ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49373

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' B 0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O4 B 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C2 B 0, 0.000, 0.084, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.084
N3 B 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C4 B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
N1 B 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
OP2 A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
P A 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C4' B 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O2 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O3' B 0, 0.000, 0.145, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.145 std_dev=0.145
O5' B 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C1' B 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
OP1 A 0, 0.000, 0.156, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.156 std_dev=0.156
O3' A 0, 0.000, 0.157, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
P B 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C5' B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C3' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
OP1 B 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.000, 0.291, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.000, 0.542, 1.084, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.542 std_dev=0.542

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
C8 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03
N6 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.07
O5' 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.05 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.09 0.08 0.09 0.06 0.03 0.00 0.10 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01
C2 0.08 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.13 0.10 0.13 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01
C2' 0.08 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.09 0.07 0.08 0.06 0.04 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01
C3' 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.05 0.09 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C4 0.09 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.11 0.07 0.11 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02
C4' 0.07 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.06 0.09 0.06 0.04 0.01 0.02 0.11 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00
C5 0.10 0.02 0.07 0.05 0.04 0.03 0.10 0.05 0.11 0.07 0.00 0.02 0.13 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.02 0.04
C5' 0.06 0.01 0.08 0.05 0.03 0.01 0.06 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C6 0.10 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.10 0.06 0.12 0.07 0.01 0.03 0.12 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04
C8 0.11 0.04 0.10 0.08 0.05 0.05 0.09 0.03 0.10 0.07 0.02 0.00 0.17 0.03 0.03 0.04 0.06 0.09 0.03 0.05
N1 0.09 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.13 0.09 0.14 0.08 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03
N3 0.09 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.12 0.09 0.12 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01
N6 0.10 0.00 0.08 0.06 0.02 0.04 0.08 0.04 0.11 0.07 0.03 0.05 0.15 0.01 0.00 0.03 0.06 0.10 0.05 0.07
N7 0.11 0.03 0.11 0.08 0.03 0.06 0.08 0.02 0.09 0.07 0.00 0.02 0.18 0.03 0.01 0.03 0.06 0.10 0.04 0.06
N9 0.09 0.03 0.07 0.05 0.05 0.03 0.09 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.12 0.01 0.04 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02
O2' 0.11 0.06 0.06 0.06 0.08 0.04 0.12 0.05 0.12 0.09 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06 0.05 0.07 0.01 0.04
O3' 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
O4' 0.09 0.04 0.08 0.05 0.06 0.02 0.09 0.07 0.09 0.07 0.03 0.00 0.14 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01
O5' 0.07 0.01 0.10 0.06 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.01 0.02 0.17 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02
OP1 0.12 0.07 0.17 0.13 0.07 0.08 0.09 0.00 0.09 0.08 0.06 0.04 0.26 0.07 0.07 0.04 0.08 0.11 0.05 0.08
OP2 0.10 0.03 0.15 0.11 0.04 0.07 0.06 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01 0.24 0.04 0.03 0.02 0.08 0.12 0.05 0.08
P 0.09 0.03 0.13 0.09 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.22 0.03 0.04 0.01 0.05 0.09 0.03 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04
C2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.10 0.00 0.05 0.17 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.12 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02
C5' 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01 0.04 0.03 0.08 0.01 0.05
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.07 0.03 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01
O2 0.04 0.00 0.17 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.08 0.14 0.04 0.15 0.02 0.05 0.25 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.14 0.07
O3' 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
O4 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.08 0.11 0.09 0.10
O5' 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.12 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.14 0.01 0.02 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00