ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49418

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 6, 5, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.020, 0.033, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.019, 0.033, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.038, 0.068, 0.098, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.092, 0.174, 0.256, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.174 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.108, 0.263, 0.418, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.263 std_dev=0.155
C2' A 0, 0.147, 0.319, 0.491, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.319 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.502, 0.701, 0.900, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.701 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.339, 0.577, 0.816, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.577 std_dev=0.238
C6 B 0, 0.384, 0.630, 0.876, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.630 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.476, 0.735, 0.994, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.735 std_dev=0.259
C4' A 0, 0.583, 0.855, 1.127, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.855 std_dev=0.272
O2' A 0, 0.859, 1.143, 1.427, 1.444 max_d=1.444 avg_d=1.143 std_dev=0.284
C4 B 0, 0.355, 0.642, 0.929, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.642 std_dev=0.287
N3 B 0, 0.446, 0.750, 1.055, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.750 std_dev=0.304
C5' A 0, 0.566, 0.884, 1.203, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.884 std_dev=0.318
N9 B 0, 0.647, 0.969, 1.292, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.969 std_dev=0.322
N7 B 0, 0.776, 1.098, 1.421, 1.381 max_d=1.381 avg_d=1.098 std_dev=0.323
N2 B 0, 0.835, 1.168, 1.500, 1.573 max_d=1.573 avg_d=1.168 std_dev=0.333
C8 B 0, 0.819, 1.180, 1.541, 1.629 max_d=1.629 avg_d=1.180 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.841, 1.239, 1.636, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.239 std_dev=0.398
O6 B 0, 0.514, 0.924, 1.335, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.924 std_dev=0.411
O4' B 0, 0.933, 1.378, 1.824, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.378 std_dev=0.445
C3' A 0, 1.136, 1.617, 2.098, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.617 std_dev=0.481
C2' B 0, 2.046, 2.696, 3.346, 3.242 max_d=3.242 avg_d=2.696 std_dev=0.650
C4' B 0, 2.001, 2.693, 3.385, 3.610 max_d=3.610 avg_d=2.693 std_dev=0.692
O2' B 0, 2.235, 3.000, 3.766, 3.773 max_d=3.773 avg_d=3.000 std_dev=0.765
O5' A 0, 2.297, 3.074, 3.851, 3.917 max_d=3.917 avg_d=3.074 std_dev=0.777
C3' B 0, 2.502, 3.283, 4.064, 4.061 max_d=4.061 avg_d=3.283 std_dev=0.781
O3' A 0, 2.054, 3.039, 4.025, 3.825 max_d=3.825 avg_d=3.039 std_dev=0.985
C5' B 0, 2.892, 3.880, 4.869, 4.967 max_d=4.967 avg_d=3.880 std_dev=0.988
O3' B 0, 3.560, 4.652, 5.745, 5.527 max_d=5.527 avg_d=4.652 std_dev=1.092
P A 0, 3.300, 4.424, 5.548, 5.660 max_d=5.660 avg_d=4.424 std_dev=1.124
O5' B 0, 2.687, 3.817, 4.947, 5.154 max_d=5.154 avg_d=3.817 std_dev=1.130
OP1 A 0, 2.882, 4.087, 5.291, 5.706 max_d=5.706 avg_d=4.087 std_dev=1.204
OP2 A 0, 4.163, 5.475, 6.787, 6.624 max_d=6.624 avg_d=5.475 std_dev=1.312
P B 0, 3.818, 5.163, 6.508, 6.459 max_d=6.459 avg_d=5.163 std_dev=1.345
OP2 B 0, 3.908, 5.411, 6.914, 7.094 max_d=7.094 avg_d=5.411 std_dev=1.503
OP1 B 0, 4.683, 6.375, 8.066, 7.896 max_d=7.896 avg_d=6.375 std_dev=1.692

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.16 0.03 0.01 0.15 0.18 0.22 0.10
C2 0.03 0.00 0.13 0.21 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.02 0.05 0.23 0.20 0.30 0.19
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.11 0.11 0.03 0.10 0.22 0.01 0.06 0.08 0.01 0.24 0.33 0.41 0.29
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.26 0.01 0.25 0.02 0.21 0.16 0.25 0.20 0.03 0.01 0.29 0.02 0.09 0.20 0.34 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.26 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.22 0.00 0.05 0.32 0.31 0.41 0.32
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.08 0.07 0.21 0.03 0.10 0.00 0.02 0.17 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.22 0.01 0.05 0.32 0.30 0.38 0.31
C5' 0.04 0.09 0.11 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.13 0.08 0.10 0.11 0.17 0.01 0.01 0.18 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.17 0.01 0.05 0.28 0.21 0.28 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.02 0.03 0.21 0.17 0.25 0.15
N3 0.03 0.01 0.10 0.25 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.19 0.01 0.05 0.28 0.26 0.37 0.26
O2 0.04 0.01 0.22 0.20 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.21 0.02 0.06 0.20 0.18 0.28 0.16
O2' 0.03 0.13 0.01 0.03 0.23 0.21 0.23 0.10 0.20 0.13 0.19 0.11 0.00 0.09 0.25 0.15 0.17 0.29 0.44 0.24
O3' 0.16 0.15 0.06 0.01 0.22 0.03 0.22 0.11 0.17 0.10 0.19 0.21 0.09 0.00 0.27 0.11 0.25 0.26 0.47 0.27
O4 0.03 0.02 0.08 0.29 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.27 0.00 0.06 0.34 0.36 0.46 0.36
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.15 0.11 0.06 0.00 0.17 0.19 0.18 0.12
O5' 0.15 0.23 0.24 0.09 0.32 0.02 0.32 0.01 0.28 0.21 0.28 0.20 0.17 0.25 0.34 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.20 0.33 0.20 0.31 0.17 0.30 0.18 0.21 0.17 0.26 0.18 0.29 0.26 0.36 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.30 0.41 0.34 0.41 0.20 0.38 0.10 0.28 0.25 0.37 0.28 0.44 0.47 0.46 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.19 0.29 0.16 0.32 0.06 0.31 0.02 0.21 0.15 0.26 0.16 0.24 0.27 0.36 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.33 0.28 0.25 0.26 0.23 0.29 0.36 0.33 0.27 0.33 0.40 0.28 0.29 0.25 0.41 0.25 0.23 0.60 0.35 0.80 0.84 0.67
C2 0.25 0.26 0.27 0.27 0.24 0.30 0.31 0.53 0.32 0.32 0.27 0.37 0.23 0.36 0.26 0.37 0.24 0.25 0.72 0.38 0.99 0.98 0.82
C2' 0.23 0.32 0.28 0.31 0.23 0.29 0.27 0.46 0.32 0.27 0.33 0.42 0.25 0.29 0.23 0.41 0.32 0.24 0.68 0.36 0.90 0.91 0.76
C3' 0.20 0.28 0.25 0.29 0.22 0.26 0.26 0.40 0.30 0.25 0.30 0.34 0.23 0.28 0.21 0.38 0.30 0.20 0.59 0.34 0.86 0.83 0.68
C4 0.26 0.26 0.28 0.32 0.17 0.41 0.18 0.70 0.14 0.34 0.24 0.36 0.20 0.33 0.25 0.32 0.29 0.30 0.84 0.21 1.14 1.07 0.95
C4' 0.20 0.30 0.25 0.25 0.20 0.21 0.21 0.27 0.25 0.20 0.28 0.37 0.25 0.21 0.18 0.41 0.29 0.18 0.51 0.26 0.69 0.69 0.54
C5 0.27 0.26 0.30 0.33 0.16 0.41 0.15 0.65 0.17 0.30 0.24 0.33 0.22 0.26 0.24 0.33 0.30 0.30 0.81 0.21 1.05 1.01 0.90
C5' 0.25 0.33 0.28 0.28 0.23 0.25 0.21 0.28 0.23 0.21 0.28 0.40 0.31 0.20 0.21 0.41 0.33 0.23 0.49 0.22 0.66 0.60 0.49
C6 0.27 0.25 0.30 0.30 0.20 0.33 0.20 0.52 0.20 0.27 0.22 0.33 0.23 0.26 0.24 0.36 0.26 0.27 0.71 0.23 0.92 0.92 0.79
N1 0.25 0.28 0.28 0.27 0.24 0.28 0.28 0.47 0.29 0.29 0.27 0.36 0.25 0.31 0.25 0.38 0.24 0.24 0.68 0.32 0.90 0.91 0.76
N3 0.25 0.24 0.27 0.29 0.21 0.35 0.27 0.63 0.24 0.34 0.21 0.37 0.20 0.36 0.26 0.34 0.26 0.27 0.80 0.32 1.09 1.05 0.91
O2 0.25 0.28 0.27 0.26 0.26 0.27 0.34 0.50 0.38 0.33 0.33 0.37 0.24 0.38 0.26 0.38 0.24 0.24 0.70 0.46 0.97 0.97 0.80
O2' 0.25 0.41 0.26 0.25 0.27 0.23 0.29 0.37 0.35 0.26 0.39 0.55 0.35 0.30 0.23 0.43 0.28 0.21 0.64 0.39 0.84 0.91 0.72
O3' 0.19 0.31 0.23 0.30 0.21 0.27 0.25 0.41 0.29 0.24 0.31 0.40 0.25 0.27 0.19 0.38 0.34 0.19 0.56 0.33 0.88 0.84 0.68
O4 0.28 0.29 0.29 0.34 0.19 0.47 0.18 0.78 0.17 0.36 0.29 0.38 0.22 0.34 0.27 0.31 0.32 0.34 0.91 0.21 1.23 1.12 1.02
O4' 0.23 0.30 0.27 0.25 0.21 0.22 0.23 0.27 0.28 0.22 0.30 0.36 0.24 0.23 0.20 0.41 0.29 0.21 0.54 0.29 0.67 0.74 0.56
O5' 0.28 0.33 0.32 0.28 0.32 0.21 0.33 0.26 0.33 0.35 0.32 0.36 0.32 0.36 0.32 0.31 0.30 0.21 0.62 0.34 0.75 0.72 0.61
OP1 0.10 0.26 0.18 0.21 0.17 0.22 0.21 0.36 0.23 0.24 0.24 0.34 0.23 0.26 0.14 0.20 0.29 0.13 0.56 0.26 0.76 0.71 0.57
OP2 0.14 0.31 0.14 0.22 0.26 0.24 0.34 0.40 0.36 0.36 0.33 0.35 0.26 0.40 0.24 0.11 0.25 0.19 0.79 0.40 0.96 0.89 0.84
P 0.11 0.23 0.19 0.26 0.18 0.23 0.23 0.33 0.24 0.27 0.23 0.29 0.20 0.29 0.17 0.17 0.33 0.13 0.61 0.27 0.74 0.68 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.02 0.53 0.35 0.21
C2 0.03 0.00 0.12 0.19 0.01 0.10 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.04 0.47 0.01 0.66 0.72 0.50
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.10 0.15 0.13 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.27 0.06 0.53 0.32 0.23
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.12 0.01 0.12 0.04 0.13 0.14 0.17 0.23 0.18 0.13 0.08 0.02 0.01 0.03 0.37 0.13 0.47 0.33 0.28
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.09 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.03 0.44 0.01 0.61 0.63 0.44
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.13 0.07 0.11 0.02 0.00 0.03 0.14 0.49 0.34 0.22
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.11 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.13 0.03 0.51 0.02 0.71 0.78 0.56
C5' 0.06 0.28 0.05 0.04 0.26 0.01 0.32 0.00 0.35 0.28 0.33 0.27 0.24 0.34 0.21 0.09 0.07 0.02 0.01 0.39 0.25 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.12 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.03 0.55 0.00 0.78 0.87 0.63
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.04 0.45 0.03 0.60 0.63 0.44
N1 0.03 0.01 0.10 0.17 0.01 0.11 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.04 0.53 0.01 0.74 0.83 0.59
N2 0.03 0.00 0.15 0.23 0.01 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.26 0.05 0.45 0.02 0.67 0.70 0.48
N3 0.03 0.01 0.13 0.18 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.19 0.04 0.41 0.01 0.61 0.61 0.41
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.13 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.04 0.51 0.03 0.74 0.78 0.58
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.37 0.02 0.54 0.51 0.34
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.11 0.11 0.10 0.09 0.14 0.05 0.18 0.22 0.18 0.06 0.05 0.00 0.07 0.09 0.16 0.13 0.65 0.35 0.25
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.07 0.15 0.15 0.18 0.26 0.19 0.16 0.07 0.07 0.00 0.03 0.34 0.16 0.54 0.39 0.28
O4' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.09 0.03 0.00 0.14 0.04 0.55 0.40 0.27
O5' 0.20 0.47 0.27 0.37 0.44 0.03 0.51 0.01 0.55 0.45 0.53 0.45 0.41 0.51 0.37 0.16 0.34 0.14 0.00 0.58 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.14 0.02 0.39 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.13 0.16 0.04 0.58 0.00 0.85 0.95 0.70
OP1 0.53 0.66 0.53 0.47 0.61 0.49 0.71 0.25 0.78 0.60 0.74 0.67 0.61 0.74 0.54 0.65 0.54 0.55 0.02 0.85 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.72 0.32 0.33 0.63 0.34 0.78 0.38 0.87 0.63 0.83 0.70 0.61 0.78 0.51 0.35 0.39 0.40 0.02 0.95 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.50 0.23 0.28 0.44 0.22 0.56 0.02 0.63 0.44 0.59 0.48 0.41 0.58 0.34 0.25 0.28 0.27 0.01 0.70 0.01 0.00 0.00