ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49425

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.039 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.022, 0.111, 0.201, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.111 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.087, 0.177, 0.267, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.177 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.077, 0.284, 0.492, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.284 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.115, 0.326, 0.537, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.326 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.051, 0.290, 0.529, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.290 std_dev=0.239
N2 B 0, 0.260, 0.563, 0.866, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.563 std_dev=0.303
O2' A 0, 0.110, 0.413, 0.716, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.413 std_dev=0.303
C4' A 0, 0.111, 0.416, 0.721, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.416 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.270, 0.628, 0.986, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.628 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.230, 0.615, 1.001, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.615 std_dev=0.385
N1 B 0, 0.338, 0.758, 1.177, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.758 std_dev=0.420
C4 B 0, 0.270, 0.718, 1.166, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.718 std_dev=0.448
C6 B 0, 0.377, 0.856, 1.336, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.856 std_dev=0.480
C5 B 0, 0.341, 0.822, 1.303, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.822 std_dev=0.481
N9 B 0, 0.279, 0.785, 1.291, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.785 std_dev=0.506
C5' A 0, 0.189, 0.719, 1.249, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.719 std_dev=0.530
N7 B 0, 0.381, 0.917, 1.453, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.917 std_dev=0.536
O6 B 0, 0.447, 0.989, 1.531, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.989 std_dev=0.542
C8 B 0, 0.348, 0.891, 1.434, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.891 std_dev=0.543
O2' B 0, 0.282, 0.825, 1.368, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.825 std_dev=0.543
C1' B 0, 0.265, 0.813, 1.361, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.813 std_dev=0.548
C2' B 0, 0.281, 0.829, 1.378, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.829 std_dev=0.549
O5' A 0, 0.199, 0.824, 1.449, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.824 std_dev=0.625
OP2 A 0, 0.213, 0.839, 1.464, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.839 std_dev=0.626
P A 0, 0.205, 0.845, 1.485, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.845 std_dev=0.640
C3' B 0, 0.380, 1.051, 1.722, 1.638 max_d=1.638 avg_d=1.051 std_dev=0.671
O4' B 0, 0.329, 1.011, 1.694, 1.635 max_d=1.635 avg_d=1.011 std_dev=0.683
O3' B 0, 0.434, 1.137, 1.840, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.137 std_dev=0.703
OP1 A 0, 0.239, 0.983, 1.727, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.983 std_dev=0.744
C4' B 0, 0.397, 1.151, 1.906, 1.798 max_d=1.798 avg_d=1.151 std_dev=0.755
O5' B 0, 0.488, 1.377, 2.266, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.377 std_dev=0.889
C5' B 0, 0.489, 1.378, 2.267, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.378 std_dev=0.889
OP1 B 0, 0.634, 1.597, 2.560, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.597 std_dev=0.963
P B 0, 0.606, 1.595, 2.585, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.595 std_dev=0.989
OP2 B 0, 0.620, 1.620, 2.620, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.620 std_dev=1.000

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.12 0.32 0.15
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.06 0.06 0.11 0.24 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.15 0.36 0.17
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.15 0.32 0.15
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.09 0.10 0.18 0.11
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.07 0.22 0.08
C5 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.09 0.10 0.21 0.13
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.06 0.08 0.11 0.28 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.12 0.28 0.14
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.01 0.06 0.07 0.10 0.20 0.12
O2 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.08 0.01 0.10 0.05 0.11 0.24 0.12
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.11 0.18 0.00 0.07 0.08 0.02 0.07 0.16 0.35 0.16
O3' 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.00 0.04 0.04 0.03 0.15 0.34 0.15
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.04 0.11 0.11 0.15 0.11
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.10 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.07 0.23 0.09
O5' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.11 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.11 0.15 0.15 0.10 0.07 0.10 0.02 0.11 0.12 0.10 0.11 0.16 0.15 0.11 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.24 0.36 0.32 0.18 0.22 0.21 0.08 0.28 0.28 0.20 0.24 0.35 0.34 0.15 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.13 0.17 0.15 0.11 0.08 0.13 0.01 0.15 0.14 0.12 0.12 0.16 0.15 0.11 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.10 0.05 0.04 0.11 0.03 0.13 0.04 0.13 0.12 0.12 0.11 0.09 0.13 0.09 0.05 0.04 0.04 0.07 0.13 0.09 0.12 0.09
C2 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.06 0.10 0.04 0.08 0.04 0.11 0.10 0.08 0.07 0.13 0.10 0.11 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07
C2' 0.04 0.11 0.06 0.05 0.10 0.05 0.13 0.05 0.14 0.12 0.13 0.12 0.08 0.14 0.08 0.09 0.07 0.04 0.05 0.15 0.06 0.09 0.06
C3' 0.02 0.13 0.04 0.04 0.09 0.05 0.11 0.05 0.13 0.09 0.14 0.16 0.09 0.11 0.06 0.08 0.06 0.04 0.04 0.14 0.04 0.08 0.04
C4 0.11 0.06 0.12 0.10 0.04 0.10 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.08 0.07 0.10 0.06 0.17 0.10 0.10 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07
C4' 0.02 0.12 0.04 0.03 0.07 0.05 0.08 0.06 0.10 0.06 0.11 0.16 0.08 0.08 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.10 0.05 0.06 0.04
C5 0.08 0.08 0.07 0.07 0.13 0.06 0.16 0.07 0.13 0.18 0.10 0.07 0.09 0.18 0.14 0.07 0.06 0.07 0.09 0.14 0.11 0.13 0.11
C5' 0.06 0.11 0.05 0.08 0.05 0.12 0.05 0.14 0.07 0.03 0.10 0.16 0.09 0.04 0.03 0.07 0.09 0.12 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10
C6 0.11 0.12 0.09 0.09 0.17 0.08 0.18 0.10 0.15 0.19 0.13 0.10 0.13 0.19 0.16 0.05 0.07 0.10 0.12 0.15 0.14 0.16 0.14
N1 0.04 0.06 0.05 0.04 0.09 0.04 0.12 0.04 0.11 0.12 0.08 0.06 0.05 0.13 0.09 0.07 0.05 0.04 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08
N3 0.15 0.13 0.15 0.13 0.12 0.15 0.08 0.14 0.06 0.09 0.09 0.13 0.15 0.08 0.12 0.18 0.13 0.15 0.12 0.06 0.08 0.08 0.10
O2 0.14 0.17 0.13 0.12 0.12 0.14 0.09 0.14 0.09 0.09 0.12 0.19 0.16 0.09 0.11 0.15 0.12 0.15 0.12 0.07 0.08 0.09 0.10
O2' 0.05 0.11 0.07 0.06 0.11 0.04 0.15 0.04 0.16 0.15 0.14 0.12 0.09 0.17 0.10 0.09 0.07 0.04 0.07 0.18 0.10 0.13 0.09
O3' 0.03 0.16 0.04 0.03 0.11 0.03 0.14 0.03 0.16 0.10 0.17 0.19 0.12 0.13 0.08 0.06 0.05 0.03 0.06 0.17 0.07 0.12 0.07
O4 0.20 0.11 0.21 0.18 0.12 0.19 0.08 0.18 0.07 0.11 0.09 0.12 0.14 0.09 0.15 0.24 0.17 0.19 0.17 0.08 0.12 0.13 0.15
O4' 0.05 0.10 0.06 0.04 0.08 0.03 0.08 0.04 0.09 0.08 0.09 0.13 0.08 0.09 0.07 0.06 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.08 0.06
O5' 0.16 0.14 0.13 0.18 0.10 0.23 0.07 0.24 0.08 0.07 0.11 0.18 0.14 0.05 0.10 0.16 0.19 0.22 0.20 0.06 0.17 0.17 0.19
OP1 0.06 0.13 0.03 0.07 0.07 0.11 0.06 0.12 0.08 0.02 0.11 0.18 0.11 0.03 0.04 0.05 0.09 0.11 0.10 0.07 0.08 0.09 0.09
OP2 0.12 0.24 0.07 0.09 0.15 0.13 0.13 0.13 0.17 0.07 0.22 0.29 0.21 0.08 0.10 0.09 0.08 0.15 0.13 0.16 0.08 0.12 0.12
P 0.08 0.15 0.05 0.08 0.08 0.12 0.06 0.13 0.08 0.03 0.12 0.19 0.13 0.03 0.05 0.08 0.09 0.12 0.11 0.07 0.09 0.09 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.07 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.08
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.07 0.07 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
O5' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.10 0.08
OP1 0.04 0.07 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01
OP2 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00