ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49414

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 10, 13, 13, 5, 6, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.018, 0.032, 0.047, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.019, 0.035, 0.052, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.035 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.038, 0.071, 0.105, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.071 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.109, 0.189, 0.270, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.189 std_dev=0.080
N3 B 0, 0.195, 0.346, 0.497, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.346 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.216, 0.372, 0.528, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.372 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.254, 0.438, 0.621, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.438 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.214, 0.405, 0.596, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.405 std_dev=0.191
O4' A 0, 0.020, 0.231, 0.442, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.231 std_dev=0.211
C5 B 0, 0.325, 0.540, 0.756, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.540 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.267, 0.490, 0.712, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.490 std_dev=0.222
C2' A 0, -0.001, 0.250, 0.501, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.250 std_dev=0.251
N2 B 0, 0.259, 0.513, 0.767, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.513 std_dev=0.254
N9 B 0, 0.339, 0.606, 0.874, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.606 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.350, 0.658, 0.967, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.658 std_dev=0.308
O6 B 0, 0.298, 0.608, 0.918, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.608 std_dev=0.310
N7 B 0, 0.443, 0.763, 1.083, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.763 std_dev=0.320
C8 B 0, 0.457, 0.794, 1.131, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.794 std_dev=0.337
C4' A 0, 0.047, 0.386, 0.725, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.386 std_dev=0.339
C3' A 0, 0.065, 0.423, 0.780, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.423 std_dev=0.357
O5' A 0, 0.207, 0.572, 0.937, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.572 std_dev=0.365
P A 0, 0.283, 0.651, 1.019, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.651 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.358, 0.791, 1.223, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.791 std_dev=0.433
C5' A 0, 0.103, 0.548, 0.994, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.548 std_dev=0.445
OP2 A 0, 0.388, 0.833, 1.279, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.833 std_dev=0.446
C2' B 0, 0.213, 0.663, 1.113, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.663 std_dev=0.450
C3' B 0, 0.241, 0.704, 1.166, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.704 std_dev=0.462
O3' B 0, 0.237, 0.726, 1.215, 2.590 max_d=2.590 avg_d=0.726 std_dev=0.489
C4' B 0, 0.260, 0.810, 1.361, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.810 std_dev=0.550
O2' A 0, -0.145, 0.408, 0.962, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.408 std_dev=0.554
OP1 A 0, 0.208, 0.780, 1.352, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.780 std_dev=0.572
O3' A 0, 0.129, 0.712, 1.296, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.712 std_dev=0.583
O2' B 0, 0.110, 0.795, 1.480, 3.997 max_d=3.997 avg_d=0.795 std_dev=0.685
OP2 B 0, 0.683, 1.423, 2.163, 3.543 max_d=3.543 avg_d=1.423 std_dev=0.740
O5' B 0, 0.405, 1.167, 1.929, 3.807 max_d=3.807 avg_d=1.167 std_dev=0.762
P B 0, 0.649, 1.430, 2.211, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.430 std_dev=0.781
C5' B 0, 0.244, 1.027, 1.810, 3.729 max_d=3.729 avg_d=1.027 std_dev=0.783
OP1 B 0, 0.840, 2.059, 3.277, 5.854 max_d=5.854 avg_d=2.059 std_dev=1.218

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.21 0.03 0.01 0.11 0.24 0.19 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.02 0.06 0.15 0.35 0.19 0.14
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.13 0.13 0.02 0.08 0.22 0.00 0.02 0.06 0.01 0.31 0.35 0.39 0.33
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.25 0.01 0.26 0.02 0.23 0.16 0.22 0.15 0.03 0.01 0.27 0.02 0.16 0.18 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.15 0.01 0.03 0.26 0.47 0.31 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.06 0.22 0.02 0.12 0.00 0.01 0.12 0.08 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.15 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.20 0.01 0.07 0.28 0.46 0.29 0.25
C5' 0.04 0.07 0.13 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.07 0.11 0.07 0.10 0.15 0.17 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.23 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.15 0.01 0.08 0.22 0.38 0.19 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.08 0.02 0.02 0.14 0.32 0.16 0.12
N3 0.02 0.00 0.08 0.22 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.11 0.02 0.05 0.20 0.42 0.26 0.20
O2 0.04 0.01 0.22 0.15 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.24 0.02 0.11 0.12 0.31 0.18 0.12
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.30 0.22 0.31 0.10 0.26 0.16 0.23 0.14 0.00 0.04 0.33 0.15 0.22 0.27 0.44 0.27
O3' 0.21 0.13 0.02 0.01 0.15 0.02 0.20 0.15 0.15 0.08 0.11 0.24 0.04 0.00 0.17 0.14 0.23 0.35 0.32 0.27
O4 0.03 0.02 0.06 0.27 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.17 0.00 0.04 0.29 0.51 0.37 0.29
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.05 0.11 0.15 0.14 0.04 0.00 0.09 0.22 0.23 0.15
O5' 0.11 0.15 0.31 0.16 0.26 0.01 0.28 0.01 0.22 0.14 0.20 0.12 0.22 0.23 0.29 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.35 0.35 0.18 0.47 0.12 0.46 0.09 0.38 0.32 0.42 0.31 0.27 0.35 0.51 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.19 0.39 0.16 0.31 0.08 0.29 0.03 0.19 0.16 0.26 0.18 0.44 0.32 0.37 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.14 0.33 0.12 0.25 0.04 0.25 0.02 0.17 0.12 0.20 0.12 0.27 0.27 0.29 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.24 0.46 0.45 0.18 0.28 0.19 0.33 0.21 0.24 0.23 0.35 0.20 0.23 0.22 0.48 0.37 0.23 0.63 0.24 1.12 0.54 0.72
C2 0.21 0.18 0.34 0.40 0.17 0.24 0.22 0.34 0.24 0.25 0.21 0.29 0.15 0.27 0.20 0.33 0.32 0.20 0.73 0.29 1.38 0.66 0.83
C2' 0.22 0.24 0.48 0.57 0.17 0.39 0.21 0.52 0.22 0.28 0.23 0.37 0.17 0.27 0.21 0.43 0.52 0.22 0.85 0.26 1.35 0.71 0.99
C3' 0.24 0.23 0.53 0.59 0.16 0.43 0.18 0.49 0.19 0.27 0.21 0.35 0.18 0.25 0.22 0.47 0.56 0.21 0.76 0.22 1.10 0.64 0.78
C4 0.24 0.19 0.27 0.38 0.18 0.31 0.20 0.44 0.16 0.29 0.16 0.28 0.18 0.29 0.24 0.34 0.32 0.25 0.84 0.24 1.57 0.79 0.95
C4' 0.25 0.29 0.54 0.55 0.19 0.40 0.19 0.45 0.21 0.25 0.26 0.40 0.24 0.22 0.21 0.52 0.50 0.22 0.64 0.22 0.92 0.51 0.64
C5 0.26 0.21 0.32 0.42 0.17 0.34 0.18 0.46 0.16 0.28 0.18 0.28 0.21 0.27 0.24 0.37 0.35 0.26 0.84 0.22 1.47 0.72 0.92
C5' 0.31 0.36 0.59 0.64 0.28 0.54 0.26 0.60 0.27 0.30 0.32 0.44 0.34 0.27 0.29 0.52 0.63 0.33 0.73 0.26 0.93 0.51 0.68
C6 0.26 0.21 0.38 0.44 0.16 0.32 0.18 0.41 0.17 0.26 0.17 0.30 0.20 0.25 0.23 0.37 0.36 0.23 0.77 0.21 1.30 0.62 0.83
N1 0.24 0.21 0.39 0.43 0.17 0.27 0.19 0.35 0.20 0.25 0.20 0.32 0.18 0.24 0.21 0.38 0.35 0.21 0.71 0.24 1.27 0.60 0.79
N3 0.21 0.15 0.28 0.38 0.17 0.26 0.23 0.38 0.22 0.27 0.16 0.26 0.14 0.29 0.21 0.29 0.31 0.22 0.78 0.29 1.50 0.74 0.90
O2 0.20 0.20 0.36 0.39 0.19 0.22 0.25 0.31 0.28 0.25 0.26 0.28 0.16 0.27 0.20 0.35 0.32 0.21 0.69 0.34 1.35 0.64 0.80
O2' 0.25 0.28 0.49 0.49 0.19 0.30 0.25 0.43 0.29 0.28 0.28 0.43 0.23 0.31 0.21 0.58 0.43 0.21 0.78 0.36 1.37 0.72 1.00
O3' 0.25 0.32 0.55 0.62 0.17 0.47 0.19 0.54 0.23 0.27 0.30 0.47 0.24 0.25 0.21 0.50 0.62 0.24 0.77 0.26 1.10 0.69 0.78
O4 0.26 0.22 0.27 0.37 0.20 0.33 0.22 0.47 0.17 0.32 0.20 0.28 0.20 0.32 0.26 0.38 0.33 0.29 0.87 0.23 1.67 0.88 1.00
O4' 0.27 0.28 0.51 0.48 0.17 0.33 0.19 0.35 0.22 0.24 0.27 0.39 0.20 0.22 0.22 0.53 0.40 0.24 0.56 0.24 0.90 0.48 0.57
O5' 0.26 0.36 0.48 0.53 0.28 0.41 0.29 0.52 0.29 0.31 0.32 0.43 0.34 0.31 0.27 0.39 0.47 0.22 0.72 0.30 0.96 0.53 0.71
OP1 0.13 0.39 0.14 0.38 0.26 0.42 0.26 0.58 0.31 0.22 0.37 0.46 0.34 0.25 0.18 0.25 0.53 0.13 0.65 0.32 0.93 0.60 0.63
OP2 0.30 0.34 0.17 0.16 0.24 0.23 0.22 0.47 0.25 0.25 0.29 0.42 0.34 0.27 0.21 0.46 0.09 0.20 0.72 0.28 1.01 0.69 0.81
P 0.07 0.27 0.24 0.46 0.14 0.43 0.16 0.59 0.18 0.21 0.23 0.35 0.23 0.21 0.10 0.18 0.50 0.17 0.72 0.20 0.93 0.55 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.23 0.03 0.43 0.32 0.20
C2 0.05 0.00 0.25 0.23 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.21 0.17 0.50 0.01 1.07 0.48 0.54
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.02 0.07 0.11 0.11 0.13 0.19 0.30 0.24 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.24 0.09 0.49 0.57 0.39
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.16 0.01 0.17 0.03 0.20 0.14 0.22 0.26 0.21 0.16 0.10 0.02 0.01 0.02 0.30 0.20 0.47 0.50 0.36
C4 0.03 0.01 0.12 0.16 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.09 0.51 0.02 0.96 0.45 0.49
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.05 0.14 0.03 0.01 0.02 0.11 0.26 0.34 0.09
C5 0.02 0.01 0.07 0.17 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.05 0.63 0.02 1.16 0.62 0.62
C5' 0.07 0.21 0.11 0.03 0.18 0.01 0.22 0.00 0.24 0.20 0.23 0.21 0.18 0.24 0.14 0.06 0.11 0.02 0.01 0.27 0.35 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.20 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.14 0.08 0.65 0.01 1.30 0.69 0.69
C8 0.01 0.02 0.13 0.14 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.13 0.10 0.61 0.03 0.88 0.52 0.52
N1 0.04 0.01 0.19 0.22 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.18 0.13 0.59 0.01 1.23 0.60 0.64
N2 0.06 0.01 0.30 0.26 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.27 0.20 0.45 0.03 1.05 0.45 0.52
N3 0.05 0.01 0.24 0.21 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.18 0.16 0.43 0.02 0.92 0.40 0.45
N7 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.13 0.06 0.68 0.03 1.14 0.69 0.66
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.45 0.02 0.75 0.37 0.39
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.08 0.14 0.09 0.06 0.10 0.20 0.15 0.30 0.20 0.18 0.07 0.00 0.05 0.10 0.08 0.11 0.36 0.65 0.33
O3' 0.12 0.21 0.02 0.01 0.10 0.03 0.11 0.11 0.14 0.13 0.18 0.27 0.18 0.13 0.06 0.05 0.00 0.11 0.29 0.16 0.52 0.54 0.37
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.20 0.16 0.06 0.02 0.10 0.11 0.00 0.23 0.06 0.31 0.31 0.19
O5' 0.23 0.50 0.24 0.30 0.51 0.02 0.63 0.01 0.65 0.61 0.59 0.45 0.43 0.68 0.45 0.08 0.29 0.23 0.00 0.71 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.20 0.02 0.11 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.11 0.16 0.06 0.71 0.00 1.41 0.79 0.77
OP1 0.43 1.07 0.49 0.47 0.96 0.26 1.16 0.35 1.30 0.88 1.23 1.05 0.92 1.14 0.75 0.36 0.52 0.31 0.02 1.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.48 0.57 0.50 0.45 0.34 0.62 0.38 0.69 0.52 0.60 0.45 0.40 0.69 0.37 0.65 0.54 0.31 0.03 0.79 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.54 0.39 0.36 0.49 0.09 0.62 0.02 0.69 0.52 0.64 0.52 0.45 0.66 0.39 0.33 0.37 0.19 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00