ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49440

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 2, 2, 7, 4, 4, 5, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.020 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.013, 0.042, 0.072, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.019, 0.058, 0.098, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.058 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.030, 0.180, 0.329, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.180 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.036, 0.192, 0.349, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.192 std_dev=0.157
O2' A 0, 0.073, 0.305, 0.536, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.305 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.439, 0.692, 0.945, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.692 std_dev=0.253
C3' B 0, 0.419, 0.688, 0.958, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.688 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.439, 0.714, 0.990, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.714 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.437, 0.717, 0.997, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.717 std_dev=0.280
O2 B 0, 0.542, 0.823, 1.104, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.823 std_dev=0.281
C4' A 0, 0.054, 0.344, 0.634, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.344 std_dev=0.290
C3' A 0, 0.075, 0.369, 0.663, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.369 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.402, 0.697, 0.993, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.697 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.348, 0.651, 0.954, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.651 std_dev=0.303
C1' B 0, 0.523, 0.829, 1.135, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.829 std_dev=0.306
C5 B 0, 0.309, 0.634, 0.958, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.634 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.259, 0.593, 0.927, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.593 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.584, 0.923, 1.262, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.923 std_dev=0.339
C4' B 0, 0.587, 0.928, 1.270, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.928 std_dev=0.342
O4' B 0, 0.618, 0.974, 1.330, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.974 std_dev=0.356
N4 B 0, 0.219, 0.603, 0.988, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.603 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.306, 0.717, 1.128, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.717 std_dev=0.411
O5' A 0, 0.104, 0.527, 0.950, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.527 std_dev=0.423
O5' B 0, 0.645, 1.090, 1.536, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.090 std_dev=0.445
O3' A 0, 0.135, 0.583, 1.032, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.583 std_dev=0.448
C5' A 0, 0.071, 0.531, 0.991, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.531 std_dev=0.460
C5' B 0, 0.649, 1.109, 1.569, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.109 std_dev=0.460
P A 0, 0.180, 0.660, 1.140, 2.322 max_d=2.322 avg_d=0.660 std_dev=0.480
P B 0, 0.676, 1.243, 1.811, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.243 std_dev=0.568
OP2 A 0, 0.225, 0.891, 1.556, 3.464 max_d=3.464 avg_d=0.891 std_dev=0.666
OP1 B 0, 0.735, 1.410, 2.085, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.410 std_dev=0.675
OP1 A 0, 0.184, 0.865, 1.545, 3.010 max_d=3.010 avg_d=0.865 std_dev=0.680
OP2 B 0, 0.620, 1.303, 1.986, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.303 std_dev=0.683

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.15 0.21 0.16
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02 0.05 0.19 0.27 0.37 0.21
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.10 0.03 0.08 0.17 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.09 0.14 0.09
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.19 0.01 0.21 0.02 0.19 0.12 0.17 0.16 0.03 0.01 0.21 0.01 0.13 0.18 0.11 0.11
C4 0.03 0.01 0.06 0.19 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.21 0.00 0.05 0.33 0.45 0.56 0.35
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.08 0.07 0.09 0.04 0.13 0.01 0.02 0.10 0.11 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.23 0.01 0.05 0.36 0.47 0.56 0.37
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.23 0.12 0.15 0.06 0.08 0.05 0.24 0.01 0.01 0.14 0.16 0.03
C6 0.03 0.01 0.10 0.19 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.20 0.02 0.05 0.30 0.37 0.43 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.03 0.19 0.26 0.33 0.21
N3 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.01 0.05 0.26 0.36 0.47 0.27
O2 0.05 0.01 0.17 0.16 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.16 0.02 0.07 0.14 0.20 0.32 0.17
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.06 0.12 0.18 0.00 0.06 0.12 0.09 0.05 0.13 0.10 0.09
O3' 0.04 0.12 0.03 0.01 0.21 0.04 0.23 0.05 0.20 0.09 0.16 0.16 0.06 0.00 0.23 0.03 0.16 0.33 0.16 0.17
O4 0.03 0.02 0.07 0.21 0.00 0.13 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.23 0.00 0.06 0.36 0.50 0.63 0.39
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.09 0.03 0.06 0.00 0.13 0.19 0.25 0.22
O5' 0.07 0.19 0.08 0.13 0.33 0.02 0.36 0.01 0.30 0.19 0.26 0.14 0.05 0.16 0.36 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.27 0.09 0.18 0.45 0.10 0.47 0.14 0.37 0.26 0.36 0.20 0.13 0.33 0.50 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.37 0.14 0.11 0.56 0.11 0.56 0.16 0.43 0.33 0.47 0.32 0.10 0.16 0.63 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.21 0.09 0.11 0.35 0.07 0.37 0.03 0.29 0.21 0.27 0.17 0.09 0.17 0.39 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.13 0.22 0.29 0.16 0.26 0.18 0.28 0.18 0.16 0.15 0.20 0.18 0.25 0.35 0.21 0.35 0.40 0.37 0.38
C2 0.19 0.15 0.20 0.23 0.21 0.21 0.23 0.21 0.21 0.17 0.16 0.25 0.18 0.21 0.27 0.18 0.34 0.44 0.44 0.38
C2' 0.16 0.12 0.16 0.22 0.15 0.20 0.16 0.23 0.15 0.13 0.14 0.19 0.18 0.23 0.28 0.15 0.35 0.40 0.35 0.40
C3' 0.15 0.14 0.15 0.15 0.17 0.14 0.19 0.18 0.17 0.13 0.16 0.20 0.18 0.24 0.20 0.12 0.31 0.37 0.33 0.36
C4 0.18 0.15 0.20 0.24 0.14 0.21 0.21 0.25 0.21 0.16 0.16 0.18 0.20 0.21 0.27 0.18 0.40 0.54 0.55 0.46
C4' 0.16 0.19 0.16 0.15 0.18 0.15 0.17 0.18 0.16 0.15 0.21 0.21 0.26 0.25 0.23 0.13 0.26 0.35 0.29 0.30
C5 0.20 0.17 0.24 0.25 0.15 0.22 0.18 0.25 0.21 0.17 0.18 0.19 0.21 0.26 0.30 0.19 0.39 0.48 0.49 0.44
C5' 0.30 0.30 0.32 0.19 0.25 0.19 0.24 0.16 0.24 0.27 0.28 0.25 0.36 0.39 0.17 0.23 0.22 0.34 0.25 0.25
C6 0.21 0.15 0.23 0.25 0.14 0.22 0.18 0.24 0.20 0.17 0.15 0.17 0.21 0.27 0.29 0.19 0.37 0.42 0.43 0.41
N1 0.19 0.12 0.21 0.25 0.15 0.22 0.18 0.23 0.19 0.16 0.13 0.19 0.18 0.24 0.29 0.19 0.35 0.41 0.40 0.38
N3 0.18 0.15 0.18 0.22 0.20 0.19 0.25 0.22 0.23 0.17 0.15 0.24 0.19 0.20 0.25 0.17 0.37 0.50 0.51 0.42
O2 0.20 0.19 0.22 0.25 0.26 0.23 0.26 0.22 0.23 0.20 0.22 0.32 0.20 0.23 0.30 0.20 0.34 0.43 0.42 0.37
O2' 0.24 0.18 0.24 0.25 0.18 0.26 0.18 0.25 0.19 0.19 0.18 0.21 0.23 0.32 0.31 0.23 0.31 0.37 0.33 0.36
O3' 0.16 0.13 0.17 0.15 0.16 0.15 0.19 0.17 0.18 0.13 0.14 0.20 0.19 0.25 0.19 0.14 0.30 0.36 0.33 0.35
O4 0.19 0.18 0.21 0.25 0.16 0.23 0.22 0.29 0.23 0.17 0.20 0.20 0.23 0.21 0.29 0.20 0.43 0.62 0.62 0.50
O4' 0.14 0.17 0.15 0.26 0.18 0.22 0.16 0.27 0.15 0.12 0.20 0.21 0.25 0.23 0.36 0.15 0.34 0.41 0.36 0.37
O5' 0.25 0.27 0.29 0.12 0.27 0.08 0.27 0.10 0.26 0.25 0.27 0.28 0.30 0.31 0.03 0.15 0.26 0.39 0.28 0.30
OP1 0.14 0.21 0.13 0.13 0.32 0.19 0.36 0.33 0.32 0.22 0.26 0.36 0.20 0.17 0.02 0.18 0.38 0.63 0.51 0.45
OP2 0.19 0.30 0.14 0.16 0.45 0.21 0.48 0.34 0.42 0.31 0.37 0.49 0.24 0.12 0.03 0.23 0.50 0.58 0.56 0.54
P 0.06 0.12 0.11 0.01 0.19 0.10 0.23 0.19 0.20 0.11 0.15 0.22 0.15 0.14 0.01 0.05 0.27 0.45 0.31 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.10 0.19 0.13 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.21 0.36 0.33 0.22
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.06 0.13 0.01 0.03 0.01 0.12 0.15 0.10 0.12
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.13 0.07 0.10 0.13 0.12 0.03 0.01 0.02 0.16 0.21 0.13 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.05 0.31 0.53 0.53 0.34
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.07 0.11 0.05 0.08 0.03 0.01 0.02 0.09 0.15 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.06 0.33 0.55 0.53 0.35
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.11 0.14 0.20 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.13 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.06 0.28 0.44 0.39 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.20 0.33 0.28 0.20
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.26 0.45 0.44 0.28
N4 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.15 0.05 0.33 0.59 0.61 0.38
O2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.16 0.05 0.17 0.30 0.27 0.18
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.03 0.08 0.07 0.14 0.00 0.09 0.05 0.06 0.12 0.11 0.07
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.13 0.03 0.16 0.04 0.14 0.07 0.11 0.15 0.16 0.09 0.00 0.03 0.15 0.33 0.21 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.11 0.16 0.15 0.11
O5' 0.10 0.21 0.12 0.16 0.31 0.02 0.33 0.01 0.28 0.20 0.26 0.33 0.17 0.06 0.15 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.36 0.15 0.21 0.53 0.09 0.55 0.13 0.44 0.33 0.45 0.59 0.30 0.12 0.33 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.33 0.10 0.13 0.53 0.15 0.53 0.25 0.39 0.28 0.44 0.61 0.27 0.11 0.21 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.12 0.16 0.34 0.03 0.35 0.02 0.28 0.20 0.28 0.38 0.18 0.07 0.17 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00