ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49406

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 16, 11, 10, 9, 4, 0, 3, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.015 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.073, 0.144, 0.215, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.144 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.050, 0.128, 0.207, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.128 std_dev=0.078
O4' A 0, 0.041, 0.120, 0.200, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.120 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.164, 0.279, 0.395, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.279 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.019, 0.151, 0.282, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.151 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.013, 0.148, 0.282, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.148 std_dev=0.134
C5 B 0, 0.115, 0.267, 0.419, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.267 std_dev=0.152
N4 B 0, 0.097, 0.252, 0.407, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.252 std_dev=0.155
C4 B 0, 0.107, 0.273, 0.439, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.273 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.126, 0.306, 0.487, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.306 std_dev=0.181
P A 0, 0.095, 0.298, 0.502, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.298 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.115, 0.359, 0.603, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.359 std_dev=0.244
N3 B 0, 0.082, 0.331, 0.580, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.331 std_dev=0.249
OP2 B 0, 0.069, 0.328, 0.587, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.328 std_dev=0.259
O5' A 0, 0.025, 0.307, 0.588, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.307 std_dev=0.282
P B 0, 0.046, 0.329, 0.611, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.329 std_dev=0.283
O5' B 0, 0.078, 0.363, 0.649, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.363 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.085, 0.372, 0.659, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.372 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.124, 0.421, 0.719, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.421 std_dev=0.297
O4' B 0, 0.116, 0.417, 0.718, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.417 std_dev=0.301
C5' A 0, -0.039, 0.269, 0.576, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.269 std_dev=0.308
C5' B 0, 0.078, 0.388, 0.698, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.388 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.143, 0.464, 0.784, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.464 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.095, 0.423, 0.752, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.423 std_dev=0.328
C3' B 0, 0.093, 0.424, 0.755, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.424 std_dev=0.331
OP1 B 0, 0.066, 0.429, 0.792, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.429 std_dev=0.363
O2' B 0, 0.198, 0.564, 0.929, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.564 std_dev=0.366
O3' B 0, 0.107, 0.476, 0.845, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.476 std_dev=0.369
O2 B 0, 0.063, 0.437, 0.811, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.437 std_dev=0.374
OP1 A 0, 0.060, 0.447, 0.835, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.447 std_dev=0.387
OP2 A 0, 0.057, 0.515, 0.972, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.515 std_dev=0.458

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.13 0.02 0.12 0.42 0.13
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.13 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.08 0.23 0.01 0.28 0.22 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.05 0.14 0.32 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.05 0.17 0.30 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.23 0.01 0.24 0.34 0.16
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.11 0.15 0.12 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.17 0.31 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.27 0.01 0.29 0.36 0.19
C5' 0.06 0.31 0.10 0.02 0.21 0.01 0.19 0.00 0.24 0.09 0.29 0.35 0.28 0.13 0.12 0.07 0.05 0.02 0.01 0.23 0.18 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05 0.05 0.28 0.00 0.33 0.31 0.19
C8 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.24 0.02 0.23 0.46 0.19
N1 0.03 0.00 0.06 0.07 0.02 0.11 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.07 0.07 0.26 0.01 0.32 0.25 0.16
N2 0.04 0.01 0.07 0.09 0.01 0.15 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.10 0.10 0.20 0.01 0.28 0.21 0.14
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.08 0.20 0.01 0.23 0.26 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.27 0.02 0.27 0.43 0.20
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.20 0.02 0.20 0.42 0.17
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.08 0.04 0.07 0.07 0.09 0.05 0.11 0.13 0.10 0.06 0.04 0.00 0.05 0.02 0.11 0.09 0.15 0.33 0.10
O3' 0.07 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.05 0.00 0.07 0.13 0.05 0.22 0.32 0.09
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.02 0.07 0.00 0.14 0.05 0.11 0.43 0.13
O5' 0.13 0.23 0.11 0.14 0.23 0.02 0.27 0.01 0.28 0.24 0.26 0.20 0.20 0.27 0.20 0.11 0.13 0.14 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.08 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05 0.05 0.29 0.00 0.35 0.32 0.20
OP1 0.12 0.28 0.14 0.17 0.24 0.17 0.29 0.18 0.33 0.23 0.32 0.28 0.23 0.27 0.20 0.15 0.22 0.11 0.02 0.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.22 0.32 0.30 0.34 0.31 0.36 0.18 0.31 0.46 0.25 0.21 0.26 0.43 0.42 0.33 0.32 0.43 0.02 0.32 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.14 0.10 0.09 0.16 0.06 0.19 0.02 0.19 0.19 0.16 0.14 0.13 0.20 0.17 0.10 0.09 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.16 0.14 0.12 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.12 0.12 0.13 0.16 0.15 0.15 0.10 0.15 0.14 0.12
C2 0.15 0.13 0.15 0.14 0.12 0.15 0.14 0.16 0.15 0.14 0.12 0.11 0.13 0.15 0.14 0.17 0.11 0.15 0.16 0.12
C2' 0.13 0.11 0.15 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.10 0.11 0.11 0.15 0.15 0.14 0.10 0.14 0.14 0.11
C3' 0.13 0.12 0.17 0.15 0.11 0.14 0.12 0.15 0.13 0.13 0.11 0.11 0.12 0.17 0.17 0.14 0.11 0.16 0.15 0.12
C4 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.10 0.10 0.11 0.13 0.13 0.14 0.09 0.13 0.13 0.10
C4' 0.15 0.14 0.18 0.17 0.13 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.19 0.18 0.16 0.12 0.15 0.13 0.12
C5 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.14 0.08 0.12 0.13 0.10
C5' 0.20 0.18 0.21 0.21 0.18 0.22 0.20 0.23 0.20 0.19 0.17 0.18 0.17 0.21 0.21 0.22 0.21 0.22 0.22 0.22
C6 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.15 0.07 0.10 0.12 0.09
C8 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.14 0.14 0.10 0.14 0.14 0.12
N1 0.15 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.17 0.09 0.12 0.13 0.10
N2 0.17 0.14 0.17 0.16 0.12 0.18 0.14 0.19 0.16 0.16 0.12 0.11 0.14 0.17 0.16 0.19 0.15 0.19 0.20 0.15
N3 0.14 0.12 0.15 0.14 0.11 0.15 0.13 0.15 0.14 0.14 0.11 0.11 0.12 0.15 0.14 0.16 0.11 0.15 0.15 0.12
N7 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.13 0.09 0.13 0.14 0.11
N9 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.11 0.12 0.12 0.15 0.14 0.14 0.09 0.14 0.14 0.11
O2' 0.14 0.12 0.15 0.15 0.13 0.15 0.15 0.16 0.15 0.14 0.12 0.12 0.11 0.15 0.16 0.16 0.12 0.15 0.16 0.13
O3' 0.13 0.12 0.15 0.14 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.15 0.15 0.14 0.10 0.15 0.14 0.12
O4' 0.16 0.16 0.19 0.17 0.15 0.16 0.15 0.16 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.19 0.18 0.17 0.13 0.16 0.14 0.13
O5' 0.27 0.28 0.27 0.27 0.29 0.26 0.29 0.25 0.28 0.28 0.29 0.31 0.28 0.28 0.28 0.27 0.24 0.23 0.23 0.23
O6 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.14 0.08 0.10 0.12 0.10
OP1 0.63 0.59 0.66 0.66 0.52 0.64 0.53 0.63 0.57 0.60 0.55 0.48 0.61 0.67 0.66 0.63 0.63 0.62 0.59 0.58
OP2 0.42 0.48 0.44 0.38 0.43 0.35 0.37 0.30 0.37 0.43 0.49 0.44 0.52 0.45 0.37 0.38 0.30 0.25 0.24 0.24
P 0.37 0.38 0.40 0.37 0.32 0.35 0.30 0.33 0.32 0.36 0.36 0.31 0.40 0.40 0.37 0.36 0.32 0.29 0.27 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.08 0.10 0.11 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.09 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.11 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.12 0.13 0.14 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03 0.15 0.14 0.15 0.13
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.14 0.13 0.13 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.10 0.10 0.07
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.10 0.11 0.13 0.10
N4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.03 0.13 0.13 0.15 0.13
O2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.09 0.03 0.07 0.09 0.11 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.06 0.08 0.00 0.04 0.03 0.03 0.10 0.08 0.04
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.03 0.08 0.03 0.06 0.08 0.09 0.04 0.00 0.01 0.07 0.13 0.11 0.07
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.05
O5' 0.06 0.08 0.04 0.04 0.12 0.01 0.15 0.01 0.14 0.09 0.10 0.13 0.07 0.03 0.07 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.10 0.10 0.11 0.13 0.08 0.14 0.07 0.13 0.10 0.11 0.13 0.09 0.10 0.13 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.11 0.09 0.09 0.14 0.04 0.15 0.02 0.13 0.10 0.13 0.15 0.11 0.08 0.11 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.05 0.05 0.12 0.02 0.13 0.02 0.11 0.07 0.10 0.13 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00