ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49377

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.004, 0.017, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.005, 0.040, 0.075, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.040 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.064, 0.281, 0.497, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.281 std_dev=0.216
C2' A 0, 0.065, 0.334, 0.602, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.334 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.108, 0.419, 0.730, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.419 std_dev=0.311
O2' A 0, 0.065, 0.432, 0.798, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.432 std_dev=0.366
C3' A 0, 0.108, 0.510, 0.912, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.510 std_dev=0.402
OP2 A 0, 0.263, 0.695, 1.127, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.695 std_dev=0.432
C6 B 0, 0.248, 0.709, 1.170, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.709 std_dev=0.461
C4 B 0, 0.325, 0.830, 1.335, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.830 std_dev=0.505
P A 0, 0.182, 0.696, 1.211, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.696 std_dev=0.514
N1 B 0, 0.159, 0.715, 1.270, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.715 std_dev=0.556
C5' A 0, 0.187, 0.750, 1.314, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.750 std_dev=0.563
C5 B 0, 0.271, 0.870, 1.469, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.870 std_dev=0.599
O3' A 0, 0.143, 0.751, 1.359, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.751 std_dev=0.608
N3 B 0, 0.228, 0.874, 1.520, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.874 std_dev=0.646
C2 B 0, 0.285, 0.942, 1.599, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.942 std_dev=0.657
C2' B 0, 0.432, 1.095, 1.758, 1.785 max_d=1.785 avg_d=1.095 std_dev=0.663
N6 B 0, 0.140, 0.856, 1.572, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.856 std_dev=0.716
N9 B 0, 0.389, 1.107, 1.826, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.107 std_dev=0.719
O5' A 0, 0.238, 0.979, 1.719, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.979 std_dev=0.740
C1' B 0, 0.481, 1.268, 2.054, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.268 std_dev=0.787
O2' B 0, 0.335, 1.239, 2.143, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.239 std_dev=0.904
O4' B 0, 0.535, 1.552, 2.569, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.552 std_dev=1.017
OP1 A 0, 0.264, 1.314, 2.363, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.314 std_dev=1.049
N7 B 0, 0.100, 1.214, 2.328, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.214 std_dev=1.114
C8 B 0, 0.200, 1.331, 2.462, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.331 std_dev=1.131
C4' B 0, 0.609, 1.889, 3.168, 3.275 max_d=3.275 avg_d=1.889 std_dev=1.279
C3' B 0, 0.603, 1.891, 3.180, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.891 std_dev=1.288
C5' B 0, 0.651, 2.102, 3.553, 3.671 max_d=3.671 avg_d=2.102 std_dev=1.451
O5' B 0, 0.585, 2.077, 3.569, 3.827 max_d=3.827 avg_d=2.077 std_dev=1.492
OP1 B 0, 0.545, 2.099, 3.654, 4.365 max_d=4.365 avg_d=2.099 std_dev=1.554
P B 0, 0.410, 2.043, 3.676, 4.547 max_d=4.547 avg_d=2.043 std_dev=1.633
O3' B 0, 0.593, 2.282, 3.972, 4.026 max_d=4.026 avg_d=2.282 std_dev=1.690
OP2 B 0, 0.474, 2.356, 4.239, 5.205 max_d=5.205 avg_d=2.356 std_dev=1.883

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.08 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.03 0.01 0.07 0.07 0.07 0.01
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.08 0.16 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.12 0.34 0.10
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.16 0.06 0.05 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.02 0.14 0.48 0.17
C4 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.01 0.17 0.10 0.19 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.13 0.24 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.19 0.02 0.02 0.21 0.13 0.22 0.10
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.12 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.11 0.01 0.01 0.13 0.16 0.00
C6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.18 0.01 0.03 0.18 0.12 0.15 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.07 0.06 0.01
N3 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02 0.01 0.11 0.08 0.12 0.05
O2 0.02 0.00 0.16 0.12 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.17 0.03 0.01 0.06 0.08 0.04 0.03
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.18 0.00 0.06 0.07 0.03 0.01 0.15 0.41 0.11
O3' 0.02 0.07 0.02 0.00 0.12 0.03 0.19 0.02 0.18 0.05 0.07 0.17 0.06 0.00 0.14 0.03 0.04 0.17 0.77 0.28
O4 0.02 0.03 0.06 0.10 0.00 0.06 0.02 0.11 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.14 0.00 0.02 0.19 0.12 0.21 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.10
O5' 0.04 0.07 0.03 0.02 0.17 0.01 0.21 0.01 0.18 0.09 0.11 0.06 0.01 0.04 0.19 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.07 0.12 0.14 0.10 0.13 0.13 0.13 0.12 0.07 0.08 0.08 0.15 0.17 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.34 0.48 0.19 0.24 0.22 0.16 0.15 0.06 0.12 0.04 0.41 0.77 0.21 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.10 0.17 0.08 0.04 0.10 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.11 0.28 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.19 0.05 0.04 0.15 0.11 0.13 0.19 0.07 0.11 0.11 0.33 0.14 0.03 0.28 0.49 0.23 0.23 0.88 0.37 0.46
C2 0.34 0.07 0.04 0.20 0.18 0.37 0.13 0.35 0.09 0.26 0.14 0.15 0.17 0.19 0.26 0.34 0.70 0.46 0.42 0.75 0.48 0.53
C2' 0.28 0.18 0.12 0.06 0.19 0.23 0.12 0.22 0.05 0.17 0.08 0.23 0.12 0.11 0.21 0.49 0.52 0.35 0.36 1.14 0.61 0.72
C3' 0.29 0.19 0.14 0.08 0.21 0.24 0.15 0.22 0.09 0.20 0.12 0.23 0.06 0.15 0.23 0.53 0.53 0.35 0.39 1.23 0.68 0.79
C4 0.49 0.09 0.17 0.41 0.27 0.53 0.22 0.51 0.12 0.41 0.13 0.20 0.18 0.33 0.39 0.44 0.92 0.60 0.55 0.75 0.60 0.63
C4' 0.10 0.17 0.16 0.08 0.07 0.11 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.15 0.23 0.13 0.05 0.35 0.45 0.19 0.27 1.10 0.50 0.61
C5 0.38 0.10 0.08 0.30 0.18 0.43 0.13 0.40 0.10 0.27 0.13 0.18 0.21 0.20 0.28 0.38 0.83 0.49 0.43 0.73 0.48 0.53
C5' 0.09 0.15 0.16 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.13 0.21 0.13 0.04 0.34 0.46 0.18 0.27 1.09 0.50 0.60
C6 0.27 0.11 0.05 0.16 0.11 0.31 0.05 0.28 0.13 0.13 0.14 0.15 0.25 0.09 0.17 0.32 0.70 0.38 0.33 0.76 0.40 0.47
N1 0.23 0.10 0.10 0.11 0.09 0.27 0.05 0.25 0.13 0.10 0.14 0.13 0.25 0.07 0.14 0.31 0.63 0.35 0.32 0.79 0.40 0.48
N3 0.48 0.08 0.14 0.37 0.27 0.51 0.23 0.49 0.12 0.41 0.14 0.19 0.17 0.33 0.39 0.42 0.86 0.59 0.54 0.74 0.59 0.62
O2 0.33 0.06 0.06 0.15 0.19 0.34 0.15 0.33 0.09 0.26 0.15 0.14 0.13 0.20 0.26 0.32 0.63 0.45 0.41 0.76 0.49 0.54
O2' 0.22 0.28 0.17 0.09 0.19 0.17 0.10 0.16 0.07 0.10 0.21 0.26 0.15 0.07 0.17 0.48 0.43 0.29 0.34 1.27 0.64 0.76
O3' 0.38 0.26 0.25 0.13 0.31 0.28 0.28 0.27 0.24 0.32 0.23 0.30 0.17 0.29 0.34 0.69 0.52 0.40 0.50 1.48 0.89 1.01
O4 0.60 0.09 0.28 0.54 0.33 0.65 0.30 0.62 0.15 0.53 0.12 0.23 0.19 0.43 0.49 0.52 1.04 0.70 0.66 0.81 0.72 0.74
O4' 0.02 0.09 0.25 0.11 0.08 0.07 0.20 0.06 0.24 0.20 0.11 0.07 0.39 0.26 0.10 0.25 0.44 0.13 0.21 0.88 0.33 0.42
O5' 0.16 0.11 0.13 0.07 0.09 0.16 0.03 0.15 0.05 0.05 0.06 0.13 0.14 0.04 0.09 0.39 0.53 0.23 0.33 1.06 0.54 0.64
OP1 0.09 0.10 0.20 0.12 0.07 0.06 0.12 0.06 0.15 0.10 0.10 0.10 0.26 0.15 0.06 0.42 0.47 0.11 0.40 1.15 0.64 0.72
OP2 0.11 0.08 0.14 0.08 0.08 0.10 0.23 0.08 0.31 0.18 0.22 0.05 0.50 0.28 0.08 0.37 0.48 0.18 0.31 0.87 0.44 0.52
P 0.16 0.10 0.11 0.03 0.06 0.16 0.05 0.13 0.10 0.04 0.05 0.13 0.23 0.08 0.07 0.39 0.54 0.24 0.30 1.01 0.49 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.00 0.32 0.45 0.35 0.35
C2 0.03 0.00 0.40 0.22 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.22 0.27 0.14 0.72 0.27 0.33
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.19 0.02 0.07 0.22 0.15 0.23 0.30 0.40 0.08 0.14 0.02 0.00 0.02 0.04 0.67 0.42 0.63 0.60
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.17 0.00 0.18 0.02 0.21 0.09 0.23 0.18 0.21 0.14 0.10 0.01 0.00 0.01 0.43 0.39 0.31 0.26
C4 0.01 0.00 0.19 0.17 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.14 0.26 0.93 0.46 0.53
C4' 0.00 0.12 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.12 0.08 0.12 0.05 0.10 0.04 0.19 0.01 0.01 0.02 0.28 0.05 0.21
C5 0.01 0.00 0.07 0.18 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.17 0.06 0.36 1.29 0.70 0.79
C5' 0.07 0.16 0.22 0.02 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.08 0.12 0.15 0.06 0.06 0.04 0.03 0.18 0.01 0.00 0.05 0.16 0.02
C6 0.01 0.00 0.15 0.21 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.17 0.12 0.29 1.26 0.62 0.72
C8 0.01 0.01 0.23 0.09 0.01 0.12 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.46 0.15 0.17 0.61 1.49 0.99 1.07
N1 0.02 0.00 0.30 0.23 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.19 0.20 0.17 1.00 0.40 0.50
N3 0.03 0.00 0.40 0.18 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.25 0.27 0.15 0.61 0.24 0.29
N6 0.01 0.00 0.08 0.21 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.24 0.15 0.08 0.34 1.45 0.77 0.86
N7 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.42 0.14 0.09 0.56 1.60 1.02 1.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.21 0.01 0.39 0.97 0.59 0.65
O2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.12 0.19 0.22 0.03 0.18 0.46 0.21 0.34 0.24 0.42 0.19 0.00 0.04 0.11 0.62 0.22 0.55 0.50
O3' 0.32 0.22 0.02 0.00 0.21 0.01 0.17 0.18 0.17 0.15 0.19 0.25 0.15 0.14 0.21 0.04 0.00 0.20 0.21 0.67 0.18 0.32
O4' 0.00 0.27 0.04 0.01 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.17 0.20 0.27 0.08 0.09 0.01 0.11 0.20 0.00 0.23 0.38 0.26 0.28
O5' 0.32 0.14 0.67 0.43 0.26 0.02 0.36 0.00 0.29 0.61 0.17 0.15 0.34 0.56 0.39 0.62 0.21 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.45 0.72 0.42 0.39 0.93 0.28 1.29 0.05 1.26 1.49 1.00 0.61 1.45 1.60 0.97 0.22 0.67 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.27 0.63 0.31 0.46 0.05 0.70 0.16 0.62 0.99 0.40 0.24 0.77 1.02 0.59 0.55 0.18 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.33 0.60 0.26 0.53 0.21 0.79 0.02 0.72 1.07 0.50 0.29 0.86 1.09 0.65 0.50 0.32 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00