ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49411

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N9 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.001, 0.028, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.002, 0.040, 0.079, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.040 std_dev=0.039
C5 B 0, 0.091, 0.413, 0.734, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.413 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.118, 0.455, 0.793, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.455 std_dev=0.338
N1 B 0, 0.176, 0.652, 1.128, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.652 std_dev=0.476
C2' A 0, 0.026, 0.524, 1.022, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.524 std_dev=0.498
O4' A 0, 0.045, 0.550, 1.055, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.550 std_dev=0.505
C1' B 0, 0.233, 0.864, 1.495, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.864 std_dev=0.631
C2' B 0, 0.240, 0.897, 1.553, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.897 std_dev=0.657
C4 B 0, 0.095, 0.772, 1.450, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.772 std_dev=0.678
C2 B 0, 0.177, 0.879, 1.582, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.879 std_dev=0.702
O2' A 0, -0.126, 0.706, 1.539, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.706 std_dev=0.832
O4' B 0, 0.176, 1.014, 1.853, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.014 std_dev=0.839
N3 B 0, 0.131, 0.973, 1.815, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.973 std_dev=0.842
C3' A 0, 0.057, 0.919, 1.780, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.919 std_dev=0.862
O2 B 0, 0.244, 1.116, 1.989, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.116 std_dev=0.873
C4' A 0, 0.039, 0.962, 1.885, 2.202 max_d=2.202 avg_d=0.962 std_dev=0.923
N4 B 0, 0.073, 1.008, 1.942, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.008 std_dev=0.934
C3' B 0, 0.218, 1.300, 2.381, 2.383 max_d=2.383 avg_d=1.300 std_dev=1.081
O2' B 0, 0.313, 1.415, 2.517, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.415 std_dev=1.102
O3' A 0, 0.097, 1.262, 2.428, 2.754 max_d=2.754 avg_d=1.262 std_dev=1.166
C4' B 0, 0.208, 1.450, 2.692, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.450 std_dev=1.242
C5' A 0, 0.095, 1.415, 2.736, 3.075 max_d=3.075 avg_d=1.415 std_dev=1.321
C5' B 0, 0.149, 1.708, 3.267, 3.821 max_d=3.821 avg_d=1.708 std_dev=1.559
O3' B 0, 0.223, 1.830, 3.438, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.830 std_dev=1.607
O5' A 0, -0.026, 1.875, 3.776, 4.552 max_d=4.552 avg_d=1.875 std_dev=1.901
P A 0, -0.058, 2.286, 4.631, 5.608 max_d=5.608 avg_d=2.286 std_dev=2.345
OP2 A 0, -0.034, 2.323, 4.680, 5.623 max_d=5.623 avg_d=2.323 std_dev=2.357
O5' B 0, 0.226, 2.713, 5.200, 5.563 max_d=5.563 avg_d=2.713 std_dev=2.487
OP1 A 0, 0.036, 2.910, 5.784, 6.375 max_d=6.375 avg_d=2.910 std_dev=2.874
P B 0, 0.471, 3.672, 6.873, 7.339 max_d=7.339 avg_d=3.672 std_dev=3.201
OP2 B 0, 0.623, 3.985, 7.347, 7.668 max_d=7.668 avg_d=3.985 std_dev=3.362
OP1 B 0, 0.715, 4.534, 8.353, 9.028 max_d=9.028 avg_d=4.534 std_dev=3.819

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.00 0.24 0.02 0.20 0.55 0.22
C2 0.01 0.00 0.32 0.32 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.41 0.09 0.40 0.01 0.19 0.52 0.09
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.18 0.01 0.12 0.15 0.18 0.10 0.26 0.37 0.31 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.57 0.17 0.44 0.50 0.50
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.29 0.01 0.36 0.02 0.39 0.29 0.37 0.32 0.27 0.35 0.21 0.02 0.01 0.00 0.38 0.43 0.35 0.14 0.22
C4 0.01 0.01 0.18 0.29 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.23 0.03 0.42 0.01 0.15 0.49 0.08
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.16 0.21 0.11 0.10 0.07 0.22 0.10 0.27 0.02 0.01 0.02 0.20 0.12 0.48 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.36 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.31 0.22 0.03 0.57 0.01 0.21 0.54 0.23
C5' 0.04 0.10 0.15 0.02 0.13 0.01 0.23 0.00 0.23 0.24 0.17 0.09 0.07 0.29 0.11 0.10 0.18 0.04 0.03 0.30 0.14 0.40 0.04
C6 0.01 0.00 0.18 0.39 0.00 0.16 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.30 0.02 0.60 0.00 0.27 0.60 0.28
C8 0.00 0.01 0.10 0.29 0.01 0.21 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.13 0.09 0.53 0.02 0.12 0.42 0.18
N1 0.01 0.00 0.26 0.37 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.36 0.06 0.52 0.01 0.25 0.57 0.20
N2 0.01 0.00 0.37 0.32 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.50 0.11 0.34 0.02 0.19 0.52 0.06
N3 0.01 0.00 0.31 0.27 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.38 0.09 0.33 0.00 0.15 0.49 0.02
N7 0.01 0.01 0.04 0.35 0.01 0.22 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.19 0.07 0.63 0.02 0.20 0.51 0.29
N9 0.00 0.01 0.04 0.21 0.01 0.10 0.02 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.10 0.02 0.38 0.02 0.13 0.47 0.08
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.21 0.27 0.31 0.10 0.31 0.34 0.23 0.12 0.10 0.38 0.21 0.00 0.04 0.16 0.34 0.35 0.28 0.57 0.37
O3' 0.24 0.41 0.01 0.01 0.23 0.02 0.22 0.18 0.30 0.13 0.36 0.50 0.38 0.19 0.10 0.04 0.00 0.12 0.26 0.32 0.58 0.23 0.32
O4' 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.06 0.11 0.09 0.07 0.02 0.16 0.12 0.00 0.08 0.03 0.20 0.74 0.28
O5' 0.24 0.40 0.57 0.38 0.42 0.02 0.57 0.03 0.60 0.53 0.52 0.34 0.33 0.63 0.38 0.34 0.26 0.08 0.00 0.69 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.17 0.43 0.01 0.20 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.35 0.32 0.03 0.69 0.00 0.34 0.69 0.38
OP1 0.20 0.19 0.44 0.35 0.15 0.12 0.21 0.14 0.27 0.12 0.25 0.19 0.15 0.20 0.13 0.28 0.58 0.20 0.01 0.34 0.00 0.00 0.01
OP2 0.55 0.52 0.50 0.14 0.49 0.48 0.54 0.40 0.60 0.42 0.57 0.52 0.49 0.51 0.47 0.57 0.23 0.74 0.01 0.69 0.00 0.00 0.01
P 0.22 0.09 0.50 0.22 0.08 0.09 0.23 0.04 0.28 0.18 0.20 0.06 0.02 0.29 0.08 0.37 0.32 0.28 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.24 0.03 0.38 0.12 0.10 0.12 0.37 0.12 0.19 0.20 0.09 0.32 0.28 0.56 0.25 1.53 2.05 2.41 2.06
C2 0.04 0.07 0.23 0.60 0.06 0.39 0.08 0.66 0.09 0.02 0.11 0.11 0.11 0.09 0.80 0.06 1.87 2.54 2.73 2.45
C2' 0.23 0.28 0.04 0.41 0.20 0.11 0.14 0.36 0.15 0.21 0.27 0.20 0.34 0.24 0.62 0.24 1.54 2.05 2.36 2.03
C3' 0.66 0.72 0.47 0.21 0.63 0.34 0.54 0.22 0.55 0.64 0.72 0.63 0.79 0.73 0.27 0.64 1.21 1.65 2.02 1.69
C4 0.13 0.16 0.11 0.48 0.07 0.21 0.08 0.48 0.07 0.11 0.15 0.04 0.22 0.14 0.66 0.14 1.66 2.19 2.50 2.18
C4' 0.50 0.53 0.32 0.12 0.38 0.22 0.31 0.20 0.35 0.45 0.49 0.33 0.62 0.64 0.24 0.49 1.26 1.70 2.13 1.78
C5 0.13 0.17 0.11 0.47 0.09 0.20 0.08 0.45 0.08 0.11 0.16 0.06 0.21 0.13 0.64 0.15 1.62 2.08 2.41 2.10
C5' 0.68 0.70 0.51 0.19 0.53 0.41 0.46 0.24 0.51 0.62 0.65 0.47 0.79 0.85 0.11 0.66 1.05 1.40 1.88 1.53
C6 0.04 0.09 0.20 0.55 0.06 0.32 0.06 0.57 0.06 0.04 0.12 0.11 0.13 0.06 0.73 0.05 1.76 2.25 2.53 2.24
C8 0.27 0.29 0.03 0.33 0.16 0.03 0.14 0.28 0.16 0.23 0.24 0.15 0.35 0.32 0.50 0.30 1.39 1.79 2.19 1.85
N1 0.05 0.06 0.25 0.61 0.07 0.41 0.07 0.67 0.09 0.03 0.11 0.14 0.09 0.11 0.80 0.07 1.88 2.50 2.70 2.43
N2 0.08 0.07 0.28 0.66 0.08 0.47 0.10 0.75 0.12 0.06 0.12 0.14 0.09 0.15 0.86 0.12 1.95 2.73 2.82 2.57
N3 0.07 0.12 0.17 0.54 0.04 0.30 0.07 0.57 0.06 0.05 0.13 0.06 0.17 0.07 0.73 0.08 1.77 2.40 2.64 2.34
N7 0.24 0.26 0.03 0.36 0.16 0.07 0.13 0.31 0.14 0.21 0.23 0.15 0.31 0.25 0.53 0.26 1.43 1.80 2.18 1.86
N9 0.22 0.23 0.04 0.39 0.12 0.11 0.11 0.37 0.12 0.18 0.20 0.09 0.30 0.25 0.57 0.24 1.53 2.01 2.37 2.03
O2' 0.31 0.29 0.51 0.87 0.25 0.58 0.30 0.81 0.32 0.30 0.27 0.21 0.32 0.38 1.10 0.29 1.95 2.57 2.81 2.48
O3' 0.55 0.66 0.39 0.07 0.53 0.18 0.39 0.14 0.41 0.54 0.66 0.53 0.76 0.68 0.23 0.49 1.30 1.81 2.15 1.82
O4' 0.31 0.30 0.11 0.26 0.15 0.09 0.15 0.30 0.17 0.25 0.24 0.12 0.39 0.43 0.41 0.33 1.40 1.86 2.29 1.93
O5' 1.03 1.08 0.93 0.62 0.89 0.75 0.78 0.46 0.85 0.98 1.04 0.81 1.19 1.26 0.58 0.96 0.62 0.97 1.44 1.08
O6 0.03 0.07 0.23 0.57 0.07 0.35 0.05 0.58 0.07 0.02 0.11 0.15 0.09 0.09 0.74 0.04 1.77 2.19 2.47 2.21
OP1 0.69 0.72 0.62 0.31 0.55 0.47 0.48 0.27 0.53 0.64 0.68 0.49 0.83 0.99 0.27 0.67 0.83 0.99 1.52 1.22
OP2 1.22 1.31 1.05 0.69 1.15 0.94 1.04 0.75 1.07 1.19 1.29 1.11 1.42 1.41 0.55 1.21 0.76 0.86 1.34 1.11
P 0.86 0.92 0.79 0.46 0.69 0.59 0.58 0.32 0.66 0.80 0.86 0.60 1.05 1.16 0.45 0.80 0.71 0.94 1.47 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.38 0.24 0.24 0.35
C2 0.02 0.00 0.02 0.13 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.14 0.04 0.81 0.64 0.86 0.85
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.11 0.04 0.02 0.06 0.07 0.00 0.06 0.02 0.21 0.15 0.17 0.10
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.28 0.00 0.34 0.02 0.31 0.17 0.20 0.30 0.04 0.03 0.02 0.01 0.14 0.18 0.29 0.10
C4 0.01 0.00 0.06 0.28 0.00 0.18 0.01 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.34 0.02 1.26 1.25 1.51 1.43
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.20 0.10 0.11 0.19 0.02 0.12 0.00 0.00 0.01 0.09 0.30 0.04
C5 0.01 0.01 0.10 0.34 0.01 0.22 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.41 0.03 1.37 1.39 1.57 1.54
C5' 0.03 0.17 0.02 0.02 0.33 0.01 0.37 0.00 0.32 0.18 0.24 0.36 0.09 0.11 0.05 0.01 0.01 0.32 0.39 0.03
C6 0.00 0.01 0.11 0.31 0.02 0.20 0.01 0.32 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.36 0.02 1.21 1.12 1.16 1.25
N1 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.83 0.68 0.76 0.84
N3 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.11 0.01 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.22 0.03 1.03 0.92 1.21 1.14
N4 0.01 0.01 0.06 0.30 0.01 0.19 0.02 0.36 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.37 0.03 1.36 1.42 1.74 1.60
O2 0.03 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.05 0.06 0.56 0.34 0.61 0.59
O2' 0.02 0.21 0.00 0.03 0.12 0.12 0.04 0.11 0.04 0.09 0.20 0.12 0.31 0.00 0.10 0.11 0.04 0.28 0.23 0.09
O3' 0.04 0.14 0.06 0.02 0.34 0.00 0.41 0.05 0.36 0.19 0.22 0.37 0.05 0.10 0.00 0.02 0.26 0.63 0.64 0.51
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.11 0.02 0.00 0.31 0.32 0.11 0.31
O5' 0.38 0.81 0.21 0.14 1.26 0.01 1.37 0.01 1.21 0.83 1.03 1.36 0.56 0.04 0.26 0.31 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.24 0.64 0.15 0.18 1.25 0.09 1.39 0.32 1.12 0.68 0.92 1.42 0.34 0.28 0.63 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.86 0.17 0.29 1.51 0.30 1.57 0.39 1.16 0.76 1.21 1.74 0.61 0.23 0.64 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.85 0.10 0.10 1.43 0.04 1.54 0.03 1.25 0.84 1.14 1.60 0.59 0.09 0.51 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00