ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49387

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.005, 0.031, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.006, 0.032, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.016, 0.075, 0.134, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.159 std_dev=0.158
O4 A 0, 0.020, 0.188, 0.356, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.188 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.012, 0.216, 0.421, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.216 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.015, 0.228, 0.440, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.228 std_dev=0.212
O2' A 0, 0.025, 0.276, 0.526, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.276 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.013, 0.288, 0.563, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.288 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.027, 0.312, 0.597, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.312 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.061, 0.378, 0.695, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.378 std_dev=0.317
O5' A 0, -0.059, 0.312, 0.683, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.312 std_dev=0.371
C4 B 0, 0.091, 0.470, 0.848, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.470 std_dev=0.378
N9 B 0, 0.091, 0.482, 0.873, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.482 std_dev=0.391
O3' A 0, 0.013, 0.407, 0.800, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.407 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.091, 0.485, 0.878, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.485 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.050, 0.462, 0.874, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.462 std_dev=0.412
C5' A 0, 0.016, 0.442, 0.869, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.442 std_dev=0.426
C3' B 0, 0.033, 0.538, 1.043, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.538 std_dev=0.505
N1 B 0, 0.093, 0.614, 1.136, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.614 std_dev=0.521
OP2 A 0, -0.063, 0.575, 1.213, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.575 std_dev=0.638
C8 B 0, 0.027, 0.685, 1.343, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.685 std_dev=0.658
C4' B 0, 0.133, 0.794, 1.454, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.794 std_dev=0.660
C5 B 0, 0.034, 0.697, 1.360, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.697 std_dev=0.663
P A 0, -0.126, 0.554, 1.234, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.554 std_dev=0.680
O4' B 0, 0.088, 0.831, 1.575, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.831 std_dev=0.743
C6 B 0, 0.022, 0.770, 1.517, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.770 std_dev=0.748
N7 B 0, -0.035, 0.832, 1.698, 2.399 max_d=2.399 avg_d=0.832 std_dev=0.866
C5' B 0, 0.221, 1.138, 2.056, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.138 std_dev=0.918
O2' B 0, -0.039, 0.936, 1.911, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.936 std_dev=0.975
N6 B 0, -0.093, 0.976, 2.046, 2.955 max_d=2.955 avg_d=0.976 std_dev=1.069
O3' B 0, -0.312, 0.874, 2.059, 3.195 max_d=3.195 avg_d=0.874 std_dev=1.185
O5' B 0, 0.019, 1.227, 2.435, 3.277 max_d=3.277 avg_d=1.227 std_dev=1.208
OP1 A 0, -0.446, 0.893, 2.233, 3.541 max_d=3.541 avg_d=0.893 std_dev=1.339
P B 0, -0.203, 1.602, 3.407, 4.959 max_d=4.959 avg_d=1.602 std_dev=1.805
OP1 B 0, 0.405, 2.532, 4.660, 5.256 max_d=5.256 avg_d=2.532 std_dev=2.128
OP2 B 0, -0.109, 2.122, 4.354, 6.138 max_d=6.138 avg_d=2.122 std_dev=2.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.25 0.03 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.02 0.20 0.68 0.19 0.22
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.13 0.13 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.14 0.01 0.01 0.05 0.01 0.14 0.10 0.16 0.15
C4 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.22 1.01 0.36 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.15 0.18 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.04 0.20 0.95 0.36 0.24
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.11 0.08 0.11 0.09 0.05 0.02 0.13 0.02 0.01 0.30 0.33 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.04 0.17 0.71 0.25 0.18
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.56 0.16 0.16
N3 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.22 0.88 0.28 0.26
O2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.17 0.04 0.04 0.20 0.61 0.13 0.22
O2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.12 0.07
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.02 0.05 0.17 0.02 0.00 0.07 0.00 0.19 0.30 0.22 0.19
O4 0.02 0.02 0.07 0.05 0.01 0.04 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.07 0.00 0.03 0.23 1.11 0.43 0.30
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.14 0.13 0.10
O5' 0.10 0.20 0.09 0.14 0.22 0.01 0.20 0.01 0.17 0.17 0.22 0.20 0.06 0.19 0.23 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.25 0.68 0.13 0.10 1.01 0.15 0.95 0.30 0.71 0.56 0.88 0.61 0.07 0.30 1.11 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.03 0.19 0.13 0.16 0.36 0.18 0.36 0.33 0.25 0.16 0.28 0.13 0.12 0.22 0.43 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.22 0.11 0.15 0.28 0.02 0.24 0.02 0.18 0.16 0.26 0.22 0.07 0.19 0.30 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.11 0.30 0.09 0.03 0.62 0.14 0.48 0.22 0.04 0.22 0.07 0.28 0.13 0.08 0.76 0.30 0.65 0.46 0.65 0.50 0.37
C2 0.29 0.12 0.19 0.13 0.13 0.53 0.26 0.37 0.37 0.17 0.31 0.16 0.48 0.28 0.12 0.46 0.40 0.56 0.37 0.62 0.40 0.38
C2' 0.19 0.22 0.44 0.18 0.11 0.62 0.15 0.64 0.21 0.10 0.26 0.11 0.23 0.12 0.11 0.99 0.07 0.66 0.55 0.91 0.64 0.52
C3' 0.21 0.22 0.40 0.09 0.04 0.74 0.08 0.80 0.18 0.08 0.25 0.09 0.20 0.03 0.10 1.05 0.07 0.76 0.75 1.14 0.94 0.75
C4 0.31 0.14 0.19 0.15 0.14 0.56 0.31 0.35 0.42 0.21 0.34 0.17 0.58 0.35 0.12 0.43 0.54 0.57 0.42 0.66 0.49 0.45
C4' 0.35 0.13 0.31 0.10 0.09 0.83 0.06 0.82 0.11 0.17 0.17 0.07 0.13 0.09 0.19 0.96 0.24 0.84 0.80 1.04 0.94 0.73
C5 0.32 0.10 0.23 0.15 0.10 0.60 0.27 0.39 0.37 0.15 0.30 0.13 0.51 0.30 0.08 0.53 0.57 0.62 0.47 0.63 0.55 0.42
C5' 0.43 0.14 0.24 0.24 0.13 0.96 0.09 0.97 0.12 0.24 0.19 0.08 0.15 0.14 0.26 0.86 0.45 0.93 1.00 1.22 1.23 0.94
C6 0.32 0.09 0.26 0.13 0.06 0.63 0.22 0.43 0.32 0.10 0.28 0.10 0.43 0.23 0.07 0.61 0.52 0.64 0.49 0.62 0.56 0.40
N1 0.30 0.09 0.25 0.11 0.07 0.59 0.21 0.42 0.31 0.10 0.27 0.10 0.41 0.22 0.08 0.61 0.42 0.62 0.43 0.62 0.48 0.37
N3 0.30 0.16 0.17 0.15 0.16 0.53 0.31 0.35 0.42 0.21 0.34 0.19 0.57 0.35 0.14 0.39 0.47 0.55 0.38 0.66 0.43 0.43
O2 0.26 0.15 0.17 0.11 0.14 0.47 0.26 0.33 0.36 0.17 0.32 0.17 0.45 0.26 0.13 0.42 0.29 0.51 0.29 0.60 0.31 0.35
O2' 0.21 0.18 0.54 0.34 0.08 0.61 0.05 0.68 0.08 0.13 0.15 0.13 0.07 0.07 0.15 1.12 0.35 0.66 0.51 0.97 0.60 0.54
O3' 0.14 0.26 0.46 0.17 0.07 0.71 0.07 0.92 0.13 0.14 0.23 0.16 0.12 0.09 0.12 1.17 0.31 0.74 0.85 1.43 1.15 0.96
O4 0.29 0.16 0.20 0.14 0.18 0.52 0.36 0.33 0.47 0.27 0.36 0.18 0.65 0.42 0.14 0.38 0.55 0.54 0.41 0.72 0.50 0.52
O4' 0.39 0.14 0.30 0.16 0.13 0.72 0.14 0.55 0.20 0.13 0.21 0.14 0.24 0.13 0.19 0.80 0.47 0.74 0.56 0.64 0.62 0.40
O5' 0.38 0.23 0.23 0.23 0.04 0.92 0.12 0.90 0.26 0.11 0.32 0.05 0.32 0.05 0.16 0.81 0.48 0.87 0.96 1.15 1.20 0.87
OP1 0.62 0.36 0.12 0.63 0.06 1.35 0.14 1.38 0.38 0.26 0.51 0.08 0.49 0.05 0.31 0.61 0.91 1.21 1.52 1.73 1.96 1.52
OP2 0.16 0.14 0.45 0.13 0.08 0.58 0.15 0.60 0.22 0.07 0.22 0.07 0.27 0.14 0.04 0.91 0.18 0.58 0.73 0.91 0.98 0.63
P 0.46 0.24 0.12 0.37 0.06 1.04 0.09 1.04 0.25 0.18 0.33 0.05 0.32 0.04 0.22 0.67 0.64 0.96 1.15 1.32 1.48 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.19 0.11 0.11
C2 0.05 0.00 0.20 0.09 0.02 0.18 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.38 0.13 0.23 0.11 0.36 0.16 0.13
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.09 0.03 0.21 0.13 0.22 0.06 0.17 0.03 0.01 0.02 0.01 0.21 0.26 0.27 0.29
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.01 0.33 0.11 0.31 0.19
C4 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.08 0.12 0.18 0.30 0.23 0.20
C4' 0.02 0.18 0.02 0.00 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.13 0.18 0.05 0.09 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.10 0.05 0.05
C5 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.05 0.29 0.39 0.36 0.30
C5' 0.05 0.12 0.09 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.11 0.28 0.08 0.13 0.13 0.26 0.12 0.09 0.05 0.02 0.01 0.11 0.04 0.02
C6 0.06 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.10 0.26 0.38 0.35 0.28
C8 0.03 0.01 0.21 0.10 0.01 0.11 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.33 0.05 0.15 0.38 0.47 0.44 0.38
N1 0.06 0.00 0.13 0.06 0.03 0.13 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.22 0.09 0.18 0.18 0.35 0.24 0.20
N3 0.04 0.01 0.22 0.09 0.00 0.18 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.42 0.13 0.24 0.09 0.34 0.13 0.11
N6 0.07 0.02 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.13 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.11 0.04 0.08 0.31 0.44 0.42 0.33
N7 0.04 0.02 0.17 0.08 0.01 0.09 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.29 0.05 0.10 0.40 0.52 0.49 0.41
N9 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.22 0.29 0.26 0.22
O2' 0.03 0.38 0.01 0.04 0.14 0.03 0.08 0.09 0.05 0.33 0.22 0.42 0.11 0.29 0.04 0.00 0.04 0.02 0.27 0.27 0.36 0.33
O3' 0.09 0.13 0.02 0.00 0.08 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.09 0.13 0.04 0.05 0.06 0.04 0.00 0.11 0.38 0.11 0.38 0.17
O4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.15 0.18 0.24 0.08 0.10 0.02 0.02 0.11 0.00 0.23 0.16 0.27 0.14
O5' 0.08 0.11 0.21 0.33 0.18 0.03 0.29 0.01 0.26 0.38 0.18 0.09 0.31 0.40 0.22 0.27 0.38 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.19 0.36 0.26 0.11 0.30 0.10 0.39 0.11 0.38 0.47 0.35 0.34 0.44 0.52 0.29 0.27 0.11 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.16 0.27 0.31 0.23 0.05 0.36 0.04 0.35 0.44 0.24 0.13 0.42 0.49 0.26 0.36 0.38 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.13 0.29 0.19 0.20 0.05 0.30 0.02 0.28 0.38 0.20 0.11 0.33 0.41 0.22 0.33 0.17 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00