 0.07 0.00 0.02 0.16 0.03 0.00 0.17 0.26 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.13 0.19 0.21
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.12 0.11
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.19 0.06 0.08 0.02
O2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.15 0.19 0.03 0.02
O2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.38 0.10 0.08
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.00 0.07 0.02 0.26 0.60 0.03 0.26
O4 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.20 0.07 0.12 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.02 0.27 0.17
O5' 0.02 0.15 0.14 0.21 0.18 0.01 0.11 0.00 0.05 0.09 0.19 0.15 0.10 0.26 0.20 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.11 0.31 0.39 0.06 0.24 0.17 0.17 0.13 0.03 0.06 0.19 0.38 0.60 0.07 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01
OP2 0.18 0.01 0.10 0.11 0.05 0.23 0.09 0.26 0.19 0.12 0.08 0.03 0.10 0.03 0.12 0.27 0.02 0.05 0.00 0.01
P 0.10 0.03 0.05 0.12 0.08 0.01 0.18 0.00 0.21 0.11 0.02 0.02 0.08 0.26 0.05 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00