ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49409

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 5, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.014, 0.025, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C4 B 0, 0.143, 0.392, 0.640, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.392 std_dev=0.248
N4 B 0, 0.144, 0.412, 0.680, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.412 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.145, 0.418, 0.692, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.418 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.138, 0.453, 0.769, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.453 std_dev=0.315
O4' A 0, -0.259, 0.324, 0.906, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.324 std_dev=0.583
C2' A 0, -0.268, 0.344, 0.957, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.344 std_dev=0.612
O4' B 0, 0.035, 0.668, 1.301, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.668 std_dev=0.633
N3 B 0, -0.123, 0.559, 1.242, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.559 std_dev=0.682
C2 B 0, -0.141, 0.631, 1.403, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.631 std_dev=0.772
C3' A 0, -0.329, 0.465, 1.259, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.465 std_dev=0.794
C4' A 0, -0.326, 0.513, 1.351, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.513 std_dev=0.839
C6 B 0, -0.023, 0.862, 1.746, 2.756 max_d=2.756 avg_d=0.862 std_dev=0.885
O2' A 0, -0.383, 0.524, 1.431, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.524 std_dev=0.907
O3' A 0, -0.387, 0.569, 1.525, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.569 std_dev=0.956
C5 B 0, -0.075, 0.896, 1.867, 2.988 max_d=2.988 avg_d=0.896 std_dev=0.971
C4' B 0, -0.180, 0.848, 1.877, 3.084 max_d=3.084 avg_d=0.848 std_dev=1.028
O5' A 0, -0.380, 0.704, 1.787, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.704 std_dev=1.084
C2' B 0, -0.323, 0.855, 2.032, 3.447 max_d=3.447 avg_d=0.855 std_dev=1.177
C5' A 0, -0.443, 0.760, 1.962, 3.441 max_d=3.441 avg_d=0.760 std_dev=1.203
C3' B 0, -0.409, 1.006, 2.420, 4.126 max_d=4.126 avg_d=1.006 std_dev=1.415
P A 0, -0.478, 0.958, 2.394, 4.152 max_d=4.152 avg_d=0.958 std_dev=1.436
OP2 A 0, -0.482, 0.964, 2.410, 4.178 max_d=4.178 avg_d=0.964 std_dev=1.446
O2 B 0, -0.392, 1.125, 2.642, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.125 std_dev=1.517
OP1 A 0, -0.491, 1.163, 2.817, 4.826 max_d=4.826 avg_d=1.163 std_dev=1.654
O3' B 0, -0.528, 1.127, 2.782, 4.786 max_d=4.786 avg_d=1.127 std_dev=1.655
O2' B 0, -0.650, 1.035, 2.721, 4.787 max_d=4.787 avg_d=1.035 std_dev=1.686
C5' B 0, -0.728, 1.344, 3.415, 5.951 max_d=5.951 avg_d=1.344 std_dev=2.071
O5' B 0, -0.897, 1.434, 3.764, 6.616 max_d=6.616 avg_d=1.434 std_dev=2.330
P B 0, -1.432, 2.005, 5.441, 9.673 max_d=9.673 avg_d=2.005 std_dev=3.436
OP2 B 0, -1.426, 2.152, 5.731, 10.134 max_d=10.134 avg_d=2.152 std_dev=3.578
OP1 B 0, -1.558, 2.377, 6.311, 11.152 max_d=11.152 avg_d=2.377 std_dev=3.935

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.27 0.00 0.09 0.02 0.13 0.10 0.09
C2 0.05 0.00 0.35 0.23 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.25 0.13 0.30 0.07 0.01 0.13 0.21 0.10
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.19 0.14 0.20 0.26 0.42 0.34 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.39 0.09 0.43 0.44 0.41
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.22 0.00 0.28 0.01 0.30 0.23 0.28 0.20 0.19 0.29 0.18 0.02 0.01 0.01 0.05 0.33 0.13 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.17 0.22 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.15 0.08 0.01 0.13 0.18 0.11
C4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.21 0.07 0.20 0.14 0.18 0.07 0.25 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.01
C5 0.02 0.01 0.07 0.28 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.06 0.06 0.18 0.01 0.24 0.30 0.24
C5' 0.06 0.21 0.19 0.01 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.19 0.14 0.27 0.20 0.17 0.04 0.05 0.19 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.30 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.07 0.12 0.18 0.01 0.27 0.36 0.26
C8 0.01 0.01 0.20 0.23 0.00 0.21 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.08 0.19 0.24 0.02 0.21 0.21 0.25
N1 0.04 0.00 0.26 0.28 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.06 0.23 0.11 0.01 0.20 0.30 0.18
N2 0.05 0.00 0.42 0.20 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.19 0.37 0.08 0.02 0.11 0.19 0.08
N3 0.05 0.00 0.34 0.19 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.17 0.30 0.07 0.01 0.09 0.14 0.07
N7 0.01 0.01 0.11 0.29 0.00 0.18 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.41 0.13 0.11 0.28 0.02 0.31 0.35 0.33
N9 0.01 0.02 0.01 0.18 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.06 0.25 0.20 0.05 0.15 0.44 0.11 0.39 0.26 0.41 0.17 0.00 0.02 0.18 0.30 0.22 0.40 0.54 0.39
O3' 0.27 0.13 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.19 0.07 0.08 0.06 0.19 0.17 0.13 0.07 0.02 0.00 0.20 0.18 0.12 0.29 0.30 0.25
O4' 0.00 0.30 0.01 0.01 0.15 0.00 0.06 0.01 0.12 0.19 0.23 0.37 0.30 0.11 0.01 0.18 0.20 0.00 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08
O5' 0.09 0.07 0.39 0.05 0.08 0.02 0.18 0.01 0.18 0.24 0.11 0.08 0.07 0.28 0.08 0.30 0.18 0.07 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.12 0.09 0.23 0.00 0.34 0.44 0.33
OP1 0.13 0.13 0.43 0.13 0.13 0.05 0.24 0.08 0.27 0.21 0.20 0.11 0.09 0.31 0.09 0.40 0.29 0.07 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.21 0.44 0.07 0.18 0.04 0.30 0.02 0.36 0.21 0.30 0.19 0.14 0.35 0.10 0.54 0.30 0.08 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.41 0.04 0.11 0.01 0.24 0.01 0.26 0.25 0.18 0.08 0.07 0.33 0.09 0.39 0.25 0.08 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.13 0.11 0.46 0.09 0.16 0.12 0.20 0.10 0.09 0.13 0.10 0.18 0.32 0.30 0.10 0.54 0.37 1.08 0.77
C2 0.13 0.44 0.20 0.70 0.14 0.52 0.61 0.92 0.50 0.11 0.43 0.21 0.80 0.40 0.40 0.23 1.34 1.66 2.28 1.91
C2' 0.16 0.21 0.35 0.63 0.21 0.22 0.17 0.17 0.16 0.18 0.23 0.23 0.23 0.09 0.49 0.08 0.42 0.19 0.78 0.55
C3' 0.55 0.41 0.38 0.13 0.50 0.56 0.63 0.66 0.62 0.53 0.39 0.48 0.33 0.63 0.23 0.72 0.43 0.77 0.14 0.34
C4 0.08 0.30 0.12 0.56 0.09 0.33 0.39 0.56 0.30 0.07 0.31 0.16 0.53 0.39 0.30 0.10 0.95 1.01 1.70 1.35
C4' 0.55 0.45 0.50 0.21 0.53 0.53 0.62 0.62 0.62 0.54 0.44 0.52 0.39 0.79 0.31 0.65 0.35 0.72 0.09 0.22
C5 0.10 0.37 0.10 0.52 0.11 0.36 0.48 0.62 0.36 0.08 0.39 0.19 0.64 0.45 0.23 0.14 1.03 1.08 1.79 1.44
C5' 0.72 0.54 0.75 0.51 0.70 0.80 0.89 0.97 0.87 0.71 0.52 0.69 0.42 1.00 0.60 0.84 0.71 1.21 0.38 0.64
C6 0.13 0.50 0.15 0.60 0.16 0.50 0.70 0.90 0.54 0.12 0.51 0.25 0.89 0.49 0.27 0.26 1.34 1.57 2.25 1.87
C8 0.10 0.17 0.07 0.37 0.09 0.14 0.14 0.19 0.11 0.10 0.18 0.11 0.25 0.41 0.17 0.09 0.54 0.35 1.09 0.78
N1 0.15 0.51 0.19 0.69 0.17 0.58 0.72 1.03 0.58 0.13 0.50 0.24 0.93 0.45 0.36 0.29 1.47 1.83 2.46 2.07
N2 0.15 0.46 0.23 0.76 0.15 0.59 0.66 1.05 0.55 0.13 0.45 0.21 0.87 0.39 0.46 0.27 1.47 1.91 2.46 2.09
N3 0.09 0.34 0.16 0.64 0.11 0.41 0.46 0.71 0.37 0.08 0.34 0.17 0.62 0.37 0.38 0.14 1.11 1.28 1.93 1.57
N7 0.10 0.28 0.08 0.39 0.08 0.22 0.30 0.36 0.21 0.08 0.30 0.15 0.45 0.47 0.14 0.07 0.74 0.64 1.37 1.05
N9 0.09 0.19 0.09 0.47 0.08 0.21 0.20 0.31 0.15 0.08 0.20 0.11 0.31 0.37 0.26 0.07 0.67 0.56 1.28 0.96
O2' 0.73 0.77 0.99 1.30 0.71 0.83 0.67 0.76 0.69 0.74 0.76 0.69 0.79 0.69 1.19 0.58 1.01 0.76 1.33 1.12
O3' 0.56 0.40 0.36 0.11 0.48 0.59 0.64 0.71 0.65 0.54 0.36 0.44 0.31 0.58 0.17 0.78 0.50 0.84 0.24 0.43
O4' 0.39 0.40 0.35 0.09 0.37 0.24 0.35 0.24 0.35 0.38 0.40 0.37 0.42 0.72 0.14 0.38 0.16 0.18 0.67 0.36
O5' 0.82 0.61 0.84 0.63 0.82 0.93 1.05 1.13 1.01 0.81 0.58 0.81 0.44 1.05 0.73 0.97 0.88 1.40 0.59 0.83
O6 0.16 0.59 0.17 0.59 0.20 0.57 0.84 1.02 0.66 0.15 0.59 0.29 1.06 0.55 0.23 0.34 1.48 1.75 2.43 2.05
OP1 1.17 0.72 1.23 1.17 1.08 1.54 1.59 1.93 1.54 1.15 0.65 1.02 0.41 1.29 1.19 1.48 1.77 2.56 1.73 1.92
OP2 1.19 0.82 1.27 1.17 1.20 1.46 1.64 1.77 1.55 1.20 0.76 1.15 0.54 1.36 1.25 1.42 1.58 2.21 1.42 1.63
P 1.13 0.78 1.22 1.09 1.11 1.38 1.51 1.68 1.44 1.12 0.73 1.07 0.53 1.35 1.15 1.34 1.47 2.14 1.29 1.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.00 0.09 0.10 0.16 0.09
C2 0.01 0.00 0.15 0.22 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.18 0.09 0.09 0.22 0.10 0.42 0.26
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.17 0.15 0.01 0.12 0.04 0.27 0.00 0.03 0.01 0.12 0.15 0.23 0.08
C3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.29 0.00 0.26 0.02 0.20 0.17 0.27 0.32 0.17 0.02 0.01 0.01 0.32 0.21 0.44 0.26
C4 0.01 0.01 0.04 0.29 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.09 0.02 0.40 0.21 0.71 0.49
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.06 0.11 0.07 0.24 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.11 0.26 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.12 0.09 0.49 0.26 0.78 0.57
C5' 0.07 0.05 0.17 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.16 0.07 0.07 0.14 0.06 0.08 0.18 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.20 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.06 0.12 0.43 0.20 0.60 0.46
N1 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.01 0.24 0.11 0.39 0.27
N3 0.01 0.00 0.12 0.27 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.03 0.07 0.30 0.14 0.56 0.37
N4 0.02 0.02 0.04 0.32 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.13 0.03 0.43 0.24 0.80 0.55
O2 0.02 0.00 0.27 0.17 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.20 0.16 0.15 0.09 0.33 0.19
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.30 0.24 0.33 0.08 0.29 0.18 0.24 0.32 0.18 0.00 0.06 0.16 0.24 0.11 0.29 0.19
O3' 0.26 0.09 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.18 0.06 0.08 0.03 0.13 0.20 0.06 0.00 0.18 0.37 0.54 0.50 0.39
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.07 0.03 0.16 0.16 0.18 0.00 0.05 0.10 0.06 0.02
O5' 0.09 0.22 0.12 0.32 0.40 0.01 0.49 0.00 0.43 0.24 0.30 0.43 0.15 0.24 0.37 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.10 0.15 0.21 0.21 0.05 0.26 0.05 0.20 0.11 0.14 0.24 0.09 0.11 0.54 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.42 0.23 0.44 0.71 0.02 0.78 0.02 0.60 0.39 0.56 0.80 0.33 0.29 0.50 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.26 0.08 0.26 0.49 0.02 0.57 0.01 0.46 0.27 0.37 0.55 0.19 0.19 0.39 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00