ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49439

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 7, 7, 7, 16, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.017, 0.048, 0.078, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.048 std_dev=0.031
N1 B 0, 0.368, 0.546, 0.724, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.546 std_dev=0.178
O4' A 0, 0.077, 0.261, 0.445, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.261 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.373, 0.558, 0.743, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.558 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.099, 0.285, 0.471, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.285 std_dev=0.186
C4 B 0, 0.375, 0.568, 0.760, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.568 std_dev=0.193
N3 B 0, 0.361, 0.557, 0.753, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.557 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.384, 0.616, 0.848, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.616 std_dev=0.232
C1' B 0, 0.404, 0.655, 0.905, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.655 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.379, 0.634, 0.890, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.634 std_dev=0.255
N4 B 0, 0.424, 0.679, 0.935, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.679 std_dev=0.256
O2 B 0, 0.419, 0.703, 0.987, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.703 std_dev=0.284
C2' B 0, 0.360, 0.646, 0.931, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.646 std_dev=0.285
C4' A 0, 0.112, 0.468, 0.824, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.468 std_dev=0.356
C5' A 0, 0.259, 0.667, 1.074, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.667 std_dev=0.407
O4' B 0, 0.422, 0.837, 1.252, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.837 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.268, 0.690, 1.112, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.690 std_dev=0.422
O2' A 0, 0.054, 0.496, 0.937, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.496 std_dev=0.442
C3' A 0, 0.068, 0.544, 1.019, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.544 std_dev=0.476
O3' B 0, 0.273, 0.754, 1.235, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.754 std_dev=0.481
C4' B 0, 0.362, 0.872, 1.382, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.872 std_dev=0.510
O2' B 0, 0.333, 0.846, 1.358, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.846 std_dev=0.513
O5' A 0, 0.136, 0.689, 1.243, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.689 std_dev=0.553
P A 0, 0.209, 0.808, 1.407, 2.778 max_d=2.778 avg_d=0.808 std_dev=0.599
OP2 A 0, 0.218, 0.896, 1.574, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.896 std_dev=0.678
C5' B 0, 0.303, 1.033, 1.764, 3.696 max_d=3.696 avg_d=1.033 std_dev=0.731
OP1 A 0, 0.224, 0.994, 1.764, 3.706 max_d=3.706 avg_d=0.994 std_dev=0.770
O3' A 0, 0.005, 0.854, 1.702, 3.213 max_d=3.213 avg_d=0.854 std_dev=0.848
O5' B 0, -0.081, 1.117, 2.314, 6.254 max_d=6.254 avg_d=1.117 std_dev=1.197
P B 0, 0.079, 1.512, 2.945, 7.635 max_d=7.635 avg_d=1.512 std_dev=1.433
OP2 B 0, 0.283, 1.857, 3.432, 8.401 max_d=8.401 avg_d=1.857 std_dev=1.575
OP1 B 0, 0.195, 2.072, 3.948, 10.008 max_d=10.008 avg_d=2.072 std_dev=1.876

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.25 0.03 0.01 0.22 0.18 0.34 0.20
C2 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.20 0.02 0.09 0.32 0.23 0.40 0.24
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.03 0.10 0.17 0.12 0.03 0.08 0.17 0.00 0.02 0.05 0.02 0.39 0.42 0.49 0.40
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.31 0.01 0.34 0.02 0.31 0.19 0.23 0.11 0.02 0.01 0.32 0.02 0.21 0.30 0.23 0.16
C4 0.03 0.01 0.05 0.31 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.01 0.04 0.48 0.40 0.55 0.41
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.18 0.07 0.06 0.10 0.26 0.03 0.13 0.01 0.02 0.11 0.21 0.06
C5 0.03 0.02 0.10 0.34 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.25 0.01 0.08 0.52 0.44 0.55 0.44
C5' 0.07 0.09 0.17 0.02 0.17 0.01 0.22 0.00 0.19 0.09 0.12 0.12 0.11 0.17 0.19 0.02 0.01 0.19 0.19 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.31 0.01 0.18 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.20 0.01 0.10 0.45 0.35 0.44 0.34
N1 0.02 0.01 0.03 0.19 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.09 0.02 0.03 0.32 0.23 0.38 0.24
N3 0.03 0.00 0.08 0.23 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.13 0.01 0.07 0.40 0.30 0.47 0.32
O2 0.04 0.01 0.17 0.11 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.38 0.02 0.15 0.27 0.19 0.38 0.21
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.33 0.26 0.35 0.11 0.30 0.19 0.26 0.16 0.00 0.05 0.36 0.18 0.25 0.30 0.52 0.31
O3' 0.25 0.20 0.02 0.01 0.16 0.03 0.25 0.17 0.20 0.09 0.13 0.38 0.05 0.00 0.20 0.18 0.27 0.47 0.37 0.32
O4 0.03 0.02 0.05 0.32 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.20 0.00 0.04 0.51 0.45 0.61 0.46
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.07 0.15 0.18 0.18 0.04 0.00 0.11 0.11 0.31 0.17
O5' 0.22 0.32 0.39 0.21 0.48 0.02 0.52 0.01 0.45 0.32 0.40 0.27 0.25 0.27 0.51 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.23 0.42 0.30 0.40 0.11 0.44 0.19 0.35 0.23 0.30 0.19 0.30 0.47 0.45 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.40 0.49 0.23 0.55 0.21 0.55 0.19 0.44 0.38 0.47 0.38 0.52 0.37 0.61 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.24 0.40 0.16 0.41 0.06 0.44 0.02 0.34 0.24 0.32 0.21 0.31 0.32 0.46 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.33 0.29 0.20 0.26 0.22 0.25 0.20 0.24 0.24 0.32 0.30 0.52 0.36 0.23 0.30 0.30 0.30 0.48 0.30
C2 0.26 0.29 0.28 0.24 0.27 0.20 0.29 0.21 0.26 0.22 0.30 0.33 0.46 0.35 0.18 0.25 0.39 0.33 0.69 0.41
C2' 0.29 0.32 0.32 0.31 0.25 0.28 0.29 0.31 0.28 0.23 0.31 0.29 0.51 0.38 0.32 0.29 0.44 0.52 0.63 0.47
C3' 0.25 0.31 0.26 0.18 0.30 0.15 0.34 0.20 0.31 0.23 0.33 0.35 0.48 0.35 0.11 0.20 0.39 0.51 0.61 0.43
C4 0.25 0.27 0.26 0.34 0.19 0.28 0.32 0.36 0.30 0.22 0.25 0.24 0.41 0.41 0.24 0.25 0.66 0.64 1.02 0.70
C4' 0.27 0.29 0.27 0.15 0.23 0.17 0.25 0.15 0.25 0.21 0.28 0.26 0.45 0.37 0.17 0.24 0.25 0.35 0.37 0.26
C5 0.29 0.31 0.29 0.37 0.19 0.31 0.29 0.39 0.29 0.23 0.27 0.23 0.46 0.48 0.29 0.28 0.69 0.71 0.98 0.72
C5' 0.27 0.28 0.28 0.19 0.24 0.19 0.28 0.19 0.29 0.24 0.27 0.25 0.41 0.36 0.15 0.23 0.29 0.47 0.38 0.32
C6 0.29 0.33 0.29 0.30 0.21 0.24 0.26 0.29 0.26 0.22 0.29 0.24 0.52 0.44 0.22 0.24 0.54 0.55 0.77 0.55
N1 0.27 0.32 0.27 0.23 0.24 0.19 0.27 0.21 0.25 0.22 0.30 0.29 0.52 0.36 0.18 0.25 0.40 0.37 0.64 0.41
N3 0.25 0.27 0.26 0.28 0.25 0.21 0.31 0.27 0.28 0.22 0.26 0.31 0.42 0.36 0.19 0.23 0.51 0.45 0.86 0.54
O2 0.29 0.30 0.31 0.24 0.30 0.23 0.30 0.21 0.26 0.25 0.31 0.37 0.44 0.37 0.22 0.30 0.32 0.26 0.61 0.33
O2' 0.30 0.33 0.29 0.23 0.31 0.24 0.34 0.26 0.29 0.24 0.34 0.38 0.53 0.38 0.25 0.31 0.40 0.48 0.62 0.46
O3' 0.25 0.32 0.27 0.21 0.25 0.17 0.30 0.26 0.28 0.21 0.31 0.29 0.53 0.37 0.21 0.20 0.42 0.61 0.66 0.50
O4 0.27 0.27 0.27 0.38 0.20 0.33 0.35 0.43 0.33 0.25 0.26 0.23 0.37 0.43 0.29 0.29 0.76 0.76 1.17 0.82
O4' 0.30 0.30 0.29 0.20 0.24 0.24 0.24 0.21 0.24 0.23 0.29 0.27 0.46 0.37 0.26 0.30 0.27 0.29 0.36 0.26
O5' 0.16 0.28 0.29 0.15 0.40 0.08 0.45 0.16 0.40 0.25 0.34 0.44 0.35 0.29 0.01 0.10 0.34 0.53 0.49 0.40
OP1 0.15 0.18 0.08 0.09 0.23 0.17 0.30 0.18 0.25 0.09 0.20 0.28 0.32 0.15 0.02 0.17 0.20 0.45 0.37 0.27
OP2 0.12 0.30 0.16 0.05 0.44 0.14 0.49 0.32 0.40 0.22 0.38 0.51 0.36 0.35 0.02 0.12 0.53 0.88 0.68 0.66
P 0.10 0.19 0.10 0.02 0.29 0.06 0.36 0.17 0.30 0.13 0.24 0.33 0.31 0.17 0.01 0.06 0.29 0.57 0.41 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.14 0.13 0.21 0.10
C2 0.03 0.00 0.15 0.15 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.18 0.07 0.27 0.14 0.50 0.26
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.09 0.12 0.03 0.12 0.05 0.26 0.01 0.03 0.01 0.15 0.19 0.14 0.08
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.20 0.01 0.24 0.02 0.23 0.12 0.17 0.21 0.20 0.02 0.01 0.02 0.22 0.30 0.17 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.12 0.04 0.48 0.37 0.83 0.51
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.06 0.12 0.10 0.15 0.02 0.01 0.02 0.16 0.12 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.16 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.19 0.07 0.57 0.47 0.87 0.59
C5' 0.04 0.08 0.09 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.21 0.10 0.13 0.21 0.09 0.07 0.10 0.02 0.01 0.19 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.23 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.19 0.09 0.51 0.37 0.67 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.08 0.02 0.31 0.16 0.46 0.27
N3 0.02 0.00 0.12 0.17 0.00 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.06 0.36 0.23 0.67 0.38
N4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.14 0.05 0.52 0.44 0.94 0.58
O2 0.05 0.01 0.26 0.20 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.22 0.32 0.12 0.18 0.15 0.38 0.18
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.18 0.15 0.22 0.07 0.20 0.11 0.15 0.20 0.22 0.00 0.06 0.11 0.18 0.34 0.13 0.13
O3' 0.16 0.18 0.03 0.01 0.12 0.02 0.19 0.10 0.19 0.08 0.14 0.14 0.32 0.06 0.00 0.10 0.22 0.42 0.26 0.24
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.06 0.05 0.12 0.11 0.10 0.00 0.11 0.17 0.14 0.12
O5' 0.14 0.27 0.15 0.22 0.48 0.02 0.57 0.01 0.51 0.31 0.36 0.52 0.18 0.18 0.22 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.14 0.19 0.30 0.37 0.16 0.47 0.19 0.37 0.16 0.23 0.44 0.15 0.34 0.42 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.50 0.14 0.17 0.83 0.12 0.87 0.18 0.67 0.46 0.67 0.94 0.38 0.13 0.26 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.26 0.08 0.18 0.51 0.07 0.59 0.02 0.47 0.27 0.38 0.58 0.18 0.13 0.24 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00