ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49383

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 5, 8, 6, 6, 6, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.019, 0.042, 0.064, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.042 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.024, 0.054, 0.084, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.054 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.031, 0.138, 0.245, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.138 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.056, 0.166, 0.276, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.166 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.088, 0.223, 0.357, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.223 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.051, 0.213, 0.375, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.213 std_dev=0.162
C3' A 0, 0.074, 0.247, 0.420, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.247 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.257, 0.492, 0.726, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.492 std_dev=0.235
O3' A 0, 0.116, 0.359, 0.602, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.359 std_dev=0.243
C5' A 0, 0.160, 0.436, 0.713, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.436 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.300, 0.578, 0.856, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.578 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.424, 0.771, 1.118, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.771 std_dev=0.347
O2' B 0, 0.502, 0.854, 1.205, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.854 std_dev=0.352
C2 B 0, 0.468, 0.820, 1.172, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.820 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.382, 0.735, 1.088, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.735 std_dev=0.353
N1 B 0, 0.578, 0.947, 1.316, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.947 std_dev=0.369
N9 B 0, 0.523, 0.899, 1.274, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.899 std_dev=0.376
C1' B 0, 0.567, 0.957, 1.346, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.957 std_dev=0.390
N6 B 0, 0.532, 0.941, 1.350, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.941 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.590, 1.004, 1.418, 1.871 max_d=1.871 avg_d=1.004 std_dev=0.414
O5' A 0, 0.296, 0.734, 1.172, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.734 std_dev=0.438
N7 B 0, 0.629, 1.127, 1.625, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.127 std_dev=0.498
C8 B 0, 0.721, 1.270, 1.820, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.270 std_dev=0.550
O4' B 0, 0.785, 1.336, 1.886, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.336 std_dev=0.551
C3' B 0, 0.809, 1.448, 2.086, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.448 std_dev=0.639
P A 0, 0.497, 1.166, 1.835, 3.207 max_d=3.207 avg_d=1.166 std_dev=0.669
C4' B 0, 0.946, 1.632, 2.318, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.632 std_dev=0.686
O3' B 0, 0.801, 1.513, 2.224, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.513 std_dev=0.711
OP2 A 0, 0.601, 1.354, 2.106, 3.904 max_d=3.904 avg_d=1.354 std_dev=0.752
OP1 A 0, 0.504, 1.394, 2.283, 3.989 max_d=3.989 avg_d=1.394 std_dev=0.890
C5' B 0, 1.235, 2.140, 3.046, 3.840 max_d=3.840 avg_d=2.140 std_dev=0.905
O5' B 0, 1.417, 2.479, 3.541, 4.544 max_d=4.544 avg_d=2.479 std_dev=1.062
P B 0, 1.700, 2.882, 4.064, 5.146 max_d=5.146 avg_d=2.882 std_dev=1.182
OP2 B 0, 1.218, 2.772, 4.325, 6.059 max_d=6.059 avg_d=2.772 std_dev=1.553
OP1 B 0, 2.201, 3.762, 5.323, 6.113 max_d=6.113 avg_d=3.762 std_dev=1.561

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.14 0.20 0.15
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.05 0.24 0.20 0.24 0.19
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.12 0.01 0.03 0.06 0.01 0.15 0.22 0.14 0.08
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.08 0.12 0.03 0.01 0.09 0.01 0.22 0.34 0.18 0.17
C4 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.34 0.28 0.33 0.27
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.13 0.18 0.07
C5 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.11 0.01 0.05 0.35 0.28 0.33 0.27
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.11 0.08 0.06 0.03 0.14 0.02 0.01 0.18 0.22 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.02 0.05 0.31 0.23 0.26 0.22
N1 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.24 0.18 0.22 0.18
N3 0.04 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.11 0.02 0.05 0.30 0.24 0.29 0.23
O2 0.06 0.01 0.12 0.12 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.15 0.03 0.07 0.20 0.19 0.22 0.18
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.11 0.00 0.06 0.07 0.04 0.06 0.17 0.13 0.07
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.10 0.05 0.11 0.15 0.06 0.00 0.12 0.02 0.22 0.46 0.27 0.26
O4 0.04 0.03 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.12 0.00 0.05 0.36 0.31 0.37 0.30
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.04 0.02 0.05 0.00 0.13 0.19 0.28 0.23
O5' 0.13 0.24 0.15 0.22 0.34 0.02 0.35 0.01 0.31 0.24 0.30 0.20 0.06 0.22 0.36 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.20 0.22 0.34 0.28 0.13 0.28 0.18 0.23 0.18 0.24 0.19 0.17 0.46 0.31 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.24 0.14 0.18 0.33 0.18 0.33 0.22 0.26 0.22 0.29 0.22 0.13 0.27 0.37 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.19 0.08 0.17 0.27 0.07 0.27 0.02 0.22 0.18 0.23 0.18 0.07 0.26 0.30 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.19 0.18 0.20 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.18 0.15 0.16 0.15 0.15 0.20 0.26 0.18 0.29 0.36 0.39 0.28
C2 0.17 0.18 0.14 0.15 0.18 0.15 0.20 0.17 0.21 0.19 0.20 0.16 0.22 0.21 0.18 0.15 0.20 0.23 0.37 0.51 0.53 0.39
C2' 0.12 0.15 0.14 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.12 0.15 0.14 0.12 0.15 0.18 0.17 0.21 0.29 0.41 0.21
C3' 0.16 0.15 0.17 0.19 0.14 0.17 0.14 0.18 0.14 0.16 0.15 0.14 0.14 0.15 0.15 0.18 0.24 0.20 0.17 0.31 0.53 0.26
C4 0.16 0.20 0.15 0.15 0.19 0.14 0.22 0.17 0.25 0.20 0.24 0.17 0.28 0.23 0.18 0.16 0.23 0.23 0.33 0.46 0.53 0.35
C4' 0.19 0.20 0.23 0.28 0.12 0.24 0.12 0.25 0.14 0.16 0.19 0.15 0.15 0.14 0.15 0.26 0.35 0.22 0.24 0.31 0.50 0.28
C5 0.14 0.18 0.17 0.18 0.16 0.12 0.19 0.13 0.21 0.17 0.22 0.15 0.24 0.19 0.15 0.18 0.27 0.19 0.26 0.37 0.47 0.27
C5' 0.21 0.21 0.26 0.32 0.13 0.30 0.13 0.32 0.16 0.18 0.20 0.16 0.17 0.15 0.16 0.29 0.42 0.26 0.28 0.39 0.63 0.36
C6 0.14 0.17 0.18 0.20 0.14 0.13 0.16 0.13 0.18 0.15 0.19 0.14 0.20 0.17 0.14 0.19 0.29 0.18 0.25 0.34 0.44 0.25
N1 0.14 0.17 0.16 0.17 0.14 0.12 0.16 0.13 0.17 0.16 0.18 0.14 0.19 0.17 0.14 0.17 0.25 0.18 0.29 0.39 0.43 0.29
N3 0.18 0.21 0.14 0.15 0.20 0.16 0.23 0.20 0.25 0.22 0.24 0.18 0.27 0.24 0.20 0.16 0.20 0.25 0.38 0.53 0.57 0.41
O2 0.21 0.19 0.15 0.16 0.20 0.19 0.21 0.23 0.21 0.22 0.20 0.19 0.22 0.23 0.21 0.16 0.18 0.26 0.44 0.60 0.60 0.47
O2' 0.13 0.17 0.14 0.13 0.13 0.10 0.14 0.11 0.15 0.13 0.16 0.15 0.16 0.14 0.12 0.14 0.17 0.17 0.23 0.31 0.37 0.22
O3' 0.23 0.18 0.21 0.23 0.20 0.24 0.20 0.24 0.19 0.22 0.18 0.18 0.19 0.21 0.22 0.22 0.26 0.26 0.24 0.44 0.68 0.38
O4 0.18 0.22 0.15 0.15 0.21 0.16 0.25 0.20 0.27 0.22 0.27 0.19 0.31 0.25 0.19 0.17 0.22 0.25 0.36 0.50 0.58 0.39
O4' 0.20 0.25 0.26 0.30 0.16 0.23 0.18 0.23 0.20 0.20 0.25 0.19 0.21 0.19 0.18 0.27 0.38 0.21 0.30 0.35 0.42 0.29
O5' 0.18 0.21 0.23 0.29 0.12 0.24 0.13 0.26 0.16 0.18 0.21 0.15 0.18 0.16 0.15 0.26 0.39 0.23 0.23 0.33 0.62 0.34
OP1 0.22 0.29 0.17 0.21 0.20 0.29 0.22 0.30 0.27 0.17 0.30 0.24 0.30 0.20 0.18 0.24 0.28 0.30 0.21 0.47 0.74 0.38
OP2 0.19 0.23 0.21 0.24 0.19 0.22 0.24 0.22 0.28 0.22 0.28 0.17 0.32 0.25 0.19 0.23 0.32 0.23 0.20 0.31 0.64 0.32
P 0.16 0.26 0.20 0.24 0.19 0.20 0.24 0.22 0.28 0.21 0.30 0.19 0.32 0.25 0.18 0.20 0.33 0.20 0.19 0.32 0.66 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.37 0.42 0.27
C2 0.04 0.00 0.13 0.12 0.02 0.04 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.16 0.15 0.06 0.46 0.73 0.69 0.53
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.08 0.06 0.11 0.13 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.24 0.29 0.28 0.19
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.09 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.27 0.32 0.30 0.18
C4 0.02 0.02 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.04 0.48 0.72 0.69 0.54
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.05 0.04 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.21 0.43 0.10
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.10 0.05 0.56 0.93 0.90 0.69
C5' 0.05 0.12 0.02 0.02 0.14 0.01 0.19 0.00 0.19 0.22 0.16 0.10 0.22 0.23 0.14 0.05 0.07 0.03 0.01 0.39 0.39 0.02
C6 0.03 0.02 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.12 0.06 0.57 0.99 0.96 0.73
C8 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.13 0.07 0.57 0.86 0.84 0.67
N1 0.03 0.01 0.11 0.11 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.14 0.06 0.52 0.89 0.84 0.64
N3 0.04 0.01 0.13 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.15 0.13 0.06 0.42 0.63 0.60 0.45
N6 0.04 0.02 0.07 0.10 0.02 0.08 0.03 0.22 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.09 0.13 0.07 0.61 1.14 1.10 0.83
N7 0.02 0.02 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.13 0.07 0.61 1.03 1.02 0.78
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.05 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.45 0.63 0.61 0.49
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.10 0.04 0.14 0.15 0.09 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.08 0.21 0.45 0.14
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.07 0.12 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.06 0.05 0.00 0.02 0.28 0.41 0.54 0.23
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.27 0.36 0.50 0.27
O5' 0.29 0.46 0.24 0.27 0.48 0.03 0.56 0.01 0.57 0.57 0.52 0.42 0.61 0.61 0.45 0.08 0.28 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.73 0.29 0.32 0.72 0.21 0.93 0.39 0.99 0.86 0.89 0.63 1.14 1.03 0.63 0.21 0.41 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.69 0.28 0.30 0.69 0.43 0.90 0.39 0.96 0.84 0.84 0.60 1.10 1.02 0.61 0.45 0.54 0.50 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.53 0.19 0.18 0.54 0.10 0.69 0.02 0.73 0.67 0.64 0.45 0.83 0.78 0.49 0.14 0.23 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00