ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 4940

back

Distances from reference structure (by RMSD)

25, 25, 44, 84, 106, 16, 4, 12, 30, 1, 1, 6, 33, 15, 4, 1, 0, 2, 1, 90,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, -0.115, 0.581, 1.276, 3.788 max_d=3.788 avg_d=0.581 std_dev=0.696
C5 A 0, -0.063, 0.634, 1.331, 3.791 max_d=3.791 avg_d=0.634 std_dev=0.697
O4' B 0, -0.126, 0.661, 1.447, 4.499 max_d=4.499 avg_d=0.661 std_dev=0.786
N9 B 0, -0.142, 0.653, 1.448, 3.626 max_d=3.626 avg_d=0.653 std_dev=0.795
C6 A 0, -0.143, 0.698, 1.539, 4.715 max_d=4.715 avg_d=0.698 std_dev=0.841
C4 A 0, -0.134, 0.777, 1.688, 3.142 max_d=3.142 avg_d=0.777 std_dev=0.911
C4 B 0, -0.231, 0.736, 1.703, 4.477 max_d=4.477 avg_d=0.736 std_dev=0.967
N4 A 0, -0.129, 0.853, 1.835, 4.732 max_d=4.732 avg_d=0.853 std_dev=0.982
N3 B 0, 0.036, 1.051, 2.066, 5.139 max_d=5.139 avg_d=1.051 std_dev=1.015
N1 A 0, -0.202, 0.895, 1.993, 5.365 max_d=5.365 avg_d=0.895 std_dev=1.098
C2' B 0, -0.290, 0.819, 1.929, 5.931 max_d=5.931 avg_d=0.819 std_dev=1.109
C4' B 0, -0.300, 0.813, 1.926, 5.730 max_d=5.730 avg_d=0.813 std_dev=1.113
O5' B 0, -0.184, 0.937, 2.059, 6.776 max_d=6.776 avg_d=0.937 std_dev=1.122
C8 B 0, -0.068, 1.092, 2.253, 4.947 max_d=4.947 avg_d=1.092 std_dev=1.160
C3' A 0, -0.138, 1.037, 2.213, 7.659 max_d=7.659 avg_d=1.037 std_dev=1.175
C2' A 0, -0.009, 1.214, 2.436, 6.876 max_d=6.876 avg_d=1.214 std_dev=1.223
C3' B 0, -0.350, 0.878, 2.106, 6.576 max_d=6.576 avg_d=0.878 std_dev=1.228
C1' A 0, -0.135, 1.142, 2.419, 6.801 max_d=6.801 avg_d=1.142 std_dev=1.277
N3 A 0, -0.263, 1.022, 2.307, 4.079 max_d=4.079 avg_d=1.022 std_dev=1.285
C5' B 0, -0.283, 1.024, 2.332, 7.252 max_d=7.252 avg_d=1.024 std_dev=1.308
P B 0, -0.113, 1.203, 2.519, 8.848 max_d=8.848 avg_d=1.203 std_dev=1.316
C5 B 0, -0.281, 1.048, 2.378, 5.052 max_d=5.052 avg_d=1.048 std_dev=1.329
OP2 B 0, -0.095, 1.248, 2.590, 9.424 max_d=9.424 avg_d=1.248 std_dev=1.342
O4' A 0, -0.205, 1.145, 2.494, 7.678 max_d=7.678 avg_d=1.145 std_dev=1.350
C4' A 0, -0.282, 1.078, 2.438, 8.325 max_d=8.325 avg_d=1.078 std_dev=1.360
C2 A 0, -0.293, 1.070, 2.432, 4.981 max_d=4.981 avg_d=1.070 std_dev=1.363
O3' A 0, -0.106, 1.259, 2.623, 8.888 max_d=8.888 avg_d=1.259 std_dev=1.365
C2 B 0, 0.036, 1.404, 2.772, 6.204 max_d=6.204 avg_d=1.404 std_dev=1.368
O5' A 0, -0.430, 0.962, 2.354, 8.676 max_d=8.676 avg_d=0.962 std_dev=1.392
O2' B 0, -0.395, 1.004, 2.402, 7.620 max_d=7.620 avg_d=1.004 std_dev=1.399
N7 B 0, -0.197, 1.280, 2.757, 6.020 max_d=6.020 avg_d=1.280 std_dev=1.477
C5' A 0, -0.430, 1.093, 2.617, 9.541 max_d=9.541 avg_d=1.093 std_dev=1.523
OP1 B 0, 0.101, 1.660, 3.220, 10.177 max_d=10.177 avg_d=1.660 std_dev=1.559
O2' A 0, -0.002, 1.570, 3.143, 8.544 max_d=8.544 avg_d=1.570 std_dev=1.572
O3' B 0, -0.537, 1.082, 2.701, 8.863 max_d=8.863 avg_d=1.082 std_dev=1.619
C6 B 0, -0.322, 1.335, 2.991, 6.624 max_d=6.624 avg_d=1.335 std_dev=1.656
P A 0, -0.533, 1.127, 2.786, 10.483 max_d=10.483 avg_d=1.127 std_dev=1.659
N1 B 0, -0.228, 1.447, 3.122, 6.554 max_d=6.554 avg_d=1.447 std_dev=1.675
OP2 A 0, -0.505, 1.234, 2.972, 10.672 max_d=10.672 avg_d=1.234 std_dev=1.739
O2 A 0, -0.364, 1.391, 3.146, 6.453 max_d=6.453 avg_d=1.391 std_dev=1.755
OP1 A 0, -0.524, 1.457, 3.438, 12.441 max_d=12.441 avg_d=1.457 std_dev=1.981
N6 B 0, -0.400, 1.686, 3.772, 8.790 max_d=8.790 avg_d=1.686 std_dev=2.086

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.14 0.14 0.21 0.15
C2 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.14 0.07 0.29 0.21 0.42 0.25
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.09 0.10 0.03 0.09 0.07 0.20 0.00 0.02 0.01 0.24 0.28 0.32 0.25
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.21 0.01 0.23 0.02 0.21 0.12 0.18 0.23 0.17 0.02 0.01 0.01 0.21 0.31 0.24 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.15 0.04 0.41 0.32 0.68 0.38
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.11 0.11 0.15 0.03 0.00 0.02 0.13 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.23 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.07 0.45 0.35 0.71 0.42
C5' 0.03 0.10 0.09 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.18 0.08 0.11 0.17 0.15 0.07 0.10 0.02 0.01 0.20 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.17 0.08 0.39 0.28 0.52 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.07 0.02 0.27 0.18 0.36 0.21
N3 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.13 0.06 0.35 0.27 0.56 0.31
N4 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.18 0.04 0.45 0.38 0.78 0.43
O2 0.04 0.01 0.20 0.17 0.02 0.11 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.25 0.12 0.27 0.25 0.39 0.26
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.17 0.15 0.17 0.07 0.15 0.10 0.16 0.18 0.20 0.00 0.05 0.11 0.14 0.22 0.37 0.20
O3' 0.14 0.14 0.02 0.01 0.15 0.03 0.20 0.10 0.17 0.07 0.13 0.18 0.25 0.05 0.00 0.10 0.21 0.44 0.41 0.24
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.12 0.11 0.10 0.00 0.10 0.15 0.19 0.16
O5' 0.14 0.29 0.24 0.21 0.41 0.02 0.45 0.01 0.39 0.27 0.35 0.45 0.27 0.14 0.21 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.21 0.28 0.31 0.32 0.13 0.35 0.20 0.28 0.18 0.27 0.38 0.25 0.22 0.44 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.42 0.32 0.24 0.68 0.21 0.71 0.25 0.52 0.36 0.56 0.78 0.39 0.37 0.41 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.25 0.25 0.16 0.38 0.05 0.42 0.02 0.33 0.21 0.31 0.43 0.26 0.20 0.24 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.35 3.14 1.44 1.19 2.36 0.71 2.51 0.45 2.97 1.70 3.25 2.69 3.05 2.12 1.77 1.31 1.24 0.88 0.35 0.67 0.43 0.19
C2 1.16 3.13 1.00 0.69 2.44 0.34 2.83 0.35 3.36 1.92 3.47 2.60 3.58 2.50 1.80 0.80 0.65 0.79 0.24 0.77 0.53 0.20
C2' 1.14 2.96 1.31 1.16 2.14 0.67 2.34 0.48 2.84 1.54 3.12 2.47 3.00 1.98 1.55 1.22 1.32 0.71 0.35 0.67 0.48 0.21
C3' 1.20 2.57 1.49 1.44 1.90 0.92 2.02 0.66 2.42 1.42 2.66 2.20 2.54 1.74 1.45 1.44 1.69 0.82 0.50 0.66 0.53 0.30
C4 0.92 2.41 0.68 0.40 2.00 0.34 2.37 0.46 2.70 1.71 2.69 2.04 2.91 2.24 1.51 0.53 0.37 0.72 0.27 0.80 0.59 0.22
C4' 1.41 2.55 1.73 1.62 1.92 1.12 1.91 0.76 2.22 1.37 2.51 2.29 2.26 1.60 1.52 1.73 1.86 1.03 0.55 0.62 0.42 0.27
C5 0.87 2.10 0.78 0.67 1.78 0.34 2.03 0.36 2.26 1.52 2.28 1.83 2.35 1.89 1.38 0.61 0.67 0.59 0.25 0.70 0.51 0.18
C5' 1.47 2.08 1.85 1.84 1.64 1.36 1.54 0.97 1.74 1.21 1.98 1.96 1.75 1.31 1.40 1.91 2.18 1.19 0.69 0.65 0.42 0.37
C6 1.08 2.38 1.12 1.01 1.97 0.57 2.15 0.42 2.41 1.56 2.51 2.10 2.47 1.91 1.53 0.94 1.03 0.72 0.32 0.66 0.45 0.19
N1 1.20 2.92 1.19 0.96 2.30 0.52 2.55 0.37 2.96 1.76 3.12 2.50 3.06 2.21 1.73 1.00 0.97 0.78 0.29 0.70 0.47 0.18
N3 1.07 2.88 0.80 0.46 2.30 0.36 2.74 0.46 3.22 1.90 3.24 2.39 3.50 2.51 1.71 0.63 0.41 0.80 0.27 0.82 0.59 0.23
N4 0.92 2.18 0.64 0.36 1.82 0.61 2.19 0.69 2.50 1.60 2.45 1.86 2.76 2.13 1.39 0.61 0.38 0.87 0.42 0.87 0.67 0.28
O2 1.24 3.44 1.06 0.70 2.59 0.36 3.01 0.35 3.66 1.99 3.85 2.81 3.96 2.62 1.90 0.87 0.65 0.84 0.24 0.78 0.53 0.21
O2' 1.20 3.17 1.35 1.12 2.23 0.66 2.41 0.47 2.97 1.55 3.33 2.62 3.14 2.00 1.60 1.28 1.27 0.75 0.36 0.71 0.48 0.29
O3' 1.13 2.47 1.46 1.46 1.77 0.94 1.89 0.68 2.30 1.31 2.56 2.09 2.45 1.62 1.33 1.46 1.77 0.78 0.51 0.66 0.55 0.30
O4' 1.50 2.86 1.71 1.48 2.21 1.01 2.19 0.64 2.51 1.55 2.81 2.58 2.51 1.82 1.72 1.64 1.58 1.07 0.48 0.63 0.39 0.24
O5' 1.47 1.88 1.79 1.94 1.56 1.51 1.49 1.20 1.65 1.25 1.82 1.79 1.68 1.32 1.40 1.77 2.26 1.29 0.93 0.68 0.65 0.58
OP1 1.53 1.53 1.78 1.92 1.34 1.65 1.23 1.35 1.30 1.18 1.42 1.53 1.33 1.17 1.32 1.88 2.40 1.43 0.97 0.90 0.64 0.67
OP2 1.47 1.47 1.64 1.91 1.34 1.71 1.28 1.55 1.34 1.23 1.43 1.45 1.37 1.22 1.32 1.66 2.24 1.47 1.33 1.31 1.13 1.15
P 1.50 1.51 1.76 1.99 1.33 1.68 1.22 1.38 1.29 1.14 1.42 1.51 1.31 1.12 1.30 1.80 2.43 1.43 1.04 0.90 0.69 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.22 0.38 0.31 0.27
C2 0.05 0.00 0.40 0.43 0.01 0.25 0.01 0.42 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.47 0.32 0.61 0.89 0.78 0.69
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.17 0.19 0.19 0.31 0.40 0.14 0.12 0.03 0.00 0.04 0.01 0.25 0.41 0.30 0.27
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.29 0.01 0.30 0.02 0.35 0.28 0.41 0.39 0.36 0.29 0.18 0.02 0.01 0.02 0.15 0.35 0.20 0.15
C4 0.02 0.01 0.21 0.29 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.25 0.16 0.49 0.70 0.63 0.54
C4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.13 0.22 0.20 0.25 0.14 0.19 0.08 0.22 0.02 0.01 0.02 0.21 0.22 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.21 0.07 0.58 0.79 0.80 0.65
C5' 0.09 0.42 0.17 0.02 0.24 0.01 0.24 0.00 0.28 0.35 0.36 0.39 0.29 0.33 0.17 0.08 0.16 0.02 0.01 0.29 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.35 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.30 0.14 0.61 0.88 0.87 0.71
C8 0.02 0.02 0.19 0.28 0.01 0.22 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.20 0.19 0.60 0.69 0.76 0.65
N1 0.04 0.00 0.31 0.41 0.02 0.20 0.01 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.41 0.25 0.62 0.92 0.84 0.71
N3 0.05 0.01 0.40 0.39 0.01 0.25 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.43 0.32 0.54 0.78 0.66 0.60
N6 0.03 0.01 0.14 0.36 0.02 0.14 0.01 0.29 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.23 0.30 0.09 0.65 0.94 0.98 0.77
N7 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.19 0.11 0.64 0.81 0.92 0.74
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.11 0.02 0.42 0.56 0.51 0.45
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.19 0.22 0.20 0.08 0.22 0.33 0.30 0.37 0.23 0.30 0.14 0.00 0.07 0.17 0.18 0.37 0.31 0.23
O3' 0.23 0.47 0.04 0.01 0.25 0.02 0.21 0.16 0.30 0.20 0.41 0.43 0.30 0.19 0.11 0.07 0.00 0.19 0.19 0.53 0.26 0.24
O4' 0.01 0.32 0.01 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.14 0.19 0.25 0.32 0.09 0.11 0.02 0.17 0.19 0.00 0.22 0.39 0.34 0.31
O5' 0.22 0.61 0.25 0.15 0.49 0.02 0.58 0.01 0.61 0.60 0.62 0.54 0.65 0.64 0.42 0.18 0.19 0.22 0.00 0.02 0.06 0.01
OP1 0.38 0.89 0.41 0.35 0.70 0.21 0.79 0.29 0.88 0.69 0.92 0.78 0.94 0.81 0.56 0.37 0.53 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.78 0.30 0.20 0.63 0.22 0.80 0.29 0.87 0.76 0.84 0.66 0.98 0.92 0.51 0.31 0.26 0.34 0.06 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.69 0.27 0.15 0.54 0.08 0.65 0.02 0.71 0.65 0.71 0.60 0.77 0.74 0.45 0.23 0.24 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00