ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49381

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 13, 6, 4, 4, 15, 14, 11, 7, 8, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.035, 0.074, 0.113, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.074 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.046, 0.128, 0.209, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.128 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.031, 0.126, 0.221, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.126 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.077, 0.212, 0.347, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.212 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.071, 0.218, 0.365, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.218 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.110, 0.310, 0.511, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.310 std_dev=0.201
O2' A 0, 0.125, 0.329, 0.533, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.329 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.109, 0.360, 0.611, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.360 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.195, 0.448, 0.701, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.448 std_dev=0.253
C5 B 0, 0.208, 0.474, 0.739, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.474 std_dev=0.266
O5' A 0, 0.131, 0.403, 0.676, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.403 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.207, 0.481, 0.756, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.481 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.253, 0.548, 0.843, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.548 std_dev=0.295
N9 B 0, 0.239, 0.542, 0.846, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.542 std_dev=0.303
N7 B 0, 0.239, 0.560, 0.881, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.560 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.256, 0.583, 0.910, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.583 std_dev=0.327
N6 B 0, 0.299, 0.644, 0.988, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.644 std_dev=0.344
C8 B 0, 0.270, 0.616, 0.962, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.616 std_dev=0.346
N1 B 0, 0.277, 0.624, 0.971, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.624 std_dev=0.347
O3' A 0, 0.202, 0.551, 0.900, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.551 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.244, 0.647, 1.050, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.647 std_dev=0.403
O4' B 0, 0.323, 0.780, 1.236, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.780 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.218, 0.720, 1.223, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.720 std_dev=0.503
C3' B 0, 0.313, 0.865, 1.418, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.865 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.322, 0.875, 1.429, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.875 std_dev=0.554
C5' B 0, 0.378, 0.995, 1.612, 3.099 max_d=3.099 avg_d=0.995 std_dev=0.617
O2' B 0, 0.159, 0.850, 1.541, 3.552 max_d=3.552 avg_d=0.850 std_dev=0.691
O5' B 0, 0.305, 1.040, 1.775, 3.301 max_d=3.301 avg_d=1.040 std_dev=0.735
O3' B 0, 0.363, 1.101, 1.840, 3.824 max_d=3.824 avg_d=1.101 std_dev=0.738
P A 0, 0.189, 0.943, 1.698, 2.982 max_d=2.982 avg_d=0.943 std_dev=0.754
OP2 A 0, 0.204, 1.050, 1.897, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.050 std_dev=0.846
P B 0, 0.300, 1.337, 2.373, 4.576 max_d=4.576 avg_d=1.337 std_dev=1.037
OP1 A 0, 0.237, 1.305, 2.373, 3.889 max_d=3.889 avg_d=1.305 std_dev=1.068
OP2 B 0, 0.172, 1.437, 2.702, 6.491 max_d=6.491 avg_d=1.437 std_dev=1.265
OP1 B 0, 0.275, 1.596, 2.918, 6.059 max_d=6.059 avg_d=1.596 std_dev=1.322

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.09 0.23 0.21 0.30
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.02 0.13 0.19 0.20 0.25
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.12 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.16 0.13 0.07
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.03 0.12 0.07 0.09 0.12 0.02 0.01 0.12 0.02 0.19 0.32 0.27 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.00 0.03 0.18 0.21 0.26 0.22
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.01 0.12 0.08 0.11
C5 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.04 0.19 0.21 0.26 0.22
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.12 0.02 0.01 0.12 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.03 0.17 0.20 0.23 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.13 0.20 0.20 0.26
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.02 0.16 0.19 0.22 0.23
O2 0.04 0.01 0.12 0.12 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.17 0.03 0.04 0.12 0.20 0.19 0.27
O2' 0.04 0.07 0.00 0.02 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.06 0.12 0.00 0.08 0.06 0.07 0.06 0.15 0.08 0.13
O3' 0.03 0.11 0.04 0.01 0.13 0.02 0.16 0.06 0.13 0.07 0.11 0.17 0.08 0.00 0.15 0.02 0.27 0.57 0.45 0.37
O4 0.02 0.02 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.15 0.00 0.04 0.20 0.23 0.29 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.17 0.39 0.33 0.41
O5' 0.09 0.13 0.10 0.19 0.18 0.01 0.19 0.01 0.17 0.13 0.16 0.12 0.06 0.27 0.20 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.23 0.19 0.16 0.32 0.21 0.12 0.21 0.12 0.20 0.20 0.19 0.20 0.15 0.57 0.23 0.39 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.20 0.13 0.27 0.26 0.08 0.26 0.11 0.23 0.20 0.22 0.19 0.08 0.45 0.29 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.25 0.07 0.18 0.22 0.11 0.22 0.02 0.24 0.26 0.23 0.27 0.13 0.37 0.23 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.17 0.26 0.28 0.13 0.29 0.15 0.29 0.17 0.18 0.19 0.11 0.20 0.17 0.18 0.32 0.40 0.30 0.28 0.37 0.29 0.28
C2 0.21 0.16 0.23 0.22 0.15 0.26 0.15 0.25 0.18 0.15 0.19 0.16 0.20 0.15 0.17 0.29 0.35 0.28 0.22 0.27 0.29 0.21
C2' 0.22 0.14 0.25 0.26 0.15 0.30 0.14 0.31 0.14 0.18 0.15 0.13 0.15 0.16 0.19 0.33 0.40 0.32 0.26 0.35 0.24 0.25
C3' 0.27 0.14 0.27 0.33 0.16 0.37 0.15 0.39 0.14 0.22 0.15 0.12 0.15 0.18 0.21 0.36 0.49 0.38 0.33 0.47 0.34 0.35
C4 0.20 0.17 0.24 0.26 0.15 0.27 0.16 0.27 0.19 0.16 0.20 0.16 0.22 0.15 0.16 0.31 0.41 0.28 0.22 0.30 0.27 0.21
C4' 0.28 0.17 0.26 0.35 0.13 0.38 0.15 0.38 0.17 0.22 0.19 0.11 0.19 0.19 0.20 0.35 0.50 0.38 0.35 0.49 0.39 0.37
C5 0.22 0.16 0.27 0.30 0.14 0.31 0.14 0.31 0.18 0.16 0.20 0.14 0.21 0.15 0.17 0.34 0.46 0.29 0.27 0.37 0.27 0.26
C5' 0.29 0.18 0.27 0.39 0.14 0.42 0.16 0.43 0.19 0.24 0.21 0.11 0.22 0.21 0.21 0.36 0.55 0.40 0.39 0.58 0.49 0.44
C6 0.23 0.16 0.28 0.32 0.13 0.32 0.14 0.32 0.17 0.18 0.19 0.13 0.20 0.16 0.18 0.35 0.47 0.30 0.29 0.40 0.30 0.28
N1 0.21 0.15 0.25 0.27 0.13 0.28 0.14 0.28 0.17 0.16 0.19 0.13 0.20 0.15 0.16 0.31 0.41 0.29 0.26 0.34 0.27 0.24
N3 0.21 0.17 0.23 0.22 0.16 0.26 0.16 0.26 0.19 0.16 0.20 0.17 0.22 0.16 0.17 0.29 0.36 0.29 0.21 0.27 0.30 0.21
O2 0.23 0.19 0.23 0.20 0.17 0.26 0.16 0.26 0.19 0.17 0.22 0.18 0.21 0.16 0.19 0.27 0.30 0.30 0.22 0.26 0.35 0.24
O2' 0.23 0.14 0.28 0.27 0.15 0.29 0.15 0.30 0.14 0.19 0.14 0.12 0.15 0.17 0.19 0.36 0.37 0.32 0.26 0.31 0.25 0.24
O3' 0.34 0.19 0.34 0.40 0.24 0.45 0.24 0.48 0.21 0.31 0.19 0.20 0.22 0.28 0.30 0.45 0.55 0.46 0.43 0.58 0.48 0.48
O4 0.20 0.18 0.24 0.25 0.16 0.27 0.17 0.27 0.20 0.16 0.21 0.17 0.23 0.16 0.17 0.31 0.41 0.28 0.22 0.29 0.27 0.21
O4' 0.29 0.21 0.30 0.35 0.15 0.37 0.19 0.37 0.22 0.24 0.25 0.12 0.26 0.22 0.22 0.39 0.48 0.36 0.37 0.48 0.40 0.38
O5' 0.29 0.22 0.26 0.38 0.12 0.43 0.14 0.45 0.20 0.20 0.25 0.13 0.24 0.16 0.19 0.37 0.55 0.40 0.38 0.58 0.44 0.42
OP1 0.27 0.47 0.18 0.32 0.28 0.44 0.36 0.47 0.48 0.24 0.55 0.32 0.55 0.30 0.22 0.32 0.47 0.40 0.35 0.63 0.50 0.45
OP2 0.26 0.42 0.20 0.32 0.22 0.42 0.29 0.44 0.42 0.18 0.50 0.27 0.49 0.23 0.18 0.35 0.50 0.39 0.33 0.56 0.38 0.38
P 0.25 0.53 0.16 0.27 0.32 0.37 0.39 0.39 0.52 0.24 0.59 0.38 0.57 0.32 0.23 0.29 0.45 0.35 0.28 0.52 0.38 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.12 0.17 0.19 0.14
C2 0.04 0.00 0.16 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.10 0.24 0.33 0.53 0.33
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.09 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.13 0.16 0.07 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.25 0.21 0.19
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.14 0.17 0.14 0.14 0.15 0.17 0.09 0.02 0.01 0.01 0.17 0.26 0.19 0.15
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.05 0.24 0.32 0.52 0.33
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.10 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03 0.30 0.41 0.70 0.42
C5' 0.03 0.10 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.13 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.14 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.05 0.30 0.44 0.76 0.45
C8 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.17 0.07 0.32 0.39 0.64 0.41
N1 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.08 0.28 0.39 0.66 0.40
N3 0.04 0.00 0.16 0.14 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.18 0.10 0.22 0.29 0.43 0.28
N6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.16 0.05 0.33 0.50 0.87 0.50
N7 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.18 0.05 0.34 0.47 0.80 0.48
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.23 0.28 0.43 0.29
O2' 0.03 0.15 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.13 0.11 0.15 0.08 0.12 0.06 0.00 0.05 0.07 0.09 0.22 0.25 0.14
O3' 0.08 0.19 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.06 0.14 0.17 0.16 0.18 0.16 0.18 0.08 0.05 0.00 0.05 0.14 0.28 0.34 0.12
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.07 0.05 0.00 0.07 0.14 0.15 0.12
O5' 0.12 0.24 0.17 0.17 0.24 0.02 0.30 0.01 0.30 0.32 0.28 0.22 0.33 0.34 0.23 0.09 0.14 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.33 0.25 0.26 0.32 0.10 0.41 0.14 0.44 0.39 0.39 0.29 0.50 0.47 0.28 0.22 0.28 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.53 0.21 0.19 0.52 0.18 0.70 0.24 0.76 0.64 0.66 0.43 0.87 0.80 0.43 0.25 0.34 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.33 0.19 0.15 0.33 0.03 0.42 0.01 0.45 0.41 0.40 0.28 0.50 0.48 0.29 0.14 0.12 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00