ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49433

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O3' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C3' A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C4 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C2 B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C8 B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
N2 B 0, 0.000, 0.186, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.000, 0.186, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.186 std_dev=0.186
N7 B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O6 B 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C5' B 0, 0.000, 0.279, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C4' B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O2' B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
P B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C3' B 0, 0.000, 0.379, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.379 std_dev=0.379
OP1 B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
O3' B 0, 0.000, 0.594, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.594 std_dev=0.594
OP2 B 0, 0.000, 0.614, 1.227, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.614 std_dev=0.614
OP2 A 0, 0.000, 0.827, 1.654, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.827 std_dev=0.827
O5' A 0, 0.000, 0.906, 1.812, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.906 std_dev=0.906
P A 0, 0.000, 1.456, 2.911, 2.911 max_d=2.911 avg_d=1.456 std_dev=1.456
OP1 A 0, 0.000, 2.588, 5.176, 5.176 max_d=5.176 avg_d=2.588 std_dev=2.588

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.18 0.40 0.15
C2 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.25 0.77 0.52 0.45
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.21 0.06 0.36 0.17
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.30 0.02 0.33 0.20
C4 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.34 1.30 0.58 0.71
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.32 1.28 0.57 0.71
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.36 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.27 0.93 0.54 0.56
N1 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.22 0.65 0.50 0.40
N3 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.30 1.06 0.56 0.60
O2 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.22 0.60 0.49 0.37
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.07 0.26 0.27 0.04
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.31 0.21 0.09
O4 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.36 1.46 0.59 0.78
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.05 0.35 0.00
O5' 0.08 0.25 0.21 0.30 0.34 0.00 0.32 0.01 0.27 0.22 0.30 0.22 0.07 0.27 0.36 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.18 0.77 0.06 0.02 1.30 0.35 1.28 0.36 0.93 0.65 1.06 0.60 0.26 0.31 1.46 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.52 0.36 0.33 0.58 0.24 0.57 0.21 0.54 0.50 0.56 0.49 0.27 0.21 0.59 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.45 0.17 0.20 0.71 0.06 0.71 0.01 0.56 0.40 0.60 0.37 0.04 0.09 0.78 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.03 0.15 0.11 0.14 0.09 0.07 0.13 0.08 0.01 0.03 0.04 0.15 0.17 0.25 0.30 0.20
C2 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.10 0.02 0.13 0.07 0.11 0.02 0.01 0.10 0.04 0.06 0.12 0.01 0.13 0.16 0.22 0.28 0.18
C2' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.03 0.15 0.11 0.14 0.07 0.06 0.14 0.09 0.02 0.04 0.04 0.15 0.18 0.28 0.35 0.23
C3' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.08 0.02 0.12 0.01 0.14 0.10 0.12 0.07 0.06 0.13 0.08 0.03 0.05 0.03 0.14 0.16 0.29 0.36 0.23
C4 0.04 0.02 0.10 0.12 0.00 0.07 0.07 0.00 0.11 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.00 0.12 0.20 0.03 0.10 0.15 0.20 0.28 0.18
C4' 0.05 0.10 0.03 0.02 0.09 0.02 0.11 0.00 0.13 0.10 0.13 0.09 0.07 0.12 0.08 0.01 0.02 0.03 0.12 0.15 0.25 0.31 0.19
C5 0.03 0.01 0.10 0.11 0.02 0.08 0.09 0.01 0.12 0.06 0.09 0.02 0.03 0.10 0.02 0.13 0.18 0.04 0.11 0.15 0.22 0.30 0.19
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.01 0.08 0.09 0.23 0.27 0.16
C6 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.11 0.01 0.13 0.08 0.11 0.02 0.01 0.11 0.05 0.09 0.12 0.00 0.13 0.15 0.23 0.30 0.19
N1 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.02 0.11 0.02 0.14 0.09 0.12 0.04 0.03 0.11 0.06 0.05 0.09 0.02 0.13 0.16 0.23 0.29 0.19
N3 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05 0.08 0.01 0.11 0.05 0.08 0.03 0.02 0.09 0.02 0.09 0.16 0.01 0.11 0.15 0.21 0.27 0.18
O2 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.02 0.09 0.03 0.12 0.07 0.10 0.03 0.02 0.10 0.05 0.04 0.10 0.03 0.13 0.15 0.22 0.27 0.18
O2' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.03 0.15 0.11 0.14 0.09 0.07 0.13 0.08 0.01 0.02 0.04 0.14 0.18 0.26 0.32 0.21
O3' 0.04 0.09 0.01 0.01 0.08 0.04 0.12 0.01 0.14 0.10 0.13 0.07 0.05 0.12 0.07 0.04 0.06 0.01 0.13 0.17 0.29 0.37 0.23
O4 0.06 0.06 0.13 0.16 0.04 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.03 0.14 0.23 0.05 0.09 0.14 0.18 0.27 0.17
O4' 0.08 0.13 0.06 0.05 0.12 0.02 0.15 0.05 0.17 0.13 0.16 0.11 0.10 0.16 0.11 0.02 0.03 0.07 0.17 0.18 0.27 0.32 0.21
O5' 0.06 0.09 0.03 0.03 0.11 0.13 0.23 0.07 0.27 0.18 0.21 0.03 0.02 0.26 0.08 0.27 0.02 0.11 0.16 0.34 0.32 0.46 0.27
OP1 1.07 1.06 1.11 1.20 1.30 0.94 1.50 1.05 1.48 1.53 1.27 0.81 1.05 1.62 1.33 0.58 0.98 1.00 1.42 1.57 1.53 1.86 1.57
OP2 0.44 0.59 0.49 0.42 0.59 0.22 0.64 0.19 0.66 0.57 0.64 0.55 0.56 0.63 0.55 0.29 0.30 0.32 0.40 0.69 0.45 0.62 0.45
P 0.44 0.49 0.53 0.60 0.60 0.35 0.73 0.42 0.74 0.74 0.63 0.35 0.45 0.81 0.61 0.17 0.53 0.37 0.70 0.81 0.84 1.03 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.01
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.08 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.14 0.12 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.17 0.10 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.00 0.08 0.07 0.05
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.07
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.07
C8 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.09 0.00 0.10 0.09 0.07
N2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.09 0.00 0.10 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.00 0.09 0.07 0.05
N7 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.07 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.04
O2' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.08 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.07 0.02 0.03 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.10 0.18 0.09 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07
O5' 0.05 0.09 0.06 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08
OP1 0.06 0.10 0.14 0.17 0.08 0.06 0.09 0.02 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.18 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.08 0.12 0.10 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.08 0.09 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04 0.08 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00