ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49389

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.008, 0.031, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.021, 0.065, 0.108, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.065 std_dev=0.044
O4 A 0, 0.010, 0.135, 0.261, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.135 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.121, 0.311, 0.501, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.311 std_dev=0.190
C2' A 0, 0.088, 0.315, 0.541, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.315 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.025, 0.297, 0.568, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.297 std_dev=0.271
N3 B 0, 0.177, 0.503, 0.828, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.503 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.213, 0.604, 0.995, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.604 std_dev=0.391
C3' A 0, 0.169, 0.560, 0.951, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.560 std_dev=0.391
C4' A 0, 0.092, 0.509, 0.926, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.509 std_dev=0.417
O5' A 0, 0.239, 0.676, 1.113, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.676 std_dev=0.437
C5 B 0, 0.310, 0.856, 1.402, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.856 std_dev=0.546
C5' A 0, 0.140, 0.738, 1.335, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.738 std_dev=0.598
O3' A 0, 0.301, 0.902, 1.503, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.902 std_dev=0.601
P A 0, 0.235, 0.864, 1.492, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.864 std_dev=0.629
C2 B 0, 0.368, 1.010, 1.653, 1.652 max_d=1.652 avg_d=1.010 std_dev=0.642
C6 B 0, 0.452, 1.105, 1.758, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.105 std_dev=0.653
OP2 A 0, 0.115, 0.831, 1.547, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.831 std_dev=0.716
OP1 A 0, 0.393, 1.112, 1.831, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.112 std_dev=0.719
N9 B 0, 0.245, 0.975, 1.704, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.975 std_dev=0.729
N1 B 0, 0.504, 1.287, 2.070, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.287 std_dev=0.783
C1' B 0, 0.373, 1.189, 2.005, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.189 std_dev=0.816
O2' B 0, 0.468, 1.287, 2.106, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.287 std_dev=0.819
N6 B 0, 0.602, 1.455, 2.307, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.455 std_dev=0.852
C2' B 0, 0.392, 1.289, 2.186, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.289 std_dev=0.897
N7 B 0, 0.283, 1.188, 2.093, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.188 std_dev=0.905
C8 B 0, 0.238, 1.312, 2.387, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.312 std_dev=1.074
O4' B 0, 0.493, 1.585, 2.677, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.585 std_dev=1.092
C3' B 0, 0.539, 1.793, 3.046, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.793 std_dev=1.254
O3' B 0, 0.642, 1.996, 3.350, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.996 std_dev=1.354
C4' B 0, 0.627, 2.003, 3.379, 3.683 max_d=3.683 avg_d=2.003 std_dev=1.376
OP2 B 0, 0.814, 2.526, 4.237, 4.480 max_d=4.480 avg_d=2.526 std_dev=1.712
C5' B 0, 0.771, 2.559, 4.346, 4.754 max_d=4.754 avg_d=2.559 std_dev=1.787
O5' B 0, 0.543, 2.375, 4.208, 4.968 max_d=4.968 avg_d=2.375 std_dev=1.832
P B 0, 0.820, 2.849, 4.878, 5.737 max_d=5.737 avg_d=2.849 std_dev=2.029
OP1 B 0, 0.883, 3.732, 6.581, 8.016 max_d=8.016 avg_d=3.732 std_dev=2.849

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.18 0.08
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.15 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.09 0.12 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.11 0.04 0.07 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.09 0.11 0.19 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.05 0.11 0.13 0.20 0.16
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.11 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.06 0.10 0.11 0.18 0.15
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.07 0.16 0.10
N3 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.06 0.06 0.09 0.18 0.08
O2 0.03 0.00 0.15 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.01 0.10 0.05 0.06 0.17 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.02 0.09 0.17 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.11 0.10 0.07
O3' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.08 0.02 0.12 0.03 0.13 0.04 0.09 0.15 0.02 0.00 0.10 0.02 0.08 0.14 0.18 0.13
O4 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.00 0.06 0.10 0.11 0.19 0.12
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.10 0.05 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.14 0.09
O5' 0.07 0.05 0.09 0.08 0.09 0.02 0.11 0.01 0.10 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.10 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.09 0.10 0.11 0.05 0.13 0.03 0.11 0.07 0.09 0.06 0.11 0.14 0.11 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.18 0.12 0.11 0.19 0.03 0.20 0.01 0.18 0.16 0.18 0.17 0.10 0.18 0.19 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.02 0.16 0.01 0.15 0.10 0.08 0.08 0.07 0.13 0.12 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.27 0.16 0.18 0.19 0.10 0.22 0.13 0.22 0.23 0.24 0.22 0.23 0.24 0.18 0.08 0.16 0.12 0.43 0.76 0.63 0.52
C2 0.14 0.21 0.14 0.17 0.23 0.10 0.31 0.16 0.33 0.29 0.29 0.15 0.38 0.34 0.22 0.07 0.16 0.15 0.48 0.99 0.77 0.66
C2' 0.04 0.10 0.11 0.12 0.06 0.06 0.09 0.04 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.05 0.14 0.15 0.09 0.22 0.65 0.50 0.31
C3' 0.09 0.07 0.16 0.18 0.02 0.14 0.03 0.13 0.06 0.04 0.08 0.04 0.07 0.04 0.04 0.18 0.23 0.16 0.14 0.65 0.50 0.28
C4 0.06 0.21 0.13 0.17 0.19 0.06 0.29 0.07 0.34 0.23 0.31 0.14 0.40 0.30 0.16 0.09 0.18 0.08 0.41 0.92 0.67 0.55
C4' 0.05 0.22 0.14 0.18 0.12 0.06 0.12 0.08 0.15 0.11 0.20 0.18 0.15 0.11 0.08 0.04 0.20 0.09 0.25 0.43 0.49 0.24
C5 0.03 0.23 0.15 0.18 0.18 0.09 0.25 0.07 0.29 0.19 0.28 0.17 0.34 0.25 0.13 0.12 0.20 0.03 0.36 0.82 0.62 0.47
C5' 0.03 0.22 0.17 0.23 0.13 0.10 0.14 0.15 0.18 0.11 0.22 0.18 0.18 0.13 0.08 0.05 0.28 0.07 0.22 0.40 0.59 0.22
C6 0.05 0.24 0.16 0.18 0.18 0.09 0.23 0.08 0.27 0.19 0.27 0.19 0.30 0.24 0.14 0.11 0.19 0.02 0.35 0.77 0.61 0.45
N1 0.09 0.23 0.15 0.17 0.20 0.07 0.25 0.10 0.27 0.23 0.26 0.18 0.30 0.27 0.17 0.07 0.16 0.08 0.42 0.83 0.65 0.53
N3 0.12 0.21 0.13 0.17 0.22 0.08 0.32 0.14 0.36 0.28 0.32 0.14 0.42 0.34 0.20 0.07 0.16 0.13 0.47 1.01 0.76 0.65
O2 0.20 0.19 0.16 0.19 0.26 0.17 0.35 0.25 0.36 0.35 0.29 0.15 0.40 0.38 0.27 0.10 0.16 0.22 0.56 1.13 0.89 0.79
O2' 0.04 0.05 0.11 0.10 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.16 0.13 0.08 0.24 0.61 0.52 0.33
O3' 0.22 0.08 0.24 0.27 0.12 0.28 0.11 0.29 0.09 0.18 0.08 0.08 0.08 0.15 0.17 0.30 0.33 0.30 0.31 0.91 0.61 0.50
O4 0.06 0.20 0.13 0.18 0.19 0.06 0.30 0.08 0.36 0.24 0.32 0.13 0.43 0.31 0.15 0.10 0.20 0.09 0.42 0.97 0.68 0.57
O4' 0.15 0.33 0.20 0.24 0.22 0.15 0.24 0.19 0.26 0.26 0.30 0.27 0.26 0.26 0.20 0.11 0.22 0.15 0.49 0.67 0.58 0.51
O5' 0.07 0.11 0.14 0.20 0.08 0.07 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.08 0.14 0.13 0.08 0.06 0.26 0.13 0.18 0.49 0.58 0.24
OP1 0.05 0.12 0.24 0.33 0.11 0.17 0.13 0.24 0.14 0.13 0.13 0.11 0.15 0.14 0.10 0.15 0.42 0.05 0.18 0.60 0.82 0.34
OP2 0.08 0.09 0.15 0.22 0.10 0.09 0.13 0.12 0.13 0.13 0.11 0.08 0.15 0.15 0.10 0.10 0.30 0.12 0.17 0.60 0.65 0.29
P 0.05 0.11 0.16 0.24 0.08 0.11 0.10 0.15 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.12 0.07 0.08 0.31 0.10 0.18 0.51 0.68 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.27 0.58 0.58 0.38
C2 0.01 0.00 0.19 0.18 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.22 0.08 0.45 1.13 0.94 0.74
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.09 0.15 0.19 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.33 0.32 0.25
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.10 0.09 0.15 0.17 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.37 0.24 0.17 0.23
C4 0.01 0.01 0.10 0.10 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.04 0.46 1.12 0.95 0.76
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.28 0.29 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.53 1.43 1.16 0.96
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.12 0.00 0.15 0.00 0.15 0.14 0.14 0.10 0.16 0.15 0.11 0.04 0.08 0.01 0.01 0.18 0.23 0.03
C6 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.54 1.51 1.20 1.00
C8 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.09 0.54 1.32 1.09 0.94
N1 0.01 0.00 0.15 0.15 0.01 0.02 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.06 0.50 1.36 1.10 0.89
N3 0.01 0.00 0.19 0.17 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.20 0.09 0.41 0.98 0.84 0.64
N6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.57 1.71 1.33 1.11
N7 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.57 1.59 1.26 1.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.43 0.97 0.86 0.69
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.09 0.04 0.05 0.04 0.08 0.06 0.14 0.18 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.36 0.40 0.13
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.11 0.03 0.08 0.08 0.13 0.09 0.19 0.20 0.11 0.06 0.02 0.06 0.00 0.02 0.41 0.31 0.45 0.19
O4' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.09 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.30 0.55 0.55 0.30
O5' 0.27 0.45 0.27 0.37 0.46 0.01 0.53 0.01 0.54 0.54 0.50 0.41 0.57 0.57 0.43 0.07 0.41 0.30 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.58 1.13 0.33 0.24 1.12 0.28 1.43 0.18 1.51 1.32 1.36 0.98 1.71 1.59 0.97 0.36 0.31 0.55 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.58 0.94 0.32 0.17 0.95 0.29 1.16 0.23 1.20 1.09 1.10 0.84 1.33 1.26 0.86 0.40 0.45 0.55 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.38 0.74 0.25 0.23 0.76 0.08 0.96 0.03 1.00 0.94 0.89 0.64 1.11 1.08 0.69 0.13 0.19 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00