ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49380

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 6, 8, 5, 6, 14, 22, 28, 40, 26, 21, 27, 21, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.025, 0.061, 0.097, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.061 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.048, 0.116, 0.183, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.116 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.090, 0.159, 0.227, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.159 std_dev=0.068
O4 A 0, 0.088, 0.191, 0.294, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.191 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.119, 0.222, 0.326, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.222 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.135, 0.247, 0.359, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.081, 0.196, 0.311, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.196 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.200, 0.381, 0.563, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.381 std_dev=0.182
C5' A 0, 0.121, 0.305, 0.490, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.305 std_dev=0.184
O5' A 0, 0.183, 0.380, 0.577, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.380 std_dev=0.197
C4 B 0, 0.284, 0.548, 0.812, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.548 std_dev=0.264
P A 0, 0.314, 0.610, 0.905, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.610 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.217, 0.514, 0.810, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.514 std_dev=0.296
C6 B 0, 0.578, 0.898, 1.218, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.898 std_dev=0.320
OP1 A 0, 0.324, 0.656, 0.987, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.656 std_dev=0.332
OP2 A 0, 0.461, 0.801, 1.141, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.801 std_dev=0.340
C5 B 0, 0.428, 0.772, 1.116, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.772 std_dev=0.344
C2 B 0, 0.509, 0.908, 1.307, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.908 std_dev=0.399
N6 B 0, 0.739, 1.147, 1.556, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.147 std_dev=0.409
N1 B 0, 0.616, 1.045, 1.474, 1.994 max_d=1.994 avg_d=1.045 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.301, 0.869, 1.437, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.869 std_dev=0.568
N9 B 0, 0.147, 0.735, 1.324, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.735 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.202, 0.800, 1.399, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.800 std_dev=0.599
N7 B 0, 0.401, 1.094, 1.787, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.094 std_dev=0.693
C3' B 0, 0.499, 1.299, 2.099, 3.095 max_d=3.095 avg_d=1.299 std_dev=0.800
C8 B 0, 0.329, 1.140, 1.952, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.140 std_dev=0.811
O3' B 0, 0.503, 1.322, 2.140, 3.179 max_d=3.179 avg_d=1.322 std_dev=0.818
O4' B 0, 0.577, 1.401, 2.225, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.401 std_dev=0.824
O2' B 0, -0.013, 0.888, 1.788, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.888 std_dev=0.901
C4' B 0, 0.631, 1.605, 2.579, 3.562 max_d=3.562 avg_d=1.605 std_dev=0.974
OP2 B 0, 0.867, 2.021, 3.176, 7.601 max_d=7.601 avg_d=2.021 std_dev=1.155
C5' B 0, 0.913, 2.294, 3.675, 4.644 max_d=4.644 avg_d=2.294 std_dev=1.381
O5' B 0, 1.148, 2.622, 4.095, 5.979 max_d=5.979 avg_d=2.622 std_dev=1.473
P B 0, 1.301, 3.092, 4.882, 7.150 max_d=7.150 avg_d=3.092 std_dev=1.791
OP1 B 0, 2.832, 5.037, 7.241, 9.580 max_d=9.580 avg_d=5.037 std_dev=2.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.02 0.12 0.11 0.19 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.10 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.13 0.01 0.07 0.12 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.03 0.18 0.21 0.28 0.23
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.03 0.19 0.22 0.28 0.24
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.04 0.05 0.03 0.13 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.03 0.16 0.17 0.21 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.11 0.11 0.16 0.13
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.02 0.15 0.16 0.24 0.19
O2 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.11 0.02 0.04 0.09 0.09 0.16 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.11 0.00 0.05 0.07 0.04 0.05 0.12 0.08 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.03 0.12 0.06 0.11 0.11 0.05 0.00 0.17 0.02 0.10 0.19 0.17 0.12
O4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.17 0.00 0.04 0.19 0.24 0.32 0.25
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.06 0.11 0.07
O5' 0.06 0.12 0.06 0.07 0.18 0.01 0.19 0.01 0.16 0.11 0.15 0.09 0.05 0.10 0.19 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.11 0.10 0.12 0.21 0.08 0.22 0.07 0.17 0.11 0.16 0.09 0.12 0.19 0.24 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.19 0.08 0.09 0.28 0.07 0.28 0.09 0.21 0.16 0.24 0.16 0.08 0.17 0.32 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.05 0.07 0.23 0.02 0.24 0.02 0.18 0.13 0.19 0.11 0.05 0.12 0.25 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.44 0.26 0.16 0.48 0.22 0.50 0.24 0.21 0.22 0.13 0.28 0.24 0.17 0.59 0.62 0.51 0.37 0.68 0.41 0.41
C2 0.14 0.19 0.42 0.21 0.15 0.47 0.23 0.51 0.29 0.18 0.28 0.13 0.35 0.24 0.13 0.56 0.59 0.49 0.34 0.69 0.45 0.39
C2' 0.17 0.16 0.44 0.24 0.11 0.56 0.13 0.62 0.16 0.12 0.18 0.11 0.18 0.13 0.12 0.79 0.61 0.55 0.43 0.71 0.42 0.46
C3' 0.23 0.14 0.39 0.37 0.11 0.67 0.11 0.75 0.14 0.14 0.16 0.11 0.16 0.12 0.15 0.85 0.73 0.61 0.56 0.91 0.55 0.64
C4 0.15 0.19 0.44 0.23 0.15 0.51 0.23 0.56 0.30 0.17 0.29 0.12 0.38 0.24 0.12 0.62 0.63 0.50 0.35 0.72 0.41 0.39
C4' 0.28 0.14 0.37 0.39 0.16 0.60 0.18 0.62 0.18 0.22 0.17 0.14 0.21 0.21 0.20 0.64 0.75 0.57 0.49 0.86 0.51 0.57
C5 0.16 0.18 0.44 0.27 0.15 0.52 0.23 0.57 0.29 0.18 0.27 0.12 0.36 0.24 0.13 0.65 0.66 0.51 0.38 0.75 0.40 0.42
C5' 0.33 0.15 0.32 0.49 0.18 0.66 0.20 0.68 0.20 0.26 0.19 0.15 0.24 0.24 0.24 0.56 0.82 0.59 0.58 1.01 0.64 0.70
C6 0.17 0.18 0.44 0.28 0.15 0.52 0.23 0.56 0.28 0.19 0.26 0.13 0.34 0.24 0.14 0.64 0.66 0.51 0.39 0.74 0.40 0.43
N1 0.16 0.18 0.44 0.25 0.16 0.49 0.23 0.53 0.27 0.19 0.25 0.13 0.33 0.24 0.14 0.61 0.62 0.50 0.36 0.70 0.41 0.40
N3 0.14 0.19 0.43 0.21 0.15 0.48 0.24 0.53 0.31 0.17 0.29 0.13 0.38 0.24 0.12 0.58 0.60 0.49 0.34 0.70 0.45 0.38
O2 0.15 0.20 0.40 0.18 0.16 0.44 0.23 0.49 0.29 0.18 0.29 0.14 0.34 0.23 0.14 0.50 0.54 0.48 0.34 0.68 0.51 0.40
O2' 0.16 0.12 0.46 0.19 0.12 0.48 0.12 0.52 0.12 0.13 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.76 0.51 0.52 0.38 0.61 0.40 0.39
O3' 0.30 0.16 0.38 0.50 0.17 0.80 0.16 0.92 0.15 0.24 0.16 0.14 0.15 0.20 0.23 0.97 0.76 0.68 0.76 1.12 0.76 0.86
O4 0.15 0.19 0.44 0.23 0.14 0.51 0.24 0.57 0.31 0.17 0.30 0.12 0.40 0.24 0.11 0.63 0.63 0.50 0.34 0.73 0.41 0.38
O4' 0.26 0.19 0.43 0.34 0.19 0.51 0.25 0.51 0.27 0.27 0.24 0.16 0.32 0.29 0.22 0.54 0.68 0.52 0.43 0.75 0.43 0.47
O5' 0.26 0.15 0.32 0.45 0.14 0.66 0.18 0.71 0.21 0.20 0.20 0.12 0.25 0.21 0.18 0.61 0.80 0.58 0.57 1.04 0.63 0.71
OP1 0.37 0.16 0.26 0.63 0.21 0.78 0.22 0.87 0.22 0.31 0.20 0.17 0.26 0.27 0.29 0.52 0.87 0.66 0.78 1.37 0.94 1.00
OP2 0.24 0.18 0.30 0.49 0.13 0.70 0.18 0.79 0.24 0.18 0.25 0.12 0.30 0.19 0.16 0.61 0.82 0.59 0.63 1.17 0.69 0.80
P 0.30 0.16 0.28 0.52 0.15 0.70 0.19 0.77 0.22 0.23 0.22 0.12 0.28 0.22 0.21 0.55 0.84 0.60 0.64 1.18 0.74 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.26 0.01 0.15 0.36 0.39 0.23
C2 0.03 0.00 0.30 0.17 0.01 0.20 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.28 0.31 0.25 0.59 0.61 0.40
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.17 0.01 0.10 0.14 0.16 0.15 0.24 0.30 0.12 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.34 0.65 0.58 0.49
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.19 0.01 0.28 0.02 0.28 0.31 0.23 0.14 0.32 0.33 0.19 0.02 0.01 0.02 0.14 0.50 0.25 0.24
C4 0.02 0.01 0.17 0.19 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.16 0.26 0.58 0.60 0.42
C4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.05 0.26 0.12 0.20 0.08 0.22 0.08 0.24 0.02 0.00 0.01 0.26 0.31 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.28 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.14 0.07 0.37 0.78 0.80 0.59
C5' 0.05 0.24 0.14 0.02 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.32 0.17 0.23 0.16 0.29 0.10 0.10 0.16 0.02 0.01 0.28 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.28 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.14 0.36 0.82 0.87 0.61
C8 0.01 0.01 0.15 0.31 0.01 0.26 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.17 0.18 0.47 0.74 0.72 0.61
N1 0.03 0.00 0.24 0.23 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.24 0.30 0.71 0.76 0.51
N3 0.03 0.00 0.30 0.14 0.00 0.20 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.30 0.30 0.23 0.52 0.52 0.34
N6 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.18 0.10 0.42 0.96 1.01 0.72
N7 0.01 0.01 0.09 0.33 0.00 0.22 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.20 0.10 0.50 0.92 0.92 0.73
N9 0.00 0.01 0.03 0.19 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.11 0.01 0.26 0.50 0.51 0.38
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.07 0.24 0.18 0.10 0.13 0.40 0.12 0.25 0.20 0.37 0.16 0.00 0.06 0.17 0.23 0.63 0.69 0.46
O3' 0.26 0.28 0.03 0.01 0.17 0.02 0.14 0.16 0.16 0.17 0.21 0.30 0.18 0.20 0.11 0.06 0.00 0.17 0.24 0.48 0.36 0.24
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.16 0.00 0.07 0.02 0.14 0.18 0.24 0.30 0.10 0.10 0.01 0.17 0.17 0.00 0.12 0.20 0.47 0.23
O5' 0.15 0.25 0.34 0.14 0.26 0.01 0.37 0.01 0.36 0.47 0.30 0.23 0.42 0.50 0.26 0.23 0.24 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.36 0.59 0.65 0.50 0.58 0.26 0.78 0.28 0.82 0.74 0.71 0.52 0.96 0.92 0.50 0.63 0.48 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.61 0.58 0.25 0.60 0.31 0.80 0.29 0.87 0.72 0.76 0.52 1.01 0.92 0.51 0.69 0.36 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.40 0.49 0.24 0.42 0.08 0.59 0.01 0.61 0.61 0.51 0.34 0.72 0.73 0.38 0.46 0.24 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00