ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49386

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 5, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.017, 0.026, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.019, 0.033, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.029, 0.046, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.046 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.041 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.021, 0.040, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.027, 0.047, 0.068, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.047 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.059, 0.089, 0.119, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.089 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.060, 0.103, 0.146, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.103 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.055, 0.179, 0.303, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.179 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.142, 0.270, 0.398, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.270 std_dev=0.128
O4' A 0, 0.074, 0.227, 0.380, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.227 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.065, 0.304, 0.543, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.304 std_dev=0.239
C4' A 0, 0.143, 0.385, 0.628, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.385 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.229, 0.545, 0.860, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.545 std_dev=0.316
O3' A 0, 0.095, 0.414, 0.732, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.414 std_dev=0.318
C4 B 0, 0.313, 0.660, 1.007, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.660 std_dev=0.347
N9 B 0, 0.398, 0.784, 1.170, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.784 std_dev=0.386
C5' A 0, 0.259, 0.665, 1.070, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.665 std_dev=0.405
C2 B 0, 0.194, 0.632, 1.071, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.632 std_dev=0.438
C1' B 0, 0.357, 0.803, 1.249, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.803 std_dev=0.446
C5 B 0, 0.344, 0.810, 1.277, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.810 std_dev=0.466
O5' A 0, 0.266, 0.744, 1.222, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.744 std_dev=0.478
C8 B 0, 0.477, 0.969, 1.460, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.969 std_dev=0.491
N7 B 0, 0.461, 0.986, 1.512, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.986 std_dev=0.525
C6 B 0, 0.320, 0.870, 1.420, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.870 std_dev=0.550
N1 B 0, 0.226, 0.788, 1.349, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.788 std_dev=0.562
C2' B 0, 0.192, 0.774, 1.356, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.774 std_dev=0.582
P A 0, 0.369, 0.975, 1.582, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.975 std_dev=0.607
O4' B 0, 0.446, 1.057, 1.668, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.057 std_dev=0.611
N6 B 0, 0.390, 1.073, 1.756, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.073 std_dev=0.683
O2' B 0, 0.010, 0.757, 1.503, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.757 std_dev=0.746
C3' B 0, 0.257, 1.046, 1.836, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.046 std_dev=0.789
C4' B 0, 0.329, 1.141, 1.952, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.141 std_dev=0.811
OP2 A 0, 0.404, 1.269, 2.134, 3.629 max_d=3.629 avg_d=1.269 std_dev=0.865
OP1 A 0, 0.560, 1.532, 2.505, 3.184 max_d=3.184 avg_d=1.532 std_dev=0.972
C5' B 0, 0.383, 1.368, 2.352, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.368 std_dev=0.984
O3' B 0, 0.225, 1.278, 2.332, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.278 std_dev=1.053
OP1 B 0, 0.712, 2.156, 3.601, 5.551 max_d=5.551 avg_d=2.156 std_dev=1.444
O5' B 0, 0.515, 2.168, 3.820, 4.403 max_d=4.403 avg_d=2.168 std_dev=1.653
P B 0, 0.614, 2.577, 4.540, 5.297 max_d=5.297 avg_d=2.577 std_dev=1.963
OP2 B 0, 0.637, 3.457, 6.278, 7.438 max_d=7.438 avg_d=3.457 std_dev=2.821

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.32 0.53 0.25
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.02 0.05 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.03 0.13 0.49 0.49 0.28
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.14 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.27 0.41 0.19
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.11 0.05 0.10 0.15 0.01 0.01 0.10 0.02 0.05 0.32 0.34 0.18
C4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.01 0.04 0.19 0.73 0.49 0.33
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.11 0.00 0.02 0.30 0.37 0.11
C5 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.11 0.01 0.07 0.18 0.73 0.49 0.33
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.21 0.01 0.22 0.00 0.18 0.11 0.17 0.09 0.05 0.04 0.23 0.01 0.01 0.32 0.25 0.01
C6 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.02 0.07 0.13 0.58 0.48 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.08 0.45 0.50 0.27
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.02 0.02 0.17 0.63 0.48 0.31
O2 0.05 0.01 0.14 0.15 0.03 0.05 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.16 0.04 0.06 0.13 0.42 0.50 0.26
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.12 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.34 0.43 0.17
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.11 0.05 0.11 0.16 0.04 0.00 0.12 0.02 0.06 0.54 0.41 0.26
O4 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.12 0.00 0.05 0.21 0.81 0.51 0.35
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.05 0.00 0.09 0.31 0.62 0.28
O5' 0.04 0.13 0.05 0.05 0.19 0.02 0.18 0.01 0.13 0.08 0.17 0.13 0.04 0.06 0.21 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.32 0.49 0.27 0.32 0.73 0.30 0.73 0.32 0.58 0.45 0.63 0.42 0.34 0.54 0.81 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.49 0.41 0.34 0.49 0.37 0.49 0.25 0.48 0.50 0.48 0.50 0.43 0.41 0.51 0.62 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.28 0.19 0.18 0.33 0.11 0.33 0.01 0.31 0.27 0.31 0.26 0.17 0.26 0.35 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.26 0.22 0.25 0.17 0.20 0.17 0.20 0.19 0.19 0.24 0.21 0.19 0.17 0.19 0.22 0.31 0.23 0.32 0.33 0.50 0.33
C2 0.22 0.21 0.27 0.33 0.19 0.24 0.20 0.27 0.22 0.21 0.24 0.18 0.23 0.21 0.21 0.22 0.39 0.22 0.42 0.39 0.73 0.47
C2' 0.21 0.24 0.13 0.17 0.18 0.17 0.17 0.16 0.20 0.18 0.23 0.20 0.20 0.17 0.18 0.18 0.28 0.24 0.27 0.28 0.48 0.25
C3' 0.24 0.24 0.25 0.32 0.19 0.27 0.20 0.27 0.22 0.21 0.25 0.20 0.23 0.20 0.21 0.31 0.50 0.29 0.34 0.36 0.49 0.33
C4 0.20 0.20 0.26 0.33 0.19 0.22 0.21 0.26 0.23 0.21 0.24 0.18 0.26 0.21 0.20 0.20 0.42 0.21 0.41 0.39 0.70 0.47
C4' 0.20 0.20 0.24 0.32 0.13 0.19 0.12 0.21 0.15 0.16 0.19 0.15 0.15 0.13 0.15 0.20 0.49 0.23 0.18 0.30 0.29 0.17
C5 0.20 0.21 0.23 0.30 0.17 0.20 0.18 0.22 0.20 0.18 0.23 0.18 0.22 0.18 0.18 0.19 0.39 0.21 0.36 0.36 0.57 0.40
C5' 0.21 0.19 0.28 0.39 0.12 0.24 0.12 0.27 0.14 0.17 0.19 0.14 0.14 0.14 0.16 0.26 0.60 0.24 0.21 0.35 0.27 0.19
C6 0.20 0.22 0.22 0.27 0.17 0.19 0.17 0.20 0.19 0.18 0.23 0.18 0.20 0.16 0.18 0.19 0.36 0.22 0.33 0.34 0.51 0.35
N1 0.21 0.23 0.23 0.28 0.17 0.20 0.17 0.22 0.20 0.18 0.23 0.18 0.20 0.17 0.18 0.20 0.35 0.22 0.35 0.35 0.58 0.38
N3 0.21 0.21 0.27 0.34 0.20 0.23 0.22 0.28 0.24 0.22 0.24 0.19 0.26 0.23 0.21 0.21 0.42 0.22 0.43 0.40 0.77 0.51
O2 0.25 0.23 0.30 0.36 0.22 0.28 0.23 0.32 0.23 0.25 0.25 0.20 0.24 0.24 0.24 0.26 0.41 0.25 0.46 0.43 0.83 0.53
O2' 0.20 0.20 0.15 0.17 0.14 0.17 0.13 0.16 0.14 0.16 0.18 0.17 0.14 0.14 0.16 0.18 0.26 0.23 0.26 0.26 0.51 0.25
O3' 0.36 0.27 0.45 0.56 0.26 0.51 0.27 0.51 0.28 0.31 0.29 0.23 0.30 0.29 0.30 0.58 0.79 0.44 0.65 0.59 0.82 0.65
O4 0.21 0.21 0.27 0.35 0.20 0.23 0.23 0.28 0.25 0.22 0.25 0.19 0.29 0.23 0.21 0.20 0.44 0.22 0.44 0.40 0.76 0.51
O4' 0.25 0.28 0.25 0.29 0.18 0.24 0.18 0.23 0.22 0.20 0.27 0.21 0.23 0.18 0.20 0.27 0.38 0.27 0.36 0.37 0.45 0.35
O5' 0.22 0.21 0.25 0.35 0.16 0.23 0.16 0.25 0.18 0.18 0.22 0.17 0.19 0.16 0.18 0.25 0.56 0.26 0.21 0.35 0.27 0.21
OP1 0.45 0.22 0.66 0.81 0.21 0.72 0.18 0.76 0.20 0.31 0.25 0.19 0.23 0.23 0.32 0.73 1.07 0.53 0.65 0.80 0.58 0.64
OP2 0.36 0.50 0.54 0.66 0.39 0.54 0.41 0.60 0.48 0.37 0.53 0.42 0.50 0.39 0.36 0.51 0.81 0.39 0.48 0.51 0.69 0.52
P 0.20 0.23 0.36 0.48 0.11 0.36 0.13 0.39 0.20 0.13 0.26 0.14 0.22 0.11 0.13 0.36 0.69 0.25 0.29 0.43 0.37 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.24 0.12 0.63 0.27
C2 0.04 0.00 0.19 0.20 0.01 0.09 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.20 0.26 0.04 0.31 0.27 0.97 0.43
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.02 0.08 0.11 0.14 0.20 0.07 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.19 0.48 0.18
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.08 0.21 0.14 0.20 0.09 0.17 0.07 0.02 0.01 0.01 0.31 0.27 0.49 0.25
C4 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.34 0.27 0.98 0.43
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.14 0.07 0.09 0.08 0.12 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.14 0.27 0.04
C5 0.01 0.02 0.06 0.07 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.43 0.37 1.19 0.54
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.22 0.12 0.11 0.17 0.21 0.11 0.04 0.06 0.02 0.01 0.18 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.09 0.03 0.42 0.39 1.23 0.56
C8 0.01 0.02 0.11 0.21 0.01 0.14 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.23 0.04 0.47 0.35 1.14 0.53
N1 0.03 0.01 0.14 0.14 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.18 0.03 0.37 0.34 1.13 0.51
N3 0.04 0.01 0.20 0.20 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.24 0.04 0.27 0.22 0.87 0.37
N6 0.03 0.02 0.07 0.09 0.02 0.08 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.09 0.11 0.04 0.46 0.46 1.35 0.62
N7 0.01 0.02 0.09 0.17 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.20 0.03 0.50 0.42 1.30 0.60
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.35 0.24 0.91 0.41
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.10 0.05 0.08 0.04 0.11 0.07 0.16 0.19 0.09 0.06 0.03 0.00 0.06 0.05 0.12 0.20 0.26 0.10
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.09 0.03 0.08 0.06 0.09 0.23 0.18 0.24 0.11 0.20 0.06 0.06 0.00 0.03 0.46 0.35 0.56 0.37
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.33 0.10 0.62 0.32
O5' 0.24 0.31 0.18 0.31 0.34 0.02 0.43 0.01 0.42 0.47 0.37 0.27 0.46 0.50 0.35 0.12 0.46 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.27 0.19 0.27 0.27 0.14 0.37 0.18 0.39 0.35 0.34 0.22 0.46 0.42 0.24 0.20 0.35 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.63 0.97 0.48 0.49 0.98 0.27 1.19 0.32 1.23 1.14 1.13 0.87 1.35 1.30 0.91 0.26 0.56 0.62 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.43 0.18 0.25 0.43 0.04 0.54 0.02 0.56 0.53 0.51 0.37 0.62 0.60 0.41 0.10 0.37 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00