ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.007, 0.055, 0.103, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.055 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.029, 0.089, 0.150, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.089 std_dev=0.061
C2' A 0, -0.012, 0.092, 0.195, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.092 std_dev=0.104
O4' A 0, -0.033, 0.091, 0.216, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.091 std_dev=0.124
C3' A 0, -0.011, 0.171, 0.353, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.171 std_dev=0.182
C4' A 0, -0.008, 0.178, 0.364, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.178 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.050, 0.311, 0.572, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.311 std_dev=0.261
C5' A 0, -0.007, 0.263, 0.532, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.263 std_dev=0.270
O3' A 0, -0.006, 0.285, 0.575, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.285 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.167, 0.500, 0.833, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.500 std_dev=0.333
N3 B 0, 0.130, 0.497, 0.865, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.497 std_dev=0.368
N1 B 0, 0.165, 0.562, 0.959, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.562 std_dev=0.397
OP2 A 0, -0.008, 0.473, 0.954, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.473 std_dev=0.481
P A 0, 0.004, 0.534, 1.064, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.534 std_dev=0.530
O2' B 0, -0.002, 0.656, 1.313, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.656 std_dev=0.658
C4 B 0, 0.012, 0.700, 1.388, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.700 std_dev=0.688
C6 B 0, 0.062, 0.757, 1.452, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.757 std_dev=0.695
OP1 A 0, -0.015, 0.744, 1.503, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.744 std_dev=0.759
C2' B 0, -0.022, 0.781, 1.583, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.781 std_dev=0.802
N6 B 0, 0.040, 0.899, 1.757, 2.287 max_d=2.287 avg_d=0.899 std_dev=0.859
C1' B 0, -0.069, 0.801, 1.672, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.801 std_dev=0.870
O3' B 0, 0.043, 0.933, 1.823, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.933 std_dev=0.890
C5 B 0, -0.040, 0.866, 1.771, 2.357 max_d=2.357 avg_d=0.866 std_dev=0.906
C3' B 0, -0.012, 0.933, 1.879, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.933 std_dev=0.946
N9 B 0, -0.096, 0.869, 1.833, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.869 std_dev=0.964
C4' B 0, -0.029, 0.958, 1.945, 2.602 max_d=2.602 avg_d=0.958 std_dev=0.987
O4' B 0, -0.078, 0.926, 1.931, 2.608 max_d=2.608 avg_d=0.926 std_dev=1.004
OP1 B 0, 0.140, 1.197, 2.254, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.197 std_dev=1.057
C5' B 0, -0.030, 1.135, 2.300, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.135 std_dev=1.165
O5' B 0, -0.027, 1.197, 2.421, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.197 std_dev=1.224
N7 B 0, -0.177, 1.154, 2.484, 3.378 max_d=3.378 avg_d=1.154 std_dev=1.331
C8 B 0, -0.204, 1.149, 2.501, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.149 std_dev=1.353
P B 0, -0.016, 1.395, 2.805, 3.747 max_d=3.747 avg_d=1.395 std_dev=1.411
OP2 B 0, -0.039, 1.692, 3.422, 4.588 max_d=4.588 avg_d=1.692 std_dev=1.731

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.08 0.08
C2 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.11 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.02 0.04 0.05 0.10 0.07 0.01 0.01 0.12 0.01 0.04 0.10 0.07 0.05
C4 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.01 0.03 0.06 0.12 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.07 0.13 0.11
C5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.12 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.10 0.10
N3 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.02 0.03 0.04 0.11 0.11
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.04 0.03 0.10 0.10
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.13 0.05 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.13 0.01 0.09 0.02 0.04 0.05 0.13 0.08 0.03 0.00 0.17 0.01 0.07 0.20 0.14 0.12
O4 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.01 0.03 0.05 0.11 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.08
O5' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.13 0.20 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.11 0.06 0.07 0.12 0.02 0.13 0.01 0.12 0.10 0.11 0.10 0.05 0.14 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.04 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11 0.10 0.04 0.12 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.05 0.16 0.14 0.10 0.19 0.08 0.16 0.01 0.15 0.05 0.08 0.01 0.11 0.15 0.22 0.17 0.19 0.12 0.68 0.76 0.11
C2 0.18 0.19 0.16 0.15 0.18 0.18 0.16 0.16 0.14 0.16 0.15 0.20 0.12 0.15 0.17 0.21 0.16 0.19 0.16 0.72 0.95 0.21
C2' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.15 0.09 0.19 0.10 0.20 0.18 0.17 0.10 0.23 0.21 0.14 0.12 0.10 0.10 0.14 0.56 0.87 0.24
C3' 0.04 0.10 0.11 0.14 0.05 0.13 0.07 0.10 0.11 0.02 0.12 0.05 0.12 0.06 0.01 0.21 0.25 0.05 0.04 0.59 0.60 0.07
C4 0.17 0.17 0.20 0.19 0.18 0.18 0.19 0.16 0.18 0.19 0.17 0.17 0.17 0.19 0.18 0.24 0.24 0.16 0.15 0.72 0.84 0.15
C4' 0.22 0.12 0.25 0.27 0.14 0.26 0.16 0.25 0.11 0.25 0.10 0.08 0.12 0.22 0.21 0.31 0.33 0.22 0.20 0.66 0.40 0.12
C5 0.18 0.10 0.23 0.23 0.17 0.21 0.18 0.19 0.14 0.22 0.10 0.13 0.15 0.21 0.19 0.27 0.30 0.17 0.16 0.71 0.71 0.09
C5' 0.28 0.12 0.36 0.40 0.20 0.33 0.26 0.34 0.18 0.39 0.10 0.09 0.21 0.36 0.30 0.36 0.47 0.27 0.32 0.67 0.24 0.25
C6 0.19 0.06 0.22 0.22 0.15 0.22 0.16 0.19 0.11 0.22 0.05 0.10 0.11 0.20 0.19 0.27 0.28 0.19 0.15 0.69 0.68 0.08
N1 0.18 0.08 0.18 0.16 0.14 0.19 0.13 0.17 0.08 0.17 0.06 0.13 0.07 0.15 0.17 0.24 0.20 0.18 0.13 0.70 0.80 0.12
N3 0.17 0.21 0.17 0.16 0.19 0.18 0.18 0.16 0.18 0.17 0.20 0.20 0.17 0.18 0.18 0.22 0.19 0.18 0.16 0.73 0.95 0.20
O2 0.19 0.25 0.16 0.16 0.20 0.19 0.19 0.19 0.18 0.19 0.19 0.24 0.17 0.19 0.19 0.19 0.15 0.21 0.21 0.73 1.08 0.28
O2' 0.22 0.17 0.24 0.23 0.29 0.16 0.33 0.19 0.30 0.34 0.23 0.18 0.32 0.36 0.30 0.13 0.16 0.17 0.26 0.51 0.96 0.34
O3' 0.06 0.11 0.05 0.10 0.12 0.07 0.16 0.05 0.17 0.15 0.15 0.09 0.20 0.18 0.12 0.16 0.26 0.05 0.02 0.54 0.54 0.11
O4 0.16 0.20 0.20 0.19 0.20 0.18 0.21 0.16 0.21 0.20 0.21 0.19 0.22 0.21 0.18 0.24 0.25 0.15 0.16 0.73 0.87 0.17
O4' 0.30 0.09 0.29 0.28 0.23 0.30 0.26 0.28 0.17 0.37 0.08 0.10 0.19 0.34 0.31 0.32 0.29 0.30 0.24 0.73 0.49 0.17
O5' 0.26 0.06 0.35 0.39 0.19 0.32 0.24 0.32 0.17 0.36 0.05 0.06 0.20 0.34 0.28 0.36 0.47 0.24 0.30 0.68 0.29 0.22
OP1 0.20 0.10 0.34 0.43 0.17 0.28 0.25 0.32 0.19 0.37 0.07 0.07 0.25 0.37 0.25 0.29 0.56 0.17 0.34 0.58 0.18 0.27
OP2 0.25 0.07 0.37 0.43 0.25 0.31 0.32 0.33 0.27 0.41 0.15 0.11 0.33 0.42 0.31 0.35 0.54 0.22 0.34 0.70 0.25 0.26
P 0.30 0.06 0.41 0.47 0.27 0.35 0.36 0.38 0.29 0.47 0.14 0.10 0.35 0.48 0.35 0.37 0.56 0.26 0.39 0.70 0.17 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.52 0.53 0.09
C2 0.00 0.00 0.22 0.27 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.31 0.07 0.18 0.58 1.13 0.22
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.09 0.17 0.21 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.28 0.42 0.09
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.16 0.00 0.13 0.02 0.18 0.05 0.24 0.24 0.15 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.22 0.09
C4 0.00 0.00 0.12 0.16 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.17 0.04 0.13 0.55 1.04 0.20
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.25 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.02 0.13 0.50 1.23 0.24
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.26 0.00
C6 0.00 0.00 0.10 0.18 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.22 0.04 0.16 0.50 1.31 0.26
C8 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.45 1.01 0.20
N1 0.00 0.00 0.17 0.24 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.29 0.06 0.18 0.55 1.26 0.25
N3 0.00 0.00 0.21 0.24 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.27 0.07 0.15 0.58 1.00 0.19
N6 0.00 0.00 0.08 0.15 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.20 0.03 0.15 0.45 1.39 0.27
N7 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.43 1.25 0.25
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.52 0.86 0.16
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.09 0.12 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.04 0.05 0.29 0.31 0.08
O3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.17 0.01 0.15 0.03 0.22 0.04 0.29 0.27 0.20 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.12 0.16 0.07 0.12
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.57 0.27 0.04
O5' 0.02 0.18 0.04 0.07 0.13 0.01 0.13 0.00 0.16 0.03 0.18 0.15 0.15 0.08 0.07 0.05 0.12 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.52 0.58 0.28 0.07 0.55 0.25 0.50 0.06 0.50 0.45 0.55 0.58 0.45 0.43 0.52 0.29 0.16 0.57 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.53 1.13 0.42 0.22 1.04 0.02 1.23 0.26 1.31 1.01 1.26 1.00 1.39 1.25 0.86 0.31 0.07 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.22 0.09 0.09 0.20 0.03 0.24 0.00 0.26 0.20 0.25 0.19 0.27 0.25 0.16 0.08 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00