ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49423

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.012, 0.035, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.013, 0.093, 0.172, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.093 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.021, 0.105, 0.189, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.105 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.080, 0.172, 0.264, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.172 std_dev=0.092
N3 B 0, 0.127, 0.297, 0.467, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.297 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.168, 0.347, 0.526, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.347 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.066, 0.259, 0.452, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.259 std_dev=0.193
C4' A 0, 0.179, 0.383, 0.588, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.383 std_dev=0.204
O3' A 0, 0.229, 0.470, 0.711, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.470 std_dev=0.241
C2 B 0, 0.063, 0.327, 0.592, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.327 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.136, 0.409, 0.681, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.409 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.250, 0.550, 0.850, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.550 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.287, 0.590, 0.894, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.590 std_dev=0.303
N9 B 0, 0.206, 0.548, 0.889, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.548 std_dev=0.341
C1' B 0, 0.248, 0.590, 0.932, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.590 std_dev=0.342
N2 B 0, 0.061, 0.407, 0.753, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.407 std_dev=0.346
N1 B 0, 0.076, 0.468, 0.860, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.468 std_dev=0.392
C5' A 0, 0.275, 0.666, 1.058, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.666 std_dev=0.392
C5 B 0, 0.113, 0.538, 0.963, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.538 std_dev=0.425
C3' B 0, 0.223, 0.678, 1.133, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.678 std_dev=0.455
O3' B 0, 0.233, 0.702, 1.170, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.702 std_dev=0.469
C6 B 0, 0.078, 0.566, 1.055, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.566 std_dev=0.489
C8 B 0, 0.220, 0.711, 1.202, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.711 std_dev=0.491
O4' B 0, 0.254, 0.760, 1.265, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.760 std_dev=0.505
P A 0, 0.231, 0.758, 1.285, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.758 std_dev=0.527
N7 B 0, 0.168, 0.715, 1.262, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.715 std_dev=0.547
OP2 A 0, 0.282, 0.833, 1.384, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.833 std_dev=0.551
O5' A 0, 0.211, 0.773, 1.335, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.773 std_dev=0.562
OP1 A 0, 0.234, 0.817, 1.399, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.817 std_dev=0.583
C4' B 0, 0.255, 0.846, 1.437, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.846 std_dev=0.591
O6 B 0, 0.110, 0.749, 1.387, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.749 std_dev=0.639
C5' B 0, 0.238, 1.028, 1.817, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.028 std_dev=0.789
O5' B 0, 0.194, 1.039, 1.885, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.039 std_dev=0.846
P B 0, 0.232, 1.249, 2.265, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.249 std_dev=1.016
OP2 B 0, 0.214, 1.269, 2.324, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.269 std_dev=1.055
OP1 B 0, 0.226, 1.313, 2.400, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.313 std_dev=1.087

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.16 0.12 0.15
C2 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.02 0.31 0.28 0.26 0.29
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.00 0.02 0.06 0.01 0.22 0.21 0.12 0.18
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.17 0.00 0.15 0.02 0.12 0.09 0.16 0.11 0.02 0.01 0.19 0.01 0.30 0.30 0.09 0.23
C4 0.01 0.00 0.04 0.17 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.03 0.45 0.41 0.42 0.43
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.03 0.08 0.04 0.14 0.00 0.03 0.08 0.25 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.17 0.01 0.04 0.47 0.43 0.42 0.45
C5' 0.02 0.12 0.03 0.02 0.23 0.00 0.25 0.00 0.21 0.12 0.18 0.07 0.08 0.05 0.25 0.01 0.01 0.18 0.40 0.03
C6 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.04 0.42 0.37 0.32 0.38
N1 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01 0.31 0.28 0.23 0.28
N3 0.01 0.00 0.05 0.16 0.00 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.00 0.02 0.38 0.35 0.35 0.37
O2 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.00 0.03 0.24 0.22 0.22 0.23
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.08 0.12 0.00 0.06 0.06 0.07 0.10 0.11 0.18 0.10
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.18 0.04 0.17 0.05 0.13 0.08 0.15 0.09 0.06 0.00 0.22 0.03 0.18 0.23 0.14 0.15
O4 0.01 0.00 0.06 0.19 0.00 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.22 0.00 0.03 0.47 0.45 0.47 0.46
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.03 0.00 0.08 0.11 0.17 0.09
O5' 0.16 0.31 0.22 0.30 0.45 0.03 0.47 0.01 0.42 0.31 0.38 0.24 0.10 0.18 0.47 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.16 0.28 0.21 0.30 0.41 0.08 0.43 0.18 0.37 0.28 0.35 0.22 0.11 0.23 0.45 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.26 0.12 0.09 0.42 0.25 0.42 0.40 0.32 0.23 0.35 0.22 0.18 0.14 0.47 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.29 0.18 0.23 0.43 0.03 0.45 0.03 0.38 0.28 0.37 0.23 0.10 0.15 0.46 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.14 0.14 0.21 0.12 0.17 0.19 0.22 0.16 0.26 0.08 0.29 0.12 0.28 0.18 0.20 0.22 0.15 0.27 0.21 0.32 0.33 0.30
C2 0.20 0.17 0.20 0.33 0.19 0.30 0.32 0.39 0.26 0.41 0.06 0.40 0.09 0.45 0.27 0.18 0.33 0.26 0.47 0.34 0.54 0.57 0.52
C2' 0.13 0.15 0.14 0.21 0.12 0.17 0.19 0.22 0.17 0.26 0.10 0.30 0.13 0.28 0.17 0.21 0.24 0.14 0.28 0.22 0.36 0.37 0.32
C3' 0.16 0.13 0.21 0.25 0.06 0.23 0.11 0.25 0.09 0.21 0.10 0.24 0.08 0.19 0.14 0.30 0.32 0.18 0.25 0.14 0.34 0.31 0.29
C4 0.30 0.23 0.28 0.46 0.18 0.48 0.29 0.59 0.09 0.51 0.21 0.39 0.09 0.54 0.34 0.22 0.45 0.41 0.68 0.16 0.76 0.80 0.75
C4' 0.15 0.10 0.17 0.13 0.08 0.13 0.09 0.12 0.09 0.15 0.09 0.16 0.09 0.14 0.12 0.30 0.17 0.14 0.12 0.12 0.18 0.18 0.15
C5 0.30 0.26 0.29 0.47 0.13 0.49 0.18 0.60 0.09 0.48 0.27 0.38 0.12 0.44 0.31 0.23 0.47 0.41 0.66 0.12 0.72 0.73 0.71
C5' 0.23 0.15 0.28 0.20 0.11 0.23 0.12 0.16 0.15 0.14 0.15 0.19 0.15 0.14 0.14 0.46 0.28 0.21 0.13 0.19 0.17 0.22 0.16
C6 0.25 0.25 0.26 0.41 0.12 0.40 0.16 0.47 0.08 0.39 0.22 0.37 0.14 0.35 0.27 0.22 0.42 0.33 0.51 0.11 0.57 0.55 0.54
N1 0.20 0.21 0.21 0.32 0.14 0.30 0.23 0.36 0.14 0.36 0.11 0.37 0.12 0.37 0.24 0.20 0.33 0.25 0.42 0.20 0.48 0.49 0.45
N3 0.25 0.19 0.24 0.40 0.20 0.39 0.35 0.49 0.24 0.48 0.10 0.40 0.07 0.52 0.31 0.19 0.39 0.34 0.58 0.35 0.66 0.71 0.65
O2 0.16 0.13 0.16 0.27 0.19 0.23 0.34 0.31 0.33 0.37 0.13 0.38 0.09 0.43 0.24 0.18 0.28 0.20 0.41 0.43 0.47 0.53 0.46
O2' 0.17 0.15 0.13 0.13 0.16 0.12 0.23 0.14 0.25 0.24 0.17 0.24 0.16 0.28 0.18 0.25 0.11 0.15 0.19 0.32 0.24 0.29 0.23
O3' 0.14 0.08 0.17 0.19 0.07 0.18 0.12 0.19 0.11 0.19 0.08 0.17 0.05 0.18 0.13 0.27 0.25 0.15 0.21 0.15 0.29 0.27 0.25
O4 0.35 0.19 0.31 0.50 0.22 0.55 0.33 0.68 0.12 0.57 0.18 0.35 0.07 0.59 0.38 0.24 0.48 0.49 0.77 0.18 0.87 0.93 0.87
O4' 0.13 0.12 0.14 0.17 0.07 0.14 0.11 0.16 0.10 0.19 0.10 0.19 0.08 0.17 0.14 0.22 0.19 0.13 0.18 0.13 0.22 0.21 0.19
O5' 0.14 0.16 0.18 0.04 0.09 0.06 0.15 0.04 0.19 0.12 0.17 0.21 0.15 0.18 0.04 0.34 0.03 0.09 0.13 0.24 0.20 0.26 0.18
OP1 0.02 0.13 0.04 0.02 0.08 0.04 0.13 0.09 0.17 0.11 0.16 0.16 0.10 0.15 0.05 0.10 0.02 0.02 0.17 0.21 0.21 0.24 0.19
OP2 0.05 0.20 0.11 0.03 0.13 0.11 0.16 0.21 0.20 0.13 0.20 0.23 0.17 0.17 0.08 0.14 0.01 0.07 0.25 0.23 0.34 0.35 0.31
P 0.04 0.14 0.08 0.01 0.09 0.03 0.13 0.10 0.16 0.12 0.15 0.17 0.11 0.15 0.05 0.14 0.00 0.01 0.17 0.20 0.21 0.24 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.11 0.03 0.07 0.00 0.07 0.12 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.10 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.12 0.06 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.02 0.08 0.01 0.07 0.11 0.07
C4' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.09 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.09 0.01 0.09 0.13 0.09
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.09 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.10 0.00 0.10 0.14 0.10
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.11 0.02 0.09 0.11 0.08
N1 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.08 0.00 0.08 0.13 0.09
N2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.03 0.06 0.01 0.06 0.11 0.07
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.09 0.03 0.07 0.00 0.06 0.10 0.07
N7 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.11 0.02 0.11 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.03 0.10 0.14 0.11 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.13 0.09 0.13 0.12 0.09 0.11 0.06 0.04 0.00 0.01 0.13 0.15 0.08 0.12 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.09 0.06
O5' 0.04 0.07 0.03 0.07 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.11 0.08 0.06 0.07 0.11 0.07 0.08 0.13 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.03 0.11 0.00 0.12 0.16 0.12
OP1 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.09 0.08 0.06 0.06 0.11 0.07 0.07 0.08 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.06 0.08 0.11 0.05 0.13 0.03 0.14 0.11 0.13 0.11 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.04 0.06 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.08 0.10 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00