ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49422

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.029 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.008, 0.053, 0.097, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.053 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.004, 0.107, 0.219, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.107 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.001, 0.129, 0.257, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.129 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.003, 0.179, 0.355, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.179 std_dev=0.176
O2' A 0, -0.017, 0.163, 0.343, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.163 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.148, 0.339, 0.530, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.339 std_dev=0.191
N2 B 0, 0.162, 0.357, 0.551, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.357 std_dev=0.195
C2 B 0, 0.140, 0.341, 0.542, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.341 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.140, 0.355, 0.570, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.355 std_dev=0.215
C3' A 0, -0.002, 0.220, 0.443, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.220 std_dev=0.223
N9 B 0, 0.176, 0.405, 0.633, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.405 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.134, 0.373, 0.613, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.373 std_dev=0.239
N1 B 0, 0.124, 0.367, 0.609, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.367 std_dev=0.243
C5' A 0, 0.030, 0.275, 0.520, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.275 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.177, 0.427, 0.677, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.427 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.189, 0.439, 0.690, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.439 std_dev=0.250
C8 B 0, 0.191, 0.441, 0.691, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.441 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.155, 0.407, 0.660, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.407 std_dev=0.253
C2' B 0, 0.152, 0.410, 0.668, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.410 std_dev=0.258
C6 B 0, 0.119, 0.381, 0.644, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.381 std_dev=0.263
O6 B 0, 0.135, 0.436, 0.738, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.436 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.207, 0.524, 0.841, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.524 std_dev=0.317
P A 0, 0.120, 0.438, 0.755, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.438 std_dev=0.317
OP1 A 0, 0.176, 0.510, 0.844, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.510 std_dev=0.334
O3' B 0, 0.149, 0.496, 0.843, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.496 std_dev=0.347
C3' B 0, 0.141, 0.493, 0.845, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.493 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.036, 0.412, 0.788, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.412 std_dev=0.376
OP2 A 0, 0.142, 0.518, 0.895, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.518 std_dev=0.376
O3' A 0, -0.041, 0.341, 0.723, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.341 std_dev=0.382
C4' B 0, 0.153, 0.570, 0.987, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.570 std_dev=0.417
O5' B 0, 0.217, 0.656, 1.095, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.656 std_dev=0.439
C5' B 0, 0.114, 0.688, 1.262, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.688 std_dev=0.574
P B 0, 0.106, 0.888, 1.671, 2.783 max_d=2.783 avg_d=0.888 std_dev=0.782
OP1 B 0, 0.047, 0.993, 1.938, 3.406 max_d=3.406 avg_d=0.993 std_dev=0.945
OP2 B 0, -0.213, 1.131, 2.474, 4.664 max_d=4.664 avg_d=1.131 std_dev=1.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.26 0.13 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.01 0.01 0.23 0.26 0.12 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.09 0.10 0.00 0.02 0.10 0.01 0.04 0.21 0.14 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.16 0.01 0.16 0.02 0.14 0.09 0.14 0.11 0.02 0.01 0.18 0.02 0.03 0.19 0.16 0.04
C4 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.01 0.33 0.25 0.13 0.20
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.00 0.01 0.23 0.13 0.04
C5 0.00 0.01 0.07 0.16 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.19 0.00 0.02 0.35 0.24 0.13 0.20
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.01 0.00 0.17 0.14 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.14 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.15 0.00 0.02 0.31 0.25 0.13 0.18
N1 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.24 0.26 0.13 0.14
N3 0.01 0.00 0.09 0.14 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.01 0.01 0.28 0.26 0.12 0.17
O2 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.02 0.19 0.27 0.12 0.13
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.10 0.00 0.03 0.06 0.03 0.09 0.17 0.18 0.04
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.20 0.03 0.19 0.05 0.15 0.09 0.18 0.14 0.03 0.00 0.24 0.02 0.13 0.18 0.18 0.09
O4 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.24 0.00 0.01 0.35 0.25 0.13 0.21
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.14 0.27 0.14 0.10
O5' 0.14 0.23 0.04 0.03 0.33 0.01 0.35 0.00 0.31 0.24 0.28 0.19 0.09 0.13 0.35 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.26 0.21 0.19 0.25 0.23 0.24 0.17 0.25 0.26 0.26 0.27 0.17 0.18 0.25 0.27 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.18 0.18 0.13 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.15 0.04 0.04 0.20 0.04 0.20 0.01 0.18 0.14 0.17 0.13 0.04 0.09 0.21 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.18 0.17 0.11 0.17 0.16 0.21 0.25 0.11 0.25 0.17 0.10 0.14 0.12 0.19 0.13 0.17 0.07 0.30 0.20 0.08 0.08
C2 0.21 0.10 0.21 0.23 0.13 0.23 0.12 0.31 0.18 0.16 0.18 0.15 0.15 0.13 0.17 0.19 0.18 0.21 0.15 0.26 0.08 0.08 0.15
C2' 0.14 0.15 0.13 0.12 0.11 0.12 0.16 0.15 0.23 0.10 0.23 0.14 0.10 0.14 0.11 0.16 0.07 0.14 0.10 0.29 0.37 0.20 0.09
C3' 0.09 0.20 0.09 0.07 0.14 0.07 0.23 0.07 0.31 0.13 0.30 0.18 0.12 0.21 0.09 0.15 0.05 0.08 0.24 0.38 0.58 0.46 0.29
C4 0.28 0.15 0.28 0.32 0.19 0.34 0.11 0.46 0.09 0.23 0.13 0.20 0.20 0.16 0.25 0.25 0.26 0.29 0.25 0.21 0.11 0.10 0.17
C4' 0.10 0.24 0.10 0.08 0.18 0.08 0.24 0.08 0.31 0.15 0.30 0.22 0.16 0.22 0.12 0.14 0.06 0.09 0.23 0.36 0.53 0.39 0.25
C5 0.30 0.17 0.31 0.34 0.17 0.37 0.07 0.47 0.17 0.21 0.21 0.20 0.19 0.11 0.24 0.28 0.28 0.31 0.22 0.29 0.09 0.13 0.12
C5' 0.10 0.27 0.08 0.06 0.23 0.05 0.30 0.04 0.35 0.21 0.33 0.24 0.21 0.28 0.17 0.10 0.03 0.08 0.37 0.40 0.73 0.68 0.46
C6 0.27 0.15 0.29 0.31 0.12 0.32 0.09 0.39 0.22 0.15 0.23 0.18 0.15 0.09 0.20 0.27 0.25 0.27 0.15 0.31 0.11 0.13 0.08
N1 0.21 0.11 0.23 0.24 0.10 0.24 0.11 0.30 0.21 0.13 0.22 0.15 0.11 0.11 0.16 0.22 0.19 0.21 0.11 0.29 0.12 0.05 0.10
N3 0.24 0.12 0.24 0.27 0.17 0.28 0.12 0.38 0.13 0.20 0.12 0.18 0.18 0.16 0.21 0.21 0.22 0.24 0.21 0.23 0.09 0.10 0.18
O2 0.18 0.13 0.18 0.19 0.14 0.19 0.15 0.26 0.20 0.15 0.20 0.16 0.15 0.15 0.16 0.16 0.15 0.18 0.13 0.27 0.08 0.12 0.17
O2' 0.15 0.17 0.12 0.09 0.15 0.10 0.16 0.11 0.21 0.13 0.21 0.17 0.16 0.15 0.14 0.13 0.06 0.14 0.11 0.25 0.34 0.12 0.09
O3' 0.11 0.18 0.11 0.09 0.14 0.09 0.23 0.07 0.30 0.14 0.28 0.16 0.12 0.22 0.11 0.18 0.10 0.10 0.31 0.37 0.70 0.54 0.37
O4 0.29 0.17 0.29 0.34 0.22 0.37 0.16 0.50 0.08 0.27 0.13 0.21 0.22 0.22 0.27 0.25 0.28 0.31 0.30 0.17 0.17 0.12 0.20
O4' 0.12 0.24 0.14 0.14 0.15 0.13 0.22 0.16 0.30 0.12 0.31 0.23 0.15 0.19 0.10 0.17 0.12 0.12 0.10 0.34 0.30 0.17 0.08
O5' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.07 0.08 0.09 0.01 0.08 0.23 0.10 0.59 0.45 0.30
OP1 0.11 0.03 0.12 0.03 0.03 0.04 0.10 0.12 0.12 0.08 0.08 0.04 0.04 0.13 0.04 0.25 0.02 0.07 0.47 0.17 0.98 0.80 0.61
OP2 0.21 0.42 0.18 0.12 0.40 0.07 0.46 0.06 0.51 0.38 0.48 0.40 0.37 0.45 0.33 0.09 0.02 0.17 0.59 0.54 0.96 1.14 0.80
P 0.03 0.17 0.04 0.01 0.14 0.01 0.19 0.04 0.22 0.13 0.21 0.16 0.13 0.18 0.10 0.08 0.00 0.01 0.43 0.25 0.82 0.75 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.02 0.13 0.43 0.33
C2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.12 0.02 0.15 0.01 0.16 0.47 0.34
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.09 0.08 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.08 0.20 0.08 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.23 0.09 0.37 0.23 0.17
C4 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.17 0.01 0.18 0.43 0.33
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.05 0.04 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.19 0.18
C5 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.22 0.01 0.26 0.42 0.34
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.12 0.04 0.05 0.20 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.19 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.12 0.02 0.22 0.00 0.27 0.44 0.35
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.23 0.01 0.27 0.36 0.32
N1 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.01 0.19 0.01 0.22 0.46 0.35
N2 0.05 0.00 0.09 0.08 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.12 0.03 0.13 0.01 0.13 0.48 0.33
N3 0.04 0.00 0.08 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.09 0.02 0.13 0.01 0.13 0.46 0.33
N7 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.25 0.01 0.32 0.40 0.35
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.16 0.01 0.18 0.40 0.32
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.09 0.02 0.12 0.14 0.10 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.09 0.10 0.18 0.20 0.16
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.12 0.07 0.13 0.12 0.09 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.31 0.13 0.59 0.43 0.32
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.16 0.03 0.25 0.54 0.44
O5' 0.10 0.15 0.11 0.23 0.17 0.01 0.22 0.01 0.22 0.23 0.19 0.13 0.13 0.25 0.16 0.09 0.31 0.16 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.24 0.00 0.32 0.44 0.36
OP1 0.13 0.16 0.20 0.37 0.18 0.05 0.26 0.09 0.27 0.27 0.22 0.13 0.13 0.32 0.18 0.18 0.59 0.25 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.47 0.08 0.23 0.43 0.19 0.42 0.02 0.44 0.36 0.46 0.48 0.46 0.40 0.40 0.20 0.43 0.54 0.01 0.44 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.34 0.07 0.17 0.33 0.18 0.34 0.01 0.35 0.32 0.35 0.33 0.33 0.35 0.32 0.16 0.32 0.44 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00