ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49396

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 24, 13, 7, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.015, 0.033, 0.050, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.033 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.035, 0.077, 0.120, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.077 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.020, 0.064, 0.108, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.064 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.018, 0.068, 0.119, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.068 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.050, 0.118, 0.185, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.118 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.037, 0.107, 0.176, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.107 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.030, 0.105, 0.181, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.105 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.069, 0.162, 0.256, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.162 std_dev=0.093
C2 B 0, 0.204, 0.299, 0.394, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.299 std_dev=0.095
N3 B 0, 0.176, 0.274, 0.372, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.274 std_dev=0.098
C5' A 0, 0.076, 0.184, 0.293, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.184 std_dev=0.108
N2 B 0, 0.240, 0.353, 0.466, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.353 std_dev=0.113
C4' B 0, 0.155, 0.281, 0.407, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.281 std_dev=0.126
C1' B 0, 0.194, 0.320, 0.446, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.320 std_dev=0.126
C4 B 0, 0.153, 0.280, 0.408, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.280 std_dev=0.127
N1 B 0, 0.189, 0.319, 0.448, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.319 std_dev=0.130
O4' B 0, 0.170, 0.301, 0.431, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.301 std_dev=0.130
N9 B 0, 0.178, 0.311, 0.444, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.311 std_dev=0.133
O5' A 0, 0.089, 0.227, 0.365, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.227 std_dev=0.138
P A 0, 0.132, 0.278, 0.425, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.278 std_dev=0.146
OP2 A 0, 0.156, 0.309, 0.461, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.309 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.174, 0.337, 0.501, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.337 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.168, 0.332, 0.496, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.332 std_dev=0.164
C8 B 0, 0.218, 0.393, 0.568, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.393 std_dev=0.175
C6 B 0, 0.169, 0.345, 0.521, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.345 std_dev=0.176
C5' B 0, 0.157, 0.350, 0.543, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.350 std_dev=0.193
N7 B 0, 0.216, 0.409, 0.603, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.409 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.218, 0.416, 0.613, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.416 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.322, 0.525, 0.728, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.525 std_dev=0.203
P B 0, 0.516, 0.744, 0.971, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.744 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.265, 0.497, 0.730, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.497 std_dev=0.233
O6 B 0, 0.176, 0.411, 0.646, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.411 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.230, 0.469, 0.709, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.469 std_dev=0.239
OP1 B 0, 1.252, 1.631, 2.010, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.631 std_dev=0.379
O2' B 0, 0.492, 0.954, 1.417, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.954 std_dev=0.463
O3' B 0, 0.123, 0.686, 1.250, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.686 std_dev=0.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.11 0.12 0.14 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.10 0.09 0.06
O4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.11 0.13 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04
O5' 0.04 0.07 0.02 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.03 0.07 0.11 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.08 0.07 0.08 0.11 0.06 0.12 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.05 0.06 0.14 0.02 0.14 0.02 0.10 0.09 0.12 0.09 0.04 0.09 0.16 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.03 0.04 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.09 0.06 0.03 0.06 0.13 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.37 0.19 0.08 0.13 0.07 0.13 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.73 0.61 0.19 0.12 0.07 0.18 0.13 0.13
C2 0.10 0.10 0.33 0.20 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.52 0.64 0.19 0.13 0.10 0.19 0.14 0.13
C2' 0.12 0.09 0.35 0.16 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.74 0.53 0.17 0.11 0.09 0.17 0.12 0.12
C3' 0.13 0.09 0.37 0.16 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.84 0.51 0.17 0.11 0.09 0.16 0.13 0.12
C4 0.11 0.10 0.35 0.22 0.09 0.14 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.13 0.09 0.11 0.11 0.54 0.67 0.19 0.15 0.11 0.20 0.15 0.14
C4' 0.12 0.08 0.38 0.18 0.08 0.12 0.08 0.12 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.89 0.52 0.17 0.12 0.08 0.16 0.13 0.12
C5 0.11 0.09 0.37 0.24 0.09 0.15 0.09 0.15 0.09 0.11 0.09 0.12 0.08 0.10 0.10 0.64 0.68 0.20 0.15 0.09 0.19 0.16 0.15
C5' 0.12 0.08 0.37 0.19 0.08 0.12 0.08 0.13 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.89 0.48 0.16 0.12 0.08 0.15 0.14 0.12
C6 0.11 0.08 0.38 0.23 0.08 0.15 0.08 0.14 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.70 0.67 0.20 0.15 0.08 0.19 0.15 0.14
N1 0.10 0.08 0.37 0.21 0.08 0.13 0.08 0.13 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.66 0.65 0.19 0.13 0.08 0.19 0.14 0.13
N3 0.11 0.11 0.33 0.21 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.10 0.11 0.11 0.48 0.66 0.19 0.14 0.12 0.19 0.14 0.14
O2 0.11 0.10 0.30 0.19 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.11 0.42 0.60 0.18 0.13 0.10 0.20 0.14 0.13
O2' 0.15 0.09 0.32 0.15 0.11 0.12 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.67 0.44 0.17 0.13 0.10 0.18 0.13 0.13
O3' 0.15 0.09 0.34 0.14 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.82 0.42 0.15 0.12 0.11 0.16 0.13 0.12
O4 0.11 0.11 0.34 0.22 0.10 0.14 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12 0.14 0.10 0.12 0.11 0.50 0.68 0.19 0.15 0.12 0.20 0.15 0.15
O4' 0.11 0.08 0.39 0.22 0.08 0.14 0.08 0.14 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.84 0.62 0.20 0.15 0.08 0.18 0.15 0.14
O5' 0.11 0.09 0.39 0.21 0.08 0.12 0.08 0.13 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.88 0.54 0.17 0.13 0.08 0.15 0.14 0.12
OP1 0.13 0.10 0.36 0.21 0.10 0.15 0.10 0.16 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.88 0.43 0.18 0.16 0.10 0.18 0.19 0.16
OP2 0.10 0.10 0.39 0.18 0.08 0.11 0.08 0.13 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.86 0.49 0.16 0.11 0.09 0.13 0.14 0.11
P 0.11 0.09 0.38 0.18 0.08 0.11 0.08 0.13 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.88 0.47 0.15 0.12 0.07 0.14 0.15 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.25 0.00 0.06 0.02 0.15 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.14 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.39 0.11 0.09 0.01 0.19 0.12 0.10
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.13 0.07 0.17 0.09 0.18 0.14 0.14 0.06 0.01 0.10 0.03 0.26 0.09 0.34 0.22 0.28
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.03 0.08 0.13 0.07 0.08 0.06 0.13 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.26 0.06 0.08 0.01 0.18 0.11 0.10
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.08 0.06 0.06 0.02 0.23 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.19 0.03 0.11 0.01 0.21 0.13 0.12
C5' 0.04 0.11 0.13 0.03 0.09 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.07 0.13 0.25 0.02 0.01 0.11 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.23 0.05 0.11 0.00 0.21 0.14 0.13
C8 0.01 0.01 0.17 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.09 0.07 0.10 0.01 0.20 0.13 0.11
N1 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.32 0.08 0.10 0.00 0.20 0.13 0.12
N2 0.03 0.00 0.18 0.08 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.45 0.13 0.09 0.01 0.18 0.12 0.10
N3 0.02 0.00 0.14 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.38 0.11 0.08 0.01 0.18 0.11 0.09
N7 0.01 0.01 0.14 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.10 0.05 0.12 0.01 0.22 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.18 0.01 0.07 0.01 0.18 0.10 0.09
O2' 0.03 0.18 0.01 0.04 0.14 0.23 0.27 0.13 0.26 0.36 0.18 0.26 0.18 0.39 0.17 0.00 0.18 0.14 0.21 0.33 0.36 0.12 0.24
O3' 0.25 0.39 0.10 0.02 0.26 0.05 0.19 0.25 0.23 0.09 0.32 0.45 0.38 0.10 0.18 0.18 0.00 0.12 0.30 0.20 0.37 0.45 0.44
O4' 0.00 0.11 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.13 0.11 0.05 0.01 0.14 0.12 0.00 0.12 0.04 0.19 0.14 0.14
O5' 0.06 0.09 0.26 0.08 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.07 0.21 0.30 0.12 0.00 0.13 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.20 0.04 0.13 0.00 0.23 0.15 0.14
OP1 0.15 0.19 0.34 0.09 0.18 0.06 0.21 0.06 0.21 0.20 0.20 0.18 0.18 0.22 0.18 0.36 0.37 0.19 0.02 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.22 0.11 0.11 0.04 0.13 0.03 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.14 0.10 0.12 0.45 0.14 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.28 0.12 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.24 0.44 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00