ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49405

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 16, 21, 11, 4, 7, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.014, 0.027, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.004, 0.014, 0.031, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.014 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.001, 0.017, 0.036, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.017 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.007, 0.030, 0.052, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.030 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.017, 0.073, 0.130, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.073 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.044, 0.103, 0.162, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.103 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.045, 0.130, 0.215, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.130 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.074, 0.165, 0.255, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.165 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.042, 0.134, 0.226, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.134 std_dev=0.092
O5' A 0, 0.072, 0.183, 0.295, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.183 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.052, 0.181, 0.309, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.181 std_dev=0.129
P A 0, 0.037, 0.167, 0.297, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.167 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.061, 0.213, 0.364, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.213 std_dev=0.152
OP2 A 0, 0.056, 0.208, 0.360, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.208 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.067, 0.230, 0.393, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.230 std_dev=0.163
N4 B 0, 0.063, 0.226, 0.389, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.226 std_dev=0.163
N3 B 0, 0.072, 0.243, 0.413, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.243 std_dev=0.170
OP1 A 0, 0.020, 0.197, 0.374, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.197 std_dev=0.177
C2 B 0, 0.087, 0.291, 0.494, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.291 std_dev=0.203
C5 B 0, 0.079, 0.284, 0.489, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.284 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.087, 0.315, 0.544, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.315 std_dev=0.229
C6 B 0, 0.085, 0.317, 0.548, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.317 std_dev=0.231
O2 B 0, 0.122, 0.357, 0.591, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.357 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.107, 0.382, 0.657, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.382 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.074, 0.367, 0.660, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.367 std_dev=0.293
O4' B 0, 0.133, 0.429, 0.725, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.429 std_dev=0.296
C3' B 0, 0.044, 0.350, 0.655, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.350 std_dev=0.306
O2' B 0, 0.131, 0.444, 0.757, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.444 std_dev=0.313
C4' B 0, 0.069, 0.389, 0.708, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.389 std_dev=0.320
O3' B 0, 0.030, 0.371, 0.712, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.371 std_dev=0.341
C5' B 0, 0.184, 0.531, 0.878, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.531 std_dev=0.347
O5' B 0, 0.326, 0.740, 1.155, 2.273 max_d=2.273 avg_d=0.740 std_dev=0.415
P B 0, 0.137, 0.556, 0.975, 2.478 max_d=2.478 avg_d=0.556 std_dev=0.419
OP1 B 0, 0.414, 0.896, 1.377, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.896 std_dev=0.481
OP2 B 0, 0.233, 0.729, 1.226, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.729 std_dev=0.496

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.03
C2 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.04 0.06 0.01 0.08 0.11 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.08 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.09 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.05
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.10 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.10 0.05
N1 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.06 0.01 0.08 0.11 0.06
N2 0.05 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.11 0.05 0.06 0.02 0.09 0.11 0.06
N3 0.04 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.06 0.01 0.08 0.11 0.06
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.08 0.11 0.07
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.10 0.05
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.12 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.09 0.11 0.08 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05
O5' 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.06 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.08 0.00 0.09 0.11 0.08
OP1 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.09 0.06 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.11 0.08 0.08 0.10 0.03 0.10 0.02 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.06 0.07 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.14 0.13 0.32 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.15 0.10 0.12 0.31 0.42 0.28 0.22
C2 0.13 0.13 0.13 0.15 0.11 0.15 0.11 0.28 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.16 0.16 0.13 0.27 0.52 0.18 0.20
C2' 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.15 0.12 0.33 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.08 0.12 0.30 0.42 0.28 0.23
C3' 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.16 0.12 0.34 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.13 0.06 0.14 0.30 0.40 0.30 0.25
C4 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.14 0.10 0.29 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.14 0.12 0.11 0.28 0.48 0.20 0.19
C4' 0.13 0.11 0.11 0.09 0.12 0.18 0.15 0.36 0.15 0.13 0.11 0.12 0.10 0.14 0.06 0.17 0.33 0.40 0.36 0.28
C5 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.14 0.11 0.28 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.15 0.13 0.11 0.27 0.51 0.18 0.19
C5' 0.15 0.12 0.12 0.09 0.13 0.20 0.16 0.37 0.17 0.14 0.11 0.13 0.10 0.15 0.06 0.20 0.35 0.40 0.39 0.31
C6 0.14 0.13 0.14 0.16 0.12 0.16 0.13 0.27 0.12 0.13 0.12 0.13 0.15 0.16 0.16 0.14 0.26 0.55 0.17 0.20
C8 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.14 0.11 0.30 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.15 0.10 0.11 0.29 0.44 0.22 0.19
N1 0.15 0.14 0.15 0.17 0.12 0.16 0.12 0.28 0.13 0.13 0.13 0.12 0.16 0.17 0.17 0.15 0.26 0.55 0.18 0.21
N2 0.14 0.14 0.15 0.17 0.11 0.16 0.12 0.28 0.12 0.13 0.12 0.11 0.16 0.17 0.17 0.14 0.27 0.53 0.18 0.20
N3 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.14 0.11 0.29 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.15 0.13 0.11 0.28 0.49 0.20 0.19
N7 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11 0.29 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.15 0.11 0.10 0.27 0.48 0.19 0.19
N9 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.14 0.11 0.30 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.14 0.11 0.10 0.30 0.45 0.23 0.20
O2' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.15 0.12 0.33 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.14 0.09 0.12 0.31 0.41 0.30 0.24
O3' 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.18 0.13 0.36 0.13 0.11 0.09 0.09 0.10 0.13 0.06 0.16 0.29 0.39 0.33 0.27
O4' 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.17 0.15 0.34 0.14 0.12 0.11 0.14 0.10 0.15 0.08 0.15 0.34 0.41 0.33 0.26
O5' 0.15 0.12 0.14 0.10 0.13 0.20 0.16 0.37 0.17 0.15 0.12 0.13 0.11 0.16 0.07 0.19 0.34 0.39 0.35 0.28
O6 0.16 0.15 0.16 0.18 0.15 0.17 0.15 0.27 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.18 0.16 0.25 0.58 0.18 0.22
OP1 0.18 0.12 0.17 0.15 0.11 0.24 0.15 0.40 0.17 0.16 0.11 0.11 0.11 0.18 0.14 0.22 0.36 0.41 0.44 0.35
OP2 0.16 0.11 0.14 0.11 0.11 0.21 0.15 0.37 0.17 0.14 0.10 0.12 0.11 0.16 0.08 0.20 0.32 0.39 0.33 0.28
P 0.16 0.12 0.14 0.11 0.12 0.21 0.15 0.37 0.17 0.15 0.11 0.11 0.11 0.16 0.08 0.20 0.35 0.38 0.37 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.65 0.12 0.24
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.03 0.22 0.66 0.11 0.25
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.13 0.56 0.07 0.18
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.03 0.18 0.46 0.09 0.13
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.30 0.56 0.14 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.06 0.10 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.44 0.09 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.12 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.04 0.32 0.51 0.14 0.22
C5' 0.04 0.13 0.02 0.01 0.24 0.01 0.28 0.00 0.24 0.15 0.19 0.27 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.27 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.30 0.55 0.12 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.23 0.64 0.11 0.24
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.26 0.63 0.12 0.24
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.08 0.04 0.32 0.52 0.16 0.23
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.11 0.03 0.17 0.70 0.12 0.25
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.10 0.08 0.15 0.00 0.04 0.05 0.08 0.52 0.13 0.13
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.04 0.10 0.04 0.06 0.08 0.11 0.04 0.00 0.01 0.10 0.33 0.18 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.10 0.62 0.15 0.24
O5' 0.13 0.22 0.13 0.18 0.30 0.02 0.32 0.01 0.30 0.23 0.26 0.32 0.17 0.08 0.10 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.65 0.66 0.56 0.46 0.56 0.44 0.51 0.27 0.55 0.64 0.63 0.52 0.70 0.52 0.33 0.62 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.11 0.07 0.09 0.14 0.09 0.14 0.07 0.12 0.11 0.12 0.16 0.12 0.13 0.18 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.25 0.18 0.13 0.23 0.09 0.22 0.01 0.23 0.24 0.24 0.23 0.25 0.13 0.05 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00