ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49385

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 3, 2, 4, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.034 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.009, 0.053, 0.096, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.053 std_dev=0.044
O2' B 0, 0.204, 0.425, 0.646, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.425 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.259, 0.485, 0.710, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.485 std_dev=0.226
C2' A 0, 0.076, 0.350, 0.623, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.350 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.198, 0.473, 0.748, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.473 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.232, 0.511, 0.790, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.511 std_dev=0.279
O2' A 0, 0.143, 0.423, 0.703, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.423 std_dev=0.280
O4' A 0, 0.060, 0.348, 0.635, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.348 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.262, 0.629, 0.995, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.629 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.164, 0.531, 0.898, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.531 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.192, 0.569, 0.946, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.569 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.326, 0.715, 1.105, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.715 std_dev=0.390
N9 B 0, 0.287, 0.728, 1.169, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.728 std_dev=0.441
O3' B 0, 0.296, 0.741, 1.187, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.741 std_dev=0.445
C3' A 0, 0.132, 0.589, 1.046, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.589 std_dev=0.457
C4' A 0, 0.098, 0.573, 1.047, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.573 std_dev=0.474
C4' B 0, 0.406, 0.898, 1.390, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.898 std_dev=0.492
C6 B 0, 0.165, 0.683, 1.201, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.683 std_dev=0.518
C5 B 0, 0.245, 0.770, 1.294, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.770 std_dev=0.525
O4' B 0, 0.340, 0.865, 1.390, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.865 std_dev=0.525
O3' A 0, 0.234, 0.830, 1.427, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.830 std_dev=0.597
C8 B 0, 0.434, 1.053, 1.672, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.053 std_dev=0.619
N6 B 0, 0.223, 0.881, 1.540, 2.987 max_d=2.987 avg_d=0.881 std_dev=0.658
N7 B 0, 0.417, 1.096, 1.776, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.096 std_dev=0.679
C5' B 0, 0.584, 1.307, 2.031, 3.122 max_d=3.122 avg_d=1.307 std_dev=0.723
OP2 B 0, 0.528, 1.319, 2.109, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.319 std_dev=0.791
C5' A 0, 0.177, 0.983, 1.788, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.983 std_dev=0.805
O5' B 0, 0.589, 1.482, 2.376, 3.583 max_d=3.583 avg_d=1.482 std_dev=0.893
P B 0, 0.641, 1.809, 2.977, 4.500 max_d=4.500 avg_d=1.809 std_dev=1.168
O5' A 0, 0.071, 1.878, 3.685, 4.556 max_d=4.556 avg_d=1.878 std_dev=1.807
OP1 B 0, 1.023, 2.902, 4.780, 6.071 max_d=6.071 avg_d=2.902 std_dev=1.878
OP1 A 0, 0.146, 2.414, 4.682, 5.785 max_d=5.785 avg_d=2.414 std_dev=2.268
P A 0, -0.015, 2.579, 5.174, 6.278 max_d=6.278 avg_d=2.579 std_dev=2.595
OP2 A 0, -0.271, 3.494, 7.260, 8.678 max_d=8.678 avg_d=3.494 std_dev=3.765

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.20 0.13 0.34 0.21
C2 0.02 0.00 0.14 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.01 0.11 0.29 0.20 0.62 0.41
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.11 0.23 0.00 0.02 0.04 0.01 0.33 0.26 0.53 0.28
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.02 0.13 0.10 0.15 0.14 0.01 0.01 0.17 0.01 0.41 0.31 0.58 0.32
C4 0.02 0.01 0.04 0.16 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.17 0.00 0.03 0.78 0.62 1.58 1.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.16 0.05 0.04 0.11 0.07 0.04 0.10 0.01 0.01 0.08 0.05 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.16 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.01 0.08 1.04 0.82 1.93 1.36
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.19 0.01 0.29 0.00 0.28 0.11 0.09 0.13 0.06 0.04 0.21 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.16 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01 0.12 0.96 0.70 1.59 1.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.50 0.34 0.86 0.60
N3 0.02 0.00 0.11 0.15 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.01 0.08 0.48 0.35 1.01 0.68
O2 0.04 0.00 0.23 0.14 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.16 0.01 0.18 0.09 0.12 0.16 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.07 0.14 0.06 0.14 0.05 0.08 0.21 0.00 0.04 0.09 0.07 0.16 0.20 0.22 0.10
O3' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.17 0.04 0.18 0.04 0.15 0.08 0.16 0.16 0.04 0.00 0.19 0.03 0.27 0.32 0.41 0.16
O4 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.03 0.83 0.69 1.75 1.20
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.08 0.18 0.07 0.03 0.03 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06
O5' 0.20 0.29 0.33 0.41 0.78 0.01 1.04 0.01 0.96 0.50 0.48 0.09 0.16 0.27 0.83 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.20 0.26 0.31 0.62 0.08 0.82 0.06 0.70 0.34 0.35 0.12 0.20 0.32 0.69 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.62 0.53 0.58 1.58 0.05 1.93 0.02 1.59 0.86 1.01 0.16 0.22 0.41 1.75 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.41 0.28 0.32 1.09 0.07 1.36 0.02 1.15 0.60 0.68 0.09 0.10 0.16 1.20 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.20 0.31 0.32 0.25 0.34 0.25 0.34 0.22 0.30 0.19 0.23 0.22 0.28 0.28 0.24 0.31 0.34 0.21 0.66 0.51 0.20
C2 0.27 0.24 0.29 0.36 0.25 0.30 0.28 0.32 0.28 0.29 0.26 0.23 0.30 0.30 0.26 0.22 0.38 0.27 0.25 0.93 0.60 0.34
C2' 0.16 0.26 0.14 0.14 0.15 0.21 0.17 0.22 0.22 0.12 0.26 0.19 0.23 0.14 0.12 0.13 0.16 0.22 0.14 0.77 0.49 0.24
C3' 0.16 0.26 0.23 0.27 0.11 0.34 0.14 0.37 0.21 0.07 0.26 0.17 0.22 0.09 0.08 0.27 0.33 0.25 0.27 0.55 0.44 0.22
C4 0.27 0.25 0.29 0.34 0.25 0.30 0.26 0.31 0.28 0.26 0.27 0.25 0.29 0.27 0.25 0.21 0.36 0.28 0.23 0.95 0.59 0.30
C4' 0.29 0.14 0.36 0.40 0.18 0.42 0.20 0.46 0.17 0.26 0.15 0.14 0.18 0.24 0.24 0.33 0.43 0.34 0.33 0.42 0.43 0.26
C5 0.30 0.27 0.30 0.33 0.27 0.32 0.27 0.33 0.27 0.27 0.27 0.27 0.28 0.27 0.27 0.22 0.32 0.33 0.21 0.81 0.55 0.22
C5' 0.30 0.14 0.42 0.49 0.18 0.50 0.20 0.56 0.17 0.29 0.15 0.14 0.19 0.26 0.25 0.39 0.56 0.36 0.45 0.47 0.46 0.39
C6 0.32 0.26 0.31 0.32 0.27 0.34 0.27 0.35 0.26 0.28 0.26 0.27 0.26 0.28 0.28 0.23 0.31 0.34 0.22 0.73 0.52 0.19
N1 0.30 0.24 0.31 0.34 0.26 0.32 0.27 0.33 0.26 0.29 0.24 0.25 0.26 0.28 0.28 0.23 0.33 0.32 0.21 0.78 0.54 0.23
N3 0.25 0.24 0.29 0.36 0.25 0.29 0.28 0.32 0.29 0.28 0.27 0.23 0.31 0.29 0.25 0.21 0.38 0.26 0.26 1.00 0.62 0.37
O2 0.25 0.26 0.28 0.37 0.27 0.31 0.32 0.35 0.32 0.33 0.28 0.23 0.34 0.35 0.27 0.23 0.41 0.26 0.31 0.99 0.63 0.42
O2' 0.19 0.20 0.15 0.13 0.11 0.19 0.11 0.20 0.14 0.12 0.18 0.16 0.13 0.10 0.13 0.16 0.17 0.25 0.16 0.81 0.49 0.28
O3' 0.23 0.31 0.32 0.40 0.19 0.48 0.21 0.52 0.27 0.17 0.32 0.24 0.28 0.18 0.17 0.42 0.48 0.32 0.46 0.57 0.51 0.41
O4 0.26 0.25 0.29 0.35 0.24 0.29 0.26 0.31 0.28 0.25 0.27 0.24 0.30 0.26 0.24 0.21 0.37 0.27 0.23 1.01 0.61 0.33
O4' 0.33 0.22 0.36 0.37 0.28 0.38 0.30 0.39 0.28 0.34 0.23 0.24 0.29 0.34 0.31 0.29 0.37 0.36 0.25 0.48 0.49 0.20
O5' 0.47 0.19 0.76 0.96 0.24 0.86 0.27 0.96 0.18 0.46 0.17 0.15 0.20 0.40 0.38 0.72 1.19 0.57 0.85 0.77 0.83 0.76
OP1 0.36 0.26 0.63 0.85 0.19 0.77 0.20 0.91 0.18 0.35 0.23 0.19 0.18 0.30 0.28 0.60 1.09 0.46 0.83 0.90 0.70 0.80
OP2 0.75 0.30 1.19 1.60 0.36 1.41 0.40 1.61 0.23 0.77 0.25 0.19 0.26 0.65 0.62 1.11 2.01 0.92 1.51 1.48 1.50 1.45
P 0.71 0.18 1.04 1.34 0.37 1.24 0.40 1.41 0.25 0.70 0.16 0.18 0.27 0.60 0.59 0.99 1.64 0.86 1.30 1.30 1.23 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.16 0.96 0.52 0.38
C2 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.22 0.04 0.29 1.42 0.63 0.58
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.03 0.10 0.03 0.11 0.10 0.13 0.14 0.13 0.11 0.05 0.00 0.02 0.01 0.18 0.64 0.34 0.30
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.16 0.00 0.21 0.04 0.23 0.22 0.21 0.17 0.26 0.24 0.13 0.01 0.01 0.01 0.24 0.38 0.21 0.23
C4 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.17 0.02 0.29 1.41 0.65 0.58
C4' 0.01 0.08 0.03 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.14 0.10 0.07 0.14 0.15 0.08 0.09 0.03 0.00 0.02 0.31 0.29 0.09
C5 0.01 0.01 0.10 0.21 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.24 0.03 0.36 1.60 0.72 0.68
C5' 0.05 0.17 0.03 0.04 0.19 0.01 0.26 0.00 0.27 0.27 0.22 0.14 0.31 0.31 0.17 0.09 0.06 0.02 0.01 0.19 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.27 0.02 0.37 1.64 0.72 0.70
C8 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.14 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.24 0.05 0.37 1.53 0.75 0.66
N1 0.03 0.00 0.13 0.21 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.25 0.03 0.34 1.56 0.68 0.65
N3 0.03 0.00 0.14 0.17 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.19 0.04 0.25 1.31 0.60 0.52
N6 0.02 0.01 0.13 0.26 0.01 0.14 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.32 0.03 0.40 1.72 0.75 0.74
N7 0.01 0.01 0.11 0.24 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.28 0.05 0.40 1.68 0.78 0.73
N9 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.26 1.31 0.63 0.53
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.10 0.09 0.08 0.09 0.11 0.06 0.15 0.18 0.10 0.06 0.04 0.00 0.04 0.07 0.05 0.43 0.34 0.14
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.17 0.03 0.24 0.06 0.27 0.24 0.25 0.19 0.32 0.28 0.13 0.04 0.00 0.03 0.22 0.34 0.33 0.24
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.03 0.00 0.16 0.82 0.51 0.31
O5' 0.16 0.29 0.18 0.24 0.29 0.02 0.36 0.01 0.37 0.37 0.34 0.25 0.40 0.40 0.26 0.05 0.22 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.96 1.42 0.64 0.38 1.41 0.31 1.60 0.19 1.64 1.53 1.56 1.31 1.72 1.68 1.31 0.43 0.34 0.82 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.63 0.34 0.21 0.65 0.29 0.72 0.35 0.72 0.75 0.68 0.60 0.75 0.78 0.63 0.34 0.33 0.51 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.58 0.30 0.23 0.58 0.09 0.68 0.02 0.70 0.66 0.65 0.52 0.74 0.73 0.53 0.14 0.24 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00