ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 4938

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 5, 7, 75, 20, 38, 6, 1, 0, 0, 0, 5, 10, 7, 1, 9, 17, 92,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.519, 0.864, 1.210, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.864 std_dev=0.345
N1 B 0, 0.424, 0.843, 1.262, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.843 std_dev=0.419
O5' B 0, 0.948, 1.448, 1.948, 3.441 max_d=3.441 avg_d=1.448 std_dev=0.500
C6 B 0, 0.537, 1.073, 1.608, 1.951 max_d=1.951 avg_d=1.073 std_dev=0.536
N1 A 0, 0.473, 1.010, 1.548, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.010 std_dev=0.537
C5 A 0, 0.377, 0.954, 1.530, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.954 std_dev=0.576
C1' A 0, 0.589, 1.227, 1.865, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.227 std_dev=0.638
C5' B 0, 0.737, 1.445, 2.152, 4.845 max_d=4.845 avg_d=1.445 std_dev=0.708
C2' A 0, 0.345, 1.157, 1.968, 4.675 max_d=4.675 avg_d=1.157 std_dev=0.812
O4' A 0, 0.742, 1.568, 2.393, 4.344 max_d=4.344 avg_d=1.568 std_dev=0.825
O4' B 0, -0.022, 0.810, 1.641, 3.249 max_d=3.249 avg_d=0.810 std_dev=0.832
O2' A 0, 0.544, 1.403, 2.263, 4.885 max_d=4.885 avg_d=1.403 std_dev=0.860
C4 A 0, 0.263, 1.139, 2.015, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.139 std_dev=0.876
C1' B 0, 0.018, 0.925, 1.832, 3.071 max_d=3.071 avg_d=0.925 std_dev=0.907
C2 A 0, 0.492, 1.408, 2.323, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.408 std_dev=0.915
C2 B 0, 0.342, 1.327, 2.311, 3.158 max_d=3.158 avg_d=1.327 std_dev=0.985
N3 A 0, 0.401, 1.439, 2.477, 4.208 max_d=4.208 avg_d=1.439 std_dev=1.038
C4' B 0, 0.294, 1.356, 2.417, 4.914 max_d=4.914 avg_d=1.356 std_dev=1.062
P B 0, 0.974, 2.042, 3.111, 4.550 max_d=4.550 avg_d=2.042 std_dev=1.068
C5 B 0, 0.573, 1.704, 2.835, 3.895 max_d=3.895 avg_d=1.704 std_dev=1.131
N3 B 0, 0.504, 1.724, 2.944, 3.728 max_d=3.728 avg_d=1.724 std_dev=1.220
N4 A 0, 0.122, 1.345, 2.567, 4.506 max_d=4.506 avg_d=1.345 std_dev=1.222
O2 A 0, 0.664, 1.900, 3.136, 4.108 max_d=4.108 avg_d=1.900 std_dev=1.236
C4 B 0, 0.623, 1.918, 3.212, 4.116 max_d=4.116 avg_d=1.918 std_dev=1.294
C3' B 0, 0.365, 1.749, 3.134, 5.392 max_d=5.392 avg_d=1.749 std_dev=1.384
C4' A 0, 0.308, 1.714, 3.119, 6.692 max_d=6.692 avg_d=1.714 std_dev=1.406
OP1 B 0, 1.260, 2.688, 4.115, 5.903 max_d=5.903 avg_d=2.688 std_dev=1.427
C2' B 0, 0.030, 1.481, 2.931, 4.535 max_d=4.535 avg_d=1.481 std_dev=1.450
C3' A 0, -0.045, 1.445, 2.936, 6.787 max_d=6.787 avg_d=1.445 std_dev=1.490
O5' A 0, 0.489, 2.002, 3.515, 7.706 max_d=7.706 avg_d=2.002 std_dev=1.513
OP2 B 0, 0.873, 2.470, 4.067, 6.114 max_d=6.114 avg_d=2.470 std_dev=1.597
O2 B 0, 0.059, 1.662, 3.265, 5.134 max_d=5.134 avg_d=1.662 std_dev=1.603
C5' A 0, 0.450, 2.096, 3.743, 8.763 max_d=8.763 avg_d=2.096 std_dev=1.647
N4 B 0, 0.706, 2.605, 4.504, 6.070 max_d=6.070 avg_d=2.605 std_dev=1.899
O3' B 0, 0.400, 2.475, 4.551, 7.513 max_d=7.513 avg_d=2.475 std_dev=2.076
O3' A 0, -0.029, 2.053, 4.135, 9.257 max_d=9.257 avg_d=2.053 std_dev=2.082
P A 0, 0.878, 2.978, 5.079, 9.573 max_d=9.573 avg_d=2.978 std_dev=2.101
O2' B 0, -0.367, 1.888, 4.144, 6.450 max_d=6.450 avg_d=1.888 std_dev=2.256
OP2 A 0, 1.400, 3.713, 6.026, 8.267 max_d=8.267 avg_d=3.713 std_dev=2.313
OP1 A 0, 1.605, 4.210, 6.815, 12.167 max_d=12.167 avg_d=4.210 std_dev=2.605

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.32 0.01 0.17 0.43 0.43 0.17
C2 0.02 0.00 0.22 0.24 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.20 0.18 0.26 0.66 0.67 0.25
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.06 0.02 0.12 0.18 0.17 0.03 0.18 0.06 0.36 0.00 0.04 0.02 0.41 0.71 0.71 0.54
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.38 0.01 0.40 0.02 0.34 0.23 0.31 0.40 0.19 0.02 0.01 0.02 0.22 0.59 0.26 0.26
C4 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.14 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.14 0.03 0.44 1.00 0.90 0.55
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.26 0.09 0.07 0.15 0.19 0.29 0.03 0.01 0.02 0.23 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.12 0.40 0.01 0.25 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.22 0.14 0.52 1.06 0.87 0.62
C5' 0.06 0.10 0.18 0.02 0.18 0.01 0.31 0.00 0.30 0.09 0.10 0.21 0.21 0.11 0.22 0.02 0.01 0.22 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.34 0.01 0.26 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.17 0.20 0.44 0.86 0.68 0.46
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.11 0.01 0.26 0.63 0.58 0.24
N3 0.02 0.01 0.18 0.31 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.13 0.14 0.34 0.83 0.81 0.39
N4 0.02 0.01 0.06 0.40 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.18 0.04 0.49 1.11 1.01 0.64
O2 0.04 0.00 0.36 0.19 0.01 0.19 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.34 0.38 0.30 0.21 0.56 0.61 0.18
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.32 0.29 0.43 0.11 0.41 0.20 0.23 0.35 0.34 0.00 0.07 0.20 0.27 0.70 0.69 0.49
O3' 0.32 0.20 0.04 0.01 0.14 0.03 0.22 0.22 0.17 0.11 0.13 0.18 0.38 0.07 0.00 0.22 0.33 0.62 0.46 0.31
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.03 0.01 0.14 0.02 0.20 0.01 0.14 0.04 0.30 0.20 0.22 0.00 0.14 0.46 0.28 0.20
O5' 0.17 0.26 0.41 0.22 0.44 0.02 0.52 0.01 0.44 0.26 0.34 0.49 0.21 0.27 0.33 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.66 0.71 0.59 1.00 0.23 1.06 0.22 0.86 0.63 0.83 1.11 0.56 0.70 0.62 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.67 0.71 0.26 0.90 0.22 0.87 0.38 0.68 0.58 0.81 1.01 0.61 0.69 0.46 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.25 0.54 0.26 0.55 0.07 0.62 0.02 0.46 0.24 0.39 0.64 0.18 0.49 0.31 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.45 2.34 1.77 1.68 2.86 1.06 2.33 0.84 1.86 1.87 2.84 3.33 2.26 1.85 2.22 1.00 0.59 0.98 0.60 0.33
C2 1.45 2.67 1.23 0.90 3.22 0.50 2.66 0.46 2.08 2.08 3.21 3.62 2.60 1.16 1.25 1.10 0.33 1.12 0.63 0.23
C2' 1.23 2.09 1.69 1.70 2.77 1.10 2.25 0.91 1.69 1.63 2.65 3.35 1.98 1.85 2.36 0.80 0.57 0.93 0.80 0.32
C3' 1.33 1.59 2.11 2.32 2.16 1.75 1.69 1.56 1.27 1.29 2.06 2.77 1.56 2.40 3.14 1.06 1.06 1.39 0.59 0.75
C4 1.28 2.24 0.94 0.52 2.62 0.48 2.27 0.51 1.80 1.79 2.60 2.85 2.17 0.89 0.73 1.08 0.33 1.15 0.66 0.23
C4' 1.54 1.77 2.26 2.39 2.21 1.75 1.73 1.49 1.40 1.49 2.16 2.78 1.79 2.52 3.15 1.21 1.06 1.21 0.55 0.72
C5 0.93 1.71 1.00 0.96 2.21 0.58 1.93 0.62 1.50 1.38 2.10 2.46 1.57 1.00 1.32 0.66 0.40 0.97 0.64 0.27
C5' 1.65 1.33 2.48 2.71 1.73 2.12 1.31 1.82 1.09 1.25 1.60 2.40 1.43 2.83 3.55 1.47 1.32 1.29 0.58 0.91
C6 1.12 1.81 1.42 1.45 2.36 0.93 2.01 0.82 1.59 1.50 2.24 2.72 1.67 1.47 1.90 0.79 0.57 0.93 0.62 0.32
N1 1.31 2.30 1.44 1.33 2.87 0.78 2.38 0.67 1.88 1.83 2.81 3.27 2.18 1.45 1.79 0.91 0.47 1.01 0.62 0.28
N3 1.52 2.66 1.10 0.60 3.09 0.56 2.60 0.52 2.04 2.08 3.11 3.43 2.64 1.04 0.78 1.28 0.36 1.18 0.65 0.23
N4 1.51 2.21 1.10 0.62 2.35 0.91 2.05 0.81 1.70 1.83 2.41 2.51 2.23 1.10 0.51 1.45 0.61 1.23 0.68 0.30
O2 1.60 2.92 1.31 0.91 3.48 0.53 2.82 0.45 2.20 2.25 3.51 3.96 2.91 1.24 1.23 1.23 0.33 1.15 0.63 0.23
O2' 1.30 2.26 1.65 1.53 2.93 0.89 2.42 0.64 1.84 1.78 2.82 3.49 2.16 1.81 2.15 0.86 0.52 0.68 1.10 0.49
O3' 1.28 1.59 2.12 2.33 2.19 1.75 1.68 1.53 1.22 1.24 2.10 2.82 1.58 2.47 3.21 1.01 0.99 1.38 0.61 0.70
O4' 1.62 2.19 2.09 2.06 2.56 1.43 2.06 1.17 1.72 1.81 2.58 3.03 2.16 2.22 2.64 1.21 0.87 1.04 0.53 0.57
O5' 1.66 1.08 2.50 2.86 1.53 2.33 1.19 2.06 0.99 1.14 1.31 2.25 1.19 2.80 3.71 1.60 1.55 1.44 0.77 1.09
OP1 2.57 1.73 3.37 3.65 1.27 3.16 1.21 2.81 1.58 1.95 1.36 1.61 2.01 3.69 4.44 2.51 2.27 2.00 1.25 1.71
OP2 1.94 1.04 2.70 2.90 0.94 2.64 0.77 2.44 0.77 1.17 0.77 1.66 1.52 3.24 3.65 1.98 1.88 1.95 1.34 1.60
P 2.21 1.15 3.03 3.39 0.85 2.96 0.64 2.63 1.00 1.43 0.78 1.55 1.51 3.40 4.28 2.24 2.00 1.76 0.86 1.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.17 0.01 0.13 0.31 0.26 0.16
C2 0.02 0.00 0.21 0.19 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.23 0.16 0.26 0.41 0.42 0.27
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.07 0.02 0.13 0.11 0.18 0.04 0.17 0.08 0.35 0.00 0.03 0.01 0.24 0.51 0.38 0.30
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.22 0.01 0.25 0.02 0.24 0.14 0.22 0.24 0.24 0.02 0.01 0.02 0.10 0.49 0.16 0.19
C4 0.02 0.01 0.07 0.22 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.15 0.04 0.30 0.50 0.57 0.36
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.08 0.11 0.10 0.19 0.04 0.00 0.02 0.20 0.12 0.06
C5 0.01 0.01 0.13 0.25 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.11 0.28 0.50 0.56 0.36
C5' 0.05 0.16 0.11 0.02 0.17 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.18 0.19 0.20 0.09 0.13 0.02 0.01 0.10 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.24 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.16 0.23 0.43 0.43 0.29
N1 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.09 0.02 0.19 0.38 0.36 0.23
N3 0.02 0.01 0.17 0.22 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.21 0.13 0.30 0.46 0.51 0.33
N4 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.18 0.05 0.33 0.54 0.64 0.40
O2 0.03 0.01 0.35 0.24 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.34 0.37 0.25 0.27 0.39 0.39 0.26
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.24 0.19 0.26 0.09 0.24 0.14 0.25 0.27 0.34 0.00 0.06 0.13 0.17 0.43 0.39 0.24
O3' 0.17 0.23 0.03 0.01 0.15 0.04 0.19 0.13 0.18 0.09 0.21 0.18 0.37 0.06 0.00 0.11 0.20 0.60 0.23 0.29
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.04 0.00 0.11 0.02 0.16 0.02 0.13 0.05 0.25 0.13 0.11 0.00 0.10 0.20 0.23 0.17
O5' 0.13 0.26 0.24 0.10 0.30 0.02 0.28 0.01 0.23 0.19 0.30 0.33 0.27 0.17 0.20 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.41 0.51 0.49 0.50 0.20 0.50 0.10 0.43 0.38 0.46 0.54 0.39 0.43 0.60 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.42 0.38 0.16 0.57 0.12 0.56 0.11 0.43 0.36 0.51 0.64 0.39 0.39 0.23 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.30 0.19 0.36 0.06 0.36 0.02 0.29 0.23 0.33 0.40 0.26 0.24 0.29 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00