ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49374

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O4' A 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C4' B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.000, 0.197, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
OP1 B 0, 0.000, 0.216, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C3' A 0, 0.000, 0.219, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.219 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C2' B 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O5' B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C3' B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O3' B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
P B 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O3' A 0, 0.000, 0.312, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C5' A 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.000, 0.360, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C4 B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
O5' A 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
OP1 A 0, 0.000, 0.413, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.413 std_dev=0.413
P A 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
OP2 A 0, 0.000, 0.422, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.422 std_dev=0.422
O2 B 0, 0.000, 0.448, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.448 std_dev=0.448
O4 B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04
C5' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04
C8 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02
N1 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.05
N6 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03
N7 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.12 0.06 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03
O5' 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.03 0.06 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.12 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.01 0.06 0.04 0.09 0.02 0.13 0.01 0.12 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04 0.04 0.01 0.07 0.04
C2 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.04 0.12 0.04 0.10 0.01 0.01 0.14 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.08 0.05
C2' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.07 0.01 0.01 0.09 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C3' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03
C4 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.12 0.02 0.11 0.05 0.02 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.07 0.04
C4' 0.05 0.00 0.05 0.04 0.08 0.03 0.12 0.01 0.11 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.08 0.06
C5 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.09 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04
C5' 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.11 0.01 0.09 0.03 0.01 0.08 0.02 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.05
C6 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.05
C8 0.07 0.03 0.07 0.05 0.08 0.03 0.11 0.01 0.10 0.06 0.05 0.00 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.00 0.05 0.03
N1 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.03 0.10 0.03 0.09 0.01 0.02 0.13 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.05
N3 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.12 0.03 0.10 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04
N6 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04
N7 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.03 0.09 0.00 0.09 0.06 0.04 0.00 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.00 0.05 0.03
N9 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.02 0.12 0.01 0.11 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04 0.01 0.06 0.04
O2' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.06 0.00 0.03 0.12 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00
O3' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.04 0.12 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O4' 0.07 0.02 0.07 0.05 0.11 0.04 0.16 0.01 0.14 0.08 0.05 0.03 0.07 0.06 0.11 0.06 0.07 0.03 0.09 0.07
O5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.00 0.03 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
OP1 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02
P 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.01 0.07 0.06 0.13 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.04 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.04 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
C4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C5 0.03 0.00 0.07 0.09 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.10 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.12 0.08
O2 0.04 0.00 0.13 0.12 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.15 0.01 0.01 0.09 0.09 0.15 0.11
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.04 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.11 0.00 0.05 0.15 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.10 0.04 0.06
O4 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
O5' 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.06 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.04 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.13 0.04 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.10 0.12 0.15 0.03 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.08 0.11 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00