ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49432

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4' A 0, 0.000, 0.061, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O4 A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.000, 0.094, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.094 std_dev=0.094
N9 B 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C2' B 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C5' A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C1' B 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
P A 0, 0.000, 0.196, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C8 B 0, 0.000, 0.203, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.203 std_dev=0.203
O3' B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C3' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
OP2 A 0, 0.000, 0.258, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C4 B 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
N7 B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O4' B 0, 0.000, 0.330, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O2' B 0, 0.000, 0.330, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C5 B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C4' B 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.000, 0.439, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C5' B 0, 0.000, 0.526, 1.053, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.526 std_dev=0.526
O5' B 0, 0.000, 0.529, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C6 B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C2 B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
O6 B 0, 0.000, 0.650, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.650 std_dev=0.650
N1 B 0, 0.000, 0.675, 1.351, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.675 std_dev=0.675
N2 B 0, 0.000, 0.827, 1.654, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.827 std_dev=0.827
OP2 B 0, 0.000, 0.850, 1.700, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.850 std_dev=0.850
P B 0, 0.000, 0.994, 1.987, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.994 std_dev=0.994
OP1 B 0, 0.000, 1.608, 3.217, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.608 std_dev=1.608

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.08 0.06
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.09 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.08 0.08
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07
O2 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.08 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02
O4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.10 0.08
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04
O5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.02 0.02 0.09 0.02 0.08 0.01 0.06 0.06 0.09 0.08 0.02 0.00 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.33 0.02 0.08 0.18 0.08 0.21 0.15 0.31 0.04 0.37 0.35 0.23 0.12 0.07 0.10 0.06 0.07 0.22 0.32 0.47 0.25 0.21
C2 0.03 0.13 0.01 0.11 0.10 0.13 0.14 0.22 0.19 0.07 0.18 0.12 0.10 0.11 0.06 0.06 0.08 0.11 0.29 0.23 0.53 0.34 0.30
C2' 0.01 0.37 0.03 0.05 0.18 0.06 0.20 0.12 0.32 0.01 0.40 0.42 0.26 0.09 0.06 0.11 0.03 0.05 0.19 0.34 0.55 0.27 0.24
C3' 0.02 0.35 0.05 0.03 0.16 0.03 0.16 0.09 0.27 0.04 0.36 0.41 0.25 0.04 0.03 0.12 0.01 0.02 0.16 0.28 0.58 0.25 0.24
C4 0.09 0.04 0.04 0.15 0.05 0.20 0.04 0.30 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.12 0.18 0.35 0.01 0.61 0.44 0.41
C4' 0.02 0.35 0.05 0.03 0.16 0.02 0.16 0.07 0.26 0.03 0.35 0.42 0.26 0.04 0.03 0.13 0.02 0.00 0.13 0.26 0.46 0.18 0.16
C5 0.08 0.09 0.04 0.15 0.07 0.20 0.04 0.28 0.04 0.01 0.07 0.10 0.09 0.01 0.06 0.03 0.12 0.17 0.33 0.01 0.61 0.37 0.38
C5' 0.06 0.28 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.02 0.18 0.09 0.27 0.35 0.21 0.02 0.02 0.14 0.00 0.04 0.07 0.18 0.43 0.12 0.12
C6 0.05 0.17 0.01 0.12 0.11 0.15 0.10 0.21 0.13 0.00 0.17 0.19 0.15 0.02 0.06 0.01 0.09 0.12 0.27 0.12 0.55 0.29 0.29
N1 0.03 0.21 0.01 0.10 0.13 0.11 0.16 0.19 0.22 0.03 0.24 0.21 0.15 0.09 0.06 0.07 0.07 0.10 0.26 0.23 0.51 0.29 0.26
N3 0.06 0.06 0.01 0.13 0.07 0.17 0.08 0.26 0.09 0.08 0.07 0.05 0.06 0.09 0.07 0.02 0.10 0.15 0.33 0.10 0.56 0.39 0.35
O2 0.02 0.13 0.03 0.09 0.10 0.11 0.16 0.20 0.24 0.08 0.21 0.12 0.09 0.14 0.06 0.09 0.07 0.09 0.28 0.30 0.51 0.33 0.28
O2' 0.03 0.44 0.01 0.07 0.22 0.06 0.25 0.12 0.39 0.05 0.48 0.52 0.31 0.13 0.09 0.10 0.04 0.06 0.20 0.41 0.52 0.25 0.22
O3' 0.02 0.38 0.05 0.01 0.17 0.01 0.17 0.07 0.29 0.05 0.39 0.47 0.27 0.03 0.03 0.12 0.01 0.01 0.13 0.30 0.61 0.25 0.24
O4 0.12 0.01 0.06 0.17 0.05 0.24 0.02 0.34 0.03 0.09 0.02 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06 0.13 0.23 0.38 0.08 0.63 0.51 0.48
O4' 0.01 0.33 0.02 0.07 0.18 0.06 0.18 0.11 0.27 0.02 0.34 0.36 0.25 0.08 0.06 0.11 0.06 0.04 0.18 0.27 0.41 0.18 0.15
O5' 0.07 0.22 0.09 0.02 0.07 0.01 0.05 0.04 0.13 0.13 0.20 0.28 0.16 0.06 0.04 0.11 0.01 0.03 0.08 0.12 0.50 0.15 0.17
OP1 0.00 0.26 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.03 0.14 0.09 0.23 0.34 0.21 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.55 0.14 0.20
OP2 0.03 0.15 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.06 0.14 0.13 0.20 0.12 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.66 0.18 0.28
P 0.02 0.21 0.03 0.00 0.08 0.02 0.05 0.05 0.11 0.11 0.19 0.27 0.17 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.53 0.14 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.13 0.20
C2 0.00 0.00 0.12 0.14 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.19 0.04 0.07 0.01 0.13 0.16 0.23
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.14 0.11 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06 0.09
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.06 0.12 0.17 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.17 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.05 0.00 0.14 0.17 0.23
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.15 0.18 0.23
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.06 0.00 0.14 0.17 0.22
C8 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.17 0.18 0.23
N1 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.17 0.03 0.07 0.01 0.14 0.17 0.23
N2 0.00 0.00 0.14 0.17 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.24 0.05 0.08 0.01 0.12 0.16 0.23
N3 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.16 0.04 0.06 0.01 0.13 0.16 0.23
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.16 0.19 0.22
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.15 0.16 0.23
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.10 0.07 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.07
O3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.08 0.17 0.24 0.16 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.09 0.31 0.05 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.19 0.12 0.20
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00
O6 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.05 0.00 0.14 0.17 0.21
OP1 0.13 0.13 0.06 0.17 0.14 0.00 0.15 0.02 0.14 0.17 0.14 0.12 0.13 0.16 0.15 0.07 0.31 0.19 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.16 0.06 0.01 0.17 0.04 0.18 0.02 0.17 0.18 0.17 0.16 0.16 0.19 0.16 0.05 0.05 0.12 0.02 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.23 0.09 0.00 0.23 0.08 0.23 0.00 0.22 0.23 0.23 0.23 0.23 0.22 0.23 0.07 0.07 0.20 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00