ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49407

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 11, 18, 8, 7, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.025, 0.041, 0.056, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.029, 0.065, 0.102, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.065 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.032, 0.071, 0.110, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.071 std_dev=0.039
O2' A 0, 0.068, 0.128, 0.188, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.128 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.056, 0.117, 0.178, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.117 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.057, 0.126, 0.195, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.126 std_dev=0.069
C5' A 0, 0.093, 0.193, 0.294, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.193 std_dev=0.100
N4 B 0, 0.153, 0.259, 0.364, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.259 std_dev=0.105
C4 B 0, 0.182, 0.290, 0.398, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.290 std_dev=0.108
C5 B 0, 0.202, 0.317, 0.433, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.317 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.105, 0.221, 0.337, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.221 std_dev=0.116
P A 0, 0.183, 0.303, 0.424, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.303 std_dev=0.120
OP2 A 0, 0.143, 0.263, 0.384, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.263 std_dev=0.121
N3 B 0, 0.198, 0.330, 0.463, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.330 std_dev=0.133
O5' A 0, 0.118, 0.251, 0.384, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.251 std_dev=0.133
C6 B 0, 0.229, 0.366, 0.504, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.366 std_dev=0.137
N1 B 0, 0.239, 0.398, 0.557, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.398 std_dev=0.159
C2 B 0, 0.228, 0.389, 0.550, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.389 std_dev=0.161
OP1 A 0, 0.196, 0.370, 0.544, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.370 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.269, 0.462, 0.655, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.462 std_dev=0.193
O2 B 0, 0.255, 0.452, 0.648, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.452 std_dev=0.196
O4' B 0, 0.248, 0.452, 0.657, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.452 std_dev=0.204
P B 0, 0.224, 0.435, 0.646, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.435 std_dev=0.211
OP1 B 0, 0.310, 0.522, 0.734, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.522 std_dev=0.212
O5' B 0, 0.243, 0.460, 0.676, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.460 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.308, 0.532, 0.756, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.532 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.186, 0.415, 0.644, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.415 std_dev=0.229
C4' B 0, 0.289, 0.522, 0.755, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.522 std_dev=0.233
C5' B 0, 0.273, 0.512, 0.750, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.512 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.294, 0.535, 0.776, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.535 std_dev=0.241
O2' B 0, 0.351, 0.598, 0.845, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.598 std_dev=0.247
O3' B 0, 0.312, 0.568, 0.824, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.568 std_dev=0.256

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.07 0.09 0.07
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.10 0.00 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.06 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.06 0.10 0.07
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.08 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.07 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.07
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.06 0.06 0.10 0.07 0.03 0.04 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.11 0.00 0.09 0.11 0.09
OP1 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.04 0.09 0.02 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.14 0.11 0.12 0.11
C2 0.10 0.08 0.11 0.11 0.07 0.12 0.09 0.13 0.10 0.10 0.07 0.06 0.08 0.11 0.11 0.11 0.15 0.13 0.14 0.13
C2' 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.14 0.10 0.11 0.10
C3' 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.13 0.09 0.09 0.08
C4 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.10 0.14 0.11 0.12 0.11
C4' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.13 0.09 0.09 0.08
C5 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.10 0.14 0.11 0.11 0.11
C5' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.13 0.07 0.07 0.07
C6 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.08 0.07 0.09 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12
C8 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.14 0.10 0.11 0.10
N1 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.12 0.09 0.13 0.11 0.10 0.08 0.07 0.09 0.12 0.11 0.12 0.15 0.14 0.14 0.13
N2 0.11 0.08 0.11 0.12 0.07 0.12 0.09 0.14 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.12 0.11 0.12 0.15 0.14 0.15 0.13
N3 0.10 0.07 0.10 0.10 0.07 0.11 0.09 0.13 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.10 0.10 0.11 0.14 0.12 0.13 0.12
N7 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.13 0.10 0.11 0.10
N9 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.14 0.11 0.12 0.11
O2' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.14 0.12 0.13 0.12
O3' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.12 0.08 0.09 0.08
O4' 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.15 0.10 0.11 0.10
O5' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.14 0.08 0.08 0.08
O6 0.12 0.10 0.12 0.12 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.10 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12
OP1 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.08 0.14 0.09 0.09 0.08
OP2 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.07 0.14 0.10 0.10 0.09
P 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.13 0.08 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.13 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.12 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.05 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.10 0.10 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.11 0.10 0.07 0.07
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.10 0.12 0.06 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.13 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.09 0.11 0.06 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.11 0.09 0.07 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.05 0.04 0.07 0.13 0.05 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.10 0.00 0.03 0.01 0.07 0.15 0.07 0.10
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.13 0.05 0.04
O5' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.08 0.09 0.11 0.07 0.07 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.13 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.12 0.13 0.11 0.09 0.13 0.15 0.11 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00