Doublet Group distance statistics: 49431

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2	A	0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4	A	0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5	A	0, -0.001, 0.006, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.008
O2	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O4	A	0, 0.005, 0.051, 0.097, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.051 std_dev=0.046
O2'	A	0, -0.015, 0.299, 0.614, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.299 std_dev=0.315
N2	B	0, 0.142, 0.485, 0.829, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.485 std_dev=0.343
C2'	A	0, -0.045, 0.342, 0.730, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.342 std_dev=0.387
C2	B	0, 0.134, 0.523, 0.912, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.523 std_dev=0.389
N3	B	0, 0.111, 0.529, 0.947, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.529 std_dev=0.418
O5'	B	0, 0.103, 0.560, 1.016, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.560 std_dev=0.456
O4'	A	0, -0.069, 0.403, 0.876, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.403 std_dev=0.472
N1	B	0, 0.125, 0.604, 1.083, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.604 std_dev=0.479
C4	B	0, 0.079, 0.583, 1.086, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.583 std_dev=0.503
C3'	B	0, 0.068, 0.575, 1.081, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.575 std_dev=0.507
OP2	B	0, 0.069, 0.598, 1.127, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.598 std_dev=0.529
C5	B	0, 0.059, 0.632, 1.205, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.632 std_dev=0.573
N9	B	0, 0.067, 0.646, 1.226, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.646 std_dev=0.579
C6	B	0, 0.075, 0.657, 1.240, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.657 std_dev=0.582
C1'	B	0, 0.071, 0.688, 1.305, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.688 std_dev=0.617
P	B	0, 0.084, 0.716, 1.347, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.716 std_dev=0.632
C8	B	0, 0.057, 0.712, 1.366, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.712 std_dev=0.654
N7	B	0, 0.037, 0.704, 1.370, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.704 std_dev=0.666
C2'	B	0, 0.043, 0.711, 1.378, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.711 std_dev=0.667
O6	B	0, 0.051, 0.751, 1.452, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.751 std_dev=0.700
C3'	A	0, -0.102, 0.618, 1.337, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.618 std_dev=0.720
C4'	A	0, -0.107, 0.634, 1.374, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.634 std_dev=0.740
C4'	B	0, 0.037, 0.790, 1.543, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.790 std_dev=0.753
C5'	B	0, 0.040, 0.805, 1.569, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.805 std_dev=0.765
O4'	B	0, 0.038, 0.810, 1.582, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.810 std_dev=0.772
O2'	B	0, 0.010, 0.906, 1.801, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.906 std_dev=0.896
O3'	A	0, -0.110, 0.847, 1.804, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.847 std_dev=0.957
O3'	B	0, -0.097, 1.034, 2.165, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.034 std_dev=1.131
C5'	A	0, -0.192, 1.026, 2.243, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.026 std_dev=1.217
OP1	B	0, -0.108, 1.285, 2.677, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.285 std_dev=1.392
O5'	A	0, -0.287, 1.175, 2.637, 3.236 max_d=3.236 avg_d=1.175 std_dev=1.462
P	A	0, -0.263, 1.308, 2.878, 3.517 max_d=3.517 avg_d=1.308 std_dev=1.571
OP2	A	0, -0.293, 1.278, 2.850, 3.492 max_d=3.492 avg_d=1.278 std_dev=1.572
OP1	A	0, -0.422, 1.901, 4.223, 5.171 max_d=5.171 avg_d=1.901 std_dev=2.322

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10
C2	0.00	0.00	0.15	0.18	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.18	0.00	0.10	0.05	0.06	0.43	0.19
C2'	0.00	0.15	0.00	0.00	0.06	0.02	0.02	0.01	0.06	0.04	0.13	0.21	0.00	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.13	0.04
C3'	0.02	0.18	0.00	0.00	0.24	0.00	0.22	0.01	0.17	0.14	0.22	0.15	0.00	0.01	0.26	0.01	0.12	0.05	0.23	0.02
C4	0.01	0.00	0.06	0.24	0.00	0.16	0.00	0.27	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.27	0.00	0.04	0.34	0.45	0.88	0.51
C4'	0.00	0.00	0.02	0.00	0.16	0.00	0.24	0.01	0.24	0.08	0.06	0.10	0.06	0.00	0.17	0.00	0.01	0.03	0.15	0.03
C5	0.01	0.00	0.02	0.22	0.00	0.24	0.00	0.39	0.00	0.01	0.00	0.00	0.10	0.24	0.00	0.14	0.49	0.63	0.92	0.65
C5'	0.02	0.03	0.01	0.01	0.27	0.01	0.39	0.00	0.36	0.13	0.11	0.12	0.06	0.02	0.30	0.01	0.00	0.04	0.21	0.00
C6	0.01	0.00	0.06	0.17	0.00	0.24	0.00	0.36	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.17	0.00	0.17	0.44	0.50	0.64	0.53
N1	0.00	0.00	0.04	0.14	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.13	0.00	0.02	0.15	0.17	0.38	0.26
N3	0.00	0.00	0.13	0.22	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.24	0.00	0.06	0.16	0.20	0.65	0.32
O2	0.00	0.00	0.21	0.15	0.00	0.10	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.14	0.01	0.20	0.11	0.15	0.29	0.04
O2'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.06	0.06	0.10	0.06	0.10	0.04	0.02	0.10	0.00	0.04	0.09	0.05	0.08	0.04	0.13	0.07
O3'	0.01	0.18	0.00	0.01	0.27	0.00	0.24	0.02	0.17	0.13	0.24	0.14	0.04	0.00	0.29	0.00	0.18	0.09	0.31	0.03
O4	0.00	0.00	0.06	0.26	0.00	0.17	0.00	0.30	0.00	0.00	0.00	0.01	0.09	0.29	0.00	0.05	0.39	0.55	1.02	0.59
O4'	0.00	0.10	0.01	0.01	0.04	0.00	0.14	0.01	0.17	0.02	0.06	0.20	0.05	0.00	0.05	0.00	0.07	0.05	0.05	0.07
O5'	0.01	0.05	0.06	0.12	0.34	0.01	0.49	0.00	0.44	0.15	0.16	0.11	0.08	0.18	0.39	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.01	0.06	0.03	0.05	0.45	0.03	0.63	0.04	0.50	0.17	0.20	0.15	0.04	0.09	0.55	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.08	0.43	0.13	0.23	0.88	0.15	0.92	0.21	0.64	0.38	0.65	0.29	0.13	0.31	1.02	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.10	0.19	0.04	0.02	0.51	0.03	0.65	0.00	0.53	0.26	0.32	0.04	0.07	0.03	0.59	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.04	0.36	0.36	0.11	0.36	0.10	0.30	0.09	0.14	0.07	0.01	0.10	0.12	0.15	0.15	0.30	0.24	0.12	0.11	0.27	0.36	0.06
C2	0.01	0.06	0.17	0.29	0.07	0.17	0.13	0.12	0.15	0.10	0.11	0.07	0.03	0.14	0.06	0.44	0.15	0.02	0.03	0.18	0.55	0.30	0.06
C2'	0.06	0.08	0.14	0.17	0.07	0.18	0.09	0.10	0.08	0.11	0.06	0.11	0.08	0.12	0.08	0.34	0.22	0.09	0.12	0.10	0.48	0.21	0.18
C3'	0.08	0.02	0.09	0.11	0.06	0.15	0.10	0.12	0.10	0.11	0.06	0.02	0.03	0.12	0.07	0.39	0.21	0.05	0.06	0.12	0.22	0.32	0.06
C4	0.22	0.12	0.14	0.26	0.21	0.05	0.24	0.04	0.18	0.27	0.12	0.11	0.16	0.27	0.24	0.72	0.24	0.17	0.07	0.16	0.78	0.30	0.16
C4'	0.11	0.15	0.34	0.33	0.07	0.39	0.10	0.41	0.07	0.21	0.11	0.26	0.10	0.18	0.13	0.07	0.35	0.22	0.24	0.07	0.20	0.49	0.26
C5	0.18	0.07	0.14	0.30	0.13	0.10	0.13	0.05	0.08	0.19	0.05	0.07	0.09	0.18	0.17	0.76	0.38	0.09	0.05	0.08	0.68	0.34	0.14
C5'	0.05	0.21	0.26	0.28	0.04	0.35	0.13	0.46	0.07	0.28	0.10	0.37	0.19	0.27	0.12	0.10	0.34	0.17	0.34	0.13	0.53	0.60	0.43
C6	0.06	0.02	0.04	0.35	0.05	0.22	0.09	0.16	0.07	0.11	0.03	0.04	0.01	0.12	0.08	0.64	0.41	0.06	0.02	0.08	0.49	0.36	0.07
N1	0.05	0.01	0.20	0.33	0.05	0.25	0.09	0.19	0.09	0.10	0.06	0.03	0.02	0.11	0.07	0.44	0.27	0.11	0.05	0.12	0.44	0.34	0.03
N3	0.13	0.13	0.05	0.26	0.17	0.08	0.21	0.04	0.20	0.20	0.16	0.12	0.13	0.22	0.16	0.59	0.15	0.10	0.03	0.21	0.69	0.28	0.12
O2	0.04	0.06	0.24	0.27	0.05	0.18	0.12	0.13	0.16	0.08	0.14	0.06	0.01	0.13	0.04	0.29	0.08	0.05	0.05	0.21	0.51	0.28	0.03
O2'	0.19	0.09	0.32	0.30	0.10	0.36	0.10	0.26	0.12	0.10	0.08	0.12	0.14	0.12	0.12	0.07	0.33	0.25	0.04	0.18	0.40	0.26	0.09
O3'	0.07	0.03	0.10	0.11	0.07	0.16	0.10	0.14	0.10	0.12	0.06	0.03	0.03	0.13	0.08	0.32	0.24	0.06	0.05	0.13	0.14	0.35	0.04
O4	0.26	0.15	0.20	0.25	0.25	0.07	0.30	0.09	0.22	0.34	0.14	0.14	0.18	0.36	0.29	0.72	0.25	0.23	0.10	0.20	0.89	0.31	0.20
O4'	0.22	0.17	0.49	0.46	0.08	0.48	0.10	0.47	0.09	0.22	0.15	0.27	0.08	0.17	0.18	0.07	0.37	0.32	0.30	0.10	0.12	0.49	0.28
O5'	0.34	0.33	0.14	0.03	0.16	0.02	0.05	0.16	0.03	0.14	0.15	0.47	0.37	0.20	0.12	0.65	0.01	0.20	0.17	0.13	0.41	0.51	0.30
OP1	0.27	0.36	0.06	0.02	0.08	0.07	0.19	0.46	0.15	0.38	0.12	0.59	0.39	0.45	0.02	0.31	0.01	0.12	0.58	0.30	1.33	0.88	0.85
OP2	0.02	0.36	0.10	0.01	0.49	0.05	0.78	0.26	0.82	0.78	0.61	0.20	0.26	0.94	0.45	0.53	0.01	0.09	0.47	0.97	0.83	1.02	0.67
P	0.21	0.12	0.09	0.00	0.07	0.03	0.31	0.30	0.30	0.41	0.10	0.29	0.18	0.49	0.11	0.43	0.00	0.09	0.40	0.42	0.85	0.73	0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.26	0.00	0.06	0.01	0.34	0.15	0.11
C2	0.01	0.00	0.14	0.17	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.22	0.05	0.11	0.00	0.49	0.20	0.05
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.06	0.01	0.01	0.14	0.04	0.10	0.09	0.17	0.14	0.07	0.01	0.00	0.02	0.01	0.33	0.02	0.54	0.26	0.37
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.22	0.00	0.31	0.02	0.31	0.32	0.24	0.11	0.13	0.36	0.22	0.00	0.00	0.02	0.02	0.35	0.10	0.09	0.05
C4	0.00	0.00	0.06	0.22	0.00	0.07	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.08	0.02	0.13	0.00	0.48	0.16	0.04
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.11	0.16	0.07	0.01	0.01	0.16	0.08	0.27	0.00	0.00	0.00	0.13	0.17	0.23	0.01
C5	0.00	0.00	0.01	0.31	0.00	0.11	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.34	0.08	0.00	0.22	0.00	0.53	0.33	0.11
C5'	0.03	0.03	0.14	0.02	0.06	0.01	0.11	0.00	0.12	0.14	0.07	0.01	0.01	0.16	0.06	0.12	0.21	0.01	0.01	0.15	0.34	0.33	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.31	0.00	0.11	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.37	0.06	0.01	0.23	0.00	0.55	0.40	0.14
C8	0.00	0.00	0.10	0.32	0.00	0.16	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.19	0.06	0.22	0.01	0.49	0.20	0.08
N1	0.01	0.00	0.09	0.24	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.33	0.08	0.04	0.18	0.00	0.53	0.32	0.10
N2	0.00	0.00	0.17	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.32	0.07	0.08	0.01	0.48	0.16	0.03
N3	0.01	0.00	0.14	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.25	0.06	0.08	0.00	0.45	0.11	0.03
N7	0.00	0.00	0.07	0.36	0.00	0.16	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.34	0.22	0.04	0.27	0.01	0.54	0.39	0.15
N9	0.00	0.00	0.01	0.22	0.00	0.08	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.21	0.03	0.01	0.10	0.01	0.44	0.06	0.03
O2'	0.00	0.26	0.00	0.00	0.27	0.27	0.34	0.12	0.37	0.27	0.33	0.20	0.20	0.34	0.21	0.00	0.07	0.19	0.21	0.40	0.45	0.20	0.26
O3'	0.26	0.22	0.02	0.00	0.08	0.00	0.08	0.21	0.06	0.19	0.08	0.32	0.25	0.22	0.03	0.07	0.00	0.17	0.23	0.14	0.58	0.30	0.33
O4'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.04	0.07	0.06	0.04	0.01	0.19	0.17	0.00	0.04	0.00	0.07	0.26	0.01
O5'	0.06	0.11	0.33	0.02	0.13	0.00	0.22	0.01	0.23	0.22	0.18	0.08	0.08	0.27	0.10	0.21	0.23	0.04	0.00	0.28	0.01	0.02	0.00
O6	0.01	0.00	0.02	0.35	0.00	0.13	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.40	0.14	0.00	0.28	0.00	0.57	0.51	0.19
OP1	0.34	0.49	0.54	0.10	0.48	0.17	0.53	0.34	0.55	0.49	0.53	0.48	0.45	0.54	0.44	0.45	0.58	0.07	0.01	0.57	0.00	0.00	0.00
OP2	0.15	0.20	0.26	0.09	0.16	0.23	0.33	0.33	0.40	0.20	0.32	0.16	0.11	0.39	0.06	0.20	0.30	0.26	0.02	0.51	0.00	0.00	0.00
P	0.11	0.05	0.37	0.05	0.04	0.01	0.11	0.01	0.14	0.08	0.10	0.03	0.03	0.15	0.03	0.26	0.33	0.01	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00