ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49410

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.026, 0.048, 0.069, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.048 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.029, 0.054, 0.080, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.054 std_dev=0.025
C6 B 0, 0.304, 0.542, 0.780, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.542 std_dev=0.238
N4 B 0, 0.232, 0.471, 0.709, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.471 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.353, 0.594, 0.835, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.594 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.277, 0.518, 0.759, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.518 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.204, 0.449, 0.694, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.449 std_dev=0.245
N1 B 0, 0.261, 0.508, 0.756, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.508 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.133, 0.431, 0.729, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.431 std_dev=0.298
C2 B 0, 0.149, 0.461, 0.772, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.461 std_dev=0.312
O2 B 0, 0.167, 0.537, 0.906, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.537 std_dev=0.369
C2' B 0, 0.420, 1.158, 1.896, 2.340 max_d=2.340 avg_d=1.158 std_dev=0.738
O4' B 0, 0.235, 0.995, 1.755, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.995 std_dev=0.760
C3' B 0, -0.048, 0.881, 1.810, 2.638 max_d=2.638 avg_d=0.881 std_dev=0.929
O3' B 0, -0.014, 0.923, 1.860, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.923 std_dev=0.937
O4' A 0, -0.244, 0.695, 1.633, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.695 std_dev=0.938
C2' A 0, -0.294, 0.697, 1.687, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.697 std_dev=0.991
C4' B 0, -0.129, 1.004, 2.137, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.004 std_dev=1.133
O2' B 0, 0.900, 2.074, 3.249, 3.307 max_d=3.307 avg_d=2.074 std_dev=1.174
C4' A 0, -0.313, 0.951, 2.216, 3.216 max_d=3.216 avg_d=0.951 std_dev=1.265
C3' A 0, -0.373, 1.039, 2.451, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.039 std_dev=1.412
O2' A 0, -0.514, 1.013, 2.539, 3.694 max_d=3.694 avg_d=1.013 std_dev=1.526
O3' A 0, -0.410, 1.234, 2.878, 4.168 max_d=4.168 avg_d=1.234 std_dev=1.644
C5' B 0, -0.323, 1.468, 3.258, 4.590 max_d=4.590 avg_d=1.468 std_dev=1.790
O5' B 0, -0.241, 1.663, 3.567, 4.988 max_d=4.988 avg_d=1.663 std_dev=1.904
C5' A 0, -0.771, 1.674, 4.118, 5.981 max_d=5.981 avg_d=1.674 std_dev=2.444
O5' A 0, -0.739, 1.786, 4.312, 6.243 max_d=6.243 avg_d=1.786 std_dev=2.525
OP2 B 0, -0.617, 1.954, 4.526, 6.564 max_d=6.564 avg_d=1.954 std_dev=2.572
P B 0, -0.624, 1.986, 4.596, 6.605 max_d=6.605 avg_d=1.986 std_dev=2.610
OP1 B 0, -0.650, 2.323, 5.296, 7.523 max_d=7.523 avg_d=2.323 std_dev=2.973
OP2 A 0, -1.197, 2.499, 6.194, 9.062 max_d=9.062 avg_d=2.499 std_dev=3.695
P A 0, -1.216, 2.546, 6.308, 9.159 max_d=9.159 avg_d=2.546 std_dev=3.762
OP1 A 0, -1.150, 3.284, 7.717, 11.063 max_d=11.063 avg_d=3.284 std_dev=4.434

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.01 0.04 0.01 0.17 0.13 0.08
C2 0.01 0.00 0.20 0.32 0.00 0.68 0.00 1.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.17 0.45 1.17 0.01 2.04 1.23 1.41
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 0.22 0.06 0.09 0.13 0.24 0.21 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.27 0.15 0.03
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.03 0.00 0.24 0.01 0.15 0.53 0.11 0.52 0.34 0.49 0.22 0.02 0.00 0.02 0.36 0.24 0.09 0.46 0.28
C4 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.28 0.00 0.66 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.05 0.24 0.44 0.01 0.87 0.33 0.45
C4' 0.01 0.68 0.02 0.00 0.28 0.00 0.08 0.01 0.23 0.39 0.49 0.87 0.64 0.26 0.04 0.30 0.03 0.01 0.01 0.14 0.08 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.24 0.00 0.08 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.14 0.13 0.14 0.01 0.51 0.21 0.15
C5' 0.11 1.39 0.22 0.01 0.66 0.01 0.36 0.00 0.64 0.47 1.10 1.73 1.27 0.25 0.11 0.09 0.21 0.02 0.01 0.49 0.09 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.15 0.01 0.23 0.01 0.64 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.13 0.22 0.41 0.00 0.96 0.36 0.46
C8 0.01 0.01 0.09 0.53 0.00 0.39 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.21 0.22 0.75 0.01 0.64 1.04 0.94
N1 0.01 0.00 0.13 0.11 0.01 0.49 0.01 1.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.04 0.36 0.88 0.01 1.68 0.94 1.08
N2 0.02 0.00 0.24 0.52 0.01 0.87 0.01 1.73 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.29 0.53 1.51 0.01 2.67 1.69 1.91
N3 0.01 0.00 0.21 0.34 0.00 0.64 0.00 1.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.23 0.43 1.03 0.01 1.69 0.98 1.16
N7 0.01 0.00 0.07 0.49 0.00 0.26 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.26 0.10 0.55 0.01 0.43 0.92 0.75
N9 0.00 0.01 0.01 0.22 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.03 0.02 0.12 0.01 0.18 0.29 0.20
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.19 0.30 0.26 0.09 0.26 0.27 0.20 0.09 0.11 0.30 0.18 0.00 0.03 0.20 0.22 0.29 0.08 0.23 0.17
O3' 0.27 0.17 0.01 0.00 0.05 0.03 0.14 0.21 0.13 0.21 0.04 0.29 0.23 0.26 0.03 0.03 0.00 0.22 0.44 0.22 0.42 0.54 0.41
O4' 0.01 0.45 0.01 0.02 0.24 0.01 0.13 0.02 0.22 0.22 0.36 0.53 0.43 0.10 0.02 0.20 0.22 0.00 0.10 0.17 0.11 0.06 0.04
O5' 0.04 1.17 0.07 0.36 0.44 0.01 0.14 0.01 0.41 0.75 0.88 1.51 1.03 0.55 0.12 0.22 0.44 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.14 0.01 0.49 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.22 0.17 0.25 0.00 0.75 0.23 0.28
OP1 0.17 2.04 0.27 0.09 0.87 0.08 0.51 0.09 0.96 0.64 1.68 2.67 1.69 0.43 0.18 0.08 0.42 0.11 0.01 0.75 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 1.23 0.15 0.46 0.33 0.02 0.21 0.03 0.36 1.04 0.94 1.69 0.98 0.92 0.29 0.23 0.54 0.06 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.08 1.41 0.03 0.28 0.45 0.01 0.15 0.01 0.46 0.94 1.08 1.91 1.16 0.75 0.20 0.17 0.41 0.04 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.27 0.23 0.37 0.23 0.25 0.20 0.53 0.19 0.22 0.28 0.26 0.30 0.72 0.37 0.10 0.71 0.91 0.96 0.87
C2 0.15 0.18 0.34 0.36 0.18 0.44 0.14 0.79 0.14 0.14 0.21 0.24 0.20 0.86 0.41 0.25 0.99 1.18 1.21 1.20
C2' 0.38 0.46 0.46 0.21 0.36 0.18 0.26 0.55 0.27 0.36 0.47 0.36 0.54 1.01 0.16 0.12 0.78 1.06 1.13 1.04
C3' 0.80 0.97 0.82 0.21 0.82 0.21 0.62 0.26 0.63 0.80 0.99 0.83 1.09 1.37 0.17 0.50 0.54 0.95 1.03 0.88
C4 0.20 0.24 0.28 0.34 0.22 0.29 0.18 0.57 0.18 0.20 0.26 0.25 0.27 0.77 0.35 0.13 0.76 0.91 0.96 0.91
C4' 0.27 0.48 0.18 0.52 0.39 0.35 0.21 0.75 0.19 0.30 0.54 0.46 0.59 0.71 0.55 0.09 1.00 1.43 1.48 1.31
C5 0.22 0.25 0.29 0.30 0.23 0.23 0.20 0.48 0.20 0.22 0.27 0.26 0.28 0.74 0.28 0.12 0.64 0.74 0.80 0.75
C5' 0.12 0.44 0.13 0.85 0.31 0.66 0.19 1.12 0.19 0.16 0.54 0.43 0.61 0.45 0.91 0.24 1.41 1.98 2.02 1.81
C6 0.20 0.22 0.34 0.28 0.21 0.28 0.17 0.55 0.18 0.19 0.24 0.25 0.23 0.79 0.28 0.16 0.72 0.79 0.84 0.83
C8 0.26 0.30 0.24 0.29 0.26 0.13 0.22 0.34 0.22 0.25 0.31 0.27 0.33 0.67 0.26 0.15 0.49 0.61 0.69 0.59
N1 0.16 0.18 0.36 0.32 0.18 0.40 0.14 0.73 0.14 0.15 0.20 0.24 0.19 0.85 0.35 0.24 0.92 1.05 1.10 1.10
N2 0.13 0.15 0.37 0.38 0.17 0.53 0.12 0.92 0.12 0.12 0.19 0.23 0.16 0.91 0.45 0.33 1.13 1.37 1.37 1.39
N3 0.17 0.21 0.31 0.37 0.20 0.39 0.16 0.71 0.16 0.17 0.23 0.24 0.23 0.82 0.41 0.19 0.91 1.11 1.14 1.11
N7 0.26 0.30 0.26 0.27 0.26 0.12 0.23 0.31 0.23 0.26 0.31 0.27 0.33 0.67 0.22 0.15 0.46 0.54 0.62 0.53
N9 0.22 0.27 0.25 0.34 0.24 0.22 0.20 0.48 0.20 0.22 0.29 0.26 0.30 0.72 0.33 0.11 0.66 0.82 0.88 0.80
O2' 0.11 0.13 0.25 0.37 0.09 0.42 0.17 0.77 0.15 0.10 0.13 0.12 0.19 0.81 0.32 0.25 0.97 1.17 1.22 1.18
O3' 0.86 0.95 0.91 0.31 0.76 0.29 0.60 0.17 0.65 0.82 0.93 0.72 1.08 1.50 0.32 0.55 0.48 0.86 0.96 0.80
O4' 0.11 0.22 0.11 0.64 0.20 0.44 0.15 0.74 0.13 0.12 0.27 0.27 0.28 0.48 0.70 0.14 0.95 1.24 1.29 1.15
O5' 0.32 0.69 0.11 0.70 0.56 0.45 0.24 0.90 0.18 0.38 0.80 0.70 0.86 0.59 0.78 0.13 1.20 1.78 1.84 1.59
O6 0.21 0.22 0.37 0.24 0.20 0.24 0.18 0.47 0.19 0.20 0.23 0.25 0.23 0.77 0.21 0.15 0.61 0.62 0.66 0.68
OP1 0.27 0.70 0.41 1.19 0.46 0.93 0.28 1.52 0.34 0.28 0.85 0.62 0.99 0.37 1.29 0.41 1.86 2.72 2.75 2.44
OP2 0.53 1.05 0.21 0.76 0.93 0.41 0.46 0.87 0.37 0.63 1.23 1.13 1.27 0.58 0.91 0.35 1.18 1.92 1.95 1.63
P 0.40 0.89 0.18 0.82 0.74 0.51 0.29 1.00 0.22 0.48 1.05 0.93 1.11 0.53 0.96 0.22 1.32 2.05 2.08 1.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.13 0.16 0.42 0.18
C2 0.01 0.00 0.21 0.26 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.16 0.18 0.14 0.10 0.34 0.13
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.03 0.03 0.13 0.12 0.19 0.02 0.16 0.03 0.35 0.00 0.05 0.01 0.34 0.40 0.47 0.35
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.33 0.01 0.30 0.03 0.24 0.21 0.32 0.36 0.22 0.02 0.01 0.02 0.31 0.27 0.16 0.22
C4 0.01 0.01 0.03 0.33 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.24 0.03 0.32 0.23 0.35 0.24
C4' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.25 0.09 0.08 0.17 0.17 0.24 0.03 0.01 0.01 0.08 0.23 0.04
C5 0.01 0.00 0.13 0.30 0.00 0.25 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.22 0.15 0.42 0.30 0.37 0.33
C5' 0.03 0.14 0.12 0.03 0.26 0.01 0.36 0.00 0.33 0.12 0.17 0.29 0.23 0.16 0.17 0.03 0.00 0.06 0.15 0.02
C6 0.01 0.00 0.19 0.24 0.00 0.25 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.41 0.16 0.21 0.35 0.22 0.36 0.24
N1 0.01 0.00 0.02 0.21 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.12 0.02 0.16 0.10 0.36 0.13
N3 0.01 0.00 0.16 0.32 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.21 0.13 0.20 0.12 0.32 0.13
N4 0.01 0.01 0.03 0.36 0.00 0.17 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.27 0.04 0.37 0.30 0.39 0.30
O2 0.02 0.00 0.35 0.22 0.00 0.17 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.19 0.32 0.18 0.17 0.36 0.20
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.27 0.24 0.41 0.16 0.41 0.16 0.15 0.30 0.32 0.00 0.14 0.17 0.30 0.41 0.51 0.34
O3' 0.21 0.16 0.05 0.01 0.24 0.03 0.22 0.17 0.16 0.12 0.21 0.27 0.19 0.14 0.00 0.15 0.47 0.53 0.40 0.47
O4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.03 0.01 0.15 0.03 0.21 0.02 0.13 0.04 0.32 0.17 0.15 0.00 0.25 0.21 0.52 0.29
O5' 0.13 0.14 0.34 0.31 0.32 0.01 0.42 0.00 0.35 0.16 0.20 0.37 0.18 0.30 0.47 0.25 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.10 0.40 0.27 0.23 0.08 0.30 0.06 0.22 0.10 0.12 0.30 0.17 0.41 0.53 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.34 0.47 0.16 0.35 0.23 0.37 0.15 0.36 0.36 0.32 0.39 0.36 0.51 0.40 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.13 0.35 0.22 0.24 0.04 0.33 0.02 0.24 0.13 0.13 0.30 0.20 0.34 0.47 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00