ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49397

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 8, 16, 5, 4, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.016, 0.023, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.017, 0.026, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.021, 0.032, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.025, 0.056, 0.086, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.056 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.018, 0.073, 0.128, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.073 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.032, 0.146, 0.260, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.146 std_dev=0.114
C2' A 0, 0.012, 0.141, 0.270, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.141 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.061, 0.211, 0.362, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.211 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.107, 0.267, 0.427, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.267 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.073, 0.268, 0.462, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.268 std_dev=0.194
OP2 A 0, 0.216, 0.424, 0.633, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.424 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.125, 0.352, 0.579, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.352 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.101, 0.335, 0.569, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.335 std_dev=0.234
P A 0, 0.134, 0.369, 0.604, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.369 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.126, 0.368, 0.609, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.368 std_dev=0.241
N2 B 0, 0.125, 0.372, 0.619, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.372 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.121, 0.370, 0.618, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.370 std_dev=0.249
OP1 A 0, 0.128, 0.392, 0.657, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.392 std_dev=0.265
N9 B 0, 0.115, 0.383, 0.650, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.383 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.139, 0.413, 0.687, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.413 std_dev=0.274
C1' B 0, 0.069, 0.350, 0.632, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.350 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.136, 0.430, 0.725, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.430 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.145, 0.447, 0.750, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.447 std_dev=0.302
O3' A 0, 0.085, 0.388, 0.691, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.388 std_dev=0.303
C5' A 0, 0.064, 0.370, 0.677, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.370 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.038, 0.355, 0.671, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.355 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.130, 0.461, 0.791, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.461 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.092, 0.423, 0.755, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.423 std_dev=0.332
O6 B 0, 0.159, 0.510, 0.861, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.510 std_dev=0.351
N7 B 0, 0.144, 0.497, 0.850, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.497 std_dev=0.353
C4' B 0, 0.120, 0.500, 0.881, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.500 std_dev=0.380
C5' B 0, 0.200, 0.601, 1.001, 2.459 max_d=2.459 avg_d=0.601 std_dev=0.400
O5' B 0, 0.242, 0.646, 1.051, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.646 std_dev=0.404
O2' B 0, -0.022, 0.386, 0.795, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.386 std_dev=0.408
C3' B 0, 0.093, 0.519, 0.945, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.519 std_dev=0.426
P B 0, 0.180, 0.617, 1.053, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.617 std_dev=0.436
OP2 B 0, 0.184, 0.620, 1.057, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.620 std_dev=0.437
OP1 B 0, 0.144, 0.621, 1.099, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.621 std_dev=0.478
O3' B 0, -0.022, 0.675, 1.372, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.675 std_dev=0.697

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.11 0.10 0.13 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.11 0.00 0.01 0.06 0.00 0.10 0.13 0.10 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.05 0.07 0.10 0.02 0.01 0.08 0.01 0.14 0.17 0.13 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.13 0.13 0.17 0.14
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.03 0.14 0.14 0.16 0.14
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.17 0.00 0.18 0.00 0.16 0.11 0.14 0.10 0.05 0.03 0.18 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.03 0.12 0.11 0.13 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.10 0.09 0.12 0.10
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.12 0.11 0.15 0.13
O2 0.04 0.01 0.11 0.10 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.13 0.02 0.07 0.10 0.10 0.13 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.06 0.03 0.07 0.12 0.09 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.02 0.12 0.03 0.12 0.05 0.08 0.13 0.04 0.00 0.11 0.02 0.16 0.24 0.20 0.19
O4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.11 0.00 0.04 0.14 0.15 0.18 0.16
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02 0.04 0.00 0.10 0.11 0.14 0.11
O5' 0.07 0.11 0.10 0.14 0.13 0.01 0.14 0.01 0.12 0.10 0.12 0.10 0.07 0.16 0.14 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.10 0.13 0.17 0.13 0.07 0.14 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.24 0.15 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.10 0.13 0.17 0.08 0.16 0.12 0.13 0.12 0.15 0.13 0.09 0.20 0.18 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.09 0.14 0.14 0.02 0.14 0.01 0.12 0.10 0.13 0.11 0.07 0.19 0.16 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.09 0.09 0.15 0.10 0.14 0.11 0.15 0.14 0.15 0.17 0.17 0.14 0.14 0.16 0.18 0.17 0.10 0.15 0.11 0.14 0.10
C2 0.13 0.16 0.11 0.11 0.15 0.10 0.15 0.11 0.17 0.14 0.17 0.18 0.16 0.15 0.14 0.18 0.14 0.14 0.13 0.18 0.13 0.18 0.14
C2' 0.12 0.16 0.13 0.12 0.14 0.09 0.15 0.09 0.16 0.13 0.16 0.17 0.14 0.14 0.13 0.25 0.24 0.14 0.10 0.16 0.11 0.15 0.10
C3' 0.13 0.17 0.16 0.19 0.14 0.12 0.15 0.11 0.16 0.13 0.17 0.19 0.15 0.14 0.14 0.27 0.36 0.15 0.13 0.16 0.13 0.15 0.11
C4 0.13 0.18 0.10 0.10 0.16 0.10 0.16 0.10 0.18 0.14 0.19 0.19 0.17 0.15 0.14 0.18 0.18 0.15 0.12 0.20 0.11 0.18 0.13
C4' 0.13 0.12 0.14 0.20 0.11 0.13 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.15 0.11 0.11 0.11 0.20 0.36 0.16 0.14 0.11 0.14 0.17 0.13
C5 0.14 0.17 0.09 0.10 0.15 0.10 0.15 0.10 0.17 0.14 0.18 0.19 0.16 0.14 0.14 0.17 0.22 0.16 0.10 0.18 0.10 0.15 0.10
C5' 0.13 0.14 0.19 0.28 0.10 0.19 0.10 0.19 0.11 0.13 0.13 0.18 0.12 0.11 0.11 0.23 0.48 0.16 0.20 0.12 0.21 0.22 0.19
C6 0.15 0.16 0.09 0.10 0.15 0.10 0.14 0.11 0.16 0.14 0.16 0.18 0.16 0.14 0.14 0.17 0.22 0.18 0.10 0.16 0.11 0.14 0.10
N1 0.14 0.16 0.09 0.09 0.15 0.10 0.14 0.10 0.15 0.13 0.16 0.18 0.16 0.14 0.14 0.17 0.18 0.16 0.10 0.16 0.11 0.15 0.11
N3 0.13 0.18 0.11 0.11 0.16 0.10 0.17 0.11 0.18 0.15 0.19 0.19 0.17 0.16 0.15 0.18 0.14 0.15 0.14 0.20 0.13 0.20 0.15
O2 0.14 0.17 0.13 0.14 0.16 0.12 0.16 0.14 0.17 0.15 0.17 0.17 0.17 0.16 0.15 0.17 0.14 0.15 0.16 0.19 0.16 0.21 0.17
O2' 0.12 0.13 0.13 0.10 0.12 0.09 0.13 0.11 0.14 0.13 0.14 0.15 0.12 0.13 0.13 0.23 0.19 0.16 0.10 0.14 0.11 0.14 0.10
O3' 0.19 0.20 0.24 0.28 0.19 0.20 0.19 0.17 0.20 0.19 0.20 0.22 0.20 0.19 0.19 0.35 0.46 0.19 0.20 0.20 0.20 0.20 0.18
O4 0.14 0.18 0.11 0.11 0.17 0.11 0.17 0.11 0.20 0.15 0.20 0.20 0.17 0.17 0.15 0.19 0.18 0.15 0.13 0.21 0.13 0.19 0.14
O4' 0.18 0.17 0.11 0.12 0.17 0.12 0.16 0.12 0.16 0.16 0.16 0.18 0.18 0.16 0.16 0.13 0.21 0.19 0.11 0.16 0.12 0.14 0.11
O5' 0.14 0.14 0.15 0.23 0.12 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13 0.17 0.14 0.11 0.12 0.21 0.45 0.18 0.15 0.12 0.15 0.17 0.13
OP1 0.17 0.13 0.23 0.35 0.13 0.26 0.12 0.26 0.11 0.16 0.12 0.15 0.13 0.14 0.15 0.26 0.61 0.22 0.26 0.11 0.28 0.26 0.25
OP2 0.16 0.20 0.18 0.27 0.17 0.19 0.17 0.19 0.19 0.15 0.21 0.23 0.18 0.15 0.15 0.25 0.49 0.19 0.18 0.20 0.20 0.20 0.17
P 0.14 0.15 0.17 0.27 0.12 0.18 0.11 0.18 0.12 0.12 0.14 0.18 0.14 0.11 0.12 0.21 0.50 0.19 0.18 0.12 0.19 0.19 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.17 0.11
C2 0.05 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.15 0.13 0.09 0.11 0.01 0.12 0.20 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.07 0.04
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.21 0.22 0.16 0.09 0.08 0.24 0.12 0.01 0.01 0.01 0.07 0.24 0.11 0.10 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.13 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.05 0.11 0.01 0.11 0.19 0.12
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.04 0.06 0.04 0.14 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.11 0.05 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.20 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.25 0.05 0.15 0.01 0.15 0.21 0.15
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.15 0.17 0.11 0.06 0.06 0.19 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.18 0.05 0.01 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.21 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.27 0.06 0.16 0.00 0.17 0.22 0.17
C8 0.01 0.02 0.08 0.22 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.25 0.03 0.15 0.02 0.13 0.18 0.13
N1 0.04 0.01 0.07 0.16 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.20 0.08 0.14 0.01 0.14 0.21 0.15
N2 0.06 0.00 0.09 0.09 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.11 0.11 0.10 0.02 0.11 0.20 0.14
N3 0.05 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.09 0.09 0.10 0.01 0.11 0.20 0.13
N7 0.01 0.02 0.08 0.24 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.31 0.03 0.19 0.02 0.17 0.21 0.18
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.02 0.09 0.02 0.10 0.19 0.11
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.06 0.07 0.06 0.11 0.20 0.15 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.05 0.06 0.11 0.05 0.04
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.15 0.03 0.25 0.02 0.27 0.25 0.20 0.11 0.09 0.31 0.12 0.06 0.00 0.03 0.15 0.32 0.21 0.26 0.19
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.11 0.09 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.11 0.05 0.09 0.21 0.15
O5' 0.08 0.11 0.04 0.07 0.11 0.01 0.15 0.01 0.16 0.15 0.14 0.10 0.10 0.19 0.09 0.05 0.15 0.11 0.00 0.19 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.32 0.05 0.19 0.00 0.20 0.24 0.20
OP1 0.07 0.12 0.07 0.11 0.11 0.05 0.15 0.05 0.17 0.13 0.14 0.11 0.11 0.17 0.10 0.11 0.21 0.09 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.20 0.07 0.10 0.19 0.03 0.21 0.01 0.22 0.18 0.21 0.20 0.20 0.21 0.19 0.05 0.26 0.21 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.04 0.08 0.12 0.02 0.15 0.02 0.17 0.13 0.15 0.14 0.13 0.18 0.11 0.04 0.19 0.15 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00