ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49392

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.015, 0.034, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.011, 0.034, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.210, 0.379, 0.549, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.379 std_dev=0.170
O2' A 0, 0.232, 0.419, 0.605, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.419 std_dev=0.187
O4' A 0, 0.234, 0.424, 0.614, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.424 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.327, 0.595, 0.862, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.595 std_dev=0.268
C3' A 0, 0.341, 0.616, 0.892, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.616 std_dev=0.276
OP1 A 0, 0.380, 0.680, 0.979, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.680 std_dev=0.299
P A 0, 0.172, 0.535, 0.897, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.535 std_dev=0.363
O3' A 0, 0.444, 0.808, 1.171, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.808 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.368, 0.771, 1.174, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.771 std_dev=0.403
O5' A 0, 0.496, 0.903, 1.311, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.903 std_dev=0.408
C8 B 0, 0.426, 0.877, 1.328, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.877 std_dev=0.451
C5' A 0, 0.597, 1.081, 1.566, 1.499 max_d=1.499 avg_d=1.081 std_dev=0.484
N6 B 0, 0.547, 1.043, 1.538, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.043 std_dev=0.495
C5 B 0, 0.528, 1.030, 1.533, 1.598 max_d=1.598 avg_d=1.030 std_dev=0.502
N9 B 0, 0.551, 1.089, 1.628, 1.709 max_d=1.709 avg_d=1.089 std_dev=0.538
C6 B 0, 0.661, 1.238, 1.816, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.238 std_dev=0.577
C5' B 0, 0.635, 1.234, 1.834, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.234 std_dev=0.600
C3' B 0, 0.629, 1.231, 1.833, 1.892 max_d=1.892 avg_d=1.231 std_dev=0.602
OP2 A 0, 0.695, 1.298, 1.901, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.298 std_dev=0.603
C4 B 0, 0.675, 1.279, 1.883, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.279 std_dev=0.604
C1' B 0, 0.650, 1.263, 1.875, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.263 std_dev=0.612
C2' B 0, 0.654, 1.270, 1.885, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.270 std_dev=0.615
O4' B 0, 0.663, 1.283, 1.904, 1.969 max_d=1.969 avg_d=1.283 std_dev=0.620
C4' B 0, 0.670, 1.303, 1.937, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.303 std_dev=0.634
O3' B 0, 0.664, 1.311, 1.958, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.311 std_dev=0.647
O5' B 0, 0.725, 1.372, 2.020, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.372 std_dev=0.647
O2' B 0, 0.760, 1.454, 2.147, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.454 std_dev=0.693
P B 0, 0.780, 1.488, 2.197, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.488 std_dev=0.708
OP2 B 0, 0.863, 1.611, 2.360, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.611 std_dev=0.749
N1 B 0, 0.948, 1.722, 2.497, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.722 std_dev=0.774
N3 B 0, 0.939, 1.718, 2.496, 2.496 max_d=2.496 avg_d=1.718 std_dev=0.778
OP1 B 0, 0.961, 1.752, 2.543, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.752 std_dev=0.791
C2 B 0, 1.063, 1.922, 2.781, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.922 std_dev=0.859

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.17 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.08 0.00 0.04 0.15 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.08 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.12 0.02 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.04 0.16 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.00 0.07 0.16 0.06
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.10 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.00 0.07 0.15 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.11 0.01 0.07 0.18 0.06
N1 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.06 0.15 0.06
N2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.07 0.01 0.03 0.15 0.03
N3 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.07 0.00 0.03 0.15 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.01 0.09 0.17 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.17 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.10 0.01
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.09 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.16 0.03 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.21 0.09
O5' 0.03 0.08 0.08 0.11 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.07 0.07 0.13 0.08 0.03 0.10 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.14 0.00 0.09 0.15 0.09
OP1 0.03 0.04 0.08 0.12 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.07 0.16 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.15 0.08 0.02 0.16 0.12 0.16 0.10 0.15 0.18 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.10 0.03 0.21 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.03 0.03 0.07 0.04 0.01 0.10 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.11
C2 0.13 0.13 0.11 0.14 0.14 0.16 0.15 0.18 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.16 0.14 0.09 0.13 0.15 0.18 0.20 0.19 0.19
C2' 0.11 0.16 0.10 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.11 0.16 0.15 0.15 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13
C3' 0.10 0.17 0.10 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.16 0.10 0.18 0.15 0.16 0.11 0.11 0.08 0.12 0.11 0.13 0.14 0.13 0.13
C4 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12
C4' 0.10 0.15 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.14 0.10 0.15 0.13 0.14 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12
C5 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.07 0.10 0.09 0.12 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10
C5' 0.14 0.16 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.17 0.15 0.16 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14
C6 0.07 0.10 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.05 0.11 0.09 0.13 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.12 0.13 0.13 0.12
C8 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07
N1 0.10 0.12 0.07 0.10 0.12 0.13 0.13 0.16 0.13 0.12 0.13 0.12 0.14 0.14 0.11 0.05 0.08 0.13 0.17 0.17 0.18 0.17
N2 0.17 0.15 0.15 0.19 0.16 0.20 0.17 0.23 0.15 0.19 0.14 0.16 0.15 0.19 0.17 0.14 0.19 0.19 0.22 0.24 0.23 0.23
N3 0.12 0.13 0.10 0.13 0.13 0.14 0.13 0.17 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.09 0.12 0.13 0.16 0.18 0.17 0.16
N7 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.14 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07
N9 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10
O2' 0.14 0.16 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.13 0.16 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.16 0.14 0.14
O3' 0.11 0.20 0.11 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.17 0.10 0.20 0.17 0.17 0.11 0.12 0.08 0.13 0.12 0.14 0.14 0.15 0.14
O4' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10
O5' 0.18 0.27 0.16 0.18 0.21 0.19 0.21 0.20 0.24 0.15 0.27 0.24 0.24 0.16 0.18 0.15 0.17 0.19 0.19 0.20 0.20 0.19
O6 0.07 0.10 0.10 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.11 0.04 0.11 0.08 0.13 0.02 0.05 0.11 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09
OP1 0.17 0.20 0.16 0.16 0.18 0.17 0.19 0.18 0.20 0.18 0.20 0.19 0.20 0.19 0.18 0.16 0.15 0.18 0.17 0.17 0.15 0.16
OP2 0.15 0.19 0.15 0.16 0.16 0.16 0.17 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.19 0.18 0.16 0.13 0.16 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17
P 0.14 0.20 0.12 0.13 0.16 0.14 0.15 0.16 0.18 0.13 0.20 0.18 0.18 0.14 0.14 0.11 0.13 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.12 0.12 0.18 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.09 0.07
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.09 0.07
C5' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 0.08 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.11 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.08 0.07 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.10 0.15 0.11
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.10 0.15 0.12
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.06 0.09 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
O5' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.10 0.11 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.12 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.10 0.10 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.18 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.11 0.09 0.15 0.15 0.10 0.09 0.07 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.00 0.08 0.08 0.11 0.12 0.08 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00