ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49427

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.018
N1 A 0, -0.002, 0.022, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.002, 0.032, 0.062, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.033 std_dev=0.034
C1' A 0, -0.002, 0.034, 0.070, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.034 std_dev=0.036
O4 A 0, -0.014, 0.046, 0.107, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.046 std_dev=0.061
O2 A 0, 0.013, 0.079, 0.145, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.079 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.055, 0.191, 0.326, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.191 std_dev=0.135
C2' A 0, 0.029, 0.201, 0.373, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.201 std_dev=0.172
N3 B 0, 0.133, 0.407, 0.680, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.407 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.158, 0.432, 0.705, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.432 std_dev=0.274
C8 B 0, 0.171, 0.448, 0.724, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.448 std_dev=0.276
N9 B 0, 0.155, 0.432, 0.708, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.432 std_dev=0.277
N7 B 0, 0.177, 0.457, 0.737, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.457 std_dev=0.280
C4 B 0, 0.114, 0.395, 0.676, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.395 std_dev=0.281
N2 B 0, 0.193, 0.474, 0.755, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.474 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.138, 0.422, 0.707, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.422 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.184, 0.477, 0.770, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.477 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.183, 0.481, 0.778, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.481 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.191, 0.492, 0.792, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.492 std_dev=0.300
O6 B 0, 0.237, 0.568, 0.900, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.568 std_dev=0.332
C4' A 0, 0.190, 0.584, 0.979, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.584 std_dev=0.395
C5' A 0, 0.332, 0.794, 1.255, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.794 std_dev=0.461
O2' A 0, 0.404, 0.965, 1.526, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.965 std_dev=0.561
O4' B 0, 0.164, 0.763, 1.363, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.763 std_dev=0.599
C3' A 0, 0.508, 1.212, 1.916, 1.746 max_d=1.746 avg_d=1.212 std_dev=0.704
P A 0, 0.445, 1.157, 1.870, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.157 std_dev=0.713
OP2 A 0, 0.465, 1.230, 1.996, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.230 std_dev=0.765
O3' B 0, 0.481, 1.322, 2.164, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.322 std_dev=0.842
OP2 B 0, 0.571, 1.446, 2.322, 2.336 max_d=2.336 avg_d=1.446 std_dev=0.875
C4' B 0, 0.182, 1.087, 1.993, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.087 std_dev=0.905
C3' B 0, 0.256, 1.172, 2.088, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.172 std_dev=0.916
C2' B 0, 0.207, 1.125, 2.044, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.125 std_dev=0.919
O5' A 0, 0.658, 1.685, 2.713, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.685 std_dev=1.027
O2' B 0, 0.238, 1.584, 2.931, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.584 std_dev=1.347
OP1 A 0, 0.198, 1.548, 2.898, 3.684 max_d=3.684 avg_d=1.548 std_dev=1.350
O3' A 0, 0.984, 2.336, 3.688, 3.253 max_d=3.253 avg_d=2.336 std_dev=1.352
O5' B 0, 0.923, 2.361, 3.798, 3.894 max_d=3.894 avg_d=2.361 std_dev=1.437
P B 0, 1.059, 2.505, 3.951, 3.362 max_d=3.362 avg_d=2.505 std_dev=1.446
C5' B 0, 0.005, 1.520, 3.034, 4.041 max_d=4.041 avg_d=1.520 std_dev=1.515
OP1 B 0, 1.353, 3.477, 5.600, 5.287 max_d=5.287 avg_d=3.477 std_dev=2.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.13 0.04 0.01 0.11 0.28 0.48 0.20
C2 0.05 0.00 0.15 0.23 0.02 0.12 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.22 0.03 0.04 0.30 0.72 0.31 0.28
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 0.07 0.05 0.03 0.14 0.24 0.00 0.02 0.09 0.02 0.12 0.16 0.31 0.09
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.23 0.00 0.21 0.00 0.19 0.14 0.25 0.28 0.01 0.00 0.25 0.01 0.21 0.27 0.10 0.10
C4 0.03 0.02 0.07 0.23 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.18 0.00 0.01 0.35 0.97 0.19 0.26
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.08 0.07 0.12 0.16 0.16 0.02 0.11 0.00 0.01 0.17 0.39 0.09
C5 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.01 0.03 0.34 0.90 0.18 0.24
C5' 0.02 0.13 0.07 0.00 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.13 0.16 0.09 0.08 0.13 0.01 0.01 0.33 0.34 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.00 0.03 0.29 0.68 0.31 0.23
N1 0.01 0.02 0.03 0.14 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07 0.02 0.01 0.25 0.59 0.38 0.24
N3 0.05 0.01 0.14 0.25 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.23 0.02 0.02 0.34 0.89 0.22 0.28
O2 0.09 0.00 0.24 0.28 0.02 0.16 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.32 0.03 0.07 0.29 0.66 0.35 0.29
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.15 0.16 0.10 0.09 0.07 0.09 0.19 0.23 0.00 0.03 0.17 0.13 0.19 0.18 0.36 0.09
O3' 0.13 0.22 0.02 0.00 0.18 0.02 0.14 0.08 0.10 0.07 0.23 0.32 0.03 0.00 0.22 0.08 0.22 0.46 0.15 0.19
O4 0.04 0.03 0.09 0.25 0.00 0.11 0.01 0.13 0.00 0.02 0.02 0.03 0.17 0.22 0.00 0.01 0.37 1.05 0.23 0.26
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.13 0.08 0.01 0.00 0.06 0.15 0.64 0.25
O5' 0.11 0.30 0.12 0.21 0.35 0.01 0.34 0.01 0.29 0.25 0.34 0.29 0.19 0.22 0.37 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.28 0.72 0.16 0.27 0.97 0.17 0.90 0.33 0.68 0.59 0.89 0.66 0.18 0.46 1.05 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.48 0.31 0.31 0.10 0.19 0.39 0.18 0.34 0.31 0.38 0.22 0.35 0.36 0.15 0.23 0.64 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.28 0.09 0.10 0.26 0.09 0.24 0.02 0.23 0.24 0.28 0.29 0.09 0.19 0.26 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.72 0.78 0.06 0.48 0.05 0.64 0.05 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.08 0.28 0.52 0.14 0.71 0.08 0.89 0.27 0.72
C2 0.14 0.06 0.46 0.65 0.09 0.34 0.10 0.51 0.09 0.12 0.06 0.10 0.08 0.12 0.11 0.19 0.35 0.14 0.67 0.11 1.23 0.13 0.75
C2' 0.12 0.05 0.77 0.94 0.03 0.65 0.06 0.87 0.13 0.06 0.12 0.07 0.03 0.05 0.08 0.28 0.75 0.21 0.93 0.18 1.10 0.42 0.96
C3' 0.28 0.07 0.85 1.10 0.16 0.90 0.13 1.12 0.13 0.21 0.10 0.04 0.15 0.16 0.23 0.35 1.01 0.45 1.16 0.17 1.15 0.59 1.15
C4 0.16 0.10 0.17 0.58 0.07 0.38 0.08 0.58 0.10 0.13 0.13 0.13 0.05 0.12 0.12 0.60 0.30 0.12 0.78 0.11 1.51 0.10 0.88
C4' 0.37 0.19 0.95 1.05 0.27 0.89 0.21 1.06 0.14 0.29 0.14 0.18 0.27 0.23 0.32 0.58 0.94 0.51 1.05 0.11 0.85 0.56 0.96
C5 0.10 0.14 0.21 0.66 0.07 0.50 0.10 0.71 0.14 0.06 0.17 0.15 0.09 0.08 0.05 0.64 0.36 0.19 0.86 0.14 1.32 0.19 0.89
C5' 0.55 0.31 1.00 1.19 0.41 1.13 0.35 1.30 0.27 0.45 0.26 0.27 0.40 0.38 0.48 0.65 1.19 0.77 1.22 0.23 0.83 0.71 1.08
C6 0.05 0.13 0.46 0.75 0.09 0.53 0.10 0.72 0.11 0.07 0.13 0.15 0.11 0.09 0.06 0.32 0.45 0.19 0.81 0.11 1.07 0.24 0.81
N1 0.08 0.07 0.55 0.72 0.05 0.43 0.05 0.61 0.06 0.06 0.06 0.11 0.06 0.06 0.06 0.11 0.43 0.12 0.72 0.07 1.06 0.20 0.75
N3 0.17 0.07 0.31 0.59 0.12 0.32 0.13 0.50 0.10 0.16 0.07 0.11 0.09 0.15 0.15 0.39 0.30 0.14 0.70 0.11 1.42 0.08 0.81
O2 0.15 0.09 0.51 0.63 0.12 0.29 0.14 0.45 0.14 0.14 0.11 0.09 0.10 0.15 0.13 0.13 0.34 0.17 0.61 0.16 1.20 0.11 0.71
O2' 0.08 0.15 0.76 0.82 0.11 0.51 0.16 0.71 0.21 0.12 0.21 0.14 0.10 0.15 0.10 0.39 0.60 0.11 0.79 0.26 0.95 0.36 0.83
O3' 0.33 0.17 0.90 1.18 0.16 1.01 0.08 1.25 0.11 0.18 0.15 0.24 0.21 0.09 0.23 0.43 1.15 0.54 1.26 0.17 1.20 0.70 1.25
O4 0.18 0.09 0.06 0.51 0.08 0.35 0.09 0.56 0.11 0.17 0.13 0.12 0.05 0.15 0.14 0.72 0.26 0.12 0.80 0.14 1.73 0.07 0.94
O4' 0.25 0.22 0.88 0.87 0.24 0.64 0.20 0.79 0.15 0.23 0.17 0.23 0.26 0.20 0.25 0.51 0.63 0.31 0.80 0.12 0.73 0.39 0.74
O5' 0.51 0.32 0.87 1.28 0.40 1.23 0.37 1.45 0.33 0.43 0.31 0.29 0.38 0.39 0.45 0.34 1.33 0.81 1.36 0.32 1.02 0.75 1.22
OP1 0.11 0.44 0.05 0.77 0.41 1.05 0.55 1.31 0.63 0.43 0.56 0.38 0.34 0.56 0.32 0.60 1.23 0.52 0.96 0.72 0.53 0.41 0.76
OP2 0.24 0.24 0.14 0.48 0.19 0.65 0.25 1.14 0.26 0.26 0.22 0.30 0.26 0.33 0.16 0.95 0.35 0.27 1.23 0.31 0.93 0.85 1.24
P 0.30 0.08 0.47 1.11 0.19 1.24 0.20 1.51 0.16 0.28 0.12 0.03 0.13 0.25 0.26 0.27 1.32 0.78 1.33 0.18 0.81 0.76 1.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.31 0.01 0.23 0.05 0.28 0.27 0.15
C2 0.04 0.00 0.44 0.38 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.12 0.26 0.41 0.06 1.05 0.13 0.43
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.22 0.02 0.09 0.21 0.16 0.25 0.33 0.54 0.44 0.14 0.03 0.01 0.02 0.02 0.44 0.09 0.66 0.75 0.57
C3' 0.02 0.38 0.00 0.00 0.29 0.00 0.31 0.02 0.35 0.14 0.39 0.39 0.33 0.24 0.17 0.01 0.01 0.01 0.18 0.34 0.50 0.17 0.21
C4 0.03 0.01 0.22 0.29 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.14 0.40 0.03 0.94 0.18 0.36
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.15 0.05 0.06 0.04 0.16 0.07 0.23 0.02 0.00 0.01 0.10 0.34 0.22 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.31 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.26 0.10 0.06 0.50 0.03 1.28 0.14 0.51
C5' 0.06 0.03 0.21 0.02 0.06 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.10 0.01 0.01 0.20 0.06 0.02 0.19 0.01 0.02 0.17 0.39 0.39 0.02
C6 0.04 0.04 0.16 0.35 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.22 0.11 0.12 0.54 0.02 1.46 0.10 0.60
C8 0.00 0.01 0.25 0.14 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.44 0.10 0.14 0.43 0.02 0.93 0.25 0.33
N1 0.03 0.01 0.33 0.39 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.20 0.50 0.04 1.32 0.10 0.55
N2 0.05 0.01 0.54 0.39 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.33 0.13 0.31 0.38 0.07 0.99 0.13 0.41
N3 0.04 0.01 0.44 0.33 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.14 0.25 0.35 0.05 0.83 0.17 0.32
N7 0.00 0.02 0.14 0.24 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.43 0.09 0.08 0.52 0.02 1.33 0.17 0.51
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.14 0.01 0.35 0.03 0.68 0.24 0.23
O2' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.23 0.26 0.02 0.22 0.44 0.06 0.33 0.20 0.43 0.20 0.00 0.03 0.18 0.32 0.31 0.71 0.81 0.56
O3' 0.31 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.19 0.11 0.10 0.11 0.13 0.14 0.09 0.14 0.03 0.00 0.20 0.21 0.12 0.35 0.10 0.13
O4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.12 0.14 0.20 0.31 0.25 0.08 0.01 0.18 0.20 0.00 0.08 0.10 0.10 0.28 0.07
O5' 0.23 0.41 0.44 0.18 0.40 0.01 0.50 0.02 0.54 0.43 0.50 0.38 0.35 0.52 0.35 0.32 0.21 0.08 0.00 0.58 0.01 0.01 0.00
O6 0.05 0.06 0.09 0.34 0.03 0.10 0.03 0.17 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.03 0.31 0.12 0.10 0.58 0.00 1.65 0.09 0.68
OP1 0.28 1.05 0.66 0.50 0.94 0.34 1.28 0.39 1.46 0.93 1.32 0.99 0.83 1.33 0.68 0.71 0.35 0.10 0.01 1.65 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.13 0.75 0.17 0.18 0.22 0.14 0.39 0.10 0.25 0.10 0.13 0.17 0.17 0.24 0.81 0.10 0.28 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.43 0.57 0.21 0.36 0.06 0.51 0.02 0.60 0.33 0.55 0.41 0.32 0.51 0.23 0.56 0.13 0.07 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00