ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49391

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 19, 18, 5, 7, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.006, 0.062, 0.119, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.062 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.016, 0.096, 0.177, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.096 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.015, 0.110, 0.205, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.110 std_dev=0.095
O5' A 0, 0.065, 0.166, 0.267, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.166 std_dev=0.101
C2' A 0, -0.029, 0.080, 0.189, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.080 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.026, 0.141, 0.256, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.141 std_dev=0.115
P A 0, 0.071, 0.190, 0.308, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.190 std_dev=0.118
OP1 A 0, 0.090, 0.228, 0.366, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.228 std_dev=0.138
OP2 A 0, 0.099, 0.248, 0.397, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.248 std_dev=0.149
N6 B 0, 0.122, 0.284, 0.446, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.284 std_dev=0.162
C6 B 0, 0.059, 0.237, 0.414, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.237 std_dev=0.177
N7 B 0, 0.115, 0.292, 0.470, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.292 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.061, 0.240, 0.419, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.240 std_dev=0.179
C8 B 0, 0.190, 0.374, 0.558, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.374 std_dev=0.184
N9 B 0, 0.191, 0.381, 0.571, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.381 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.121, 0.311, 0.502, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.311 std_dev=0.190
O3' A 0, -0.030, 0.161, 0.352, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.161 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.097, 0.297, 0.496, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.297 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.258, 0.458, 0.658, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.458 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.261, 0.469, 0.677, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.469 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.148, 0.359, 0.570, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.359 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.122, 0.337, 0.553, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.337 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.197, 0.412, 0.628, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.412 std_dev=0.216
O2' B 0, 0.283, 0.499, 0.716, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.499 std_dev=0.216
O2' A 0, -0.075, 0.142, 0.359, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.142 std_dev=0.217
O4' B 0, 0.260, 0.486, 0.711, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.486 std_dev=0.225
O5' B 0, 0.172, 0.397, 0.622, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.397 std_dev=0.225
C4' B 0, 0.221, 0.454, 0.688, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.454 std_dev=0.233
O3' B 0, 0.206, 0.444, 0.682, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.444 std_dev=0.238
OP2 B 0, 0.127, 0.372, 0.617, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.372 std_dev=0.245
P B 0, 0.165, 0.414, 0.663, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.414 std_dev=0.249
C5' B 0, 0.173, 0.427, 0.680, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.427 std_dev=0.254
OP1 B 0, 0.332, 0.612, 0.892, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.612 std_dev=0.280

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.11 0.05 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.04 0.10 0.01 0.11 0.06 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.04 0.14 0.13 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.06 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.12 0.01 0.11 0.08 0.08
C5' 0.03 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.07 0.06 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.12 0.00 0.12 0.08 0.08
C8 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.12 0.01 0.11 0.07 0.07
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.11 0.00 0.11 0.07 0.07
N2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.09 0.01 0.10 0.06 0.05
N3 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.03 0.09 0.01 0.11 0.06 0.05
N7 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.12 0.01 0.11 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.06 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.03 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.00 0.03 0.03 0.12 0.10 0.14 0.12 0.14
O3' 0.09 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.11 0.10 0.05 0.07 0.03 0.00 0.07 0.07 0.06 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.03 0.13 0.05 0.06
O5' 0.07 0.10 0.12 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.12 0.10 0.12 0.07 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.12 0.00 0.12 0.10 0.10
OP1 0.11 0.11 0.14 0.09 0.11 0.09 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.14 0.10 0.13 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.06 0.13 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.12 0.10 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.13 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.14 0.07 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.16 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.13 0.11 0.17 0.20 0.20 0.19
C2 0.08 0.07 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.14 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.13 0.10 0.15 0.20 0.20 0.18
C2' 0.10 0.15 0.10 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.14 0.09 0.16 0.13 0.15 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.14 0.16 0.16 0.15
C3' 0.09 0.12 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.10 0.08 0.12 0.10 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.14 0.16 0.16 0.15
C4 0.09 0.09 0.09 0.12 0.08 0.12 0.08 0.15 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.13 0.11 0.17 0.20 0.20 0.19
C4' 0.13 0.15 0.12 0.14 0.13 0.15 0.12 0.18 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.15 0.19 0.20 0.21 0.20
C5 0.10 0.09 0.10 0.13 0.09 0.13 0.09 0.16 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.13 0.12 0.17 0.20 0.21 0.19
C5' 0.19 0.20 0.17 0.19 0.19 0.20 0.18 0.22 0.18 0.17 0.20 0.20 0.18 0.17 0.18 0.17 0.20 0.20 0.23 0.24 0.24 0.24
C6 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.12 0.07 0.15 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.13 0.11 0.17 0.20 0.21 0.19
C8 0.13 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.12 0.17 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.14 0.18 0.21 0.21 0.20
N1 0.08 0.07 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.14 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.13 0.10 0.15 0.20 0.20 0.18
N2 0.09 0.07 0.10 0.12 0.07 0.12 0.07 0.14 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.14 0.11 0.15 0.20 0.19 0.17
N3 0.08 0.07 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.15 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.13 0.10 0.15 0.20 0.20 0.18
N7 0.13 0.13 0.11 0.14 0.12 0.15 0.12 0.17 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.14 0.19 0.21 0.21 0.20
N9 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.16 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.12 0.17 0.20 0.20 0.19
O2' 0.13 0.18 0.14 0.17 0.15 0.14 0.15 0.17 0.18 0.13 0.19 0.16 0.19 0.14 0.13 0.13 0.19 0.12 0.18 0.21 0.21 0.19
O3' 0.17 0.16 0.15 0.18 0.16 0.19 0.15 0.22 0.15 0.16 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.19 0.19 0.22 0.25 0.24 0.24
O4' 0.13 0.13 0.12 0.15 0.12 0.16 0.12 0.19 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.15 0.15 0.20 0.23 0.23 0.22
O5' 0.20 0.22 0.19 0.21 0.20 0.22 0.20 0.24 0.20 0.19 0.21 0.21 0.19 0.19 0.20 0.18 0.21 0.21 0.25 0.26 0.26 0.26
O6 0.10 0.08 0.09 0.12 0.09 0.13 0.08 0.16 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.12 0.17 0.20 0.21 0.19
OP1 0.23 0.24 0.21 0.23 0.23 0.24 0.22 0.25 0.23 0.22 0.23 0.24 0.22 0.22 0.23 0.20 0.23 0.24 0.26 0.27 0.28 0.27
OP2 0.23 0.26 0.21 0.23 0.24 0.23 0.23 0.24 0.23 0.21 0.25 0.25 0.22 0.21 0.23 0.21 0.23 0.24 0.25 0.26 0.26 0.25
P 0.21 0.23 0.19 0.21 0.21 0.22 0.21 0.23 0.21 0.20 0.22 0.22 0.20 0.19 0.21 0.18 0.21 0.22 0.24 0.25 0.25 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.08 0.10 0.12 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.12 0.13 0.11
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.11 0.13 0.15 0.12
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.11 0.11 0.11 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.10 0.12 0.14 0.11
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.07 0.09 0.10 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.15 0.17 0.14
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.12 0.14 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.09 0.09 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.06
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.07 0.12 0.12 0.08 0.04 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.08 0.09 0.10 0.06 0.12 0.05 0.13 0.11 0.12 0.09 0.15 0.14 0.09 0.09 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.06 0.05 0.11 0.03 0.13 0.02 0.15 0.11 0.14 0.10 0.17 0.14 0.09 0.05 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.08 0.14 0.13 0.08 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00