ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2' B 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C3' B 0, 0.000, 0.228, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.228 std_dev=0.228
O4' A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C2' A 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
O2' A 0, 0.000, 0.348, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C4' A 0, 0.000, 0.357, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.357 std_dev=0.357
O4' B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
O2' B 0, 0.000, 0.432, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C3' A 0, 0.000, 0.439, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C4' B 0, 0.000, 0.501, 1.003, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.501 std_dev=0.501
O3' A 0, 0.000, 0.652, 1.304, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.652 std_dev=0.652
C5' A 0, 0.000, 0.684, 1.369, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.684 std_dev=0.684
N1 B 0, 0.000, 0.707, 1.415, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.707 std_dev=0.707
C6 B 0, 0.000, 0.890, 1.779, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.890 std_dev=0.890
O5' A 0, 0.000, 0.906, 1.813, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.906 std_dev=0.906
C5' B 0, 0.000, 0.959, 1.918, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.959 std_dev=0.959
O5' B 0, 0.000, 0.959, 1.919, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.959 std_dev=0.959
C2 B 0, 0.000, 0.967, 1.935, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.967 std_dev=0.967
O2 B 0, 0.000, 0.994, 1.988, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.994 std_dev=0.994
C5 B 0, 0.000, 1.220, 2.440, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.220 std_dev=1.220
OP1 A 0, 0.000, 1.225, 2.450, 2.450 max_d=2.450 avg_d=1.225 std_dev=1.225
N3 B 0, 0.000, 1.286, 2.573, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.286 std_dev=1.286
P A 0, 0.000, 1.301, 2.601, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.301 std_dev=1.301
C4 B 0, 0.000, 1.413, 2.827, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.413 std_dev=1.413
P B 0, 0.000, 1.508, 3.016, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.508 std_dev=1.508
OP2 B 0, 0.000, 1.736, 3.473, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.736 std_dev=1.736
O4 B 0, 0.000, 1.742, 3.485, 3.485 max_d=3.485 avg_d=1.742 std_dev=1.742
OP1 B 0, 0.000, 1.748, 3.496, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.748 std_dev=1.748
OP2 A 0, 0.000, 1.863, 3.726, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.863 std_dev=1.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.01
C2 0.04 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07 0.11 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.07 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.07 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.16 0.01 0.05 0.08 0.14 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.08 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.06
C5 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.05 0.00 0.09 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01
C6 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.06 0.00 0.11 0.06
C8 0.00 0.01 0.09 0.16 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.18 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03
N1 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.09 0.03 0.12 0.07
N3 0.04 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.06 0.10 0.08 0.10 0.06
N6 0.03 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.05 0.04 0.12 0.07
N7 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.18 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04
N9 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.06 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.15 0.03 0.02
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.18 0.00 0.07 0.11 0.18 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.24 0.22 0.17
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.05 0.02
O5' 0.04 0.10 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.09 0.10 0.05 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.11 0.07 0.15 0.17 0.05 0.11 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04 0.04 0.05 0.15 0.24 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.11 0.07 0.13 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.06 0.12 0.10 0.12 0.08 0.06 0.03 0.22 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.06 0.10 0.04 0.06 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.10 0.02 0.09 0.16 0.04 0.05
C2 0.03 0.14 0.04 0.03 0.10 0.08 0.04 0.14 0.01 0.05 0.14 0.18 0.06 0.03 0.12 0.08 0.05 0.07 0.23 0.16
C2' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.10 0.17 0.04 0.05
C3' 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.20 0.02 0.07
C4 0.01 0.07 0.01 0.01 0.12 0.01 0.10 0.00 0.07 0.05 0.10 0.06 0.03 0.03 0.14 0.01 0.08 0.12 0.05 0.03
C4' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.09 0.05 0.09 0.09 0.07 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.11 0.02 0.15 0.25 0.04 0.12
C5 0.03 0.08 0.02 0.01 0.15 0.04 0.15 0.08 0.12 0.08 0.12 0.05 0.07 0.02 0.17 0.04 0.16 0.23 0.07 0.13
C5' 0.08 0.09 0.06 0.09 0.15 0.13 0.15 0.17 0.13 0.10 0.12 0.06 0.03 0.09 0.16 0.10 0.22 0.35 0.14 0.21
C6 0.05 0.11 0.00 0.00 0.17 0.02 0.15 0.04 0.12 0.10 0.14 0.09 0.05 0.03 0.18 0.04 0.13 0.17 0.03 0.08
C8 0.02 0.05 0.04 0.02 0.15 0.07 0.16 0.15 0.13 0.06 0.09 0.01 0.11 0.01 0.17 0.06 0.22 0.34 0.15 0.22
N1 0.05 0.15 0.03 0.02 0.14 0.06 0.09 0.10 0.06 0.09 0.16 0.17 0.03 0.03 0.15 0.05 0.00 0.01 0.14 0.09
N3 0.02 0.10 0.02 0.02 0.10 0.05 0.05 0.09 0.02 0.05 0.12 0.13 0.03 0.02 0.12 0.05 0.00 0.01 0.18 0.10
N6 0.08 0.12 0.01 0.03 0.20 0.08 0.21 0.15 0.18 0.13 0.16 0.07 0.11 0.03 0.22 0.12 0.21 0.28 0.16 0.20
N7 0.03 0.06 0.04 0.02 0.17 0.09 0.19 0.19 0.15 0.08 0.10 0.01 0.13 0.01 0.19 0.09 0.25 0.37 0.20 0.26
N9 0.00 0.05 0.03 0.01 0.11 0.01 0.11 0.05 0.07 0.04 0.08 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.13 0.19 0.01 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.11 0.00 0.10 0.15 0.07 0.03
O3' 0.05 0.03 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.03 0.03 0.04 0.08 0.18 0.04 0.05
O4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.02 0.10 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.13 0.20 0.01 0.09
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.08 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.14 0.25 0.05 0.13
OP1 0.07 0.11 0.04 0.05 0.17 0.07 0.15 0.10 0.12 0.10 0.14 0.10 0.01 0.04 0.19 0.06 0.16 0.26 0.07 0.14
OP2 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.17 0.01 0.05
P 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.10 0.01 0.12 0.23 0.03 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.05 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.16 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.07 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.14 0.25 0.15
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01 0.06 0.14 0.25 0.16
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.09 0.04 0.00 0.00 0.10 0.00 0.00 0.11 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.01 0.03 0.07 0.17 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.09 0.21 0.12
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.00 0.00
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.04 0.01
O4 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.17 0.28 0.16
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.03 0.02
O5' 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.06 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.03 0.07 0.07 0.14 0.10 0.14 0.11 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.17 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.16 0.01 0.01 0.25 0.01 0.25 0.01 0.17 0.12 0.21 0.13 0.00 0.04 0.28 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.01 0.00 0.15 0.01 0.16 0.00 0.11 0.07 0.12 0.07 0.00 0.01 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00